此条目使用数字符号（#），因为有证据表明X连锁智力发育障碍-50（XLID50）是由染色体Xp11上SYN1基因（313440）的半合子突变引起的。
X-连锁智力发育障碍-50（XLID50）是一种神经发育障碍，其特征是智力发育受损，伴有身材矮小、自闭症特征和脑成像异常。未出现癫痫。携带者女性可能会受到影响。
SYN1基因的半合子突变也会导致具有可变学习障碍和行为障碍的X连锁癫痫（EPILX1；300491），表现出重叠特征。
Claes等人（1997年）报告了一个家庭（MRX50），其中4名男性跨越2代，从儿童早期就明显智力发育受损。没有发现其他表型异常，尽管患者往往身材矮小，有轻微的小头畸形。一名专职女性携带者智力下降。在Claes等人（1997年）报告的MRX50家族的随访中，Guarnieri等人（2017年）注意到该表型是非综合征的：没有患者出现癫痫或自闭症谱系障碍。
Darvish等人（2020年）报告了三个兄弟，他们的父母来自中东，没有血缘关系（家系05），XLID50。临床细节有限，但他们从儿童早期、精神衰退和自闭症特征中损害了智力发展。没有人癫痫发作。其他特征包括异常的眼神接触、语言问题、括约肌功能障碍和大脑成像上的全身性额叶萎缩。兄弟中有一人死了；该患者的DNA不可用。
Claes等人（1997年）报告的MRX50在家系中的传播模式与X连锁隐性遗传一致，尽管女性携带者可能表现出轻微的症状。
Claes等人（1997年）对MRX50家族进行的连锁分析显示，该位点位于Xp11.3-p11.21，位于X染色体短臂的着丝粒周围，与大量其他MRX基因区域重叠：MRX1（309530）、MRX5、MRX7、MRX8、MRX9（309549）、MRX10、MRX11、MRX12（300957）、MRX13、MRX14（300062）、MRX25、MRX18、，MRX22、MRX26、MRX31和MRX38（参见300419）。Gedeon等人（1996年）假设，聚集在Xp着丝粒周围部分的所有MRX分配可由2个基因位置解释，即MRX1和MRX10位置。其中一些具有着丝粒周围基因位置的家族表现出额外的特征性异常，其中一些家族表现出杂合子携带者的疾病表现。Claes等人（1997年）评论说，这些临床差异是否反映了等位基因变异性或位点异质性，只有在克隆了相关基因后才能弄清楚。
在Claes等人（1997年）之前报道的MRX50家族（L027家族）的受影响成员中，Guarnieri等人（2017年）在SYN1基因中发现了一个半合子错义突变（S79W；313440.005）。通过对SYN1基因直接测序发现的突变与该家族中的疾病分离。它不存在于dbSNP、1000基因组项目、Exome Variant Server或ExAC数据库中。转染突变基因的HeLa细胞的体外功能表达研究表明，突变蛋白在正常水平上表达，并形成巨大的异常核周聚集体，这些聚集体隔离了SYP（313475），是Triton-soluble。超微结构研究显示存在大量透明小泡。在转染该突变的小鼠原代海马细胞中观察到类似的异常囊泡形成。虽然这种突变似乎并不影响早期神经元的发育、轴突长度或轴突分支，但电生理学研究表明，与对照组相比，它与突触前膜上突触小泡数量增加以及微型兴奋性突触后电流（mESPSCs）频率增加有关。与野生型SYN1相比，转染突变基因的细胞在突触泡处出现小泡聚集，并减少了沿轴突的分散。研究结果表明，S79W突变扰乱了自发的小泡胞吐、聚集和轴突的横向运动，这可能会破坏突触可塑性的动力学，导致学习和认知障碍。
Darvish等人（2020年）在两个兄弟中发现了SYN1基因中的一个半合子错义突变（R420Q；313440.006），这两个兄弟的父母都来自中东，没有血缘关系（家族05）。通过全基因组测序发现并经Sanger测序证实的突变是从未受影响的母亲遗传而来。该突变在公共数据库中不存在，包括gnomAD。与对照组相比，体外转染突变基因的初级海马神经元的突变蛋白表达降低，与对照组比较，突起生长也显著减少。
Ibarluzea等人（2020年）在一名21岁男性（1402家）5岁时表现出轻度智力残疾和自闭症特征，他在SYN1基因中发现了一个杂合错义（V266M）变体。该变异体是从未受影响的母亲那里遗传来的，存在于一位智力低下和精神分裂症的叔父身上。未对该变体进行功能研究，作者将其归类为意义不明的变体（VUS）。
重新分类的变体
Fassio等人（2011年）报告的T567A变异体（313440.004）被重新分类为具有未知意义的变异体。Fassio等人（2011年）在分离自闭症谱系障碍的队列中的2名无关男性中，在SYN1基因中发现了一个半合子错义突变（T567A；313440.004）。在709条控制染色体中未发现突变。体外功能表达分析表明，突变破坏了缺乏Syn1基因的小鼠海马细胞中正常的突触囊泡运输。储存池和易释放池中的小泡释放受损，与功能丧失一致。突变体T567A蛋白没有正确定位于突触前。其中一名患者在同一等位基因上的SYN1基因中也携带了ala51到glu（A51G）取代，这可能对蛋白质功能产生了影响，但没有对A51G变体进行功能研究。T567A突变不影响SYN1蛋白的磷酸化或与其他蛋白的SH3结构域的结合。