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结构描述
丁香酚是一种天然分子,具有多种用途,可用于各种领域。事实上,科学界和工业界对丁香酚聚合物的兴趣与日俱增(苗等。2017
; 古兹曼等。, 2017
; 陈等。, 2017
; 莫基诺等。, 2016
; 万等。, 2016一
,b条
; 邓等。, 2015
). 此外,这种生物活性化合物具有很高的治疗潜力,因为它具有抗寄生虫、抗病毒、抗菌、抗真菌、抗癌、抗氧化和抗炎活性(Raja等。, 2015
; 哈利勒等。, 2017
). 另一方面,据我们所知,还没有对丁香酚的生物异构体进行过研究。Burger(1991)拓宽了生物等位性的定义
)作为`具有近似相等分子形状和体积、近似相同电子分布且具有类似物理性质的化合物或基团'. 因此,对先导化合物进行化学修饰是药物设计的一种合理方法(帕塔尼等。, 1996
).烯烃和酰胺类是等位的,因为它们都是平面的并且有两个服务提供商2-主链中的杂化原子(Choudhary等。, 2011
). 在这种情况下,我们小组集中精力确定晶体结构香草醛甲酰胺(二)模仿丁香酚(我)(图1
)而且可能有一些生物兴趣。我们也很高兴标题化合物在极地结晶空间组,由于先进材料(压电、,热电,铁电性、二次谐波产生和电光响应)仅在极性晶体结构(Centore)中允许或显著增强等。, 2012
, 2016
; 高桥等。, 2016
).
| 图1 丁香酚(我)和标题化合物(二). |
标题化合物的摩尔结构(二)如图2所示
.所有键的长度和角度都在正常范围内。虽然O3-H3……O1角[113(5)°]远不是线性的,但我们可以认为苯酚和甲氧基是分子内氢键(Hunt等。, 2005
). 这个顺式/反式甲酰胺基团的构象平衡在反式构象,可通过扭转角C5-N1-C6-O2[1.3(6)°]确认。
| 图2 化合物的分子结构(二),显示了原子标记方案。位移椭球是在50%的概率水平上绘制的。氢原子显示为0.30Ω的固定大小球体。 |
在晶体中,香草烯丙基甲酰胺分子通过一系列经典氢键(N1-H1…O2、O3-H3…O1、O3-H3…O2;表1
)和非传统C服务提供商2-H…O氢键(C6-H6…O O3;表1
),形成无限二维极片[图3
(一)]平行于(01
). 此外,C6……O1紧密触点稳定了这种结构。堆叠模式表明,每一层的方向都相同[图3
(b条)],生成一个完整的三维极性网络。层之间的主要分子间接触[图2
(c(c))]包括范德瓦尔斯部队(C1至H7和H1B类●H7)和弱C服务提供商三-H…O氢键(C5-H5B类·O3和C5-H5A类(相邻分子的O3)。
D类-H月A类 | D类-H(H) | H月A类 | D类⋯A类 | D类-H月A类 | N1-H1和O2我 | 0.88 | 2.05 | 2.910 (4) | 167 | 臭氧-H3 | 0.96 (3) | 2.15 (7) | 2.672 (4) | 113 (5) | C6-H6环氧乙烷ii(ii) | 0.95 | 2.54 | 3.391(5) | 149 | O3-H3……氧气三 | 0.96 (3) | 1.90 (4) | 2.771 (4) | 149 (6) | C5-H5型B类●臭氧iv(四) | 0.99 | 2.60 | 3.374(5) | 135 | C5-H5型A类●臭氧v(v) | 0.99 | 2.70 | 3.676 (5) | 167 | 对称代码:(i)x个-1,年,z(z); (ii)x个-1,年-1,z(z)-1; (iii)x个,年+1,z(z)+1; (iv)x个,年,z(z)-1; (v)x个-1,年,z(z)-1. | |
| 图3 (一)香草醛甲酰胺极片内的主要氢键和偶极-偶极相互作用(二). (b条)极坐标板沿一轴。(c(c))极板之间的相互作用较弱。 |
剑桥结构数据库搜索(CSD,5.38版,2017年5月更新;Groom等。, 2016
)指出已报道11种香草烯丙基酰胺衍生物[FABVAF和FABVEJ(Oliver等。1985年
); FABVAF01(大卫等。, 1998
); FOSXOB(温克勒等。, 2009
); FOWTUH(夏等。, 2009
); FOWTUH01和KUTMAO01(王等。, 2010
); KUTMAO(黄等。, 2010
); QUZKOM(夏等。, 2010
); 柔和(张等。, 2008
); SOFTEN01(张和蔡,2008
)]. 然而,没有关于含有小酰胺单元(如甲酰胺)的香草醛酰胺类似物的结构报告,这些酰胺单元可以被认为是丁香酚的真正异构体。
合成和结晶
香草醛甲酰胺(二)已经通过核磁共振波谱在文献中进行了表征(Baldessari等。, 1987
). 然而,这种分子没有已知的晶体结构。
化合物(二):向室温下4-硝基甲酸苯酯(575 mg,3.44 mmol)在乙酸乙酯(10 ml)中的溶液中添加碳酸钾(715 mg,5.17 mmol)和香草胺氯化氢(717 mg,3.78 mmol),并在氩气气氛下进行。在室温下搅拌1 h后,添加催化量的水(30µl),将所得混合物再搅拌3 h。反应后进行TLC(30/70丙酮/DCM)。将反应混合物倒入HCl 0.1中M(M)(15 ml),然后用乙酸乙酯(2×15 ml)萃取两次。将己烷(50 ml)添加到组合有机层中,然后通过硅胶垫直接过滤所得有机相,用100 ml丙酮/DCM(5:95)和100 ml丙酮-DCM(30:70)洗脱,得到化合物(二)呈黄白色结晶粉末(485 mg,78%)。通过缓慢蒸发乙醚/丙酮/己烷(70:5:25)溶液制备适合X射线衍射的单晶(二)在室温下。
R(右)如果=0.37(丙酮/DCM 30:70);1核磁共振氢谱(400兆赫,CDCl三,p.p.m.):8.20(秒,1H),6.86–6.71(米,3H),6.03(米,1H),5.86(秒,1H),4.37(d日,J型=5.84赫兹,2小时),3.85(秒,3小时)。
精炼
晶体数据、数据采集和结构精炼表2总结了详细信息
. The绝对结构无法从收集的衍射数据中可靠地确定。
水晶数据 | 化学配方 | C类9H(H)11否三 | M(M)第页 | 181.19 | 晶体系统,空间组 | 三联诊所,P(P)1 | 温度(K) | 173 | 一,b条,c(c)(Å) | 4.8011 (2), 6.5522 (3), 7.5052 (3) | α,β,γ(°) | 93.618 (2), 107.044 (2), 95.658 (2) | V(V)(Å三) | 223.58 (2) | Z轴 | 1 | 辐射类型 | 铜K(K)α | μ(毫米−1) | 0.85 | 晶体尺寸(mm) | 0.32 × 0.16 × 0.12 | | 数据收集 | 衍射仪 | 布鲁克APEXI | 吸收校正 | 多扫描(SADABS公司; 布鲁克,2012年 ) | T型最小值,T型最大值 | 0.574, 0.753 | 测量、独立和观察的数量[我> 2σ(我)]反射 | 2726, 1206, 1139 | R(右)整数 | 0.051 | (罪θ/λ)最大值(Å−1) | 0.609 | | 精炼 | R(右)[F类2> 2σ(F类2)],水风险(F类2),S公司 | 0.052, 0.154, 1.12 | 反射次数 | 1206 | 参数数量 | 123 | 约束装置数量 | 4 | 氢原子处理 | 用独立和约束精化的混合物处理H原子 | Δρ最大值,Δρ最小值(eó)−3) | 0.25, −0.23 | 计算机程序:4月2日(布鲁克,2012年 ),圣保罗(布鲁克,2012年 ),SORTAV公司(祝福,1995年 ),SHELXS公司(Sheldrick,2008年 ),2016年10月/6(谢尔德里克,2015年 ),ORTEP公司适用于Windows(Farrugia,2012 )和水银(麦克雷等。, 2008 ),WinGX公司(Farrugia,2012年 )和公共CIF(Westrip,2010年 ). | |
结构数据
数据收集:4月2日(布鲁克,2012);细胞精细化: 圣保罗(布鲁克,2012);数据缩减:SORTAV公司(《祝福》,1995年);用于求解结构的程序:SHELXS公司(谢尔德里克,2008);用于细化结构的程序:SHELXL2016表/6(谢尔德里克,2015);分子图形:ORTEP公司适用于Windows(Farrugia,2012)和水银(麦克雷等。, 2008); 用于准备出版材料的软件:WinGX公司(Farrugia,2012)和公共CIF(Westrip,2010)。
水晶数据 顶部 C类9H(H)11否三 | Z轴= 1 |
M(M)第页= 181.19 | F类(000) = 96 |
三联诊所,P(P)1 | D类x个=1.346毫克负极三 |
大厅符号:P1 | 铜K(K)α辐射,λ= 1.54178 Å |
一= 4.8011 (2) Å | 2759次反射的细胞参数 |
b条= 6.5522 (3) Å | θ= 6.2–70.7° |
c(c)= 7.5052 (3) Å | µ=0.85毫米负极1 |
α= 93.618 (2)° | T型=173 K |
β= 107.044 (2)° | 棱镜,无色 |
γ= 95.658 (2)° | 0.32×0.16×0.12毫米 |
V(V)= 223.58 (2) Å三 | |
数据收集 顶部 布鲁克APEXI 衍射仪 | 1206个独立反射 |
辐射源:密封x射线管 | 1139次反射我> 2σ(我) |
石墨单色仪 | R(右)整数= 0.051 |
φ或ω振荡扫描 | θ最大值= 69.8°,θ最小值= 6.2° |
吸收校正:多扫描 (SADABS;布鲁克,2012) | 小时=负极5→5 |
T型最小值= 0.574,T型最大值= 0.753 | k个=负极7→7 |
2726次测量反射 | 我=负极9→8 |
精炼 顶部 优化于F类2 | 0个约束 |
最小二乘矩阵:完整 | 氢站点位置:混合 |
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.052 | 用独立和约束精化的混合物处理H原子 |
水风险(F类2) = 0.154 | w个= 1/[σ2(F类o个2) + (0.0912P(P))2+ 0.0525P(P)] 哪里P(P)= (F类o个2+ 2F类c(c)2)/3 |
S公司= 1.12 | (Δ/σ)最大值< 0.001 |
1206次反射 | Δρ最大值=0.25埃负极三 |
123个参数 | Δρ最小值=负极0.23埃负极三 |
4个约束 | |
特殊细节 顶部 几何图形使用全协方差矩阵估计所有esd(除了两个l.s.平面之间二面角的esd)。在估计距离、角度和扭转角的esd时,单独考虑单元esd;细胞参数中esd之间的相关性仅在由晶体对称性定义时使用。细胞esd的近似(各向同性)处理用于估计涉及l.s.平面的esd。 |
精炼.结合到碳原子上的氢原子以理想的几何形状定位,并使用骑乘模型对各向同性进行细化U型国际标准化组织(H) =1.2U型等式(C) 芳香烃的C-H=0.95º,U型国际标准化组织(H) =1.2U型等式(C) 对于亚甲基和U型国际标准化组织(H) =1.5U型等式(C) 甲基的C-H=0.98º。N键合的H原子被放置在理想化的位置,N-H=0.88Å,并在骑行模式下用U型国际标准化组织(H) =1.2U型等式(N) ●●●●。羟基H原子在各向同性模式下独立精制,O-H距离约束为0.96(2)Au。 |
分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部 | x个 | 年 | z(z) | U型国际标准化组织*/U型等式 | |
O1公司 | 0.7872 (8) | 0.7526 (5) | 0.5754 (4) | 0.0436 (9) | |
氧气 | 1.0943 (7) | 负极0.0646 (5) | 负极0.0270 (5) | 0.0376 (8) | |
臭氧 | 1.2189(6) | 0.5811 (5) | 0.8054 (4) | 0.0346 (8) | |
1个 | 0.6936 (8) | 0.0863 (6) | 负极0.0091 (5) | 0.0313 (8) | |
上半年 | 0.506646 | 0.0619 | 负极0.016887 | 0.038* | |
C1类 | 0.5812 (13) | 0.8622 (8) | 0.4558 (8) | 0.0457 (12) | |
甲型H1A | 0.673811 | 0.934512 | 0.373509 | 0.069* | |
H1B型 | 0.513623 | 0.962513 | 0.531259 | 0.069* | |
H1C型 | 0.413277 | 0.765528 | 0.379819 | 0.069* | |
指挥与控制 | 0.8948 (9) | 0.6005 (6) | 0.4953(6) | 0.0300 (10) | |
C3类 | 0.8016 (9) | 0.5279 (6) | 0.3069 (6) | 0.0313 (9) | |
H3A型 | 0.648153 | 0.586589 | 0.222842 | 0.038* | |
补体第四成份 | 0.9284 (9) | 0.3719 (6) | 0.2397 (6) | 0.0296 (9) | |
C5级 | 0.8312(9) | 0.2985 (7) | 0.0327 (6) | 0.0330 (10) | |
H5A型 | 0.690774 | 0.388824 | 负极0.035372 | 0.04* | |
H5B型 | 1.004057 | 0.312362 | 负极0.014027 | 0.04* | |
C6级 | 0.8314 (9) | 负极0.0728 (6) | 负极0.0364 (6) | 0.0318 (9) | |
H6型 | 0.718873 | 负极0.204814 | 负极0.065598 | 0.038* | |
抄送7 | 1.1468 (11) | 0.2848 (7) | 0.3628 (6) | 0.0387 (11) | |
H7型 | 1.235762 | 0.177733 | 0.317846 | 0.046* | |
抄送8 | 1.2385 (10) | 0.3531 (6) | 0.5538 (6) | 0.0382 (11) | |
H8型 | 1.385838 | 0.289743 | 0.638179 | 0.046* | |
C9级 | 1.1167 (9) | 0.5113 (6) | 0.6200 (5) | 0.0295 (10) | |
H3级 | 1.144 (16) | 0.711 (7) | 0.817 (10) | 0.061 (18)* | |
原子位移参数(2) 顶部 | U型11 | U型22 | U型33 | U型12 | U型13 | U型23 |
O1公司 | 0.054 (2) | 0.0452(19) | 0.0316 (18) | 0.0282 (16) | 0.0062 (14) | 负极0.0004 (14) |
氧气 | 0.0287 (17) | 0.0393 (17) | 0.0418 (19) | 0.0016 (12) | 0.0094 (13) | 负极0.0082 (14) |
臭氧 | 0.0383 (17) | 0.0347 (16) | 0.0260 (15) | 0.0064 (12) | 0.0027 (12) | 负极0.0021 (12) |
1个 | 0.0234 (16) | 0.0360 (18) | 0.0309 (19) | 0.0017 (13) | 0.0047 (14) | 负极0.0041 (14) |
C1类 | 0.054 (3) | 0.047 (3) | 0.038 (3) | 0.024 (2) | 0.011 (2) | 0.009 (2) |
指挥与控制 | 0.033 (2) | 0.027 (2) | 0.030 (2) | 0.0017 (17) | 0.0105(19) | 0.0021 (17) |
C3类 | 0.032 (2) | 0.032 (2) | 0.026 (2) | 0.0069 (17) | 0.0025 (17) | 0.0053 (16) |
补体第四成份 | 0.028 (2) | 0.030 (2) | 0.029 (2) | 0.0017 (16) | 0.0052 (17) | 0.0032 (17) |
C5级 | 0.038 (2) | 0.035 (2) | 0.024 (2) | 0.0041 (17) | 0.0066(18) | 0.0056 (16) |
C6级 | 0.035 (2) | 0.033 (2) | 0.025 (2) | 负极0.0045 (17) | 0.0096 (17) | 负极0.0031 (16) |
抄送7 | 0.047 (3) | 0.037 (2) | 0.028 (2) | 0.015 (2) | 0.0018 (19) | 负极0.0023 (18) |
抄送8 | 0.040 (3) | 0.036 (3) | 0.032 (3) | 0.014 (2) | 负极0.002 (2) | 0.0008 (19) |
C9级 | 0.031 (2) | 0.029 (2) | 0.025 (2) | 负极0.0005 (17) | 0.0059 (18) | 负极0.0017 (17) |
几何参数(λ,º) 顶部 O1-C2型 | 1.352(6) | C2-C9型 | 1.400 (6) |
O1-C1型 | 1.415 (6) | C3-C4型 | 1.382 (6) |
氧气-C6 | 1.239(5) | C3-H3A型 | 0.95 |
臭氧-C9 | 1.364 (5) | C4至C7 | 1.376 (6) |
臭氧-H3 | 0.96 (3) | C4-C5型 | 1.516 (6) |
N1-C6型 | 1.325 (6) | C5-H5A型 | 0.99 |
N1-C5型 | 1.453 (6) | C5-H5B型 | 0.99 |
N1-H1型 | 0.88 | C6-H6型 | 0.95 |
C1-H1A型 | 0.98 | C7-C8号机组 | 1.400 (6) |
C1-H1B型 | 0.98 | C7-H7型 | 0.95 |
C1-H1C型 | 0.98 | C8-C9型 | 1.374 (6) |
C2-C3型 | 1.389 (6) | C8-H8型 | 0.95 |
| | | |
C2-O1-C1 | 117.7 (3) | C3至C4-5 | 120.6 (4) |
C9-O3-H3 | 106 (4) | N1-C5-C4 | 113.5 (3) |
C6-N1-C5 | 124.2 (3) | N1-C5-H5A型 | 108.9 |
C6-N1-H1 | 117.9 | C4-C5-H5A型 | 108.9 |
C5-N1-H1型 | 117.9 | N1-C5-H5B型 | 108.9 |
O1-C1-H1A型 | 109.5 | C4-C5-H5B型 | 108.9 |
O1-C1-H1B型 | 109.5 | H5A-C5-H5B型 | 107.7 |
H1A-C1-H1B型 | 109.5 | 氧气-C6-N1 | 125.7(4) |
O1-C1-H1C型 | 109.5 | 氧气-C6-H6 | 117.1 |
H1A-C1-H1C型 | 109.5 | N1-C6-H6型 | 117.1 |
H1B-C1-H1C型 | 109.5 | C4-C7-C8型 | 120.4 (4) |
O1-C2-C3型 | 125.9(4) | C4-C7-H7型 | 119.8 |
O1-C2-C9型 | 114.6 (4) | C8-C7-H7型 | 119.8 |
C3-C2-C9型 | 119.5 (4) | C9-C8-C7 | 120.4 (4) |
C4-C3-C2型 | 121.1 (4) | C9-C8-H8 | 119.8 |
C4-C3-H3A型 | 119.5 | C7-C8-H8型 | 119.8 |
C2-C3-H3A型 | 119.5 | 臭氧-C9-C8 | 119.3 (4) |
C7-C4-C3号机组 | 119.2 (4) | 臭氧-C9-C2 | 121.3 (4) |
C7-C4-C5号机组 | 120.3 (4) | C8-C9-C2型 | 119.4 (4) |
| | | |
C1-O1-C2-C3型 | 负极6.5 (6) | C3-C4-C7-C8 | 0.2(7) |
C1-O1-C2-C9型 | 174.5 (4) | C5-C4-C7-C8 | 179.6 (4) |
O1-C2-C3-C4 | 179.7 (4) | C4-C7-C8-C9 | 负极1.6 (7) |
C9-C2-C3-C4 | 负极1.3 (6) | C7-C8-C9-O3型 | 负极177.1 (4) |
C2-C3-C4-C7型 | 1.2 (6) | C7-C8-C9-C2型 | 1.5 (7) |
C2-C3-C4-C5型 | 负极178.1 (3) | O1-C2-C9-O3 | 负极2.3 (5) |
C6-N1-C5-C4 | 负极97.8(5) | C3-C2-C9-O3 | 178.5 (4) |
C7-C4-C5-N1 | 65.2 (5) | O1-C2-C9-C8型 | 179.0 (4) |
C3-C4-C5-N1 | 负极115.5 (4) | C3-C2-C9-C8 | 负极0.1 (6) |
C5-N1-C6-O2 | 1.3 (6) | | |
氢键几何形状(λ,º) 顶部 D类-H(H)···A类 | D类-H(H) | H(H)···A类 | D类···A类 | D类-H(H)···A类 |
N1-H1··O2我 | 0.88 | 2.05 | 2.910 (4) | 167 |
O3-H3···O1 | 0.96 (3) | 2.15 (7) | 2.672 (4) | 113 (5) |
C6-H6···O3ii(ii) | 0.95 | 2.54 | 3.391 (5) | 149 |
O3-H3···O2三 | 0.96 (3) | 1.90(4) | 2.771 (4) | 149 (6) |
C5-H5型B类···臭氧iv(四) | 0.99 | 2.60 | 3.374 (5) | 135 |
C5-H5型A类···臭氧v(v) | 0.99 | 2.70 | 3.676 (5) | 167 |
对称代码:(i)x个负极1,年,z(z); (ii)x个负极1,年负极1,z(z)负极1;(iii)x个,年+1,z(z)+1; (iv)x个,年,z(z)负极1; (v)x个负极1,年,z(z)负极1 |
资金筹措信息
本研究的资金由魁北克省自然与技术基金会提供(批准号:2016-CO-194882;批准号:2012-CO-254502)。
工具书类
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