Журнал «Математическая физика, анализ, геометрия» було організовано на базі математичних збірок «Теория функций, функциональный анализ и их приложения» та «Украинский геометрический сборник», які виходили в Харкові в 1965–1992 роках, та збірок математичних праць співробітників математичних відділів Фізико-технічного інституту низьких температур ім. Б.І. Вєркіна НАН України, які під різними назвами виходили в Харкові в 1969–1992 роках. Журнал «Математическая физика, анализ, геометрия» видавався з 1994 року до червня 2005 року. З липня 2005 року журнал видається під назвою «Журнал математичної фізики, аналізу, геометрії». Головним редактором журналу в 1994–1999 роках був Володимир Олександрович Марченко, в 2000–2005 роках – Йосип Володимирович Островський.