1.简介
系列飞秒结晶术(SFX)是最近发展起来的一种利用X射线自由电子激光(XFEL)测定蛋白质晶体结构的技术(查普曼等。, 2011
; 布泰等。, 2012
). 虽然使用同步辐射源的传统X射线衍射数据采集需要在低温下进行测量以防止辐射损伤,但SFX允许在室温下进行数据采集,因为强烈的飞秒XFEL脉冲在辐射损伤开始之前从蛋白质微晶中提供衍射图案(Neutze等。2000年
). 考虑到微晶被单个XFEL脉冲破坏,补充完整的晶体对于SFX中的数据收集是必不可少的。通常,将晶体悬浮并使用载体介质(如缓冲溶液)注入,作为数微米到几十微米的薄样品流。晶体浓度决定XFEL脉冲击中载体介质中晶体的概率。给定测量效率,晶体密度为107–108晶体ml−1需要获得完整的SFX数据集,该数据集包含来自随机取向晶体的静止衍射图案。然而,高晶体浓度会导致喷油器喷嘴堵塞。此外,由于大多数晶体不与XFEL脉冲相交,这种方法消耗了大量样品。将微晶稳定地输送到XFEL的交互点,该交互点消耗相当少量的蛋白质,仍然是一项技术挑战。为了克服样品输送问题,已经开发了几种样品注入方法。气动虚拟喷嘴(GDVN)利用氦鞘气流聚焦缓冲溶液中由晶体悬浮液组成的液体射流,以减少样品消耗(DePonte等。, 2008
). 在另一种液体喷射注射方法中,微流体电动样品架(Sierra等。, 2012
)基于静电纺丝中使用的原理。或者,使用高粘度载体介质,例如脂质立方相(LCP),以低速挤压样品(Weierstall等。, 2014
).
使用高粘度载体的注入方法具有能够减少SFX样品消耗的巨大优势,因为它们的流速比液体喷射方法低。通常,浓度为10的高粘度样品7–108晶体ml−1以0.25–0.5µl min的流速输送−1,而GDVN通常需要10µl min的样品流速−1以产生浓度为10的稳定晶体悬浮液射流8–109晶体ml−1例如,人类5-羟色胺的SFX结构第2页仅使用LCP中结晶的300µg蛋白质测定受体(Liu等。, 2012
). LCP结晶法脂类例如,单油精适合生产高度有序的膜蛋白微小晶体(Landau&Rosenbusch,1996
; Caffrey&Cherezov,2009年
). LCP中的晶体可以加载到样品注射器因为凝胶状LCP材料作为高粘度载体而产生。对于通过蒸汽扩散或分批结晶生产的挤压样品,润滑脂(Sugahara等。, 2015
)是一种通用的憎水介质。例如,溶菌酶的结构是通过油脂基质法从100微克蛋白质(Sugahara等。, 2015
). 凡士林(博萨等。, 2015
)也可用作SFX中样品输送的疏水性载体介质。为了降低背景噪音和/或扩展高粘度载体方法的适用性,亲水介质如琼脂糖(Conrad等。, 2015
),透明质酸(Sugahara等。, 2016
)纤维素衍生物(Sugahara等。, 2017
; 科瓦斯科娃等。, 2017
),Pluronic F-127(Kovácsová等。, 2017
)和高分子量聚环氧乙烷(Martin-Garcia等。, 2017
)也用于SFX实验。
为了注入高粘度样品,Weierstall开发了LCP注射器等。(2014
). 该喷油器由一个由高性能液相色谱法(HPLC)泵、样品储罐和喷嘴部分。沿着喷嘴部分内毛细管的同轴气流使LCP流保持在轴线上。在Linac相干光源LCP注入器的初始应用中,LCP中的微晶在~10℃的真空室中被挤压−3 Torr,其中环境气体的背景散射被完全抑制。然而,样品在真空下的蒸发冷却导致LCP转变为片状晶相,提供了强衍射环(Weierstall等。, 2014
). 这个相变通常通过添加7.9单酰基甘油[MAG:1-(7Z轴-十六碳烯酰基)-rac公司-甘油]或9.7 MAG[1-(9Z轴-十六碳烯酰基)-rac公司-甘油]到样品(刘等。, 2014
). 然而,这些脂类被认为是珍贵的脂类因为它们的价格是单油精的五到九倍。因此,最好在注射过程中抑制样品温度的急剧变化。此外,真空环境为安装设备或安装样品注射器。最近,SFX实验引入了大气压环境(氦气或空气),以增加灵活性(Tono等。, 2015
; 齿状山脊等。, 2019
).
在这里,我们描述了在大气压下用于SFX实验的高粘度样品注入装置的开发。样品注入装置由高粘度筒式(HVC)注射器和抽吸装置组成。为了证明样品注入装置的性能,使用LCP生长的人类A微晶进行了SFX实验2安培腺苷受体(A2安培AR)与非黄嘌呤拮抗剂ZM241385络合,并在SPring-8埃紧凑型自由电子激光器(SACLA)(石川)的油脂载体基质中的鸡蛋白溶菌酶微晶上等。, 2012
). 样品注入装置在恒定的样品温度下稳定挤出嵌入高粘度载体中的微晶。
2.大气压下高粘度样品注入装置
2.2. 样品抽吸装置
除了来自外部金属喷嘴的氦鞘气体外,还有一个样品抽吸装置[图3
(一)]用于保持来自注射器喷嘴的直样品流。高强度XFEL脉冲通常会切断高粘度微流;因此,样品容易卷曲。抽吸装置可防止样品卷曲,这与鞘气体的作用类似。
| 图3 (一)样品抽吸装置安装在HVC注射器下方。(b条)样品抽吸装置的截面示意图。吸嘴外径为4 mm,内径为2 mm,并呈锥形,以防止晶体衍射干扰。 |
抽吸装置由抽吸管、带海绵过滤器的样品接收器和连接至真空泵(DA-60S,ULVAC)的排气口组成,最大抽吸速度为72 l min−1,如图3所示
(b条). 吸嘴位于注入器喷嘴正下方约1.8 mm处,用于在X射线照射后吸取高粘度样品。喷嘴内径(2 mm)已经过优化,以获得足够的吸力。抽吸装置通过一根柔性真空软管(约17米长)与实验小屋外的真空泵相连。将流量计(FSM2-NVF050-H063N,CKD公司)插入真空泵前,以从机柜外部调节吸入管线中的气体流速。通常,空气转换流量为0.5–1 l min−1(氦的实际流量为3–6 l min−1). 虽然气体流速取决于高粘度介质的类型,但它不受喷油器喷嘴内径的影响。收集废样品的样品接收器可以很容易地更换。接收器中的海绵过滤器可防止吸入管被废样品堵塞。样品接收器的容量为~10 ml,但由于在累积4–5 ml废弃样品后,吸液能力通常开始下降,因此应在24小时内更换接收器一次或两次,以进行需要较高样品流速的SFX实验,例如最小5.6µl−1.
5.讨论
以前曾报道过在同步辐射X射线源中使用高粘度样品的连续晶体学(博萨等。, 2015
). 高粘性微流由氦鞘气体引导,并在大气压下传递到X射线束相互作用点。与抽风机相连的捕集器仅用于收集挤压样品。在XFEL实验中,强烈的X射线脉冲会在流体样品中产生冲击波(Stan等。, 2016
)干扰样品的稳定流。此外,高粘性载体介质是粘性的,一旦挤压受到干扰,就会导致喷嘴周围的卷曲。在本文所述的装置中,除了氦鞘气体外,我们还使用抽吸装置在大气压力下协助样品注入,从而在数据采集期间产生稳定的样品流。
HVC注射器已应用于其他蛋白质晶体,允许结构测定人类食欲素-2受体(Suno等。, 2018
),甲型流感的M2质子通道(托马斯顿等。, 2017
)、细菌光敏色素(Edlund等。, 2016
)细胞色素c氧化酶(Andersson等。, 2017
)和光系统II(Suga等。, 2017
). HVC注射器不仅适用于LCP和润滑脂,还适用于其他载体介质,如羟乙基纤维素(Sugahara等。, 2017
; 托沙等。, 2017
). 使用SFX实验中的注射器的成功结果总结在支持信息.
HVC注射器也已成功用于根据时间分辨SFX数据确定动态蛋白质结构(表S1;Nango等。, 2016
; 菅原等。, 2017
; 托沙等。, 2017
). 使用HVC注射器的第一个泵-探针SFX实验是使用在SACLA的LCP中结晶的细菌视紫红质(Nango等。, 2016
). 在实验中,泵浦激光被样品流散射,导致细菌视紫红质晶体中的光污染。因此,更快的样品流对于确保样品照明点之间的足够分离以避免光污染至关重要。即使在2.5µl min的高流速下,注射器也能保持稳定的样品注入−1.虽然由于样品消耗量高,每小时需要更换一次或两次样品,但由于样品盒有助于样品装载,因此可以顺利进行。因此,在48小时的光束时间内进行光照射后,可以在从纳秒到毫秒的13个时间点收集来自细菌视紫红质晶体的完整数据集。
6.总结
我们的高粘度样品注入装置能够在常压下稳定挤压SFX实验中嵌入在各种载体介质中的晶体。注射器的样品贮存器是一个透明的筒,可以方便地装载样品并进行目视检查。注射器可以很容易地组装并安装在衍射室中。这意味着喷油器系统与其他XFEL/同步电子辐射设施的大气压力SFX仪器高度兼容,这些设施通常提供喷油器操作所需的部件(例如HPLC泵、真空泵、标准管道组件和调节氦气供应)。样品温度由注射器上的冷却套控制在恒定值,以避免改变样品属性。抽吸装置非常适用于稳定的样品注入以及收集样品中的废物。该注射装置已应用于多种蛋白质,实现了结构测定通过时间分辨SFX分析蛋白质的动态结构。
致谢
我们感谢RIKEN SPring-8中心工程团队的成员提供技术支持。我们感谢SACLA HPC系统和Mini-K超级计算机系统的计算支持。我们感谢A.Yamashita和L.Fangjia在手稿准备方面提供的帮助。作者的贡献如下:SI、MY、EN和KT构思了这项研究;YS、RBD、EN和KT开发了这些设备;YY、CM、KTK、TF和TS制备的人A微晶2安培腺苷受体;EN、TT和MS制备溶菌酶微晶;TN处理数据;EN和MS分析数据;TT、YY、TF、MS、TS、RT、EN和KT进行了数据收集。
资金筹措信息
经日本同步辐射研究所(JASRI)批准,XFEL实验在SACLA的BL3进行(提案编号:2014A8032、2014B8050、2015A8048、2015B8042、2016A8041、2016B8060)。SI、TS和KT感谢教育、文化、体育、科学和技术部(MEXT)的X射线自由电子激光优先战略计划提供的财政支持。SI承认日本医学研究与发展署(AMED)的支持药物发现和生命科学研究平台项目[支持创新药物发现和生物科学研究的基础(BINDS)]。
工具书类
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![期刊徽标](//journals.iucr.org/logos/jicons/j_96x112.png) | 第页,共页 应用 结晶学 |
国际标准编号:1600-5767
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