条目-*300061-锌指,MYM-TYPE 3;ZMYM3型-OMIM公司
 
*300061

锌指,MYM-3型;ZMYM3型


备选标题;符号

锌指蛋白261;ZNF261型
DXS6673E型


HGNC批准的基因符号:ZMYM3型

细胞遗传学位置:Xq13.1号机组   基因组坐标(GRCh38):十: 71239624-71255290 (来自NCBI)


基因表型关系
位置 表型 表型
MIM编号
继承 表型
映射键
Xq13.1号机组 智力发育障碍,X连锁112 301111 卡侬

文本

描述

ZMYM3包含一个DUF3504结构域,与低等生物体中存在的密码DNA转座子的酪氨酸重组酶(YR)元件相关。DUF3504结构域源自Cryptons的YR元素,但缺少YR活性所必需的完整催化四分体。含有DUF3504结构域的蛋白质作为转录激活物或阻遏物发挥作用(小岛和Jurka,2011年).


克隆和表达

Van der Maarel等人(1996年)报道了一种被平衡X破坏的基因的克隆和表征,他们称之为DXS6673E;13例精神发育迟滞女性的易位。他们确定了一个跨越断点的YAC克隆,并使用该YAC从胎儿大脑文库中分离出cDNA。该cDNA编码一个预测的1358氨基酸多肽。通过Northern blot分析,他们表明DXS6673E在脊椎动物中高度保守,并且在大脑中表达最丰富。Van der Maarel等人(1996年)证明DXS6673E受到X灭活。

Scheer等人(2000年)克隆小鼠Zmym3,他们称之为Dxhxs6673e。这两个主要的Zmym3转录本包含24个常见外显子,它们的非编码第一外显子不同。两者都编码一个推导出的1370氨基酸蛋白,具有5个预测的锌指基序、5个SV40大T抗原型的核定位信号、一个二分核定位信号和3个酪氨酸磷酸化的假定位点。中央富含脯氨酸的区域包含2个假定的SH3-结合位点。RT-PCR显示两个主要转录物中的5质体Zmym3外显子存在广泛的选择性剪接,但在外显子5之后,只有外显子23发生选择性剪接。Northern blot分析检测到一个主要Zmym3转录物在所有发育阶段的小鼠胚胎和所有成年小鼠组织中的表达,在大脑和睾丸中表达最高。RT-PCR显示,一些Zmym3变异体仅在特定发育阶段或特定组织中表达。荧光标记的Zmym3亚型以细胞类型特异的方式在细胞质和细胞核中表达,但在细胞核中不表达。在脊椎动物和黑腹果蝇中检测到Zmym3的同源基因,但在秀丽线虫中未检测到,并且小鼠Zmym3在人类同源基因中的一些特征是保守的。

使用数据库分析鉴定密码相关蛋白,小岛和尤尔卡(2011)识别为ZMY3。推导的蛋白质具有一个中心MYM型锌指结构域,其次是富含脯氨酸的区域,以及一个C末端315-氨基酸DUF3504结构域。ZMYM3的DUF3504结构域与ZMYM2的结构域非常相似(602221)和ZMY4(613568). 脊椎动物中检测到ZMYM蛋白的同源序列,脊索动物和无脊椎动物中的同源序列更远。


基因结构

Van der Maarel等人(1996年)据报道,ZNF261基因包含26个外显子,包括2个假定的交替剪接的非编码第一外显子(1A和1B)。


映射

Van der Maarel等人(1996年)将ZNF261基因定位到染色体Xq13.1。

Scheer等人(2000年)将小鼠Zmym3基因映射到XC-D染色体的一个区域,该区域与人类染色体Xq13具有同源性。


基因功能

Hakimi等人(2003年)确定了一个多蛋白辅抑制复合物家族,其功能是通过改变染色质结构来保持基因沉默。这些复合物的多肽组成包括2个亚基的共同核心,HDAC1(601241)/HDAC2型(605164)以及FAD结合蛋白BHC110(AOF2;609132). 这些复合物的其他亚单位包括ZNF261、GTF2I(601679)和与致癌染色体易位相关的多肽。


进化

小岛和尤尔卡(2011)确定果蝇Woc和哺乳动物ZMYM基因的祖先基因起源于9.1亿多年前所有双壳类动物的共同祖先,代表了已知的第三个最古老的转座子驯化事件,仅次于那些产生TERT的事件(187270)和PRP8(607300). ZMYM2、ZMYM3和ZMYM4基因是在脊椎动物早期进化的2轮全基因组复制中从单个基因复制而来的,在无齿类和颚类脊椎动物分裂之前。


细胞遗传学

Van der Maarel等人(1996年)报道了一名弱智女性,其ZNF261基因在5素UTR中被一个平衡的X破坏;13易位。他们指出,除了精神发育迟滞外,该患者唯一明显的临床特征是脊柱侧凸和斑点状腹部色素沉着不足。


分子遗传学

3名患有X连锁智力发育障碍的芬兰兄弟(XLID112;301111),Philips等人(2014)在ZMYM3基因(R441W;300061.0001)在高度保守的残基上。通过X染色体外显子组测序发现并经Sanger测序证实的突变存在于未受影响的母亲体内。未对变体进行功能研究,但Philips等人(2014)假设突变可能会干扰已知的结合DNA的锌指结构域。

来自25个无关家庭的27名XLID112患者(男性24名,女性3名),Hiatt等人(2023年)在ZMYM3基因中鉴定出22种不同的半合子或杂合子突变(参见,例如。,300061.0001-300061.0003). 所有突变都发生在高度保守的位置。这些突变是从17名男性杂合子未受影响的母亲遗传而来,4名男性是从头开始的;3只雄性没有确定遗传。26个个体的突变是错义的。所有变异都很罕见,在gnomAD数据库中没有观察到半合子男性或纯合子女性。在这3只雌性大鼠中,有2个突变是从头发生的,1个突变是从明显未受影响的母亲那里遗传来的。其中2只雌性进行了X灭活研究。其中一只雌性(个体20)出现了斜交X失活(97%),该雌性具有从头开始的R1294C突变(300061.0003). 在母系遗传突变(Leu226TrpfsTer8)的女性(个体18)中,受影响的女儿和未受影响的杂合子母亲的偏斜均异常(大于94%),这增加了该等位基因预测功能丧失为良性的可能性。


ALLELIC变体( 3精选示例)以下为:

.0001智力发育障碍,X-LINKED 112

3名芬兰同父异母兄弟(D222家族)患有轻度X染色体连锁智力发育障碍(XLID112;301111),Philips等人(2014)在ZMYM3基因的外显子7中鉴定了一个c.1321C-T转换(c.1321C-T,NM_201599.2),导致在一个高度保守的残基处发生arg441到trp(R441W)的取代。通过X染色体外显子组测序发现并经Sanger测序证实的突变存在于未受影响的母亲体内。根据dbSNP(build 138)、Exome Variant Server和内部Exome数据库对其进行筛选,在100名芬兰献血者或一名未受影响的兄弟中均未发现。未对变体进行功能研究,但Philips等人(2014)假设突变可能会干扰已知的结合DNA的锌指结构域。所有3名患者都有轻度智力发育障碍,2名患者有尿道下裂,2名有二叶主动脉瓣,2名患有ADHD,1名患有小头畸形(-3 SD)。

在一名患有XLID112的4岁男孩(个体22)中,Hiatt等人(2023年)确定ZMYM3基因R441W突变的半合子。患者有轻微的全面发育迟缓、三角脸、前额突出、睫毛长和轻度身材矮小。其他家庭成员未接受测试。


.0002智力发育障碍,X-LINKED 112

ZMYM3、ARG441GLN
   RCV003313747型

在3名X连锁智力发育障碍-112(XLID112;301111),Hiatt等人(2023年)确定了ZMYM3基因中c.1332G-a转换的半合子(c.1332G-a,NM_005096.3),导致arg441-to-gln(R441Q)替换。该变异体是从没有智力障碍的杂合子母亲那里遗传来的(一个有学习障碍史,一个有注意力缺陷-超能力障碍)。所有3名男孩都有言语延迟、运动延迟、与自闭症谱系障碍一致的特征、行为问题和畸形面部特征。所有3例患者均有泌尿生殖系统异常(一例为单个肾囊肿,一例为隐睾和遗尿,另一例为尿道下裂和生殖器模糊)。三人中有两人身材矮小。


.0003智力发育障碍,X-LINKED 112

一名患有X染色体连锁智力发育障碍-12(XLID112;301111),Hiatt等人(2023年)在ZMYM3基因中鉴定出一个从头杂合子c.3880C-T转换(c.3880C-T,NM_005096.3),导致arg1294-to-cys(R1294C)替换。该女孩发育迟缓,轻度小头畸形,面部特征畸形,包括滑膜、薄嘴唇和突出的耳朵、肾盂扩张、中肠扭转和胰腺囊肿。X灭活明显偏斜(97%)。Hiatt等人(2023年)在22周终止妊娠的男性胎儿(个体16)中也发现了这种半合子突变。


参考文献

  1. Hakimi,M.-A.,Dong,Y.,Lane,W.S.,Speicher,D.W.,Shiekhattar,R。一个候选的X连锁精神发育迟滞基因是一个新的组蛋白去乙酰化酶复合物家族的组成部分。生物学杂志。化学。278: 7234-7239, 2003.[公共医学:12493763,相关引文][全文]

  2. Hiatt,S.M.、Trajkova,S.、Sebastiano,M.R.、Partridge,E.C.、Abidi,F.E.、Anderson,A.、Ansar,M.、Antonarakis,S.E.、Azadi,A.、Bachmann-Gagescu,R.、Bartuli,A.、Benech,C.和其他72人。27名具有神经发育迟缓表型的个体中转录协同调节子ZMYM3中的有害蛋白质改变变体。Am.J.Hum.遗传学。110: 215-227, 2023.[公共医学:36586412,相关引文][全文]

  3. Kojima,K.K.,Jurka,J。密码转座子:新的多样化家族和古代驯化事件的鉴定。移动DNA 2011年2月12日。[公共医学:22011512,相关引文][全文]

  4. Philips,A.K.,Siren,A.,Avela,K.,Somer,M.,Peippo。芬兰智力残疾家庭的X外显子组测序——四种新突变和两种新的综合征表型。孤儿J.罕见疾病。9: 49, 2014.[公共医学:24721225,图像,相关引文][全文]

  5. Scheer,M.P.、van der Maarel,S.、Kubart,S.和Schulz,A.、Wirth,J.、Schweiger,S.,Ropers,H.-H.、Nothwang,H.G。DXS6673E编码一种主要的核蛋白,其小鼠同源基因DXHXS6673E以发育和组织特异的方式选择性剪接。基因组学63:123-1322000。[公共医学:10662551,相关引文][全文]

  6. van der Maarel,S.M.、Scholten,I.H.J.M.,Huber,I..、Philippe,C.、Suijkerbuijk,R.F.、Gilgenkrantz,S.、Kere,J.、Cremers,F.P.M.和Ropers,H.H。X连锁精神发育迟滞Xq13.1候选基因DXS6673E的克隆和特征分析。嗯,鼹鼠。遗传学。5: 887-897, 1996.[公共医学:8817323,相关引文][全文]


Sonja A.Rasmussen-更新时间:2023年11月7日
Patricia A.Hartz-更新时间:2017年8月3日
Patricia A.Hartz-更新时间:2016年5月11日
Cassandra L.Kniffin-更新时间:2014年4月30日
Stylianos E.Antonarakis-更新日期:1/3/2005
创建日期:
莫伊拉·史密斯:8/8/1996
卡罗尔:2023年11月7日
阿洛佩兹:2017年8月3日
mgross:2016年11月5日
mgross:2016年5月11日
卡罗尔:2014年5月1日
卡罗尔:2014年5月1日
迈克尔顿:2014年4月30日
ckniffin:2014年4月30日
卡罗尔:2010年9月2日
米格罗斯:2005年1月3日
阿洛佩兹:1999年12月10日
特里:1996年8月15日
标记:8/15/1996
标记:8/15/1996
马琳:1996年8月9日
标记:1996年8月8日
标记:8/8/1996

*300061

锌指,MYM-3型;ZMYM3型


备选标题;符号

锌指蛋白261;锌f261
DXS6673E型


HGNC批准的基因符号:ZMYM3

细胞遗传学位置:Xq13.1   基因组坐标(GRCh38):X:71239624-71255290 (来自NCBI)


基因表型关系

位置 表型 表型
MIM编号
继承 表型
映射键
Xq13.1号机组 智力发育障碍,X连锁112 301111 X连锁隐性

文本

描述

ZMYM3包含一个DUF3504结构域,与低等生物体中存在的密码DNA转座子的酪氨酸重组酶(YR)元件相关。DUF3504结构域源自Cryptons的YR元素,但缺少YR活性所必需的完整催化四分体。含有DUF3504结构域的蛋白质作为转录激活物或阻遏物发挥作用(Kojima和Jurka,2011)。


克隆和表达

Van der Maarel等人(1996年)报告了一个被平衡X破坏的基因DXS6673E的克隆和特征;13例精神发育迟滞女性的易位。他们确定了一个跨越断点的YAC克隆,并使用该YAC从胎儿大脑文库中分离出cDNA。该cDNA编码一个预测的1358氨基酸多肽。通过Northern blot分析,他们表明DXS6673E在脊椎动物中高度保守,并且在大脑中表达最丰富。Van der Maarel等人(1996)证明DXS6673E具有X失活作用。

Scheer等人(2000年)克隆了小鼠Zmym3,他们称之为Dxhxs6673e。这两个主要的Zmym3转录本包含24个常见外显子,它们的非编码第一外显子不同。两者都编码一个推导出的1370氨基酸蛋白,具有5个预测的锌指基序、5个SV40大T抗原型的核定位信号、一个二分核定位信号和3个酪氨酸磷酸化的假定位点。中央富含脯氨酸的区域包含2个假定的SH3-结合位点。RT-PCR显示两个主要转录物中的5质体Zmym3外显子存在广泛的选择性剪接,但在外显子5之后,只有外显子23发生选择性剪接。Northern blot分析检测到一个主要Zmym3转录物在所有发育阶段的小鼠胚胎和所有成年小鼠组织中的表达,在大脑和睾丸中表达最高。RT-PCR显示,一些Zmym3变异体仅在特定发育阶段或特定组织中表达。荧光标记的Zmym3亚型以细胞类型特异的方式在细胞质和细胞核中表达,但在细胞核中不表达。在脊椎动物和黑腹果蝇中检测到Zmym3的同源基因,但在秀丽线虫中未检测到,并且小鼠Zmym3在人类同源基因中的一些特征是保守的。

利用数据库分析鉴定密码相关蛋白,Kojima和Jurka(2011)鉴定了ZMYM3。推导的蛋白质具有一个中心MYM型锌指结构域,其次是富含脯氨酸的区域,以及一个C末端315-氨基酸DUF3504结构域。ZMYM3的DUF3504域与ZMYM2(602221)和ZMYM4(613568)的域非常相似。脊椎动物中检测到ZMYM蛋白的同源序列,脊索动物和无脊椎动物中的同源序列更远。


基因结构

Van der Maarel等人(1996年)报告称,ZNF261基因包含26个外显子,包括2个假定的选择性剪接非编码第一外显子(1A和1B)。


映射

Van der Maarel等人(1996年)将ZNF261基因映射到染色体Xq13.1。

Scheer等人(2000年)将小鼠Zmym3基因映射到染色体XC-D的一个区域,该区域与人类染色体Xq13具有同源性。


基因功能

Hakimi等人(2003年)确定了一个多蛋白协同抑制复合物家族,该家族通过修改染色质结构来保持基因沉默。这些复合物的多肽组成包括2个亚基的共同核心,即HDAC1(601241)/HDAC2(605164)和FAD结合蛋白BHC110(AOF2;609132)。这些复合物的其他亚单位包括ZNF261、GTF2I(601679)和与致癌染色体易位相关的多肽。


进化

Kojima和Jurka(2011)确定,果蝇Woc和哺乳动物ZMYM基因的祖先基因起源于9.1亿多年前所有双壳类动物的共同祖先,代表了已知的第三个最古老的转座子驯化事件,仅次于产生TERT(187270)和PRP8(607300)的事件。ZMYM2、ZMYM3和ZMYM4基因是在脊椎动物早期进化的两轮全基因组复制过程中从单个基因复制而来的,在宽颌脊椎动物和有颌脊椎动物分裂之前。


细胞遗传学

Van der Maarel等人(1996年)报道了一名弱智女性,其ZNF261基因在5素UTR中被平衡的X破坏;13易位。他们指出,除了精神发育迟滞外,该患者唯一明显的临床特征是脊柱侧凸和斑点状腹部色素沉着不足。


分子遗传学

在患有X连锁智力发育障碍的3个芬兰兄弟中(XLID112;301111),Philips等人(2014)在ZMYM3基因(R441W;300061.0001)的一个高度保守的残基上发现了一个错义突变。通过X染色体外显子组测序发现并经Sanger测序证实的突变存在于未受影响的母亲体内。未对该变体进行功能研究,但Philips等人(2014)假设该突变可能会干扰已知的结合DNA的锌指结构域。

在来自25个不相关家族的27名XLID112患者中(24名男性和3名女性),Hiatt等人(2023年)在ZMYM3基因中鉴定出22种不同的半合子或杂合子突变(例如,见300061.0001-300061.0003)。所有突变都发生在高度保守的位置。这些突变是从17名男性杂合子未受影响的母亲遗传而来,4名男性是从头开始的;3只雄性没有确定遗传。26个个体的突变是错义的。所有变异都很罕见,在gnomAD数据库中没有观察到半合子男性或纯合子女性。在这3只雌性大鼠中,有2个突变是从头发生的,1个突变是从明显未受影响的母亲那里遗传来的。其中2只雌性进行了X灭活研究。其中一只雌性(个体20)出现了斜交X失活(97%),该雌性具有新生R1294C突变(300061.0003)。在母系遗传突变(Leu226TrpfsTer8)的女性(个体18)中,受影响的女儿和未受影响的杂合子母亲的偏斜均异常(大于94%),这增加了该等位基因预测功能丧失为良性的可能性。


ALLELIC变体 3个选定示例):

.0001智力发育障碍,X连锁112

ZMYM3、ARG441TRP
单号:rs587777358,gnomAD:rs587777358,临床变量:RCV000115021、RCV003313037

在3名芬兰同父异母兄弟(D222家族)轻度X连锁智力发育障碍(XLID112;301111)中,Philips等人(2014)在ZMYM3基因第7外显子中发现了c.1321C-T转换(c.1321C-T,NM_201599.2),导致在高度保守的残基上发生arg441-trp(R441W)替换。通过X染色体外显子组测序发现并经Sanger测序证实的突变存在于未受影响的母亲体内。根据dbSNP(build 138)、Exome Variant Server和内部Exome数据库对其进行筛选,在100名芬兰献血者或一名未受影响的兄弟中均未发现。未对该变体进行功能研究,但Philips等人(2014)假设该突变可能会干扰已知的结合DNA的锌指结构域。所有3名患者都有轻度智力发育障碍,2名患者有尿道下裂,2名有二叶主动脉瓣,2名患有ADHD,1名患有小头畸形(-3 SD)。

在一名患有XLID112的4岁男孩(个体22)中,Hiatt等人(2023年)确定了ZMYM3基因R441W突变的半合子性。患者有轻微的全面发育迟缓、三角脸、前额突出、睫毛长和轻度身材矮小。其他家庭成员未接受测试。


.0002智力发育障碍,X-LINKED 112

ZMYM3、ARG441GLN
临床变量:RCV003313747

在3名患有X-连锁智力发育障碍-112(XLID112;301111)的无关男孩(个体6、7和8)中,Hiatt等人(2023年)确定了ZMYM3基因中c.1332G-a转变的半合子性(c.1332G-a,NM_005096.3),导致arg441-to-gln(R441Q)替代。该变异体是从没有智力障碍的杂合子母亲那里遗传来的(一个有学习障碍史,一个有注意力缺陷-超能力障碍)。所有3个男孩都有言语延迟、运动延迟、与自闭症谱系障碍一致的特征、行为问题和面部畸形。所有3例患者均有泌尿生殖系统异常(一例为单个肾囊肿,一例为隐睾和遗尿,另一例为尿道下裂和生殖器模糊)。三人中有两人身材矮小。


.0003智力发育障碍,X连锁112

ZMYM3、ARG1294CYS
单号:rs879255361,临床变量:RCV000238617,RCV003313062

在一名患有X连锁智力发育障碍-12(XLID112;301111)的5岁女孩(个体20)中,Hiatt等人(2023)在ZYM3基因中发现了一个新的杂合c.3880C-T转换(c.3880C-T,NM_005096.3),导致arg1294到cys(R1294C)的取代。该女孩发育迟缓,轻度小头畸形,面部特征畸形,包括滑膜、薄嘴唇和突出的耳朵、肾盂扩张、中肠扭转和胰腺囊肿。X灭活明显偏斜(97%)。Hiatt等人(2023年)也在妊娠22周终止妊娠的男性胎儿(个体16)中发现了半合子突变。


参考文献

  1. Hakimi,M.-A.,Dong,Y.,Lane,W.S.,Speicher,D.W.,Shiekhattar,R。一个候选的X连锁精神发育迟滞基因是一个新的组蛋白去乙酰化酶复合物家族的组成部分。生物学杂志。化学。278: 7234-7239, 2003.[公共医学:12493763][全文:https://doi.org/10.1074/jbc.M208992200]

  2. Hiatt,S.M.、Trajkova,S.、Sebastiano,M.R.、Partridge,E.C.、Abidi,F.E.、Anderson,A.、Ansar,M.、Antonarakis,S.E.、Azadi,A.、Bachmann-Gagescu,R.、Bartuli,A.、Benech,C.和其他72人。27名具有神经发育迟缓表型的个体中转录协同调节子ZMYM3中的有害蛋白质改变变体。Am.J.Hum.遗传学。110: 215-227, 2023.[公共医学:36586412][全文:https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2022.12.007]

  3. Kojima,K.K.,Jurka,J。密码转座子:新的多样化家族和古代驯化事件的鉴定。移动DNA 2011年2月12日。[公共医学:22011512][全文:https://doi.org/10.1186/1759-8753-2-12]

  4. Philips,A.K.,Siren,A.,Avela,K.,Somer,M.,Peippo。芬兰智力残疾家庭的X外显子组测序——四种新突变和两种新的综合征表型。孤儿J.罕见疾病。9: 49, 2014.[公共医学:24721225][全文:https://doi.org/10.1186/1750-1172-9-49]

  5. Scheer,M.P.、van der Maarel,S.、Kubart,S.和Schulz,A.、Wirth,J.、Schweiger,S.,Ropers,H.-H.、Nothwang,H.G。DXS6673E编码一种主要的核蛋白,其小鼠同源基因DXHXS6673E以发育和组织特异的方式选择性剪接。基因组学63:123-1322000。[公共医学:10662551][全文:https://doi.org/10.1006/geno.1999.6027]

  6. van der Maarel,S.M.、Scholten,I.H.J.M.,Huber,I..、Philippe,C.、Suijkerbuijk,R.F.、Gilgenkrantz,S.、Kere,J.、Cremers,F.P.M.和Ropers,H.H。X连锁精神发育迟滞Xq13.1候选基因DXS6673E的克隆和特征分析。嗯,鼹鼠。遗传学。5: 887-897, 1996.[公共医学:8817323][全文:https://doi.org/10.1093/hmg/5.7.887]


贡献者:
Sonja A.Rasmussen-更新时间:2023年11月7日
Patricia A.Hartz-更新时间:2017年8月3日
Patricia A.Hartz-更新时间:2016年5月11日
Cassandra L.Kniffin-更新时间:2014年4月30日
Stylianos E.Antonarakis-更新时间:2005年1月3日

创建日期:
莫伊拉·史密斯:8/8/1996

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卡罗尔:2023年11月7日
阿洛佩兹:2017年8月3日
mgross:2016年11月5日
mgross:2016年5月11日
卡罗尔:2014年5月1日
卡罗尔:2014年5月1日
迈克尔顿:2014年4月30日
ckniffin:2014年4月30日
卡罗尔:2010年9月2日
米格罗斯:2005年1月3日
阿洛佩兹:1999年12月10日
毛圈布:1996年8月15日
标记:8/15/1996
标记:8/15/1996
马琳:1996年8月9日
标记:8/8/1996
标记:8/8/1996