数据处理和细化
数据以两种方式处理:使用单个晶格,完全忽略第二个晶格,以及使用两个双晶格。EVAL公司软件(Schreurs等。, 2010)用于两者,然后是SADABS公司/TWINABS公司(克劳斯等。, 2015; 塞夫瓦纳等。, 2019)用于缩放。辐射分裂K(K)α1和K(K)α2比例为2:1时EVAL公司任一晶格的模型轮廓。两种方法的统计数据如表1所示。单晶数据处理中的几个指标表明,该晶体不是单晶。当涉及到空间群的确定时,第一个真正的警报信号出现了:空间组是对21/一但是象称为系统消光对于一-明显违反了下滑面(反射条件小时0我;小时=2n个). 结构精炼具有SHELXL公司(谢尔德里克,2015年)以高残差收敛R(右)1[我> 2σ(我)]=0.0787和加权平均值2(全部ref.)=0.2545,建议的权重方案相当不寻常。这两个孪晶晶格是通过围绕c(c),产生孪生矩阵(−1 0−1/0−1 0/0 0 1)(见下文)。在只有单晶结构因素的情况下,仍然可以使用孪晶矩阵的知识SHELXL公司 精炼假设晶格完全重叠,倾角为0°。实际上,并非所有反射都重叠,因此精炼结果仅略有改善{R(右)1[我> 2σ(我)]=0.0678和水风险2(所有参考)=0.2390}。作为最后的手段,可以使用TWINROTMAT公司在里面铂(斯佩克,2020年). 这将为生成HKLF5类型的文件精炼在里面SHELXL公司其中每个反射要么重叠要么单个(935个反射重叠)。结构精炼改进为R(右)1[我> 2σ(我)]=0.0465和水风险2(所有参考)=0.1332。正如我们将在下面看到的,这是一种解决孪生问题与处理数据,清楚未经加工的用两个晶格重新处理需要衍射数据。
原始数据 | | | | 内政部 | https://doi.org/10.5281/zenodo.7193538 | | | 数据存档 | 泽诺多 | | | 数据格式 | CBF公司 | | | | | | | 数据收集 | | | | 衍射仪 | Bruker Kappa APEXII公司 | | | 温度(K) | 150 | | | 探测器类型 | APEXII CCD公司 | | | 辐射类型 | 钼K(K)α | | | 波长(Å) | 0.71073 | | | 梁中心(mm) | −30.401、−30.637 | | | 探测器轴 | −Z轴 | | | 探测器距离(mm) | 41 | | | 摆动角度(°) | −21.52 | | | 像素大小(µm) | 0.12 × 0.12 | | | 像素数 | 512×512 | | | 扫描次数 | 7 | | | 每帧曝光时间(s) | 10 | | | 扫描轴 | 起始角度,每帧增量(°) | 扫描范围(°) | 框架数量 | 直径, −X(X)(ω= 164.659°,κ= 46.226°) | 74.659, −0.300 | −360 | 1200 | ω, −X(X)(κ= −73.760°,直径= 10.746°) | −169.393, −0.300 | −118.2 | 394 | ω, −X(X)(κ= −73.760°,直径= −91.253°) | −169.393, −0.300 | −118.2 | 394 | ω, −X(X)(κ= 88.307°,直径= 160.033°) | −157.189, −0.300 | −82.2 | 274 | ω, −X(X)(κ= 88.307°,直径= 58.033°) | −157.189,−0.300 | −82.2 | 274 | ω, −X(X)(κ= −73.760°,直径= −40.253°) | −169.393, −0.300 | −118.2 | 394 | ω, −X(X)(κ=−73.760°,直径= 166.747°) | −169.393, −0.300 | −118.2 | 394 | | | | | 水晶数据 | | | | 化学配方 | C类6H(H)6N个2O(运行)2 | | | M(M)第页 | 138.13 | | | 晶体系统,空间组 | 单诊所,对21/一 | | | 一,b条,c(c)(Å) | 15.2066 (5), 10.0938 (4), 8.3580 (2) | | | β(°) | 106.693 (3) | | | V(V)(Å三) | 1228.82 (7) | | | Z轴 | 8 | | | μ(毫米−1) | 0.12 | | | 晶体尺寸(mm) | 0.37 × 0.30 × 0.16 | | | | | | | 数据处理 | | | | | 双胞胎 | 单个晶格 | | 吸收校正 | 多扫描 | 多扫描 | | | (TWINABS2012/1号机组; 塞夫瓦纳等。, 2019) | (SADABS公司; 克劳斯等。, 2015) | | T型最小值,T型最大值 | 0.683, 0.746 | 0.628, 0.746 | | 测量、独立和观察的数量[我> 2σ(我)]反射 | 26077、2864、2629、2145次重叠,842次单次反射,123次系统缺失 | 24760, 2816, 2547 | | R(右)整数 | 0.028 | 0.034 | | (罪θ/λ)最大值(Å−1) | 0.655 | 0.655 | | 精炼 | | | | 反射次数 | 2864 | 2816 | | 参数数量 | 198 | 197 | | 氢原子处理 | N-H自由精制;C-H用骑行模型进行了改进 | N-H自由精制;C-H用骑行模型进行了改进 | | R(右)[F类2> 2σ(F类2)],加权平均值(F类2),S公司 | 0.0314、0.0860、1.085 | 0.0787, 0.2545, 1.154 | | 双分数巴斯夫 | 0.2003 (10) | | | 加权方案 | 一= 0.0449,b条= 0.2210 | 一=0.0702,b条= 6.2812 | | Δρ最大值,Δρ最小值(eó)−3) | 0.23, −0.22 | 0.35, −0.36 | | 粘合精度C-C(Ω) | 0.0017 | 0.0062 | | | |
为了显示正确处理的优势,我们使用了两个矩阵。一个孪晶组分显然是最大的,我们用这个晶格处理数据,同时将第二个晶格作为干扰EVAL公司当重叠强度的协方差低于给定阈值时,将对反射进行反褶积。这导致2145次重叠、842次单次反射和123次象称为系统消光(表1). 协议因素SHELXL公司 精炼大大改善了R(右)1[我> 2σ(我)]=0.0314和水风险2(所有参考)=0.0860(表1)两个独立分子的位移椭球是完全合理的(图1).
| 图1 晶体中(I)的两个独立分子的分子结构。位移椭球是在50%的概率水平上绘制的。氢原子被画成任意半径的小球。这些分子大致由一个非晶体学双轴关联一*. |
这个晶体结构有对21/一两个独立分子的对称性,如图1所示分子通过氢键连接,在公元前平面(图2).
| 图2 单斜结构中的氢键层。 |
支持信息
数据采集:Apex3;细胞精细化:皮克里夫;数据缩减:Eval15,Twinabs;用于求解结构的程序:SHELXS97标准; 用于优化结构的程序:SHELXL2018型/3(谢尔德里克,2018年)。
水晶数据 顶部 C类6H(H)6N个2O(运行)2 | F类(000) = 576 |
M(M)第页=138.13 | D类x个=1.493毫克−三 |
单诊所,对21/一 | 钼K(K)α辐射,λ= 0.71073 Å |
一= 15.2066 (5) Å | 9064次反射的单元参数 |
b条= 10.0938 (4) Å | θ= 2.5–27.5° |
c(c)= 8.3580 (2) Å | µ=0.12毫米−1 |
β= 106.693 (3)° | T型=150 K |
V(V)= 1228.82 (7) Å三 | 块,橙色 |
Z轴= 8 | 0.37×0.30×0.16毫米 |
数据收集 顶部 Bruker Kappa APEXII区域探测器 衍射仪 | 2629次反射我> 2σ(我) |
辐射源:密封管 | R(右)整数= 0.028 |
φ和ω扫描 | θ最大值= 27.8°,θ最小值= 2.5° |
吸收校正:多扫描 (TWINABS2012/1;塞夫瓦纳,2019 | 小时=−19→19 |
T型最小值= 0.683,T型最大值= 0.746 | k个=−13→13 |
26077次测量反射 | 我=−10→10 |
2864个独立反射 | |
精炼 顶部 优化于F类2 | 主原子位置定位:结构-变量直接方法 |
最小二乘矩阵:完整 | 二次原子位置:差分傅里叶映射 |
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.031 | 氢位置:差分傅里叶图 |
水风险(F类2) = 0.086 | 用独立和约束精化的混合物处理H原子 |
S公司= 1.09 | w个= 1/[σ2(F类o(o)2)+(0.0449对)2+0.221美元对] 哪里对=(F类o(o)2+ 2F类c(c)2)/3 |
2864次反射 | (Δ/σ)最大值< 0.001 |
198个参数 | Δρ最大值=0.23埃−三 |
0个约束 | Δρ最小值=−0.22埃−三 |
特殊细节 顶部 几何图形使用全协方差矩阵估计所有esd(除了两个l.s.平面之间二面角的esd)。在估计距离、角度和扭转角的esd时,单独考虑单元esd;细胞参数中esd之间的相关性仅在由晶体对称性定义时使用。细胞esd的近似(各向同性)处理用于估计涉及l.s.平面的esd。 |
精炼精炼为双组分孪晶。 |
分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部 | x个 | 年 | z(z) | U型国际标准化组织*/U型等式 | |
O1公司 | −0.03312 (6) | 0.10319 (9) | −0.14230 (11) | 0.0285 (2) | |
氧气 | 0.08962 (6) | 0.01027 (9) | −0.17072 (12) | 0.0324 (2) | |
N1型 | −0.02204 (7) | 0.31912 (12) | 0.04086 (15) | 0.0285 (2) | |
上半年 | −0.0624 (13) | 0.2625 (19) | −0.023(2) | 0.049 (5)* | |
氢气 | −0.0380 (10) | 0.3830 (16) | 0.096 (2) | 0.027 (4)* | |
氮气 | 0.05199 (7) | 0.09765 (10) | −0.11006 (12) | 0.0218 (2) | |
C1类 | 0.06867 (8) | 0.29873 (11) | 0.06793 (13) | 0.0204 (2) | |
指挥与控制 | 0.10796 (7) | 0.19361 (11) | −0.00104(13) | 0.0193(2) | |
C3类 | 0.20382 (8) | 0.17923 (12) | 0.03417 (14) | 0.0228 (2) | |
H3级 | 0.228408 | 0.106997 | −0.011917 | 0.027* | |
补体第四成份 | 0.26139 (8) | 0.26863 (13) | 0.13415 (15) | 0.0267 (3) | |
H4型 | 0.326021 | 0.259080 | 0.158007 | 0.032* | |
C5级 | 0.22411 (8) | 0.37519 (12) | 0.20167 (15) | 0.0257 (2) | |
H5型 | 0.264081 | 0.438511 | 0.269680 | 0.031* | |
C6级 | 0.13135 (8) | 0.38906 (12) | 0.17098 (14) | 0.0237 (2) | |
H6型 | 0.108260 | 0.461106 | 0.219982 | 0.028* | |
臭氧 | −0.01284 (6) | 0.39005 (10) | 0.62855 (13) | 0.0325 (2) | |
O4号机组 | 0.10944 (7) | 0.49706 (9) | 0.76124 (12) | 0.0344 (2) | |
N3号机组 | −0.00207 (8) | 0.18216(12) | 0.44357(14) | 0.0294 (2) | |
H7型 | −0.0423 (12) | 0.2364 (18) | 0.473 (2) | 0.045 (5)* | |
H8型 | −0.0209 (10) | 0.1190 (16) | 0.367(2) | 0.026 (4)* | |
4号机组 | 0.07189 (7) | 0.40432 (10) | 0.67046 (12) | 0.0234 (2) | |
抄送7 | 0.08863 (8) | 0.20773 (12) | 0.50315 (14) | 0.0209 (2) | |
抄送8 | 0.12800 (7) | 0.31208 (11) | 0.61380 (13) | 0.0196 (2) | |
C9级 | 0.22377 (8) | 0.32999 (12) | 0.67275 (14) | 0.0222 (2) | |
H9型 | 0.248337 | 0.400078 | 0.748209 | 0.027* | |
C10号机组 | 0.28159 (8) | 0.24690 (12) | 0.62182 (15) | 0.0251 (2) | |
H10型 | 0.346191 | 0.258978 | 0.661043 | 0.030* | |
C11号机组 | 0.24405 (8) | 0.14352(12) | 0.51074(15) | 0.0253 (2) | |
H11型 | 0.283938 | 0.086081 | 0.474351 | 0.030* | |
第12项 | 0.15120 (8) | 0.12380(12) | 0.45380 (14) | 0.0240 (2) | |
H12型 | 0.128075 | 0.052375 | 0.379621 | 0.029* | |
原子位移参数(2) 顶部 | U型11 | U型22 | U型33 | U型12 | U型13 | U型23 |
O1公司 | 0.0200 (4) | 0.0292 (4) | 0.0320 (4) | −0.0006 (3) | 0.0006 (4) | −0.0038 (4) |
氧气 | 0.0317 (4) | 0.0275 (4) | 0.0373 (5) | 0.0010 (4) | 0.0088 (4) | −0.0141 (4) |
N1型 | 0.0233 (5) | 0.0293 (5) | 0.0332 (5) | 0.0051 (4) | 0.0086 (4) | −0.0072 (5) |
氮气 | 0.0237 (4) | 0.0198 (4) | 0.0208 (4) | 0.0002 (4) | 0.0047 (4) | −0.0010(4) |
C1类 | 0.0240 (5) | 0.0189(5) | 0.0193 (5) | 0.0028 (4) | 0.0078 (4) | 0.0029 (4) |
指挥与控制 | 0.0220 (5) | 0.0173 (5) | 0.0183 (5) | −0.0003 (4) | 0.0054(4) | −0.0001 (4) |
C3类 | 0.0231 (5) | 0.0233 (5) | 0.0231 (5) | 0.0029 (4) | 0.0081 (4) | −0.0015 (4) |
补体第四成份 | 0.0213 (5) | 0.0304 (6) | 0.0285 (6) | −0.0015 (5) | 0.0075 (5) | −0.0029 (5) |
C5级 | 0.0289 (6) | 0.0242 (6) | 0.0239 (5) | −0.0061 (5) | 0.0077 (5) | −0.0037 (5) |
C6级 | 0.0317 (6) | 0.0183 (5) | 0.0228 (5) | 0.0011 (4) | 0.0108 (5) | −0.0018 (4) |
臭氧 | 0.0245 (4) | 0.0345 (5) | 0.0420 (5) | −0.0003 (4) | 0.0151 (4) | −0.0080 (4) |
O4号机组 | 0.0367 (5) | 0.0275 (5) | 0.0402 (5) | −0.0031(4) | 0.0129(4) | −0.0154 (4) |
N3号机组 | 0.0248 (5) | 0.0297 (5) | 0.0318 (5) | −0.0026 (4) | 0.0049 (4) | −0.0098 (5) |
4号机组 | 0.0281 (5) | 0.0204 (5) | 0.0238(5) | −0.0003 (4) | 0.0107 (4) | −0.0018 (4) |
抄送7 | 0.0251 (5) | 0.0192 (5) | 0.0182 (5) | −0.0009 (4) | 0.0057 (4) | 0.0018 (4) |
抄送8 | 0.0237 (5) | 0.0175 (5) | 0.0184 (5) | 0.0009 (4) | 0.0075 (4) | 0.0009 (4) |
C9级 | 0.0253 (5) | 0.0203 (5) | 0.0200 (5) | −0.0035 (4) | 0.0050 (4) | −0.0011 (4) |
C10号机组 | 0.0204 (5) | 0.0268 (6) | 0.0267 (5) | 0.0001 (4) | 0.0043 (4) | 0.0014 (5) |
C11号机组 | 0.0289 (6) | 0.0217 (5) | 0.0263 (5) | 0.0056 (4) | 0.0093 (5) | 0.0012 (5) |
第12项 | 0.0319 (6) | 0.0182(5) | 0.0211 (5) | −0.0002(4) | 0.0065 (5) | −0.0026 (4) |
几何参数(λ,º) 顶部 O1-N2气体 | 1.2451 (12) | 臭氧-N4 | 1.2428(12) |
氧气-氮气 | 1.2366 (13) | O4-N4型 | 1.2365 (13) |
N1-C1型 | 1.3479 (14) | 编号3-C7 | 1.3499 (15) |
N1-H1型 | 0.89 (2) | N3-H7型 | 0.906 (18) |
N1-H2型 | 0.867 (17) | N3-H8型 | 0.892 (16) |
N2-C2气体 | 1.4308 (14) | 编号4-C8 | 1.4323 (14) |
C1-C6号机组 | 1.4178 (16) | C7-C8号机组 | 1.4159 (16) |
C1-C2类 | 1.4188 (15) | C7-C12号机组 | 1.4209 (16) |
C2-C3型 | 1.4093 (14) | C8-C9型 | 1.4086 (15) |
C3至C4 | 1.3633 (17) | C9-C10型 | 1.3684 (16) |
C3-H3型 | 0.9500 | C9-H9 | 0.9500 |
C4-C5型 | 1.4073 (17) | C10-C11号机组 | 1.4043 (17) |
C4-H4型 | 0.9500 | C10-H10 | 0.9500 |
C5至C6 | 1.3664 (16) | C11-C12号机组 | 1.3689 (16) |
C5-H5型 | 0.9500 | C11-H11型 | 0.9500 |
C6-H6型 | 0.9500 | C12-H12型 | 0.9500 |
| | | |
C1-N1-H1 | 119.9(12) | C7-N3-H7基因 | 118.8 (11) |
C1-N1-H2 | 117.0 (10) | C7-N3-H8型 | 119.0 (9) |
H1-N1-H2 | 122.8 (15) | H7-N3-H8型 | 121.8 (15) |
氧气-N2-O1 | 121.19 (10) | O4-N4-O3 | 121.29 (10) |
氧气-N2-C2 | 118.90 (9) | O4-N4-C8型 | 118.75 (9) |
O1-N2-C2气体 | 119.91 (9) | 臭氧-N4-C8 | 119.95 (9) |
N1-C1-C6 | 118.74 (10) | 编号3-C7-C8 | 125.36 (11) |
N1-C1-C2型 | 125.17 (11) | 编号3-C7-C12 | 118.51 (11) |
C6-C1-C2型 | 116.08 (10) | C8-C7-C12型 | 116.12 (10) |
C3-C2-C1 | 121.55 (10) | C9-C8-C7 | 121.65 (10) |
C3-C2-N2 | 116.98 (9) | C9-C8-N4型 | 117.07 (10) |
C1-C2-N2 | 121.47 (9) | C7-C8-N4号机组 | 121.28(10) |
C4-C3-C2型 | 120.22(11) | C10-C9-C8号机组 | 120.30 (10) |
C4-C3-H3型 | 119.9 | C10-C9-H9型 | 119.8 |
C2-C3-H3型 | 119.9 | C8-C9-H9型 | 119.8 |
C3-C4-C5型 | 119.34 (11) | C9-C10-C11 | 119.06 (11) |
C3-C4-H4型 | 120.3 | C9-C10-H10 | 120.5 |
C5-C4-H4 | 120.3 | C11-C10-H10型 | 120.5 |
C6-C5-C4 | 121.06 (11) | C12-C11-C10 | 121.38 (10) |
C6-C5-H5型 | 119.5 | C12-C11-H11型 | 119.3 |
C4-C5-H5型 | 119.5 | C10-C11-H11号机组 | 119.3 |
C5-C6-C1 | 121.72 (10) | C11-C12-C7型 | 121.48(11) |
C5-C6-H6 | 119.1 | C11-C12-H12年 | 119.3 |
C1-C6-H6型 | 119.1 | C7-C12-H12型 | 119.3 |
| | | |
N1-C1-C2-C3 | −179.80 (11) | N3-C7-C8-C9 | 178.63 (11) |
C6-C1-C2-C3型 | 1.17 (15) | C12-C7-C8-C9 | −0.80 (16) |
N1-C1-C2-N2 | 0.44 (17) | N3-C7-C8-N4号 | −1.47 (17) |
C6-C1-C2-N2 | −178.59 (10) | C12-C7-C8-N4型 | 179.09 (10) |
O2-N2-C2-C3 | −1.88 (15) | O4-N4-C8-C9 | 3.00 (15) |
O1-N2-C2-C3 | 178.13 (10) | O3-N4-C8-C9 | −176.83 (10) |
O2-N2-C2-C1 | 177.89 (10) | O4-N4-C8-C7型 | −176.90 (10) |
O1-N2-C2-C1 | −2.10 (16) | 臭氧-N4-C8-C7 | 3.28 (16) |
C1-C2-C3-C4型 | −1.19(17) | C7-C8-C9-C10 | 0.93(17) |
N2-C2-C3-C4气体 | 178.58 (11) | N4-C8-C9-C10 | −178.97 (10) |
C2-C3-C4-5 | 0.00 (18) | C8-C9-C10-C11号机组 | −0.25 (17) |
C3-C4-C5-C6型 | 1.16 (18) | C9-C10-C11-C12 | −0.53(18) |
C4-C5-C6-C1型 | −1.16 (18) | C10-C11-C12-C7 | 0.64 (18) |
N1-C1-C6-C5型 | −179.10 (11) | N3-C7-C12-C11号 | −179.45 (11) |
C2-C1-C6-C5型 | −0.01 (16) | C8-C7-C12-C11号机组 | 0.03 (16) |
氢键几何形状(λ,º) 顶部 D类-H(H)···A类 | D类-H(H) | H(H)···A类 | D类···A类 | D类-H(H)···A类 |
N1-H1··O1 | 0.89 (2) | 2.010 (19) | 2.6409 (15) | 126.4 (16) |
N1-H2··O4我 | 0.867 (17) | 2.194 (17) | 3.0345 (14) | 163.2 (14) |
N3-H7···O3 | 0.906 (18) | 1.989 (19) | 2.6393 (15) | 127.3 (15) |
N3-H8··O2ii(ii) | 0.892 (16) | 2.120 (16) | 3.0003 (14) | 169.0 (13) |
对称代码:(i)−x个,−年+1,−z(z)+1; (ii)−x个,−年,−z(z). |
参考文献
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