条目-*142810-组氨酸-tRNA合成酶1;HARS1(HARS1)-OMIM公司
*142810

组氨酸-tRNA合成酶1;HARS1(HARS1)


备选标题;符号

HARS公司
高分辨率分光计
HISRS公司


HGNC批准的基因符号:HARS1(HARS1)

细胞遗传学位置:第5季度31.3   基因组坐标(GRCh38):5:140,673,905-140,691,370 (来自NCBI)


基因-表型关系
位置 表型 表型
MIM编号
继承 表型
映射键
第5季度31.3 夏科特-马利-牙病,轴突,2W型 616625 AD公司
3B型Usher综合征 614504 应收账


文本

描述

HARS催化组氨酸与其同源tRNA的共价连接,作为蛋白质生物合成的早期步骤(O'Hanlon和Miller,2002年).


克隆和表达

O'Hanlon等人(1995年)注意到HARS和HARS2(600783)他们称之为HO3,以头对头配置为导向,共享双向启动子。他们报告称,推导出的509氨基酸HARS蛋白与HARS2具有72%的氨基酸同源性。这两种蛋白质都包含3个在II类氨酰-tRNA合成酶中保守的基序和2个组氨酸-tRNA合合酶的特征区域。然而,HARS和HARS2具有不同的N末端结构域,由每个基因的前2个外显子编码。HARS的计算分子量为57.4kD。Northern blot分析检测到2.0kb HARS转录本在心脏、大脑、肝脏和肾脏中高度表达。

使用带有人类肾脏cDNA文库的5-prime RACE,O'Hanlon和Miller(2002)确定了几个仅在5素数UTR长度上存在差异的HARS转录本。O'Hanlon和Miller(2002)注意到河豚和人类HARS蛋白具有84%的氨基酸同源性,表明它们具有高度的保守性。

Lo等人(2014)报告发现了每个人氨酰tRNA合成酶的大量天然催化零。拼接事件保留非催化域,同时烧蚀催化域以创建具有不同功能的催化空区。每个合成酶都被转化为几个新的信号蛋白,其生物活性与催化母体的生物活性“正交”。重组氨酰tRNA合成酶变体在一系列基于细胞的检测中具有特定的生物活性:所有物种中约有46%影响转录调节,22%影响细胞分化,10%影响免疫调节,10%影响细胞保护,4%影响增殖、脂肪生成/胆固醇转运和炎症反应。Lo等人(2014)确定了细胞质氨酰tRNA合成酶的框内剪接变体。他们为HisRS鉴定了8个催化缺失剪接变体。


基因结构

O'Hanlon和Miller(2002)确定HARS基因包含13个外显子,跨度约17.4kb。HARS和HARS2基因共享一个缺乏TATA和CAAT盒的双向启动子。这两个基因都使用多个转录起始位点。HARS还使用与HARS2基因第一外显子重叠的第二个更远端的启动子。


映射

Carlock等人(1985年)使用中国仓鼠卵巢(CHO)细胞系,其中有3个基因突变,HARS,RPS14(130620)和CHR(118840)在种间细胞杂交实验中,将HARS基因分配给第5染色体。Wasmuth和Carlock(1986)利用中国仓鼠卵巢细胞杂种将HARS基因分配到5号染色体。

通过基因组序列分析,O'Hanlon和Miller(2002)将HARS和HARS2基因定位到染色体5q31.3。HARS和HARS2表现出一种面对面的定向,344 bp将它们的ORF分开。


分子遗传学

Usher综合征III型

宾夕法尼亚州Old Order Amish家族2例Usher综合征III型患者染色体5q定位(USH3B;614504),Puffenberger等人(2012年)确定HARS基因错义突变的纯合子(Y454S;142810.0001)这在dbSNP 129或1000基因组项目中没有发现。此外,一名来自加拿大安大略省一个不相关的痴呆症患者的Old Order Amish患者具有相同的表型,并且具有相同突变的纯合子。

夏科特乳牙病2W型

一名64岁男性患者,有15年下肢感觉障碍史,电生理研究符合轴索性Charcot-Marie-Tooth病2W型(CMT2W;616625),Vester等人(2013)在HARS基因(R137Q;142810.0002). 该患者是从363名周围神经病变患者中确定的。一株Hts1基因缺失的酵母菌株(HARS的同源基因)的产生表明,R137Q变异体不能补充Hts1缺失,表明它是一个功能丧失的等位基因。线虫GABA运动神经中R137Q变异体的特异性表达导致连合轴突的大体形态缺陷,无法到达背神经索,轴突串珠、脱枝和神经索断裂。携带变异基因的动物也表现出运动缺陷。

在4个CMT2W无关家庭的受影响成员中,Safka Brozkova等人(2015)在HARS基因中鉴定出4种不同的杂合错义突变(142810.0003-142810.0006). 结合连锁分析和全基因组测序发现的突变与家族中的疾病分离。在酵母补体分析中,所有突变都会导致功能丧失,其中一个突变在秀丽隐杆线虫模型中主要具有神经毒性。


等位基因变体( 6精选示例):

.0001 USHER综合征,IIIB型

宾夕法尼亚州Old Order Amish家族2例ⅢB型Usher综合征(USH3B;614504),Puffenberger等人(2012年)确定HARS基因中1361A-C颠倒的纯合子,导致催化结构域和反密码子结合结构域之间的界面出现tyr454-to-ser(Y454S)替换。一名来自加拿大安大略省一个不相关的Old Order Amish deme的具有相同表型的患者也是Y454S突变的纯合子。在dbSNP(构建129)或1000基因组项目数据库中未发现该变体;然而,406个Old Order Amish等位基因中有7个检测到该基因,人群特异性等位基因频率为1.72%。(普芬伯格(2012)指出正确的人群特异性等位基因频率数据出现在表4中;文本中的相应数据不正确。)


.0002查尔科特·玛丽·托斯病,AXONAL,2W型

一名64岁男性,有15年下肢感觉受损史,电生理学研究与2W型轴索性Charcot-Marie Tooth病一致(CMT2W;616625),Vester等人(2013)确定了一个杂合子410G-a转换(191391414卢比)在HARS基因中,在酶催化核心中高度保守的残基处导致arg137-to-gln(R137Q)替换。该患者是从363名周围神经病变患者中确定的。在13000多条控制染色体中的3条中也发现了R137Q变异。其中一名对照携带者在57岁时没有神经病变的迹象。Hts1基因缺失的酵母菌株(HARS的直向同源物)的产生表明,R137Q变体不能补充Hts1缺失,这表明它是一种功能缺失等位基因。线虫GABA运动神经中R137Q变异体的特异性表达导致连合轴突的大体形态缺陷,无法到达背神经索,轴突串珠、脱枝和神经索断裂。携带变异基因的动物也表现出运动缺陷。Vester等人(2013)得出结论,HARS R137Q变异体可能是导致周围神经病变发展的致病性等位基因,类似于其他ARS突变(参见,例如GARS,600287),但注意到因果关系尚不清楚。


.0003查尔科特·玛丽·托斯病,AXONAL,2W型

在患有2W型Charcot-Marie Tooth病(CMT2W;616625),Safka Brozkova等人(2015)鉴定出HARS基因中的杂合c.395C-T转换,导致thr132-to-ile(T132I)替代。该突变是通过连锁分析和候选基因测序发现的,与该家族中的疾病分离,在dbSNP、Exome Variant Server或1000 Genomes Project数据库中未发现。体外研究表明,该突变无法挽救缺乏Hts1同源基因的酵母的生长缺陷,这与功能完全丧失一致。


.0004查尔科特·玛丽·托斯病,AXONAL,2W型

HARS1,PRO134HIS公司
   RCV000201516型

患有常染色体显性遗传的2W型Charcot-Marie Tooth病(CMT2W;616625),Safka Brozkova等人(2015)鉴定出HARS基因中的杂合c.401C-a颠倒,导致pro134-to-his(P134H)替代。该突变是通过连锁分析和全基因组测序相结合发现的,并经Sanger测序证实,与该家族中的疾病分离,在dbSNP、exome Variant Server或1000 Genomes Project数据库中未发现。体外研究表明,该突变无法挽救缺乏Hts1同源基因的酵母的生长缺陷,这与功能完全丧失一致。


.0005查尔科特·玛丽·托斯病,AXONAL,2W型

常染色体显性遗传的2W型夏科特-马利牙病(CMT2W;616625),Safka Brozkova等人(2015)鉴定出HARS基因中的杂合c.525T-G颠倒,导致asp175-to-glu(D175E)替代。该突变通过全基因组测序发现,并经Sanger测序证实,与该家族中的疾病分离,在dbSNP、exome Variant Server或1000 Genomes Project数据库中未发现。体外研究表明,突变仅能部分修复缺失Hts1同源基因的酵母的生长缺陷,与部分功能丧失一致。


.0006查尔科特·玛丽·托斯病,AXONAL,2W型

常染色体显性遗传的2W型夏科特-马里奥-托特病多代家族(D家族)的受累成员(CMT2W;616625),Safka Brozkova等人(2015)鉴定出HARS基因中的杂合c.1090G-T颠倒,导致asp364-to-tyr(D364Y)替代。该突变是通过连锁分析和全基因组测序相结合发现的,并经Sanger测序证实,与该家族中的疾病分离,在dbSNP、exome Variant Server或1000 Genomes Project数据库中未发现。体外研究表明,该突变无法挽救缺乏Hts1同源基因的酵母的生长缺陷,这与功能完全丧失一致。秀丽线虫中D364Y突变的表达导致形态学上的神经毒性,包括背侧和腹侧神经间隙、轴突起泡和严重异常的轴突突。发生突变的动物也表现出运动能力的逐渐受损。


另请参阅:

参考文献

  1. Carlock,L.R.、Skaretky,D.、Dana,S.L.、Wasmuth,J.J。使用染色体特异性DNA探针对人类5号染色体进行缺失定位。Am.J.Hum.Genet。37: 839-852, 1985.[公共医学:2996334相关引文]

  2. Lo,W.-S.,Gardiner,E.,Xu,Z.,Lau,C.-F.,Wang,F.,Zhou,J.J.,Mendlein,J.D.,Nangle,L.A.,Chiang,K.P.,Yang,X.-L.,Au,K.-F.,Wong,W.H.,Guo,M.,Zhang,M.和Schimmel,P。人类tRNA合成酶催化空区具有多种功能。科学345:328-332014。[公共医学:25035493图像相关引文][全文]

  3. O'Hanlon,T.P.、Miller,F.W。人类双向组氨酸-tRNA合成酶位点(HARS/HARSL)的基因组组织、转录图谱和进化意义。生物化学。生物物理学。Res.Commun公司。294: 609-614, 2002.[公共医学:12056811相关引文][全文]

  4. O'Hanlon,T.P.,Raben,N.,Miller,F.W。一种新的基因以人组氨酸-tRNA合成酶(HRS)基因的头对头结构为导向,编码mRNA,预测与HRS同源的多肽。生物化学。生物物理学。Res.Commun公司。210: 556-566, 1995.[公共医学:7755634相关引文][全文]

  5. Puffenberger,E.G.,Jinks,R.N.,Sougnez,C.,Cibulskis,K.,Willert,R.A.,Achilly,N.P.,Cassidy,R.P.,佛罗伦萨,C.J.,Heiken,K.F.,Lawrence,J.J.,Mahoney,M.H.,Miller,C.J.和其他13人。基因作图和外显子组测序确定与五种新疾病相关的变异。《公共科学图书馆·综合》7:e289362012。注:电子文章。[公共医学:22279524图像相关引文][全文]

  6. 普芬伯格,E.G。个人沟通。宾夕法尼亚州斯特拉斯堡,2012年2月28日。

  7. Safka Brozkova,D.,Deconinck,T.,Griffin,L.B.,Ferbert,A.,Haberlova,J.,Mazanec,R.,Lassuthova,P.,Roth,C.,Pilunthanakul,T.、Rautenstraus,B.,Janecke,A.R.,Zavadakova P.和其他9人。HARS功能缺失突变可导致遗传性周围神经病。大脑138:2161-21722015。[公共医学:26072516相关引文][全文]

  8. Tsui,F.W.L.、Andrulis,I.L.、Murialdo,H.、Siminovitch,L。在组氨酸耐药性中国仓鼠卵巢细胞中扩增组氨酸-tRNA合成酶基因。摩尔。单元格。生物学5:2381-23881985。[公共医学:2874482相关引文][全文]

  9. Vester,A.、Velez-Ruiz,G.、McLaughlin,H.M.、NISC比较测序程序、Lupski,J.R.、Talbot,K.、Vance,J.M.、Zuchner,S.、Roda,R.H.、Fischbeck,K.H.、Biesecker,L.G.、Nicholson,G.,Beg,A.、Antonellis,A。人类组氨酸-tRNA合成酶(HARS)基因中的一种功能丧失变体在体内具有神经毒性。嗯,变种人。34: 191-199, 2013.[公共医学:22930593图像相关引文][全文]

  10. Wasmuth,J.J.,Carlock,L.R。组织基-tRNA合成酶人类基因的染色体定位:编码氨酰基-tRNA合成酶的基因在人类第5号染色体上的聚类。索马特。细胞分子。遗传学。12: 513-517, 1986.[公共医学:3464104相关引文][全文]


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*142810

组氨酸-tRNA合成酶1;HARS1(HARS1)


备选标题;符号

HARS公司
高分辨率分光计
HISRS公司


HGNC批准的基因符号:HARS1

SNOMEDCT公司:1172634009;  


细胞遗传学位置:5q31.3   基因组坐标(GRCh38):5:140673905-140691370 (来自NCBI)


基因-表型关系

位置 表型 表型
MIM编号
继承 表型
映射键
第5季度31.3 夏科特-马利-牙病,轴突,2W型 616625 常染色体显性
3B型Usher综合征 614504 常染色体隐性

文本

描述

HARS催化组氨酸与其同源tRNA的共价连接,作为蛋白质生物合成的早期步骤(O'Hanlon和Miller,2002)。


克隆和表达

O'Hanlon等人(1995年)指出,HARS和HARS2(600783),他们称之为HO3,以头对头配置定向,共享双向启动子。他们报告称,推导出的509氨基酸HARS蛋白与HARS2具有72%的氨基酸同源性。这两种蛋白质都包含3个在II类氨酰-tRNA合成酶中保守的基序和2个组氨酸-tRNA合合酶的特征区域。然而,HARS和HARS2具有不同的N末端结构域,由每个基因的前2个外显子编码。HARS的计算分子质量为57.4 kD。Northern blot分析检测到2.0kb HARS转录本在心脏、大脑、肝脏和肾脏中高度表达。

O'Hanlon和Miller(2002)使用带有人类肾脏cDNA文库的5素数RACE,鉴定了几个仅在5素数UTR长度上不同的HARS转录本。O'Hanlon和Miller(2002年)指出,河豚和人类HARS蛋白质具有84%的氨基酸同源性,表明它们具有高度的保守性。

Lo等人(2014年)报告称,发现了每个人类氨酰tRNA合成酶的大量天然催化零。拼接事件保留非催化域,同时烧蚀催化域以创建具有不同功能的催化空区。每一种合成酶都被转化为几种新的信号蛋白,其生物活性与催化亲本的生物活性“正交”。重组氨酰tRNA合成酶变体在一系列基于细胞的检测中具有特定的生物活性:所有物种中约46%影响转录调节,22%影响细胞分化,10%影响免疫调节,10%影响细胞保护,4%影响增殖、脂肪生成/胆固醇转运,和炎症反应。Lo等人(2014年)确定了细胞质氨酰tRNA合成酶的框内剪接变体。他们为HisRS鉴定了8个催化缺失剪接变体。


基因结构

O'Hanlon和Miller(2002)确定HARS基因包含13个外显子,跨度约17.4kb。HARS和HARS2基因共享一个缺乏TATA和CAAT盒的双向启动子。这两个基因都使用多个转录起始位点。HARS还使用与HARS2基因第一外显子重叠的第二个更远端的启动子。


映射

Carlock等人(1985年)在种间细胞杂交实验中使用了一个中国仓鼠卵巢(CHO)细胞系,该细胞系具有3个基因的突变,即HARS、RPS14(130620)和CHR(118840),将HARS基因分配给第5号染色体。Wasmuth和Carlock(1986)利用中国仓鼠卵巢细胞杂种将HARS基因分配到第5染色体。

通过基因组序列分析,O'Hanlon和Miller(2002)将HARS和HARS2基因定位到染色体5q31.3。HARS和HARS2表现出一种面对面的定向,344 bp将它们的ORF分开。


分子遗传学

Usher综合征III型

在宾夕法尼亚州Old Order Amish家族2名患有Usher综合征III型染色体5q定位的患者(USH3B;614504)中,Puffenberger等人(2012)确定了在dbSNP 129或1000基因组项目中未发现的HARS基因错义突变的纯合子(Y454S;142810.0001)。此外,一名来自加拿大安大略省一个不相关的地方的旧秩序阿米什人患者具有相同的表型,并且是同一突变的纯合子。

夏科特乳牙病2W型

Vester等人(2013年)在一名64岁男性中发现HARS基因的杂合错义突变(R137Q;142810.0002),该男性有15年的下肢感觉受损史,电生理研究符合轴索性Charcot-Marie-Tooth疾病2W型(CMT2W;616625)。该患者是从363名周围神经病变患者中确定的。一株Hts1基因缺失的酵母菌株(HARS的同源基因)的产生表明,R137Q变异体不能补充Hts1缺失,表明它是一个功能丧失的等位基因。R137Q变异体在秀丽隐杆线虫GABA运动神经中的特异性表达导致连合轴突的严重形态学缺陷,包括无法到达背侧神经索、轴突串珠、脱臼和神经索断裂。携带变异基因的动物也表现出运动缺陷。

Safka Brozkova等人(2015)在4个CMT2W无关家族的受影响成员中,在HARS基因(142810.0003-142810.0006)中发现了4种不同的杂合错义突变。结合连锁分析和全基因组测序发现的突变与家族中的疾病分离。在酵母补体分析中,所有突变都会导致功能丧失,其中一个突变在秀丽隐杆线虫模型中主要具有神经毒性。


ALLELIC变体 6个精选示例):

.0001 USHER综合征,IIIB型

HARS1,TYR454SER
单号:rs387906639,gnomAD:rs387906639,临床变量:RCV000022619、RCV000608744、RCV00623702

在宾夕法尼亚州Old Order Amish家族的2名患有Usher综合征IIIB型(USH3B;614504)的患者中,Puffenberger等人(2012年)发现HARS基因中1361A-C颠倒的纯合子,导致催化结构域和反密码子结合结构域之间的界面出现tyr454-to-ser(Y454S)替代。一名来自加拿大安大略省一个不相关的Old Order Amish deme的具有相同表型的患者也是Y454S突变的纯合子。在dbSNP(构建129)或1000基因组项目数据库中未发现该变体;然而,406个Old Order Amish等位基因中有7个检测到该基因,人群特异性等位基因频率为1.72%。(Puffenberger(2012)指出,正确的人群特异性等位基因频率数据见表4;文本中的相应数据不正确。)


.0002查尔科特·玛丽·托斯病,AXONAL,2W型

HARS1,ARG137GLN({dbSNP rs191391414})
单号:rs191391414,gnomAD:rs191391414,临床变量:RCV000033152、RCV000514458、RCV00650143、RCV002247415

Vester等人(2013)在一名64岁男性患者中发现HARS基因中存在杂合410G-a转换(rs191391414),该患者有15年的下肢感觉受损史,电生理研究符合轴索性Charcot-Marie-Tooth疾病2W型(CMT2W;616625),导致arg137转gln(R137Q)酶催化核心中高度保守的残基的取代。该患者是从363名周围神经病变患者中确定的。在13000多条控制染色体中的3条中也发现了R137Q变异。其中一名对照携带者在57岁时没有神经病变的迹象。一株Hts1基因缺失的酵母菌株(HARS的同源基因)的产生表明,R137Q变异体不能补充Hts1缺失,表明它是一个功能丧失的等位基因。线虫GABA运动神经中R137Q变异体的特异性表达导致连合轴突的大体形态缺陷,无法到达背神经索,轴突串珠、脱枝和神经索断裂。携带变异基因的动物也表现出运动缺陷。Vester等人(2013年)得出结论,HARS R137Q变异体可能是一种致病性等位基因,与其他ARS突变类似,易导致周围神经病变的发生(参见,例如GARS,600287),但注意到因果关系尚不清楚。


.0003查尔科特·玛丽·托斯病,AXONAL,2W型

HARS1,thr132英里
SNP:rs143473232,gnomAD:rs143473232,临床变量:RCV000201522、RCV001092021

Safka Brozkova等人(2015年)在一个多代大家族(家族a)中发现HARS基因中存在杂合c.395C-T过渡,导致thr132-to-ile(T132I)替代。该突变是通过连锁分析和候选基因测序发现的,与家族中的疾病分离,在dbSNP、Exome Variant Server或1000 Genomes Project数据库中没有发现。体外研究表明,该突变无法挽救缺乏Hts1同源基因的酵母的生长缺陷,这与功能完全丧失一致。


.0004查尔科特·玛丽·托斯病,AXONAL,2W型

HARS1,PRO134HIS公司
单号:rs863225122,临床变量:RCV000201516

Safka Brozkova等人(2015年)在一个患有常染色体显性遗传的2W型夏科特-马里奥-图思病(CMT2W;616625)家族(B家族)的受影响成员中,在HARS基因中发现了杂合c.401C-a颠倒,导致了前134对his(P134H)的替代。该突变是通过连锁分析和全基因组测序相结合发现的,并经Sanger测序证实,与该家族中的疾病分离,在dbSNP、exome Variant Server或1000 Genomes Project数据库中未发现。体外研究表明,该突变无法挽救缺乏Hts1同源基因的酵母的生长缺陷,这与功能完全丧失一致。


.0005查尔科特·玛丽·托斯病,AXONAL,2W型

HARS1、ASP175GLU
单号:rs863225123,临床变量:RCV000201520

Safka Brozkova等人(2015年)在常染色体显性遗传的2W型夏科特-马里奥-图思病(CMT2W;616625)3代家族(C家族)的受影响成员中,发现HARS基因中存在杂合子C.525T-G颠倒,导致asp175-to-glu(D175E)替代。该突变通过全基因组测序发现,并经Sanger测序证实,与该家族中的疾病分离,在dbSNP、exome Variant Server或1000 Genomes Project数据库中未发现。体外研究表明,突变仅能部分修复缺失Hts1同源基因的酵母的生长缺陷,与部分功能丧失一致。


.0006查尔科特·玛丽·托斯病,AXONAL,2W型

哈尔1,ASP364TYR
单号:rs863225124,临床变量:RCV000201523

Safka Brozkova等人(2015年)在常染色体显性遗传的2W型夏科特-米牙病多代家族(D家族)的受影响成员中,在HARS基因中发现了杂合c.1090G-T颠倒,导致asp364-to-tyr(D364Y)替代。该突变是通过连锁分析和全基因组测序相结合发现的,并经Sanger测序证实,与该家族中的疾病分离,在dbSNP、exome Variant Server或1000 Genomes Project数据库中未发现。体外研究表明,该突变无法挽救缺乏Hts1同源基因的酵母的生长缺陷,这与功能完全丧失一致。秀丽线虫中D364Y突变的表达导致形态学上的神经毒性,包括背侧和腹侧神经间隙、轴突起泡和严重异常的轴突突。发生突变的动物也表现出运动能力的逐渐受损。


另请参阅:

Tsui等人(1985)

参考文献

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