此条目使用数字符号（#），因为有证据表明X连锁智力发育障碍-109（MRX109）是由FMR2基因（AFF2；300806）的破坏引起的，或者是由于CCG重复序列在5素数非翻译区的扩增，或者是因为缺失。
智力发育障碍-109（MRX109）的特征是与学习困难、沟通障碍、注意力问题、多动症和自闭症行为相关的轻度至中度智力发育受损（Bensaid等人，2009年总结）。该疾病与染色体Xq28（FRAXE）上的一个脆性位点有关，可能是由于位于该基因上游的CCG扩增导致FMR2基因沉默，也可能是由于该基因内的缺失所致（Stettner等人，2011年）。
Knight等人（1996年）提供了通过筛查研究确定的1名FRAXE男性患者的临床详细信息，以及通过之前转诊进行脆性X综合征测试确定的其他3名FRAXE患者的临床细节。第一只雄性出现发育迟缓和小头畸形。10岁时，他身材矮小，性格“迷人”，这表明他患有威廉姆斯综合症（194050年）；然而，在威廉姆斯综合征的弹性蛋白位点（130160）没有发现异常。11岁时，教育心理评估显示，单词识别能力为6.4岁，基数技能为6.1岁。其他3名患者虽然表现出发育迟缓，但身材正常或异常高大，没有小头畸形。
Mila等人（1997年）报告了一名FMR2基因甲基化嵌合体男孩，他表现出轻度精神发育迟滞，有精神病行为，没有显著的身体特征。
Russo等人（1998年）报告了一个患有FRAXE阳性精神发育迟滞的意大利家庭，其中所有受影响的个体都缺乏明确的表型，并表现出不同程度的精神发育迟缓。马赛克基因型男性有轻微的智力迟钝。
Stettner等人（2011年）报告了两兄弟，年龄分别为10岁和11岁，患有轻度至中度精神发育迟滞和行为异常。两人都在出生后第二年出现症状，轻度运动和显著的语言发育迟缓，以及明显的行为问题，包括攻击性、冲动性、激动性、注意力不足和运动过度症状。此外，随着年龄的增长，自闭症的特征，如挥手、兴趣受限、重复行为、社交和沟通障碍等变得更加明显。未发现畸形特征。
Knight等人（1993）使用物理映射策略，在染色体Xq28上确定了FRAXA脆弱位点（见309550）远端的脆弱位点FRAXE（见300806）。
易碎站点FRAXE
Sutherland和Baker（1992）认为FRAXE易碎部位与精神发育迟滞无关。然而，最初根据精神障碍和细胞遗传学分析被描述为患有脆性X综合征的几个家庭通过荧光原位杂交（FISH）表现出FRAXE。Mulley等人（1995年）提供的数据表明，FRAXE和非特异性X连锁精神障碍之间可能存在病因学关系。
Knight等人（1993年、1994年）使用物理映射策略克隆了FRAXE，并证明表达该位点的人在Xq28的CpG岛附近具有GCC重复序列的扩增。整个地区的PCR分析表明，正常人有6到25个GCC重复序列，而智力低下、FRAXE阳性的人有200多个重复序列，并且在CpG岛被甲基化。
Mulley等人（1995年）报告了6个家族的FRAXE CCG重复序列的精神障碍和不稳定性。在其中一个实验中，发现了FRAXA和FRAXE的共分离。当通过雄性传播时，FRAXE的细胞遗传学表达与CCG扩张的缩小相关时，可跳过一代；然而，总的来说，通过雌性进行传播，并且拷贝数从一代增加到下一代。在这些方面，FRAXE的行为与FRAXA相似。Mulley等人（1995年）在删除指标病例后发现，这些家庭中有更多的男性和女性精神障碍携带者，这超出了合理的偶然预期，表明FRAXE和非特异性精神障碍之间存在病因学关系。
Knight等人（1996年）描述了一项英国调查的结果，该调查旨在评估脆性X综合征测试所涉及人群中FRAXE的频率，发现FRAXA位点的扩张事件为阴性。在362名细胞遗传学阴性男性中未发现FRAXE扩增事件，在534名未记录或未进行细胞遗传学分析的男性样本中发现1例扩增事件。此外，在已知Xq27.3-q28脆性部位细胞遗传学阳性的2只相关雌性中检测到FRAXE扩增事件。Knight等人（1996年）得出结论，FRAXE是一种相对罕见但重要的精神发育迟滞形式，适合进行基因诊断。Brown（1996）得出的结论是，由于各种原因，常规的FRAXE筛查是不必要的。Holinski-Feder等人（1996年）同意，未指示对FRAXE进行常规测试；后续测试可能对选定的FRAXA阴性受试者有用。
Barnicoat等人（1997年）发现，42个远端Xq脆性位点家族中有4个没有FRAXA突变。其中3个家族的FISH和分子分析表明，FRAXE和FRAXF的CCG重复序列扩增。所有表达FRAXE的雄性在FRAXE有一个大的甲基化CCG重复序列。所有有突变的男性都有一定程度的精神障碍。
Mila等人（1997年）对222名就读于西班牙特殊学校的精神发育迟滞无关个体进行了调查，发现11名男孩FMR1基因完全突变，1名男孩FMR2基因CCG重复扩增。分子研究显示FMR2基因甲基化嵌合体。
Russo等人（1998年）报告了两个不相关的意大利家庭中FRAXE阳性精神发育迟滞个体的分子特征。在1个家系中，对3代以上的13个个体进行了调查，鉴定出3个FRAXE阳性男性，1个具有完全突变的等位基因，1个带有马赛克基因型。在第二家庭中只调查了原告。所有受影响的个体都缺乏明确的表型，并表现出不同程度的精神发育迟滞。马赛克男性明显存在轻微的精神发育迟滞，这表明甲基化可能是精神障碍的重要决定因素。
Xq27.3（FMR1；309550）脆性X三联体重复序列扩增与FMR2重复位点近端600kb的突变或不稳定性有关。Ennis等人（2001年）提出连锁突变作为可能的解释。连锁突变被定义为一个基因座的突变与另一个基因位的突变、重组、缺失或转座之间的关联，无论这些事件的原因或时间顺序如何。通过检查来自FRAX地区7000多个独立单倍型样本的证据，并使用分支群来更彻底地定义这些单倍型的属性，他们分离出一组可能容易发生连锁突变现象的单倍型。他们发现在单个群体中很难区分连锁突变和创始人效应，但提供了支持和反对连锁突变的证据。
FMR2基因缺失
Gecz等人（1996年）证明，Gedeon等人（1995年）报告的一名患有全面发育迟缓、言语迟缓和过度挥手的患者FMR2基因中存在982-bp的缺失，导致外显子2和3缺失、移码和过早终止。Gedeon等人（1995）报告的第二个男孩的缺失量小于100kb，与第一个男孩的缺失量完全重叠。第二个男孩有言语延迟和严重的言语理解困难，但发育正常。
Stettner等人（2011年）在2名患有轻度至中度精神发育迟滞、言语迟缓和行为异常（包括自闭症特征）的兄弟中，发现FMR2基因（300806.0002）中存在121至145 kb的缺失，导致外显子3完全缺失。无症状的母亲和受影响的男孩叔叔也携带缺失。研究结果表明，FMR2中的缺失有助于FRAXE表型。
Allingham-Hawkins和Ray（1995年）对300名发育迟缓男性进行了检查，这些男性进行了脆性X射线检测，但FMR1基因三核苷酸扩增阴性，FRAXE扩增阴性。该组有广泛的智力或行为问题，包括19名在Xq27-q28细胞遗传学检测到的低水平脆性位点表达。没有一名患者在FRAXE扩张试验中呈阳性。这些结果表明FRAXE在这组患者中不是常见的病因。数据支持这样的假设，即FRAXE要么非常罕见，要么是与任何临床表型无关的良性脆性位点，类似于FRAXF和FRA16A位点。