RTCGA工具箱

欢迎使用RTCGAT工具箱。

管理癌症基因组图谱（TCGA）等大型项目的数据以进行进一步分析，对于研究项目来说是一个重要且耗时的步骤。Firehose项目等多项努力使TCGA预处理数据通过web服务和数据门户公开可用，但它需要管理、下载和准备以下步骤的数据。我们为Firehose预处理的数据开发了一个开源和可扩展的基于R的数据客户端，并通过示例案例研究演示了它的使用。结果表明，RTCGAT工具箱可以改进对TCGA数据感兴趣的研究人员的数据管理。此外，它还可以与其他分析管道集成以进行进一步的数据分析。

已发布新版本（1.9.4）。请参阅下面的“更新和发行说明”。

已发布新版本（1.9.2）。RTCGA工具箱已被Bioconductor接受。您现在还可以从以下位置访问它：http://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/html/RTCGAToolbox.html

重要提示：由于数据门户更新，旧版本可能无法再获取数据！请尽快将您的软件包更新到最新版本！（2015年4月10日）

更新和发行说明

如何安装

要安装RTCGAToolbox，可以使用“devtools”中的“install_github”函数(http://cran.r-project.org/web/packages/devtools/index.html)或者您可以自行下载、构建和安装。

使用devtools：

>library（“devtools”）#您应该在加载devtool包之前安装它。>install_github（“mksamur/RTCGAToolbox”）#此功能将下载、构建和安装RTCGAToolbox。

曼努埃尔：

首先，您需要使用上面的链接下载归档文件（zip或tar.gz）。下载后，将存档文件解压缩到文件夹中。请注意，您应该拥有所有相关的软件包。如果缺少依赖包，则会收到一个错误，告诉您应该安装哪些包。X.Y.Z是RTCGAT工具箱的当前版本。

$cd/path/to/folder/$R CMD构建RTCGA工具箱/$R CMD安装RTCGA工具箱_X.Y.Z.tar.gz

如何使用

用户指南可以通过链接访问。

或者您可以在R中使用以下调用：

vignette（package=“RTCGAToolbox”，topic=“RTCPAToolbovox-ignette”）浏览渐晕图（“RTCGA工具箱”）

已知问题

1.由于长路径名，当前Windows操作系统无法从存档中提取数据。您仍然可以构建和安装包，但不能使用getFirehoseData函数。

2.在某些情况下，Mac OS Mavericks可能会更改您的tar路径。

$哪个焦油/usr/bin/tar

如果调用getFirehoseData函数时出错

sh:/usr/bin/gnutar：没有这样的文件或目录系统错误（cmd，intern=TRUE）：运行命令时出错

您可以使用“Sys.setenv（tar='/usr/bin/tar'）”更改R配置并更新R的tar路径

3.由于数据量大，当前版本的RTCGAT工具箱不支持外显子和亚型水平的数据。我们计划在未来的更新中添加对这些数据类型的支持。

支持或联系

RTCGAT工具箱有问题吗？查看小插曲或联系人rtcgatoolbox@gmail.com我们会帮你解决的。

如果您对RTCGAT工具箱有任何疑问或问题，请访问我们的常见问题解答页面或您可以使用我们的问答论坛.