研究论文\(\def\h填{\hskip5em}\def\hfil{\hski p3em}\def\eqno#1{\hfil{#1}}\)

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同步加速器
辐射
编号:1600-5775

铑的反应2(瑞士首席运营官)4具有硫醇和硫醇酯:一项结构研究

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加拿大阿尔伯塔省卡尔加里市西北大学路2500号卡尔加里大学化学系T2N 1N4
*通信电子邮件:faridehj@ucalgary.ca

美国阿贡国家实验室S.M.Heald编辑(2018年9月18日收到; 2019年1月7日接受; 在线2019年2月13日)

Rh的好氧反应产物之间的结构差异2(AcO)4(1; AcO公司=瑞士首席运营官)带有硫醇用X射线吸收光谱探测非水介质中的硫醇盐。在本研究中,使用了乙烷硫醇、二氢硫辛酸(DHLA;一种二硫醇)及其硫代钠盐。简单的协调硫醇到Rh的轴向位置2(AcO)4Rh-SH键为2.5–2.6 Au时,保持Rh-Rh(相对湿度)粘合完好(2.41±0.02℃),但颜色会从祖母绿变为紫红色。进行了时间依赖密度泛函理论(TD-DFT)计算,以解释在电子(UV–vis)吸收光谱中观察到的位移。然而,相应的硫醇钠会分解Rh2(AcO)4O在场时的框架2形成三重S-桥联Rh(III)离子的寡聚链,每个离子具有六个Rh-S(2.36±0.02Ω)键。Rh·Rh链中的距离为3.18±0.02Ω,与之前从Rh水溶液中发现的好氧反应产物的距离相似2(AcO)4谷胱甘肽(HA) ,{纳2[罗2(透明质酸)4]·7小时2O}(O)n个其中,每个Rh(III)离子被大约四个Rh-S(2.33±0.02μl)和大约两个Rh-O(2.08±0.02Ω)包围。本研究中获得的反应产物可用于预测四羧酸二铑如何与富含半胱氨酸的蛋白质和肽,比如金属硫醚。

1.简介

四羧基二合二铵(II)[Rh2(RCOO)4]是由于Rh的稳定性而在生物和化学系统中具有特定应用的化合物24+核心,由“灯笼”结构中四个羧酸桥支撑的单个Rh-Rh键产生。熊组(Erck)最初报告了它们的抗肿瘤活性等。, 1974【Erck,A.,Rainen,L.,Whileyman,J.,Chang,I.-M.,Kimball,A.P.&Bear,J.(1974年)。《生物医药学社会学实验程序》145,1278-1283。】; 等。, 1975【Bear,J.L.,Gray,H.B.Jr,Rainen,L.,Chang,I.M.,Howard,R.,Serio,G.&Kimball,A.P.(1975年)。《癌症化学杂志》第59期,第611-620页。】). 它们还起到催化剂的作用,特别是与手性配体R(右)促进对映选择性化学选择性卡宾插入到C-H键中的反应,如环丙烷化和C-H功能化(Hansen&Davies,2008【Hansen,J.&Davies,H.M.L.(2008),《化学协调评论》252,545-555。】),或插入极性X(X)-H(H)(X(X)=S、N、O、,等。)债券(Miller&Moody,1995【Miller,D.J.和Moody,C.J.(1995)。四面体,51,10811-10843。】; 加西亚等。, 1996[García,C.F.,McKervey,M.a.&Ye,T.(1996),《化学通讯》,第1465-1466页。]; 等。, 2003[Zhang,X.,Ma,M.&Wang,J.(2003)。ARKIVOC,(ii),84-91.]). 涉及这类化合物的反应通常从亲核配体形成加合物开始L(左)(路易斯基)以单齿方式与轴向位置相协调,[Rh2(RCOO)4L(左)1–2](参见1如图1所示[链接])(Chifotides和Dunbar,2005年【Chifotides,H.T.&Dunbar,K.R.(2005)。铑化合物,金属原子之间的多重键,F.A.Cotton,C.A.Murillo&R.A.Walton编辑。纽约:Springer Science and Business Media Inc.】). 例如,[Rh24+]-预计在上述催化插入反应的初始步骤中会形成碳水化合物(加西亚等。, 1996[García,C.F.,McKervey,M.a.&Ye,T.(1996),《化学通讯》,第1465-1466页。]; 等。, 2003[Zhang,X.,Ma,M.&Wang,J.(2003)。ARKIVOC,(ii),84-91.]). 虽然轴向配体不稳定且易于交换,但桥联羧酸基团在动力学上是惰性的(Bear等。, 1979【Bear,J.L.、Howard,R.A.和Korn,J.E.(1979),《无机化学学报》,第32期,第123-126页。】),建议逐步进行替换。例如,(N/O)-供体配体与螯合物进行初始轴向配位后(例如双吡啶)和/或桥接能力(例如鸟嘌呤),下一步可能是形成轴赤道(ax–当量)最后等式–等式债券(吉村等。, 2003[Yoshimura,T.、Umakoshi,K.和Sasaki,Y.(2003)。无机化学42,7106-7115。]; 赤潮等。, 2004【Chifotides,H.T.、Koomen,J.M.、Kang,M.J.、Tichy,S.E.、Dunbar,K.R.和Russell,D.H.(2004),《无机化学》第43期,第6177-6187页。】; 邓巴等。, 1994[Dunbar,K.R.,Matonic,J.H.,Saharan,V.P.,Crawford,C.A.和Christou,G.(1994)。美国化学会杂志1162201-2202]; Deubel&Chifotides,2007年【Deubel,D.V.&Chifotides,H.T.(2007),《化学通讯》,第3438-3440页。】). 有人建议,羧酸二碘的生物活性需要易于接近的轴向位置(Aguirre等。, 2007【Aguirre,J.D.、Lutterman,D.A.、Angeles-Boza,A.M.、Dunbar,K.R.和Turro,C.(2007),《无机化学》第46期,第7494-7502页。】).

[图1]
图1
[Rh的结构2(AcO)4] (1),{纳2[罗2(S公司-HA)4].7小时2O}(O)n个(Rh(相对湿度)–谷胱甘肽)(2),[Rh2(AcO)2(bpy)2(瑞士中国)2]2+(),[Rh(μ-S公司-C类6H(H)5S)(η1-S公司-C类6H(H)5S) (bpy)]2(4),[Rh(η2-C类6H(H)7NS)(η1-C类6H(H)7NS)2(邻苯二甲酸)](5),[Rh(μ-S、 N个-C类6H(H)6NS)(η1-S公司-C类6H(H)6NS)(bpy)]22+(第6页)和[Rh(S、 N个-C类6H(H)6NS)2(桶/日)]+(6b条); 见正文,Enriquez Garcia&Jalilehvand(2018年【Enriquez Garcia,A.&Jalilehvand,F.(2018),《生物无机化学杂志》23,231-239。】),索拉塞尼等。(2002【Sorasaene,K.,Galán-Mascarós,J.R.&Dunbar,K.R.(2002),《无机化学》41,433-436。】, 2003【Sorasaene,K.,Galán-Mascarós,J.R.&Dunbar,K.R.(2003),《无机化学》第42期,第661-663页。】).

四羧酸钕(II)与几乎所有常见的施主原子(包括硫)形成加合物(Chifotides&Dunbar,2005)【Chifotides,H.T.&Dunbar,K.R.(2005)。铑化合物,金属原子之间的多重键,F.A.Cotton,C.A.Murillo&R.A.Walton编辑。纽约:Springer Science and Business Media Inc.】). 而硫醇(-SH)功能群从生物和化学的角度来看都很重要硫醇含二价羧酸盐的硫醇盐是有限的。例如,这些信息将有助于阐明这类抗肿瘤活性化合物与含硫醇生物分子的反应,并促进了几项研究(Erck等。, 1976【Erck,A.,Sherwood,E.,Bear,J.L.&Kimball,A.P.(1976)。癌症研究36,2204-2209。】; 霍华德等。, 1976【Howard,R.A.、Spring,T.G.和Bear,J.L.(1976)。癌症研究36,4402-4405。】, 1977【Howard,R.A.,Spring,T.G.&Bear,J.L.(1977),《临床血液学杂志》,Oncol.7,391-400。】; 肺炎和银屑病,1980年【Pneumatikakis,G.和Psaroulis,P.(1980)。《化学学报》,46,97-100。】; 贾基莫维奇等。, 2000【Jakimowicz,P.、Ostropolska,L.和Pruchnik,F.P.(2000)。基于Met.的药物,201-209年7月。】; 索拉塞尼等。, 2002【Sorasaene,K.,Galán-Mascarós,J.R.&Dunbar,K.R.(2002),《无机化学》41,433-436。】, 2003【Sorasaene,K.,Galán-Mascarós,J.R.&Dunbar,K.R.(2003),《无机化学》第42期,第661-663页。】; Wong&Stillman,2016年【Wong,D.L.&Stillman,M.J.(2016),《化学通讯》,52,5698-5701。】; Wong(王)等。, 2017【Wong,D.L.,Zhang,A.,Faponle,A.S.,de Visser,S.P.&Stillman,M.J.(2017),《金属组学》,第9期,第501-516页。】; 贾利勒赫瓦德等。, 2017[Jalilehvand,F.、Enriquez Garcia,A.和Niksirat,P.(2017)。美国化学学会欧米茄分会,26174-6186。]; Enriquez Garcia&Jalilehvand,2018年【Enriquez Garcia,A.&Jalilehvand,F.(2018),《生物无机化学杂志》23,231-239。】).

这类化合物唯一报道的晶体结构是Rh的晶体结构2(AcO)4(1、AcO=瑞士首席运营官)具有轴向配位的苄基硫醇或硫酚基团(Christoph&Tolbert,1980【Christoph,G.G.和Tolbert,M.(1980),《美国晶体学会期刊》第2、7、39期。】; 费尔豪斯,1982年【Felthouse,T.R.(1982),《无机化学进展》,29,73-166。】). 使用来自不同技术的组合数据,如电喷雾电离质谱法(ESI-MS)和扩展X射线吸收精细结构(EXAFS)光谱,我们最近报道了Rh的需氧反应2(AcO)4含半胱氨酸(H2半胱氨酸)和谷胱甘肽(GSH;表示H在生理pH条件下,在水介质中以三溴化形式存在的A会导致寡聚物{Na的形成2[罗2(S、 N个-赛斯)4]·5小时2O}(O)和{Na2[罗2(S公司-HA)4]·7小时2O}(O)n个(Rh(相对湿度)–谷胱甘肽;2如图1所示[链接]),分别具有两个和三个硫醇基,桥接两个Rh(III)离子(Jalilehvand等。, 2017[Jalilehvand,F.、Enriquez Garcia,A.和Niksirat,P.(2017)。美国化学学会欧米茄分会,26174-6186。]; Enriquez Garcia&Jalilehvand,2018年【Enriquez Garcia,A.&Jalilehvand,F.(2018),《生物无机化学杂志》23,231-239。】). 此外,在Rh之间反应的早期阶段2(AcO)4和青霉胺(3,3′-二甲基半胱氨酸)在混合pH值(~3.0)时,我们检测到对应于[Rh2(AcO)4(HPen)],[Rh2(AcO)4(钢笔)]2-和[Rh2(AcO)4(HPen)2]2-离子,并对与N个-乙酰半胱氨酸(H2NAC)。因此,我们建议脱质子硫醇基团需要将Rh(II)离子氧化为Rh(III)(Jalilehvand等。, 2017[Jalilehvand,F.、Enriquez Garcia,A.和Niksirat,P.(2017)。美国化学学会欧米茄分会,26174-6186。]).

Wong(王)等。在另一项最近的研究中,基于ESI-MS和密度泛函理论(DFT)计算,提出当Rh2(AcO)4在厌氧条件下与水溶液中过量的谷胱甘肽反应,脱质子谷胱甘蛋白(GS)绑定到Rh的轴向位置2(AcO)4形成[Rh2(AcO)4(GS)(高2O) ]和[Rh2(AcO)4(通用)2]2−综合体(Wong等。, 2017【Wong,D.L.,Zhang,A.,Faponle,A.S.,de Visser,S.P.&Stillman,M.J.(2017),《金属组学》,第9期,第501-516页。】). 他们还建议Rh2(AcO)4与反应时释放所有羧酸配体β-人金属硫蛋白结构域(β-MT)1a在厌氧条件下。根据作者的说法,金属化的Rh2-β-MT保留了Rh-Rh键,“每个Rh替换四个半胱氨酸硫醇质子”,围绕氘核中的每个Rh(II)离子创建了方形金字塔配位几何(Wong&Stillman,2016)【Wong,D.L.&Stillman,M.J.(2016),《化学通讯》,52,5698-5701。】). 然而,索拉塞尼等。表明[Rh的厌氧反应2(AcO)2(bpy)2(瑞士中国)2](高炉4)2()(bpy=2,2′-联吡啶),含有过量的单齿配体苄基硫醇钠,NaC6H(H)5S、 导致形成二价铑(II)络合物[Rh(μ-S公司-C类6H(H)5S)(η1-S公司-C类6H(H)5S) (bpy)]2·中国俄亥俄州(4),具有两个桥联硫醇盐和另两个与Rh-Rh键相反的硫醇盐(见图1[链接]). 作者将此反应描述为“理解含硫醇的镉抗癌化合物代谢的重要第一步”肽类和蛋白质等。, 2003【Sorasaene,K.,Galán-Mascarós,J.R.&Dunbar,K.R.(2003),《无机化学》第42期,第661-663页。】).

索拉塞尼等。也报道了类似复合物[Rh的需氧反应2(AcO)2(邻)2(瑞士中国)2](磅/平方英寸6)2(phen=1,10-菲咯啉)和过量的2-氨基硫代苯酚(C6H(H)7NS,一种具有螯合能力的配体)产生了单核复合物[Rh(η2-C类6H(H)7NS)(η1-C类6H(H)7NS)2(邻苯二甲酸)](5),而复合物的好氧反应带四折C6H(H)7NS产生了单核和双核Rh(III)配合物,[Rh(μ-S、 N个-C类6H(H)6NS)(η1-S公司-C类6H(H)6NS)(bpy)]22+(第6页)和[Rh(S、 N个-C类6H(H)6NS)2(bpy)]+(6b条),在同一个中共结晶单位电池(索拉塞尼等。, 2002【Sorasaene,K.,Galán-Mascarós,J.R.&Dunbar,K.R.(2002),《无机化学》41,433-436。】). (N-N)配体bpy和phen的存在可能促进了单体Rh(III)物种的形成56b条(贾利勒赫瓦德等。, 2017[Jalilehvand,F.、Enriquez Garcia,A.和Niksirat,P.(2017)。美国化学学会欧米茄分会,26174-6186。]). 晶体结构已报道四羧酸二铑与硫醇盐的反应产物。

我们在当前研究中的目标是更好地理解铑离子周围发生的结构变化,当铑(II)四羧酸盐[Rh2(RCOO)4]与…反应硫醇以及在有氧条件下的硫醇。为此,我们使用X射线吸收光谱来研究Rh的反应2(AcO)4含两个硫醇配体乙硫醇(C2H(H)5SH)和二氢硫辛酸(DHLA)以及它们的硫醇盐。我们选择了二硫醇分子DHLA(图2[链接])探索一种能够形成S、 S公司-与金属离子螯合(Ioannou和Tsivgoulis,2014【Ioannou,P.V.和Tsivgoulis,G.M.(2014),莫纳什化学,145,897-909。】)将有助于Rh的分解2(AcO)4有氧条件下的结构。我们之前已经比较了半胱氨酸的这种影响,半胱氨酸表现为(S、 N个)-或(S、 N,O型)-与铑反应产物中的供体配体2(AcO)4,使用N个-乙酰半胱氨酸,更倾向于作为单齿硫醇盐配体结合,而不是形成S、 O(运行)-螯合物(Jalilehvand等。, 2017[Jalilehvand,F.、Enriquez Garcia,A.和Niksirat,P.(2017年)。美国化学学会欧米茄分会,26174-6186。]). 在当前的研究中,我们还进行了与时间相关的密度泛函理论(TD-DFT)计算,以解释Rh的紫外-可见吸收光谱中观察到的位移2(AcO)4溶于乙硫醇时。

[图2]
图2
二氢硫辛酸(DHLA)。

2.实验段

氢氧化钠、乙硫醇(EtSH)、乙硫酸钠(NaEtS),(±)-α-使用硫辛酸(LA),无需进一步纯化。Pressure Company Co.提供了四醋酸二钕(II)。Praxair提供了额外的干氧(99.6%)。二氢硫辛酸(DHLA)及其二硫醇钠钠(DTLA)根据文献程序(Spuches等。, 2005【Spuches,A.M.,Kruszyna,H.G.,Rich,A.M.&Wilcox,D.E.(2005),《无机化学》第44期,第2964-2972页。】; 库比奇等。, 1995【Kubicki,M.M.,Oudet,P.,Martin,C.&Barré,C.(1995),《化学社会杂志》,Dalton Trans.第3699-3704页。】). 甲醇(MeOH)在氩气气氛下通过在镁屑上回流两次进行干燥,而干燥的四氢呋喃(THF)则通过在钠/二苯甲酮上回流并在使用前立即蒸馏得到。乙醇(EtOH)通过氩气通过煮沸的溶液进行脱气,直到冷却到室温。铑分析由加拿大微量分析服务有限公司进行。

2.1. 样品制备

2.1.1. 钠的合成(DTLA)

在氩气气氛下,将金属钠(24.0mmol)加入到DHLA(4.80mmol)在干燥THF(20.0ml)中的透明溶液中。将混合物在氩气流下回流(70°C)24小时。形成白色沉淀物,在惰性气氛下过滤并用THF(Kubicki等。, 1995【Kubicki,M.M.,Oudet,P.,Martin,C.&Barré,C.(1995),《化学社会杂志》,Dalton Trans.第3699-3704页。】). 固体储存在手套箱以避免分解。

2.1.2. Rh溶液2(AcO)4乙硫醇,Rh2(AcO)4(EtSH)2(7)

Rh的溶解2(AcO)4(0.125 mmol)存于2.50 ml乙硫醇(33.8 mmol,d日=0.839克毫升−1)在氩气流下搅拌30分钟后,产生了清晰的勃艮第溶液,以防止硫醇(-SH)氧化为二硫化物(-S-S-);此解决方案用于EXAFS公司数据收集(C类1=50米M(M)). 对于UV-vis测量,a稀释溶液(C类1=5.0米M(M))通过溶解Rh制备2(AcO)4(0.0025 mmol)存于0.50 ml纯乙硫醇中。另一个紫外-可见光谱收集了1.0 mM(M)Rh溶液2(AcO)4(0.050 mmol)溶于50.0 mM(M)氯代乙硫醇(总体积=50.00 ml)。在物理测量之前或期间,溶液保持在有氧条件下。

2.1.3. [罗2(AcO)4(DHLA)]n个固体(8)

向DHLA在5.0毫升EtOH中的溶液(0.904毫摩尔)中加入Rh的悬浮液2(AcO)4逐滴添加15.0 ml EtOH中的(0.226 mmol),得到蓝绿色溶液。反应是在O中的氩气流下进行的2-无溶剂,避免硫醇基团氧化。在室温下搅拌24小时后,形成紫色沉淀物,在空气中过滤,用EtOH清洗,并在真空干燥器中干燥。该固体不溶于普通溶剂。计算。用于[Rh2(AcO)4(DHLA)]n个(Rh2C类16H(H)2810S公司2)n个:C,29.55;H、 4.34。发现:C,29.81;H、 4.34;N、 0.02。

2.1.4. 铑的好氧反应2(AcO)4乙硫醇钠(NaEtS)和钠(DTLA),DHLA的二硫醇钠(910)

将硫醇钠(2.26 mmol)溶于10.0 ml干甲醇中的溶液逐滴添加到Rh完全溶解的溶液中2(AcO)4(0.226 mmol)存于180.0 ml干燥甲醇中,氩气流下。使用干甲醇来避免钠盐质子化。溶液立即变成深橙色-红色,2小时后观察到沉淀。搅拌24小时后,干燥O2在反应混合物中大力鼓泡15分钟,并在O下继续搅拌2将反应混合物浓缩至5 ml,过滤掉沉淀,然后将其重新悬浮在10.0 ml水-甲醇(1:1)混合物中,以冲洗掉任何乙酸钠残留物。过滤悬浮液以收集橙色沉淀,然后用蒸馏水和甲醇清洗,然后在真空下干燥。固体产物是反磁性的,不溶于水和大多数有机溶剂。发现Rh(III)乙硫醇酯产品(9):C,24.02;H、 4.93节;S、 23.80分;Rh,31.49。对Rh(III)、CH的几种组合进行了元素分析计算中国2S公司,纳+和CHCOO公司,最接近实验数据的成分为[NaRh(相对湿度)7(C)2H(H)5S)17(瑞士首席运营官)7(H)2O)4]n个(纳Rh(相对湿度)7C类48H(H)11418S公司17)n个:C,24.92;H、 4.97节;S、 23.56;Rh,31.13。化合物10也是一种结构类似于9(见下文)。

2.2。方法

磁化率使用Johnson Matthey对固体样品进行测量磁化率平衡。

2.2.1. 电子光谱学

使用Cary 300紫外-可见双光束分光光度计测量Rh的紫外-可视光谱2(AcO)4在水中(C类1=1.0米M(M)),纯乙硫醇(C类1=5.0米M(M)),或50.0 mM(M)氯代乙硫醇(C类1=1.0米M(M))以相应的溶剂为空白,以1mm光程长度的石英电池为样品支架,能量分辨率为1.0nm。

2.2.2. 振动光谱学

[Rh的KBr盘的红外光谱2(AcO)4(DHLA)]n个固体(7)使用Thermo Nicolet NEXUS 470 FT-IR ESP光谱仪(4 cm−1分辨率)。将一滴DHLA(油)置于两个BaF之间,即可获得纯DHLA的红外光谱2磁盘(窗口截止870厘米−1).

2.2.3. X射线吸收光谱:数据收集

Rh公司K(K)-在3GeV下操作的斯坦福同步辐射光源(SSRL)在室温下在BL7-3(500mA)下测量边缘X射线吸收光谱。通过失谐a Si(220)抑制高次谐波(直径=0°)双晶单色仪,达到最大强度(I)的50%0)在Rh的末端K(K)-边缘扫描范围。离子室(I0,我1和我2)用硝基(N2)和带有氩气(Ar)的Lytle检测器。通过在吸收光谱Rh箔(放置在I之间1和我2离子室)达到23219.80 eV。X射线吸收近边缘结构(XANES)区域的单色器能量阶跃为0.3 eV2(AcO)4(EtSH)2] (7)将其置于带有Kapton窗口的2 mm针孔样品架内,在120 K下收集数据,以抑制EtSH的强烈气味(沸点=308 K;冰点=125 K)。固体样品18910与氮化硼混合(样品:BN=70:30w个/w个)用聚酯薄膜胶带作为窗户材料,精细研磨并压入1 mm铝框中。在传输模式下为每个样本采集五到七次扫描(除了1,在荧光模式下测量)。在计算平均值之前,对所有单个扫描进行比较,以确保在测量期间没有发生辐射损伤。

2.2.4. X射线吸收光谱:数据分析

EXAFS公司使用WinXAS3.1软件计划(Ressler,1998【Ressler,T.(1998),《同步辐射杂志》,第5期,第118-122页。】)通过移除前边缘区域中的一阶多项式背景,然后进行边缘步长归一化。这个阈值能量(E类0),定义为吸收边缘,在窄范围内变化:23226.0eV(对于1),23225.8电子伏(7),23225.6电子伏(8), 23225.4 (9), 23225.3 (10). 这个E类0值用于将能量单位转换为光电子波矢量,k个−1),其中k个 = [(8π2e(电子)/小时2)(E类E类0)]1/2. TheEXAFS公司然后使用七段三次样条曲线去除边缘上方的原子背景吸收,提取振荡。

用于理论建模EXAFS公司振荡,χ(k个),的FEFF7.0型程序(扎宾斯基等。, 1995[Zabinsky,S.I.、Rehr,J.J.、Ankudinov,A.、Albers,R.C.和Eller,M.J.(1995)。《物理学评论B》,52,2995-3009。]; Ankudinov&Rehr,1997年【Ankudinov,A.L.&Rehr,J.J.(1997),《物理评论》B,56,R1712-R1716。】)用于获取从头算计算振幅(f)效率(k个),相移直径ij公司(k个)、和平均自由程 λ(k个)函数[方程式(1)[链接]]从[Rh晶体结构获得的配位模型2(AcO)4(H)2O)2](棉花等。, 1971【Cotton,F.A.,DeBoer,B.G.,LaPrade,M.D.,Pipal,J.R.和Ucko,D.A.(1971年)。晶体学报B27,1664-1671。】),{Rh2(AcO)4[(菲律宾)2)2【S】2}(剑桥结构数据库(CSD)代码:DEHBIB)(克拉克等。1985年[克拉克,R.J.H.,亨普曼,A.J.,道斯,H.M.,赫斯豪斯,M.B.&弗林特,C.D.(1985),《化学社会杂志》,道尔顿译,第1775-1780页。])和ΔΛ-[Rh{Ir(aet)}2]溴(CSD:AQUVOX;Haet=2-氨基乙烷硫醇)(Mahboob等。, 2004【Mahboob,N.、Miyashita,Y.、Yamada,Y.,Fujisawa,K.和Okamoto,K.(2004)。无机化学学报,357,75-82。】)以及[Rh的优化几何4(等)15]3−(参见支持信息),

[\eqaligno{\chi(k)={}&\sum\limits_i{{N_iS_0^{,2}(k(k)\右]&(1)}]

的输入文件FEFF公司程序是由ATOMS公司计划(拉威尔,2001年[Ravel,B.(2001),《同步加速器辐射杂志》,第8期,第314-316页。]),使用上述晶体结构的原子坐标。对于ΔΛ-[Rh{Ir(aet)}2]溴结构中的末端Ir原子被Rh取代ATOMS公司输入文件,因为它们的离子半径相似,Rh(III)0.665º和Ir(III)068º(Shannon,1976【Shannon,R.D.(1976),《水晶学报》,A32,751-767。】).

最小平方曲线拟合k个-加权模型函数χ(k个)到未经过滤的实验EXAFS公司k个-范围2.8–18º−1对于围绕中心Rh原子的每个反向散射路径,距离(R(右)),德拜-沃勒因子参数(σ2)在某些情况下配位数(N个)精炼,而ΔE类0被细化为模型中所有散射路径的通用值。振幅折减系数(S公司0 2)被精炼为0.921并将所有其他配件固定在该值。键距的准确性,σ2和精制N个值在±0.02Ω、±0.001Ω范围内2和±10-15%。

2.2.5. XANES计算

RhK(K)-边缘XANES模拟通过2010年2月8日程序(Ankudinov等。, 1998【Ankudinov,A.L.,Ravel,B.,Rehr,J.J.&Conradson,S.D.(1998),《物理评论B》,58,7565-7576。】),使用DFT优化几何体[Rh的原子坐标2(AcO)4(EtSH)2]和[Rh4(瑞典)15]3−以及重叠15%的松饼锡电位。当Hedin–Lundqvist交换相关电位用于激发态。XANES计算的输入文件显示在支持信息

2.2.6. 计算计算

电子结构计算使用高斯09包装(Frisch等。, 2016[Frisch,M.J.,Trucks,G.W.,Schlegel,H.B.,Scuseria,G.E.,Robb,M.A.,Cheeseman,J.R.,Scalmani,G.,Barone,V.,Petersson,G.A.,Nakatuji,H.,Li,X.,Caricato,M.,Marenich,A.,Bloino,J.,Janesko,B.G.,Gomperts,R.,Mennucci,B.,Hratchian,H.P.,Ortiz,J.V.,Izmaylov,A.F.,Sonnenberg,J。L.、Williams-Young,D.、Ding,F.、Lipparini,F.,Egidi,F.和Goings,J.、Peng,B.、Petrone,A.、Henderson,T.、Ranasinghe,D.、Zakrzewski,V.G.、Gao,J.,Rega,N.、Zheng,G.、Liang,W.、Hada,M.、Ehara,M.,Toyota,K.、Fukuda,R.、Hasegawa、J.、Ishida、M.、Nakajima、T.、Honda、Y.、Kitao,O.、Nakai,H.、Vreven,T.,Throssell,K.和Montgomery。,佩拉尔塔、J.J.E.、奥利亚罗、F.、比尔帕克、M.、海德、J.J、兄弟、E.、库丁、K.N.、斯塔罗夫罗夫、V.N.、基思、T.、小林石、R.、诺曼德、J、拉格哈瓦查里、K.、伦德尔、A.、伯兰特、J.C.、艾扬格、S.、托马西、J.、科斯西、M.,米勒姆、J.M.、克莱恩、M、阿达莫、C.、卡米、R.,奥切特斯基、J.W.、马丁、R.L.、莫罗库马、K.,Farkas,O.、Foresman、J。B.&Fox,D.J.(2016)。高斯16,修订版B.01。Gaussian,Inc.,美国康涅狄格州沃林福德]). 初始原子坐标是从晶体结构第页,共页[Rh2(AcO)4(H)2O)2](棉花等。, 1971【Cotton,F.A.,DeBoer,B.G.,LaPrade,M.D.,Pipal,J.R.&Ucko,D.A.(1971),《结晶学报》B271664-1671。】)和被用作几何优化的起点。Becke–Half和Half–LYP密度泛函用于所有非金属原子的6-31G(d)基组和Rh原子的LANL2DZ赝势。优化几何结构的所有计算振动频率均为正值。[Rh的优化几何2(AcO)4(H)2O)2]将其基态与报道的晶体结构(棉花等。, 1971【Cotton,F.A.,DeBoer,B.G.,LaPrade,M.D.,Pipal,J.R.&Ucko,D.A.(1971),《结晶学报》B271664-1671。】)测试函数集和基集的组合。所有Rh-Rh和Rh-O等式优化几何结构中的距离在晶体结构中的±0.02Ω范围内。

对[Rh的优化几何结构进行了TD-DFT计算2(AcO)4(H)2O)2],[Rh2(AcO)4(H)2S)2]和[Rh2(AcO)4(EtSH)2]放置在溶剂腔内,考虑前100个最低的垂直激励。溶剂效应通过可极化连续体模型(PCM)(Frisch等。, 2016[Frisch,M.J.,Trucks,G.W.,Schlegel,H.B.,Scuseria,G.E.,Robb,M.A.,Cheeseman,J.R.,Scalmani,G.,Barone,V.,Peterson,G.A.,Nakatsuji,H.,Li,X.,Caricato,M.,Marenich,A.,Bloino,J.,Janesko,B.G.,Gomperts,R.,Mennucci,B.,Hratchian,H.P.,Ortiz,J.V.,Izmaylov,A.F.,Sonnenberg,J。L.、Williams Young,D.、Ding,F.、Lipperini,F.、Egidi,F.、Goings,J.、Peng,B.、Petrone,A.、Henderson,T.、Ranasinghe,D.、Zakrzewski,V.G.、Gao,J.、Rega,N.、Zheng,G.、Liang,W.、Hada,M.、Ehara,M.、Toyota,K.、Fukuda,R.、Hasegawa,J.、Ishida,M.、Nakajima,T.、Honda,Y.、Kitao,O.、Nakai,H.、Vreven,T.、Throssell,K.、Montgomery,J.A。,佩拉尔塔、J.J.E.、奥利亚罗、F.、比尔帕克、M.、海德、J.J、兄弟、E.、库丁、K.N.、斯塔罗夫罗夫、V.N.、基思、T.、小林石、R.、诺曼德、J、拉格哈瓦查里、K.、伦德尔、A.、伯兰特、J.C.、艾扬格、S.、托马西、J.、科斯西、M.,米勒姆、J.M.、克莱恩、M、阿达莫、C.、卡米、R.,奥切特斯基、J.W.、马丁、R.L.、莫罗库马、K.,Farkas,O.、Foresman、J。B.&Fox,D.J.(2016)。高斯16,修订版B.01。Gaussian,Inc.,美国康涅狄格州沃林福德])所有三个系统都使用水,[Rh也使用氯仿2(AcO)4(EtSH)2].

使用相同的函数重复优化和TD-DFT计算,但这次使用6-311++G(2d,p)基集,包括Rh的LANL2TZ(f)赝势,以研究这种更全面、更灵活的基集组合是否会显著影响结果。这两个模型产生了相似的优化参数和跃迁能,以及激发的一致性,并且TD-DFT报告的状态组成在对激发的分数贡献方面具有可比性。这些结果表明,基本集的原始组合充分描述了系统。

3.结果和讨论

3.1. 电子吸收光谱学

铑的祖母绿水溶液的紫外-可见光谱2(AcO)4(1)显示了[Rh的特征宽带2(AcO)4(H)2O)2]带有λ最大值=584 nm(Boyar&Robinson,1983年[Boyar,E.B.和Robinson,S.D.(1983年),《化学期刊》第50版,第109-208页。]),之前被认为是π*(Rh24+)→σ*(Rh24+)过渡(波段); 见图3[链接](威尔逊和陶布,1975年【Wilson,C.R.和Taube,H.(1975年)。Inorg.Chem.142276-2279。】; 诺曼等。1979年【Norman,J.G.,Renzoni,G.E.&Case,D.A.(1979),《美国化学学会期刊》101,5256-5267。】; 诺曼和科拉里,1978年[Norman,J.G.和Kolari,H.J.(1978)。美国化学会杂志,100,791-799。]). 原理图分子轨道计算出Rh能级的氘(II)核(MO)图2(AcO)4和[Rh2(AcO)4(H)2O)2]如图S1所示、S1b条和S2分别属于支持信息. Theπ*(Rh24+)→σ*(Rh24+)过渡对轴向配位配体中施主原子的性质很敏感(L(左))在[Rh中2(AcO)4L(左)2]复合物,按以下顺序移动到较短波长:O<S<N服务提供商<牛顿服务提供商2<S=O(Kitchens&Bear,1969年【Kitchens,J.&Bear,J.L.(1969),《无机化学杂志》,第31期,第2415-2421页。】). 勃艮第酒溶液λ最大值=555 nm(蓝移~29 nm),在溶解Rh时获得2(AcO)4纯乙硫醇(C类1=5.0米M(M)),或50.0米M(M)氯形式的乙烷硫醇(C类1=1.0米M(M)); 见图3[链接]

[图3]
图3
铑的紫外可见光谱2(AcO)4(1)溶于水(C类1=1.0米M(M))在纯乙烷硫醇(EtSH,C类1=5.0米M(M); 由于高溶剂吸收,在~300 nm处截止),或在50.0 m处M(M)氯代EtSH(CHClC类1=1.0米M(M); 截止波长为~230 nm)。Δ=样品和溶剂(空白)之间的吸收差异。

带的蓝色偏移小于Rh的双硫醚加合物的观察值2(AcO)4和我一起吃硫堇(λ最大值=537 nm)(Chen&Kostic,1988年【Chen,J.&Kostic,N.M.(1988),无机化学,272682-2687。】; 贾基莫维奇等。, 2000【Jakimowicz,P.、Ostropolska,L.和Pruchnik,F.P.(2000)。基于Met.的药物,201-209年7月。】),二乙基硫醚(541 nm)(Kitchens&Bear,1969年【Kitchens,J.&Bear,J.L.(1969),《无机化学杂志》,第31期,第2415-2421页。】)和二苄基硫醚(546 nm)(克拉克等。1985年[克拉克,R.J.H.,亨普曼,A.J.,道斯,H.M.,赫斯豪斯,M.B.&弗林特,C.D.(1985),《化学社会杂志》,道尔顿译,第1775-1780页。]). 报告的最大变化是S公司-配位二甲基亚砜(DMSO)加合物(λ最大值=497纳米)(Kitchens&Bear,1969年【Kitchens,J.&Bear,J.L.(1969),《无机化学杂志》,第31期,第2415-2421页。】; 约翰逊等。, 1963【Johnson,S.A.,Hunt,H.R.和Neumann,H.M.(1963年)。Inorg.Chem.2,960-962。】). Dubicki&Martin基于自持充电和配置提出分子轨道(SCCC-MO)计算,相对于[Rh2(AcO)4(H)2O)2]可能是由于配体之间的轴向相互作用增加所致,轴向硫醚/硫醇基团的软S原子和σ*(Rh24+)软Rh(II)离子的轨道,具有高4d日z(z)2并直接作用于配体L(左)沿着直线L(左)-Rh-Rh-L(左)轴。越强大配体场轴向配体的L(左),反键的能量越高σ*(Rh24+)轨道(Dubicki&Martin,1970年【Dubicki,L.和Martin,R.L.(1970),《无机化学》第9期,第673-675页。】). 因此,观察到的颜色变化应是由于轴向乙硫醇配体对π*(Rh24+)→σ*(Rh24+)Rh的转变2(AcO)4加合物(另见第3.2节[链接])(费尔特豪斯,1982年【Felthouse,T.R.(1982),《无机化学进展》,29,73-166。】; Dubicki&Martin,1970年【Dubicki,L.和Martin,R.L.(1970),《无机化学》第9期,第673-675页。】). Rh的乙硫醇加合物中Rh-Rh键的保留2(AcO)4由进一步确认EXAFS公司光谱学(见下文)。

由于纯乙硫醇在~300 nm以下的高溶剂吸收,我们还测量了Rh的紫外-可见光谱2(AcO)4溶解于50.0 mM(M)氯代乙硫醇(C类1=1.0米M(M))这使我们能够在295nm处观察到一个强带。在双硫醚加合物的紫外-可见光谱中,在308 nm处观察到类似的吸收1:[Rh2(AcO)4{S(瑞士2电话)2}2](克拉克等。1985年[克拉克,R.J.H.,亨普曼,A.J.,道斯,H.M.,赫斯豪斯,M.B.&弗林特,C.D.(1985),《化学社会杂志》,道尔顿译,第1775-1780页。])和[Rh2(AcO)4{甲硫九}2](Chen和Kostic,1988年【Chen,J.&Kostic,N.M.(1988),无机化学,272682-2687。】; 恩里奎斯·加西亚等。, 2018【Enriquez Garcia,A.,Jalilehvand,F.,Niksirat,P.&Gelfand,B.S.(2018),《无机化学》57,12787-12799。】).

3.2. 计算研究

为了解释观察到的紫外-可见吸收带,进行了DFT计算,然后进行了TD-DFT计算。作为优化的起点,水络合物的分子结构根据晶体结构第页,共页[Rh2(AcO)4(H)2O)2](棉花等。, 1971【Cotton,F.A.,DeBoer,B.G.,LaPrade,M.D.,Pipal,J.R.&Ucko,D.A.(1971),《结晶学报》B271664-1671。】); 见第2.2.6节[链接]然后将水氧原子替换为硫,得到[Rh2(AcO)4(H)2S)2]为了研究轴向施主原子的影响。然后替换每个H的一个氢原子2带有乙基的S配体,以获得[Rh2(AcO)4(EtSH)2]. [Rh的MO的计算能量图2(AcO)4L(左)2] (L(左)=H2O、 H(H)2S和EtSH)如图4所示[链接]以及每种类型的相应图形表示分子轨道如图S2所示–S2c(c)

[图4]
图4
密度泛函理论(DFT)计算了[Rh的分子轨道(MO)的能量2(AcO)4(H)2O)2],[Rh2(AcO)4(H)2S)2]和[Rh2(AcO)4(EtSH)2],以及涉及的MO的图形表示π(Rh24+)→σ*(铑24+)和σ(铑24+)→σ*(Rh24+)跃迁是1.0m紫外-可见光谱中观察到的295nm波段的主要贡献者M(M)[Rh的溶液2(AcO)4(EtSH)2]50米M(M)氯形式的EtSH(见图3[链接]).

[Rh的计算MO能量2(AcO)4(H)2O)2]与Wong计算的结果一致等。,使用CAM-B3LYP功能(Wong等。, 2017【Wong,D.L.,Zhang,A.,Faponle,A.S.,de Visser,S.P.&Stillman,M.J.(2017),《金属组学》,第9期,第501-516页。】). 图4[链接]表明通过改变H2O到H2S作为轴向配体的能量σ(Rh24+)生产任务增加。注意,这个轨道有一些来自σ*(Rh-X(X))轨道,源于轴向配位的施主原子X(X)(O或S),在Rh-Rh旁边σ相互作用(Sowa等。, 1983【Sowa,T.、Kawamura,T.,Shida,T.和Yonezawa,T(1983),《无机化学》22,56-61。】). 因此σ软硫和Rh(II)原子之间的键相互作用也会增加σ*(Rh-S)的贡献和破坏σ(Rh24+)[Rh中的MO轨道2(AcO)4(H)2S)2]. 替换H中的一个氢原子2[Rh中含有乙基的S2(AcO)4(EtSH)2]增加σ*(Rh-S)贡献并提高σ(Rh24+)轨道更远。

对[Rh进行TD-DFT计算2(AcO)4(EtSH)2]在由与水或氯仿对应的连续体包围的空腔中,模拟实验条件的影响(见第2.2.6节[链接]). 计算得到的[Rh的过渡能2(AcO)4(EtSH)2]非常相似(见图S3),下文只讨论水的结果。

TD-DFT计算显示了两种弱振子强度的激发((f)≃0.003–0.004),在514 nm处,[Rh2(AcO)4(EtSH)2]对应于π*(Rh24+)→σ*(Rh24+)过渡(约76%的贡献)源于两者π*(Rh24+)轨道(见图S4)。与水络合物(541nm)相比,该跃迁蓝移27nm。这种蓝移的范围与29纳米波段的蓝移一致通过实验观察到的1溶于水和乙硫醇(见图3[链接]). 这种蓝移以前被描述为由于σ*(Rh24+)MO,当配体场轴向配体的增加,移动π*(Rh24+)→σ*(Rh24+)向更高能量过渡(Dubicki&Martin,1970【Dubicki,L.和Martin,R.L.(1970),《无机化学》第9期,第673-675页。】). 然而,我们的DFT计算表明σ*(Rh24+)乙硫醇加合物中的MO能量略低于水络合物中的能量(图4[链接]),这表明π*(Rh24+)→σ*(Rh24+)跃迁虽然占主导地位,但并不是导致波段蓝移的唯一因素在UV区域,我们对[Rh的计算结果2(AcO)4(EtSH)2]显示两个具有高振子强度的垂直激励((f)≥0.3)(图S4)。对这两种激励都有显著贡献的MO转变是σ(Rh24+)→σ*(Rh24+),如图4所示[链接].水络合物[Rh的类似计算2(AcO)4(H)2O)2]这意味着239 nm波段的相同跃迁的高贡献(70%)(图S2和表S1)。硫醇配位加合物[Rh的紫外波段向更长波长移动2(AcO)4(EtSH)2]相对于水络合物,对应于σ(Rh2)轨道。其能量水平的增加导致σ(铑24+) →σ*(Rh24+)长波长的激发和吸收。对振荡器强度(38%)有显著贡献的第二个跃迁来自π(铑24+)轨道到σ*(Rh24+),如图4所示[链接]和S4。

因此,我们对[Rh的TD-DFT计算2(AcO)4(EtSH)2]显示电子转换π(Rh24+)→σ*(Rh24+)和σ(Rh24+)→σ*(Rh24+)在295nm处与实验观察到的波段紧密匹配(见图3[链接]). 注意,对于水络合物[Rh2(AcO)4(H)2O)2]σ(Rh24+)→σ*(Rh24+)在247nm处发生转变(见图3[链接])(诺曼和科拉里,1978年【Norman,J.G.和Kolari,H.J.(1978),《美国化学学会杂志》,第100期,第791-799页。】).

3.3. Rh(相对湿度)K(K)-边缘X射线吸收光谱

图5[链接]比较k个-加权RhK(K)-边缘EXAFS公司固体Rh的光谱和相应的傅里叶变换2(AcO)4(1)及其在乙硫醇中的溶液,[Rh2(AcO)4(EtSH)2] (7),[Rh2(AcO)4(DHLA)]n个固体(8),以及Rh的反应产物2(AcO)4含有过量硫醇盐NaEtS(9)和Na(DTLA)(10).

[图5]
图5
(左)k个-加权RhK(K)-边缘埃夫斯光谱和(右)相应的傅里叶变换:Rh2(AcO)4固体(1)及其在乙硫醇中的溶液,[Rh2(AcO)4(EtSH)2] (7),[Rh2(AcO)4(DHLA)]n个固体(8),Rh的反应产物2(AcO)4含有过量硫醇酸钠NaEtS(9)和Na(DTLA)(10)和Rh浓缩溶液–GSH产品(2)在Rh(III)离子之间具有三个桥联硫醇基(Enriquez Garcia和Jalilehvand,2018【Enriquez Garcia,A.&Jalilehvand,F.(2018),《生物无机化学杂志》23,231-239。】); 请参见下文。曲线拟合结果如表1所示[链接]

傅里叶变换埃夫斯Rh溶液的光谱2(AcO)4乙硫醇中(7),对于[Rh2(AcO)4(DHLA)]n个固体(8)在与Rh的相应FT峰相似的位置显示出Rh-Rh键的明显峰值2(AcO)4如图5所示[链接]对于Rh的好氧反应产物2(AcO)4乙醇硫醇钠过量(摩尔比1:10)较大(9),或DHLA的二硫代钠盐(10),的EXAFS公司振荡和相应的FT与Rh的差异很大2(AcO)4如图5所示[链接]. TheEXAFS公司产品光谱910几乎重叠(图S5)。用于与Rh进行比较–GSH产品(2),见第3.3.3节[链接]

这些化合物XANES光谱的变化也提供了信息。图6[链接](顶部)显示实心Rh的类似特征2(AcO)4(1)及其在乙硫醇[Rh中的溶液2(AcO)4(EtSH)2] (7). 然而,Rh反应产物的XANES光谱2(AcO)4乙烷硫醇钠过量(9)不同于它在乙硫醇中的溶液(7). 因此,当Rh2(AcO)4在好氧条件下与乙硫醇钠反应。

[图6]
图6
归一化RhK(K)-Rh的边缘XANES光谱2(AcO)4固体(1)及其在乙硫醇中的溶液,[Rh2(AcO)4(EtSH)2] (7),的反应产物1含有过量的乙硫醇钠(NaEtS)(9),和Rh的溶液–GSH反应产物(2)在Rh(III)离子之间具有三个桥联硫醇基(Enriquez Garcia和Jalilehvand,2018【Enriquez Garcia,A.&Jalilehvand,F.(2018),《生物无机化学杂志》23,231-239。】). Rh离子周围的电子环境9明显不同于7,但与2

在某种程度上,第一个拐点(E类0)Rh(II)化合物的吸收边也受到影响17,的E类0Rh(III)化合物的值分别为23226.0和23225.89第一个拐点发生在稍低的能量(23225.4eV)。对于更高氧化状态,一般认为较高的能量会激发核心电子。然而,在这种情况下9被六个富含电子的硫醇基团包围,为Rh(III)离子提供电子密度。Rh中Rh(III)离子的计算Mulliken电荷为+0.792S公司(Tan和Harris,1998年【Tan,A.&Harris,S.(1998),《无机化学》37,2215-2222。】),周围的Rh与9(第3.3.3节[链接]),与激发Rh(III)离子核心电子所需的较低能量一致9

3.3.1. Rh的乙硫醇溶液2(AcO)4

RhK(K)-边缘EXAFS公司铑的乙硫醇溶液的光谱2(AcO)4非常适合由每个Rh离子周围的四个Rh-O(2.03±0.02Å)、一个Rh-Rh(2.41±0.02Å)和一个Rh-S(2.52±0.02Å)距离组成的模型;查看的光谱7如图5所示[链接]和表1[链接]这些键长与Rh-Rh键长2.4020(3)Au和2.4024(7)Au以及相应的Rh-S相当轴向的[Rh晶体结构中的距离2.551(2)Ω和2.548(1)Ω2(AcO)4(HSCH公司2博士)2]和[Rh2(AcO)4(热休克蛋白)2]分别为(Christoph和Tolbert,1980【Christoph,G.G.和Tolbert,M.(1980),《美国晶体学会期刊》第2、7、39期。】; 费尔豪斯,1982年【Felthouse,T.R.(1982),《无机化学进展》,29,73-166。】). 该结果与支配[Rh一致2(AcO)4(EtSH)2] (7)乙硫醇溶液中的络合物,EtSH分子占据Rh的轴向位置2(AcO)4芯(图7[链接]).

表1
由模拟的最小二乘曲线拟合导出的结构参数EXAFS公司局部铑离子环境模型的实验振荡EXAFS公司的光谱127——10如图所示。 5[链接]

振幅折减系数(S公司0 2)被精炼为0.921并将所有其他配件固定在该值;(f)=固定值;估计误差:R(右)± 0.02 Å;σ2± 0.001 Å2;N个± 10–15%.

  铑-O Rh-S型 Rh-Rh/Rh……Rh
样品 N个 R(右)(Å) σ22) N个 R(右)(Å) σ22) N个 R(右)(Å) σ22)
1 4(f) 2.03 0.0029       1(f) 2.38 0.0012
7 4(f) 2.03 0.0022 1(f) 2.52 0.0050 1(f) 2.41 0.0015
8§ 4(f) 2.03 0.0023 1(f) 2.61 0.0082 1(f) 2.41 0.0014
9       6.2 2.37 0.0041 1.5 3.18 0.0046
10††       6.3 2.37 0.0044 1.5 3.17 0.0053
2‡‡ 2.5 2.08 0.0034 4.1 2.33 0.0050 0.85 3.11 0.0046
†其他精细路径:4Rh…C(R(右)= 2.88 Å,σ2= 0.0034 Å2),4Rh…O等式′ (R(右)= 3.09 Å,σ2= 0.0057 Å2).
其他优化路径:4Rh­C(R(右)= 2.96 Å,σ2= 0.0031 Å2),4Rh…O等式′ (R(右)= 3.09 Å,σ2= 0.0023 Å2).
§其他精细路径:4Rh…C(R(右)=2.88Å,σ2=0.0030Å2),4Rh…O等式′ (R(右)= 3.08 Å,σ2= 0.0061 Å2).
¶其他优化路径{使用FEFF公司[Rh的优化几何图形中的文件4(等)15]3−}:6.2Rh-S-Rh-S(n个= 4; 沿线性S-Rh-S实体)(R(右)= 4.73 Å,σ2= 0.0087 Å2),关联其配位数至Rh-S。
††其他优化路径:6.3Rh-S-Rh-S(n个= 4) (R(右)= 4.72 Å,σ2= 0.0097 Å2),关联其配位数至Rh-S。
Rh浓缩溶液–Rh(III)离子之间带有三个桥联硫醇原子基团的GSH反应产物(Enriquez Garcia和Jalilehvand,2018年【Enriquez Garcia,A.&Jalilehvand,F.(2018),《生物无机化学杂志》23,231-239。】).
[图7]
图7
[Rh的拟议结构2(AcO)4(EtSH)2] (7),[Rh2(AcO)4(DHLA)]n个(8)和反应产物(9)Rh的2(AcO)4在有氧条件下具有过量的NaEtS。

固体Rh中从2.38±0.02Ω到Rh-Rh键距离的延伸率2(AcO)4(1)至2.41±0.02μin[Rh2(AcO)4(EtSH)2] (7)可以归因于反式轴向配位的乙烷硫醇配体的影响,以及σ(Rh24+)轨道能量(见图4[链接]和第3.2节[链接]). 对于[Rh系列2(AcO)4L(左)2]复合体[L(左)=吡啶,NH(Et)2、CO、PF,P(OPh),P(Ph)、P(OCH))],已经证明轴向配体L(左),两者都很强大σ-捐赠(碱性)或π-接受能力,可以削弱和延长Rh-Rh键。例如,在[Rh2(AcO)4(PF)2]复杂的情况被解释为强π-PF的可接受性至空PFσ*-轨道,尽管它很弱σ-捐赠(由于电负性F原子)(Christoph&Koh,1979【Christoph,G.G.&Koh,Y.B.(1979),《美国化学学会期刊》第101期,第1422-1434页。】; 奥本和康纳利,1990年【Orpen,A.G.和Connelly,N.G.(1990),《有机计量学》,第9期,第1206-1210页。】). 所以乙硫醇,它是一种相当弱的σ-捐赠者,但很好π-接受人σ*-轨道)(Kraatz等。, 1993【Kraatz,H.B.,Jacobsen,H.,Ziegler,T.&Boorman,P.M.(1993),《有机计量学》,第12期,第76-80页。】),对Rh-Rh键应具有类似的影响。Christoph&Koh建议π-电子回馈给π-[Rh中的受体配体2(AcO)4L(左)2]配合物将由充满高能MO轨道产生π而不是π*对称性(因为从π*轨道会加强Rh-Rh键)(Christoph&Koh,1979【Christoph,G.G.&Koh,Y.B.(1979),《美国化学学会期刊》第101期,第1422-1434页。】).

3.3.2。铑的反应2(AcO)4与二氢硫辛酸

我们之前已经证明Rh的反应2(AcO)4半胱氨酸摩尔比为1:4时,会形成{Rh2(HCys)2(塞浦路斯)2·4小时2O}(O)n个在混合的pH(pH=3.2)下沉淀,并形成低聚{Na2[铑2(塞浦路斯)4]·5小时2O}(O)n个pH=7.4时,半胱氨酸配体作为(S、 N个)-或(S、 N,O型)-在两个Rh(III)离子之间形成二硫代酯桥的螯合物(Jalilehvand等。, 2017[Jalilehvand,F.、Enriquez Garcia,A.和Niksirat,P.(2017)。美国化学学会欧米茄分会,26174-6186。]). 二氢硫辛酸(DHLA)可以作为二硫醇配体,形成(S、 S公司)-脱质子后螯合。因此,我们研究了Rh的反应2(AcO)4DHLA在乙醇中作为溶剂,因为DHLA不溶于水。产品为紫色沉淀,[Rh2(AcO)4(DHLA)]n个(8)不溶于普通溶剂(例如水,酒精,乙腈,等。). Rh的最小二乘曲线拟合K(K)-边缘EXAFS公司光谱显示,Rh-Rh距离(2.41±0.02Ω)与[Rh2(AcO)4(EtSH)2] (7); 见表1[链接]此外,Rh-S散射路径可以在2.61±0.02°处拟合,略长于7(2.52 ± 0.02 Å). 图8[链接]显示中使用的不同散射路径的单独贡献EXAFS公司[Rh的模型拟合2(AcO)4(DHLA)]n个固体(8).

[图8]
图8
()的最小二乘曲线拟合k个-加权RhK(K)-边缘埃夫斯[Rh的光谱2(AcO)4(DHLA)]n个固体(8)由Rh-O、Rh-Rh、Rh-S、Rh……C和Rh…..O分别出资等式散射路径;(b条)相应的傅里叶变换。

在固体的FT-IR光谱中8,DHLA的S-H拉伸振动出现在2530cm−1,相对于2561厘米处的纯DHLA,移动到较低频率−1(图S6;文献值2547–2557 cm−1)(尼科利奇等。2014年[Nikolić,R.S.,Krstić,N.S.、Nikoliá,G.M.、Kocić、G.M、Cakić,M.D.和An ddo elković,D.H.(2014)。多面体,80,223-227。]; 等。, 2013[张,C.,孙,X.,李,J.&刘,Y.-N.(2013).纳米尺度,56261-6264。])表明当DHLA与Rh的轴向位置协调时,S-H键变得较弱2(AcO)4.在[Rh中配位的苄硫醇的S-H拉伸频率2(AcO)4(HSCH公司2电话)2](2550厘米−1)显示出与纯苄基硫醇(2565厘米)相比的类似位移−1)(克里斯托夫和托尔伯特,1980年[Christoph,G.G.和Tolbert,M.(1980年),美国水晶协会,第2、7、39期。]; 拉贾林加姆等。, 2010[Rajalingam,K.,Hallmann,L.,Strunskus,T.,Bashir,A.,Wöll,C.&Tuczek,F.(2010),《物理化学化学物理》第12期,第4390-4399页。]). DHLA羧基不太可能参与该化合物中的任何键相互作用,例如替换Rh中的乙酸基2(AcO)48,因为其1:1 Rh2(AcO)4:来自元素分析的DHLA成分证实了AcO的数量配体保持不变。此外,COOH基团的C=O伸缩振动频率8(1708厘米−1)与纯DHLA(1707厘米−1)、和ν不对称(AcO公司)振动带略微移向更高的频率(1587厘米−1),相对于Rh2(AcO)4[1579厘米−1; 报告高度为1586厘米−180 K(克拉克和亨普曼,1988[克拉克·R·J·H和亨普曼·A·J(1988)。克罗地亚化学学报,61,313-329。])];见图S6和S7

上述结果表明,[Rh中的DHLA2(AcO)4(DHLA)]n个(8)表现为[Rh中的乙硫醇2(AcO)4(EtSH)2] (7). DHLA的每个硫醇基团通过其S原子坐标到Rh的轴向位置2(AcO)4单元,从而形成桥梁而不是(S、 秒)-螯合物;它的行为不像(S、 N个)-供体配体半胱氨酸,取代醋酸盐基团。图7中提议的低聚物结构[链接](中间)由Rh的1:1比率推导得出2(AcO)4:DHLA输入8不溶于所有常见溶剂。

3.3.3. 铑的反应2(AcO)4乙硫醇钠(NaEtS)和钠(DTLA),DHLA的二硫醇钠

乙硫醇和DHLA都是水中的弱酸(pK分别为10.6和10.7)(Bhattacharyya和Rohrer,2012年[Bhattacharyya,L.&Rohrer,J.S.(2012),编辑,《药物和生物制品的离子色谱应用》(附录1),第451-453页。纽约:John Wiley&Sons公司]; Fuchs,1997年【Fuchs,J.(1997)。健康和疾病中的硫辛酸。纽约:CRC出版社。】); 然而,由于它们与Rh的反应2(AcO)4不在水介质中进行,不会促进其共轭碱的形成。因此,我们将其硫醇钠盐NaEtS和Na反应(DTLA)和Rh2(AcO)4在好氧条件下,摩尔比为10:1,产生沉淀910分别为。这些产品被发现是抗磁性的,基于磁化率不溶于普通溶剂,因此被认为是低聚物(或聚合物)。这个经验公式[纳Rh公司7(瑞士中国2S)17(瑞士首席运营官)70.4小时2O](操作)n个最接近的元素分析9(见第2.1.4节[链接]). 化合物中桥联乙酸基的存在9通过在1541厘米处指定一条带来确认−1在其红外光谱中拉伸(见图S7c(c)).

这个EXAFS公司振荡和相应的FT910与硫醇(EtSH和DHLA)反应产物[Rh2(AcO)4(EtSH)2] (7)和[Rh2(AcO)4(DHLA)]n个(8); 见图5[链接].XANES光谱79这些化合物中铑离子周围的电子环境也发生了剧烈变化(见图6[链接]). 分析EXAFS公司数据使用FEFF公司[Rh的优化几何文件4(等)15]3−,允许在安装FT功能(R(右)α)≃4𕚞,揭示了六个Rh-S和大约两个Rh·Rh每个Rh离子周围平均距离分别为2.37±0.02Ω和3.18±0.02δ的相互作用910(见表1[链接]); 每个散射路径对EXAFS公司固体的光谱10如图9所示[链接]这些距离接近平均Rh-S和Rh…-Rh距离,Rh-S大道=2.365Å和Rh·铑=3.208º,在晶体结构铑(III)硫化物(Rh2S公司),包括变形的[ReS6]八面体和[SRh4]四面体(第二部分等。, 1967【Parthé,E.,Hohnke,E.&Hulliger,F.(1967),《水晶学报》,第23期,第832-840页。】; Tan&Harris,1998年【Tan,A.&Harris,S.(1998),《无机化学》37,2215-2222。】). 此外,在[Cp*Rh(μ-SPh)Rh(相对湿度)(μ-SPh)RhCp*]Cl晶体(CSD代码:RUYROT),六个桥联硫醇盐S原子围绕中心Rh(III)离子的平均距离为Rh-S大道=2.371Ω和Rh·铑=3.218奥(布德劳等。, 2010【Boudreau,J.、Grenier-Desbiens,J.和Fontaine,F.-G.(2010)。《欧洲无机化学杂志》,2010年,2158-2164。】). Rh中Rh(II)离子的氧化2(AcO)4(1)硫醇铑产品中的Rh(III)离子910可能发生的方式与1谷胱甘肽、半胱氨酸及其衍生物,其中O2减少到过氧化物(O)22−)(贾利勒赫瓦德等。, 2017[Jalilehvand,F.、Enriquez Garcia,A.和Niksirat,P.(2017年)。美国化学学会欧米茄分会,26174-6186。]; Enriquez Garcia&Jalilehvand,2018年【Enriquez Garcia,A.&Jalilehvand,F.(2018),《生物无机化学杂志》23,231-239。】).

[图9]
图9
()最小二乘模型曲线拟合k个-加权RhK(K)-边缘EXAFS公司固体光谱10Rh的反应产物2(AcO)4含过量Na(DTLA);Rh-S、Rh­Rh和Rh-S-Rh-S的贡献(n个= 4; 沿线性S-Rh-S实体)散射路径分别显示;(b条)相应的傅里叶变换。

这个EXAFS公司光谱9也安装了,使用FEFF公司文件来自ΔΛ-[Rh{Ir(aet)}2]溴结构,以模拟EXAFS公司由于FT-IR光谱显示存在醋酸盐基团,还包括Rh-O散射路径的振荡(模型——四、(见表S2)。假设RhS5O协调(模型)产生合理的距离和σ2价值观;然而,与RhS6配位相比,拟合残差增加了(模型); 见图S8。精炼所有散射路径(Rh-O、Rh-S和Rh…-Rh)的配位数的增加导致Rh-O路径被拒绝。图7[链接](右)显示我们建议的化合物结构9,同时协调CHCOO公司不能排除Rh(III)离子。

低聚物Rh的XANES特征–GSH产品,{Na2[铑2(透明质酸)4]·7小时2O}(O)n个(2),类似于1含有过量的乙硫醇钠(NaEtS)(9); 见图6[链接]《金融时报》k个-加权埃夫斯光谱2显示了在~2.8°处的一个小峰值(未对相移进行校正),对于化合物也是如此910; 见图5[链接](右)。因此,模型化合物910支持我们之前提出的Rh结构–GSH产品(2)其中三个谷胱甘肽硫醇基桥接每个二聚体单元中的两个Rh(III)离子,Rh…-Rh距离精确到3.11±0.02?(见表1[链接])(Enriquez Garcia和Jalilehvand,2018年【Enriquez Garcia,A.&Jalilehvand,F.(2018),《生物无机化学杂志》23,231-239。】). 主要区别是每个Rh(III)离子由四个硫醇盐和两个O原子(来自-COO或H2O) 英寸2,但在910

3.4. XANES模拟

图10[链接]显示了[Rh的XANES实验光谱2(AcO)4(EtSH)2] (7,左)和Rh的反应产物2(AcO)4含过量NaEtS(9,右),与为DFT优化几何体[Rh模拟的XANES光谱进行比较2(AcO)4(EtSH)2]和[Rh4(等)15]3−,分别通过费夫8.10程序(Ankudinov等。, 1998【Ankudinov,A.L.,Ravel,B.,Rehr,J.J.&Conradson,S.D.(1998),《物理评论B》,58,7565-7576。】). 实验XANES光谱中的吸收特征在模拟XANES谱中得到了很好的再现,表明[Rh4(等)15]3−,类似于图7中的建议结构[链接](右),是一个很好的结构模型9然而,两个模拟光谱都显示出相对于K(K)-边缘吸收边缘。使用所谓的校正卡来减少换档的尝试没有成功。以前曾报道过模拟和实验XANES光谱的类似能量位移(Bosman&Thieme,2009)【Bosman,E.&Thieme,J.(2009),《物理学杂志》,第186期,2004年1月。】),并根据电势和光电子自能的不精确性进行了解释(Rehr&Albers,2000【Rehr,J.J.&Albers,R.C.(2000),《修订版物理》72,621-654。】; 吉尔伯特等。, 2003[Gilbert,B.,Frazer,B.H.,Belz,A.,Conrad,P.G.,Nealson,K.H.,Haskel,D.,Lang,J.C.,Srajer,G.&De Stasio,G.(2003),《物理化学杂志》,第107期,第2839-2847页。]).

[图10]
图10
归一化RhK(K)-[Rh的边缘XANES谱2(AcO)4(EtSH)2] (7,左)和Rh的反应产物2(AcO)4含过量NaEtS(9,右),与[Rh的模拟光谱进行比较2(AcO)4(EtSH)2]和[Rh4(等)15]3−为了清晰起见,将其向下移动了-0.05个吸收单位。

4.结论

目前的研究表明,只有-SH作为单硫醇或二硫醇配体功能组与Rh轴向位置的坐标2(AcO)4,保留Rh24+保持架完好(Rh-Rh(相对湿度)= 2.41 ± 0.02 Å). The energy levels of theσ(Rh24+)和π(Rh24+)轨道增加,而σ*(Rh24+)相对于水络合物的相应轨道[Rh2(AcO)4(H)2O)2],由于σ(Rh24+),π(Rh24+)→σ*(Rh24+)和π*(Rh24+)→σ*(铑24+)UV和可见区域中的过渡。

相反,硫醇盐作为其唯一配位位点的配体促进了Rh的氧化2(AcO)4在有氧条件下,打破其笼状结构,形成稳定的低聚物Rh(III)d日6在Rh(III)离子之间具有三个桥联硫醇基的低自旋物种,每个都有一个RhS6协调环境(Rh·Rh≃ 3.18 ± 0.02 Å).

尽管目前的研究是在非水介质中进行的,但目前的结果可以作为四羧酸二铑与硫醇和硫醇配体“好氧”反应的一般方案。这些结构模型与我们提出的Rh好氧反应产物的结构一致2(AcO)4生理pH值下的谷胱甘肽,{Na2[罗2(透明质酸)4]·7小时2O}(O)n个,在二聚体单元中的Rh(III)离子之间有三种桥接硫醇盐(Enriquez-Garcia和Jalilehvand,2018【Enriquez Garcia,A.&Jalilehvand,F.(2018),《生物无机化学杂志》23,231-239。】). 本结果也适用于二价铑(II)羧酸盐与富含硫醇的金属硫蛋白(MTs)的相互作用。我们建议在有氧和生理条件下,Rh的反应产物2(AcO)4具有β-MT具有与Rh相似的结构–GSH化合物(2如图1所示[链接])或模型化合物的二聚体单元9(图7[链接],右),有三个β-MT半胱氨酸硫醇酯桥接两个Rh(III)离子。

支持信息


致谢

我们感谢Arvi Rauk教授对理论计算结果的有益讨论。AEG承认卡尔加里大学高等教育学院(University of Calgary Eyes High)和科学学院院长的公开竞赛博士奖学金。这项工作得到了加拿大自然科学与工程研究委员会(NSERC)、加拿大创新基金会(CFI)、阿尔伯塔省(创新与科学部)和卡尔加里大学(URGC SEED Grant)的资助。使用WestGrid提供的计算机资源进行理论计算(https://www.westgrid.ca网站)和计算/计算。加拿大(https://www.computecanada.ca). X射线吸收数据采集在斯坦福同步辐射光源(SSRL;提案编号3637)进行。SLAC国家加速器实验室SSRL的使用得到了美国能源部、科学办公室和基础能源科学办公室的支持,合同编号为DE-AC02-76SF00515。SSRL结构分子生物学项目由美国能源部生物与环境研究办公室、美国国立卫生研究院、美国国立普通医学科学研究所(包括P41GM103393)支持。本出版物的内容仅由作者负责,不一定代表NSERC、NIGMS或NIH的官方观点。

资金筹措信息

以下资金已获认可:加拿大创新基金会(FJ批准号9479);阿尔伯塔省创新与科学部(资助FJ);美国国立卫生研究院(NIH)-美国国立普通医学科学研究所(授予Keith O.Hodgson的P41 GM103393号拨款);加拿大自然科学与工程研究委员会(授予FJ编号RGPIN-2008-250406;授予FJ数量RGPIN-2016-04546);卡尔加里大学大学研究资助委员会(授予编号:SEED Grant 1031019479 to FJ)。

工具书类

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