USP9X基因编码一种大的底物特异性去泛素化酶（Homan等人综述，2014）。
Jones等人（1996年）报告称，来自人类成年睾丸的表达序列标签（EST 221）与果蝇脂肪面（faf）基因具有同源性。他们检测到人类X和Y染色体上的相关序列。他们使用EST 221推导出覆盖X特异位点完整开放阅读框的克隆，他们称之为DFFRX。获得了Y特异性cDNA克隆，并将该位点命名为DFFRY（400005）。在DFFRX序列中与核苷酸6至1901和核苷酸5815至7907相对应的2个区域中，X和Y特异性序列的同源性分别为91%和88%。这两种假定的基因产物都包含在泛素C末端水解酶中描述的保守半胱氨酸和组氨酸结构域（例如，191342）。用EST 221对16种不同成人组织进行Northern blot分析，结果显示所有组织中均有表达。他们还检测到DFFRX和DFFRY在发育中的人体组织中的表达。
Jones等人（1996）通过使用X特异性引物的定量RT-PCR确定了DFFRX的X失活状态，并发现DFFRX表达水平随着X染色体拷贝数的增加而升高，表明DFFRX逃脱失活。在果蝇中，faf基因在眼睛功能和卵母细胞发育中起着重要作用。果蝇faf基因和DFFRX序列之间的高度保守性导致Jones等人（1996年）得出结论，DFFRX在人类中具有重要功能。
正确的染色体分离需要姐妹动粒从相反的纺锤体极附着到微管上，以在中期纺锤体上形成生物定向染色体。含有survivin（603352）和激酶aurora B（604970）的染色体乘客复合体从着丝粒调节这一过程。Vong等人（2005）报道，一种去泛素化酶，FAM，也称为USP9X，通过控制生存素与着丝粒的动态结合以及生存素和极光B对着丝粒的适当靶向来调节染色体排列和分离。在有丝分裂过程中，Survivin通过lys48和lys63泛素连接泛素化。FAM介导的Lys63泛素化是survivin从着丝粒分离所必需的，而泛素结合蛋白UFD1（601754）介导的Lys63泛碱化是surfivin与着丝粒结合所必需的。因此，泛素化独立于蛋白质降解调节动态蛋白质-蛋白质相互作用和染色体分离。
Schwickart等人（2010年）表明，氘化酶USP9X与MCL1（159552）结合并稳定，并去除通常标记MCL1蛋白酶体降解的lys48连接的多泛素链。USP9X表达增加与人类滤泡淋巴瘤和弥漫性大B细胞淋巴瘤中MCL1蛋白增加相关。此外，USP9X过度表达的多发性骨髓瘤患者预后较差。USP9X的敲除增加了MCL1多泛素化，从而增强了BH3模拟物ABT-737的MCL1周转和细胞杀伤。Schwickart等人（2010年）的结论是，他们的结果将USP9X确定为一个预后和治疗靶点，并表明氘化酶可以稳定人类恶性肿瘤中不稳定的癌蛋白。
Reijnders等人（2016年）发现，内源性USP9X在人类成纤维细胞中沿睫状轴丝长度定位。在成纤维细胞中使用siRNA敲除USP9X可减少纤毛定位，但不会干扰纤毛发生，这表明该蛋白具有基于组织的特异功能或参与纤毛信号转导途径。
Jones等人（1996年）通过体细胞杂交分析和YAC文库筛选将DFFRX映射到Xp11.4。他们注意到，地图位置与X染色体区域一致，该区域被部分缺失定义为与特纳综合征相关的主要柱头的关键区域（163950）。他们提出了DFFRX在特纳综合征中发现的卵母细胞增殖缺陷和随后的性腺退化中发挥作用的可能性。
X染色体连锁智力发育障碍99
在两个X连锁隐性非综合征智力发育障碍-99（XLID99；300919）的不相关家族的受影响男性成员中，Homan等人（2014年）在USP9X基因中发现了两种不同的半合子突变（L2093H；300002.0001和c.7574delA；300002.0003）。在1个家系中，未受影响的女性被发现是突变的杂合子。第三个家庭的一名患者携带杂合USP9X变异体（L2157I；300072.0002），但他也携带了包括ARID1B基因（614556）在内的缺失，已知该基因会导致MRD12（135900）。USP9X变体均未影响USP9X的催化活性。与野生型相比，Usp9x基因敲除雄性小鼠（-/Y）分离的海马神经元的轴突长度和树状结构减少了43%。3种USP9X变异体无法修复缺损，这与轴突生长功能丧失一致。Usp9x的缺失也导致神经元迁移减少42%，L2093H变体部分挽救了神经元迁移，但L2157I或c.7574delA没有挽救。在非极化的HEK293细胞中，这些变异体与DCX（300121）免疫共沉淀正常，但在未成熟极化神经元中没有正确定位于轴突生长锥。总的来说，研究结果表明USP9X突变导致神经元细胞骨架的改变，这可能影响神经元迁移和轴突生长，导致智力障碍。
女性限制性X连锁综合征智力发育障碍99
在17名年龄介于2岁至23岁、患有女性限制性X连锁综合征智能发育障碍-99（MRXS99F；300968）的非亲缘女性中，Reijnders等人（2016年）发现了17种涉及USP9X基因的新发杂合突变或缺失（例如，见300072.004-300072.0008）。大多数突变是通过全基因组测序发现的，并经Sanger测序证实；13个点突变中有12个导致蛋白质截短。患者成纤维细胞和淋巴母细胞的免疫印迹和RT-PCR分析表明，与对照女性相比，功能丧失等位基因导致USP9X蛋白和转录水平显著降低，但这些水平与正常对照男性相似。在5名受试患者中，有3名患者的X染色体失活（XCI）偏斜超过90%，但偏斜与疾病严重程度无关。此外，在对患者细胞的研究中，XCI的偏斜与mRNA或蛋白水平的表达之间没有相关性。Reijnders等人（2016年）认为，USP9X可能存在组织特异性表达，这可能会影响表型。尽管野生型USP9X定位于纤毛，但与对照组相比，患者成纤维细胞在纤毛发生、纤毛长度或纤毛贩运方面没有任何差异。
Perez-Mancera等人（2012年）在胰腺导管癌前病变小鼠模型中使用“睡美人”转座子介导的插入突变，以确定与致癌Kras（G12D）（1900700003）合作的基因，以加速肿瘤发生并促进进展。这项筛选揭示了胰腺导管腺癌（PDA）的新候选基因，并证实了许多基因和通路在人类PDA中的重要性。最常见的突变基因是X连锁的氘化酶Usp9x，该酶在50%以上的肿瘤中失活。尽管之前的工作将生存前作用归因于USP9X在人类肿瘤形成中的作用，但Perez-Mancera等人（2012年）发现，USP9X的缺失反而会增强转化并保护胰腺癌细胞免受失巢。临床上，PDA中USP9X蛋白和mRNA的低表达与术后生存率低相关，USP9X水平与晚期疾病的转移负担呈负相关。此外，用曲霉菌素A或5-氮杂-2-基脱氧胞苷调节染色质可提高人PDA细胞系中USP9X的表达，这表明对某些患者来说是一种临床方法。Usp9x的条件性缺失与Kras（G12D）合作，加速小鼠胰腺肿瘤的发生，验证了它们的遗传相互作用。Perez-Mancera等人（2012年）提出USP9X是PDA中具有预后和治疗相关性的主要抑癌基因。