广泛、高度固化的数据

BioCyc将基因组数据与包括代谢重建、调控网络、蛋白质特征、直系图、基因重要性和原子映射在内的一整套附加数据集成在一起。

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基因组浏览器的一部分

基因组浏览器图像

大量生物信息学工具

基因组、代谢网络和调控网络的浏览器。转录组学和代谢组学数据分析、比较分析和代谢途径搜索。序列搜索和对齐。

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BioCyc工具拼贴

 

探索数千种生物体的代谢图

Cellular Overview（细胞概览）允许您浏览针对每个BioCyc生物体定制的可缩放代谢图。

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蜂窝网络概述

Pathway Tools生成的Cellular Overview图像。

结核分枝杆菌在iPhone和iPad上

你有没有想过快速了解一下刚刚在演讲或海报上提到的关于基因、蛋白质或通路的已知信息？下载免费的BioCyc iPhone应用程序，随时随地浏览BioCcy！试试iPad版本。

在此处下载

适用于iPhone/iPad的BioCyc iOS应用程序

适用于iPhone/iPad的BioCyc iOS应用程序

RouteSearch：通过代谢网络搜索路径

搜索成本最低的路径通过选定的新陈代谢网络有机体。

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路线搜索图

 

序列基因组的代谢重建

安装SRI的路径工具预测新陈代谢的软件（免费提供给学者）测序基因组的途径，生成代谢产物模型。

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本地安装的Omics查看器图像

 

基因表达数据分析

该网站提供了多种工具来分析基因表达数据。

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WebOmics图像

Pathway Tools生成的Cellular Overview Omics Viewer图像。

比较基因组分析

该网站提供了多种比较分析工具。

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多基因组浏览器

Pathway Tools生成的多生物体基因组浏览器图像。

按生物体属性搜索数据库

BioCyc包含以下数据生物体的表型特性，例如人体微生物组体部位、有氧活动和温度范围。

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图片来自Pixabay的Arek Socha

BioCyc数据库集合

像EcoCyc这样的一级数据库是管理最严密的。BioCyc数据库是从MetaCyc计算得出的。

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    请求向BioCyc添加新基因组
BioCyc中三层数据库的示意图

BioCyc数据库集合

Omics仪表板：Omics数据的新视图

将经济学数据可视化为一组按功能类别分层组织的图形。深入查看感兴趣的领域的更多详细信息。

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仪表板图像

Pathway Tools生成的Cellular Dashboard图像。

结核分枝杆菌路径/基因组数据库

本网站包含50个结核分枝杆菌基因组（显示列表）以及相关的代谢途径。这个网站是更大的生物周期收集了数千个Pathway/基因组数据库用于测序基因组。单击“更改当前数据库”按钮（上方）以浏览可用的数据库。

该网站包括广泛的检索、可视化和分析工具，包括基因组浏览器和a代谢图有用于分析基因表达、代谢组学和ChIP-ChIP数据的工具。您可以搜索和对齐序列霍乱弧菌和其他微生物基因组进行比较分析。您可以将基因组和通路存储到SmartTable中，然后浏览、分析并与其他用户共享。

人们在说什么

查看更多BioCyc证明

“BsubCyc是一种极具价值的工具。”

宾夕法尼亚州

保罗·巴比茨克
生物化学教授
&分子生物学

“我的实验室每天都会使用这些资源。”

威斯康星大学

Patricia Kiley，
教授兼主席，
生物分子化学系

“我们几乎每天都依赖BioCyc的基因页面和概览图。”

明尼苏达大学

阿尔卡迪·霍杜斯基
生物化学助理教授

“我们广泛使用BioCyc和MetaCyc来研究我们研究的生物体的代谢和调节过程。”

太平洋西北国家实验室

William Cannon，团队负责人
计算生物学

“BioCyc是银杏科学家的知识和工具的go-to资源。”

银杏生物制品

“BioCyc是代谢组学中通路分析的巨大资源。”

佐治亚大学

遗传系艺术爱迪生

“我们广泛使用BioCyc全代谢网络图进行组学数据分析。”

五大湖生物能源

Timothy J.Donohue，董事

“我还没有找到另一个比BioCyc界面更好的数据库。”

密歇根大学

Gary B.Huffnagle，教授
微生物学和免疫学

学习图书馆

教程系列

教程#1：BioCyc简介
这六个顺序片段，为您提供BioCyc系列的简明导游咬。要下载或查看，只需单击其中一个链接在每个段的名称后面。
教程#2：SmartTables简介
以下教程将指导您完成SmartTables，它使您能够创建、上传、共享和分析一组基因、代谢物、通路和序列位点。本教程分为几个部分，从基本操作到更高级的使用，例如作为基因表达分析和代谢组学。要下载或查看，请单击以下链接之一。
教程#3：动物代谢图、比较工具、监管网络
本教程向用户介绍BioCyc.org网站上提供的许多高级工具，用于导航细胞网络、分析大规模数据集和比较生物体。
教程#4：Omics数据分析
本教程将向您展示如何使用BioCyc的工具进行组学数据分析，包括细胞组学查看器、组学仪表板和其他工具。
教程#5：Pathway拼贴
Pathway拼贴是可以自定义的多路径图例如，通过叠加经济数据，改变相对路径的位置，以及修改路径之间的连接。了解如何生成、自定义和导出显示用户特定路径集合的高质量路径排列图。
教程#6：创建路径/基因组数据库
教程#7：使用结构化高级查询页面
结构化高级查询页面介绍，它允许中一个或多个数据库的复杂查询和查询BioCyc收集。您将了解：设置高级查询的基本步骤；四个日益复杂的查询示例，包括如何跨多个数据库进行查询；哪里可以了解更多有关BioCyc数据库结构的信息。