1.简介
多环芳烃（PAHs）是一种难降解的芳香污染物，因此容易在生态系统中积累。这些芳香化合物由多个稠环组成，最常见的是五元环或六元环，包括蒽、苯并[a]芘、萘、菲和芘（Wang等。, 2017
). 这些疏水性化合物在环境中普遍存在，并且由于它们有毒、致畸、致癌和致突变，对健康造成严重危害（Lee等。, 2018; 达斯特盖布等。, 2012).
在各种芳香烃的降解过程中，发现了几种代谢中间体，其中包括一些芳香烃醛类及其衍生物。值得注意的是水杨醛，它是萘、菲、苊和西维因降解途径中的关键中间体（Ghosal等。, 2016; 马利克等。, 2011).醛类也是大分子和外源物质代谢的重要中间产物。虽然芳香和脂肪族醛类广泛用于工业，这些化合物被发现对生命有毒（卡博尼等。, 2013; Roy&Das，2010年).
作为一些芳香族多环芳烃分解的关键中间体，水杨醛可以通过水杨醛脱氢酶（SALD；EC 1.2.1.65）的活性氧化为水杨酸盐，该酶是一种NAD（P）+-依赖酶。在萘降解中，这种酶催化上游途径（Seo）的最后一个反应等。, 2009; Eaton&Chapman，1992年). SALD属于NAD（P）超家族+-依赖性醛脱氢酶（ALDHs）。一般来说，这个超家族的酶催化了多种醛类对应的羧酸，在排毒中起主要作用。从结构上看，ALDH的支架具有可比性，它们具有三个域：NAD（P）+辅因子结合域，a催化域和桥接结构域（Marchler-Bauer等。, 2013; 佩罗齐奇等。, 1999).
几项研究报告了体内一系列芳香烃降解微生物（Rosselló-Mora）的SALD活性等。, 1994; 格兰德等。, 1992; 谢尔，1983年)，一些研究描述了该酶的纯化和表征（Coitinho等。, 2016; 辛格等。2014年). 只有科伊蒂尼奥等。（2016年)已报告晶体结构他们从中分离出的这种酶恶臭假单胞菌G7。
在我们的实验室中，我们最近致力于从高山宏基因组（Dandare等。, 2019). 在这里，我们报道了利用分子生物学策略（克隆、异源过度表达和蛋白质纯化）获得新的阿尔卑斯大基因组衍生的SALDAP公司我们进一步结晶酶，收集衍射数据并解析其结构。据我们所知，这是第一份关于宏基因组衍生ALDH结晶和结构的报告。
2.材料和方法
2.1、。高分子生产
2.1.1. 分子克隆
发现SALD后AP公司通过基因靶向组装，从高山土壤样品中分离出DNA（Young等。, 2019)并用作的模板聚合酶链反应（PCR）扩增SALDAP公司基因。引物、表达载体和宿主如表1所示.
| 源生物 | 元基因组 | | DNA来源 | 高山古土壤 | | 正向底漆 | 5′-GGTGATGAGACAG公司AGGGGCTCACGCGTG-3′ | | 反向底漆 | 5′-嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎嘎AATGGGAAAAGTGGCCG-3′ | | 表达式向量 | pLATE51（第51页） | | 表达式宿主 | 大肠杆菌BL21（DE3） | | 所产生结构的完整氨基酸序列 | GLTVNFERINPMTNQTASTAMMTAAEARAVAVADRAAAGFAGWSVLGPNARRAVLMKAAAAALEARKDDFVQAMMAEGAGAGWAMFNLAASMIREAAALTTQIGGEVIPSDKPGCLALALAREPVGVVLGIAPWNAPILGVRAIAVPLACGNAVILKASEICPRTHGLIIESFAEAGFPEGVNVTNAPQDAGEVAGAGAGAGAVALIDHPAVKRINFTGSTGVGRIIAKRAEHLKPCLELLGKAPLVVLDDALDEAAAKAAAFGAFMGQICMSTERIIVEAAAEFTRRFAAQSMATGDPREGKTPLGAVVDRAVVDR先生KTVDHVNTLIDDATAKARGARIIAGGKGDSVLMS公司ATVVDGVTAAMKLYRDESFGPIVGIIRAKDEADAVRLANDSEYGLAAVFTRDTARGLRVARQIRSGICHINGPTVHDEAQMPFGVGASGIGRGAGAGAGAGIDQFTELWITMETQPGHFPI公司 | | |
PCR后在1%琼脂糖凝胶上获得的DNA片段被切除、纯化并插入pLATE51载体（Thermo Fisher Scientific）。由此产生的重组p51SALDAP公司然后将质粒转化为大肠杆菌BL21（DE3）化学活性细胞和阳性转化子经菌落PCR和pLATE载体引物测序证实。
2.1.2. 蛋白质表达
将确认的阳性克隆接种在补充了100µg ml的10 ml LB肉汤中−1氨苄西林和过夜培养。含有800 ml LB肉汤的2 l烧瓶，补充100µg ml−1然后用5ml重组p51-SALD过夜培养物接种氨苄西林AP公司细胞。大规模培养物在30°C下培养，摇晃（200转/分钟−1)直到生长的中指数阶段（OD600≃ 0.6); 然后以最终浓度1m诱导其表达蛋白质M（M）异丙基β-D类-1-硫代吡喃半乳糖苷，并在相同条件下生长6h。
通过离心（4°C，7000克，30分钟），并重新悬浮在20 ml裂解缓冲液中（50 mM（M）不2人事军官4，300米M（M）氯化钠，5米M（M）咪唑pH 8.0，0.2 mg ml−1溶菌酶，0.5米M（M）苯甲基磺酰氟）。使用Soniprep 150以16µm的振幅连续三次循环，通过机械破坏实现细胞裂解。每个超声波周期包括在冰浴上每脉冲30秒，以最大限度地减少热量积累，从而导致蛋白质降解。随后，通过在4°C下在15000下离心30分钟，将含有可溶性蛋白的上清液从细胞碎片中分离出来克.
2.1.3. 净化
表达的蛋白具有一个N末端6×His标签；因此，它是通过金属亲和性纯化的色谱法使用HIS-Select钴（钴2+)亲和树脂。用1 ml再悬浮树脂填充Econo柱，并用四个柱体积的平衡缓冲液（50 mM（M）不2人事军官4，300米M（M）氯化钠，10米M（M）咪唑pH 8.0）。将含有重组蛋白的上清液倒入柱中，并收集流动液。在每个循环中用四个柱体积的平衡缓冲液清洗柱两次。最后，4 ml洗脱缓冲液（50 mM（M）不2人事军官4，300米M（M）氯化钠，250米M（M）咪唑pH 8.0）用于从亲和树脂洗脱保留的His标记的蛋白质。
随后，洗脱的重组6×His SALDAP公司蛋白质在透析缓冲液（20m）中进行了广泛透析M（M）磷酸钠缓冲液pH 7.5，20 mM（M）氯化钠）。在K9/30上使用凝胶过滤进一步纯化透析蛋白色谱法色谱柱用Sephacryl S-300（Pharmacia）预填充，具有床容量(五t吨)48 ml。在装载样品之前，用凝胶过滤缓冲液（50 m）平衡色谱柱M（M）Tris–HCl，17米M（M）三基地，150米M（M）NaCl pH 7.4），流速为1 ml min−1.空隙体积(五0)用蓝色右旋糖酐测定，然后用标准蛋白质校准色谱柱(β-淀粉酶，200kDa；牛血清白蛋白，66kDa；碳酸酐酶，29kDa；细胞色素c（c），12.4 kDa），用于绘制标准曲线，以评估齐聚SALD状态AP公司。将大约300µl蛋白质样品加载到色谱柱上，并收集1 ml组分。通过使用6705紫外可见分光光度计在280 nm处测量吸光度来确定每个组分中是否存在蛋白质。使用Amicon Ultra-30k离心过滤器（Millipore）合并并浓缩吸光度最高的组分，直至最终蛋白质浓度达到12 mg ml−1得到了用于结晶试验的样品。
2.2. 结晶
萨尔德AP公司浓度为12 mg ml−120米M（M）磷酸钠缓冲液，20 mM（M）NaCl pH 7.4用于2 m的结晶实验M（M）添加三（2-羧乙基）膦（TCEP）以保持蛋白质减少。在结晶实验之前，蛋白质溶液在10000下离心克在4°C下持续10分钟。在20°C下从JCSG+屏幕（分子尺寸）在100+100 nl的液滴中生长晶体，该液滴设置在40µl的储液罐中，储液罐由0.1M（M）乙酸钠pH 4.6，8%(w个/v（v）)钉8000。表2显示了实验结晶装置的总结。
| 方法 | 坐滴式蒸汽扩散 | | 板材类型 | JCSG公司+ | | 温度（K） | 293 | | 蛋白质浓度（mg ml−1) | 12 | | 蛋白质溶液的缓冲液成分 | 20米M（M）磷酸钠缓冲液，20米M（M）氯化钠pH 7.4，2 mM（M）TCEP公司 | | 储层溶液的组成 | 0.1 M（M）乙酸钠pH 4.6，8%(w个/v（v）)聚乙二醇8000 | | 跌落体积和比率 | 100+100 nl下降 | | 储液罐容积（µl） | 40 | | |
在液氮中闪蒸冷却之前，将晶体浸入0.1的冷冻溶液中M（M）醋酸钠pH 4.6，10%(w个/v（v）)聚乙二醇8000，25%(v（v）/v（v）)甘油，2米M（M）TCEP。从原始尺寸约为60×40×10µm的晶体碎片中收集数据，如图1所示.
![[图1]](va5044fig1thm.gif)
| 图1
晶体安装在X射线束中的尼龙环中。红十字表示X射线束的位置。红色条表示刻度，对应100×100µm。 |
2.3. 数据收集和处理
在束线I03上以1.9°的分辨率在100 K下收集数据(λ=1.03865？），使用PILATUS3 6M探测器（Dectris）在钻石光源下。数据处理使用XDS公司（Kabsch，2010年)和无AIMLESS（Evans&Murshudov，2013年). 对于R（右）自由的计算表明，5%的反射被标记，并没有用于结构优化。
2.6. 差示扫描荧光法（DSF）
使用DSF测定酶在有配体和无配体的情况下的热稳定性。最初，通过酶滴定法（5-7µM（M）). 此外，通过测量不同浓度（0.5–2.0 m）来确定产生最佳信号的配体的最佳浓度M（M）). 试验混合物的最终体积为20µl，由酶组成等分的在50 m内稀释至适当浓度M（M）HEPES pH 7.4。配体和辅因子（NAD+)已在需要时添加。SYPRO橙（1×工作浓度）始终是在热循环器中运行之前添加到反应混合物中的最后一种成分。所有反应均在冰上进行，以尽量减少蛋白质变性。
反应在0.2 ml PCR管中制备，一式三份，并在Rotor-Gene Q循环器（Qiagen）中运行。采用以下方案进行了高分辨率熔体实验：在没有增益优化的情况下，温度从25℃升高到95℃，每5秒增加1℃。通过在460nm处激发酶并在510nm处测量发射，利用了由于SYPRO（染料）在其随温度升高变性时与其暴露的疏水区结合而引起的蛋白质的荧光。该分析用于测量酶在有无配体的情况下的热稳定性。
一阶导数(ΔF类/ΔT型)酶的熔化曲线图用于确定熔化温度(T型米)酶的活性。T型米是指ΔF类/ΔT型出现峰值。Rotor-Gene内置分析软件用于计算荧光温度导数和T型米SALD的熔化温度AP公司为了确定其热稳定性，对有配体和无配体的样品进行了测定和比较。
3.结果和讨论
重组高山宏基因组衍生的水杨醛脱氢酶（SALD）AP公司)在大肠杆菌BL21（DE3）细胞和蛋白成功纯化为同质性使用Co2+-亲和力和凝胶过滤色谱法。凝胶过滤的洗脱曲线色谱图表明SALD的生物单位AP公司是蛋白质分子质量为115 kDa的二聚体（图2b条). 这一发现与蛋白质分子量110kDa的理论值吻合得很好。二聚化是香草醛脱氢酶和苯甲醛脱氢酶等3类醛脱氢酶的一种结构性质，与1类和2类ALDH天然构象的四聚体组装（一对二聚体）不同（Rodriguez-Zavala&Weiner，2002). PDB中的序列身份搜索显示SALDAP公司与最接近的同源物水杨醛脱氢酶（NahF）有48%的氨基酸同源性恶臭杆菌G7.NahF的结构（PDB条目4jz6型)是唯一可用的晶体结构在我们的发现之前，PDB中存在一个水杨醛脱氢酶。
![[图2]](va5044fig2thm.gif)
| 图2
(一)蛋白质分子质量估算的校准图(b条)典型的分析凝胶过滤色谱图用重组SALD获得AP公司SALD的洗脱AP公司对应于115kDa蛋白的轮廓，这与SALD的二聚体形式一致AP公司点代表单个吸光度(A类280)读数和SDS凝胶显示对应于最高吸光度的洗脱部分。 |
纯化的6×His-SALDAP公司浓缩至12 mg ml−1生长出适合衍射的晶体。从原始尺寸约为60×40×10µm的晶体碎片收集衍射数据，分辨率为1.9º。晶体在正交晶体中生长空间组 C类2221，带有单位-细胞参数一= 116.8,b条= 121.7,c（c）=318.0º，衍射至1.9º分辨率。数据统计汇总见表3.
| 衍射光源 | 钻石光源 | | 波长（Ω） | 1.03865 | | 温度（K） | 100 | | 探测器 | 皮拉图斯3 6M | | 晶体到探测器的距离（mm） | 336.60 | | 每张图像的旋转范围（°） | 0.1 | | 总旋转范围（°） | 270 | | 每张图像的曝光时间（s） | 0.020 | | “空间”组 | C类2221 | | 一,b条,c（c）（Å） | 116.8, 121.7, 318.0 | | α,β,γ(°) | 90, 90, 90 | | 镶嵌度（°） | 0.069 | | 分辨率范围（Ω） | 27.8–1.90 (2.02–1.90) | | 反射总数 | 996150 | | 独特反射次数 | 177080 | | 完整性（%） | 99.8 (99.6) | | 多重性 | 5.6 (5.7) | | 〈我/σ(我)〉 | 9.94 (1.09) | | 科科斯群岛1/2（%） | 99.8 (55.5) | | R（右）合并（%） | 11.7 (124.1) | | R（右）r.i.m公司。（%） | 12.9 | | 总体B类Wilson图中的因子（λ2) | 31.4 | | |
之后的最终模型精炼在多肽链中包含470个氨基酸残基A类,B类,C类和D类，每个单体有一个结合配体。概述细化统计如表4所示此外，该模型包含一个甘油分子和1597个水分子。第一个观察到的残基是Thr5，最后一个是所有四条链中的C末端Ile470。没有他的标签或NAD+/在电子密度图中观察到NADH。尝试了几种配体精细化，包括水杨醛、2-萘醛、香兰素和芘-1-甲醛。后者的分子对于观察到的配体密度来说太大了，而前三个分子的电子密度（ED）都很好；然而，他们仍然在傅里叶图中显示出一些残余的阳性ED精细化。虽然ED很好，但选择原儿茶酸（PCA）作为与活性位点结合的配体精炼因为它更适合ED。之间的氢键对位-配体和Asp427侧链的羟基如图3中的黑色虚线所示(一). 无配体酶的电子密度图如图3所示(b条). 有趣的是，醛脱氢酶活性位点中羧酸的结合表明了醛氧化过程中酶的潜在产物抑制作用；这也意味着该酶可能具有羧酸还原酶活性。在晶体结构NahF，Coitinho的等。(2016)显示了水杨醛与存在于所有ALDH中的不变半胱氨酸残基的结合。结合和催化机理醛类已对ALDH进行了深入研究；然而，还没有注意到羧酸作为ALDHs的配体。我们的发现为研究产品抑制机制和潜在生物催化提供了可能性羧酸使用这种酶和其他相关的醛脱氢酶。
| 分辨率范围（Ω） | 27.83–1.90 | | 完整性（%） | 99.9 | | σ截止日期 | 无 | | 反射次数，工作集 | 176985 | | 反射次数，测试集 | 8994 | | 最终R（右）晶体 | 0.177 | | 最终R（右）自由的 | 0.203 | | Cruickshank DPI公司 | 0.171 | | 非H原子数量 | | 蛋白质原子 | 13636 | | 配体 | 54 | | 水原子 | 1597 | | 总计 | 15287 | | R.m.s.偏差 | | 债券（澳元） | 0.010 | | 角度（°） | 1.06 | | 平均B类因子（λ2) | | 总体 | 38.5 | | 蛋白质 | 38 | | 配体 | 39.5 | | 水 | 46.6 | | 拉马钱德兰阴谋 | | 受欢迎地区（%） | 98.4 | | 额外允许（%） | 1.6 | | |
![[图3]](va5044fig3thm.gif)
| 图3
(一)独立分子活性中心的电子密度A类之后精细化；分子中有类似的相互作用B类,C类和D类（未显示）。浅蓝色的细钢丝网是F类哦负极F类c（c）截止值为1的傅里叶映射σ，而绿色的是F类哦负极F类c（c）+3处的差异图σ截止和−3σ切断。配体PCA/DHB由黄色C原子绘制，水杨醛脱氢酶残基由品红C原子绘制；水分子显示为红色球体。(b条)差分电子密度图的表示(F类哦负极F类c（c）)显示为一个绿色的铁丝网精炼没有四个独立分子的配体的结构。地图是以3.0绘制的σ分子配体结合位点的能级C类（其示出了差异图中的最高差异密度峰值）。蛋白质以棒状表示，而配体在络合物结构中的位置则以直线表示，以供比较。在绘制差异图时，使用了配体原子周围半径为3.5º的截止线。 |
为了证明PCA是酶的假定配体，我们进行了差示扫描荧光分析（DSF），以表明配体在结合时稳定蛋白质。DSF显示SALDAP公司在～68°C下热稳定，高于一些酵母ALDH的热稳定性（Datta等。，2016年, 2017). 高于68°C，SALDAP公司开始融化，因此失去了其活动所需的三维结构。在有PCA的情况下，熔化温度(T型米)增加到69.2°C，这表明这种配体的结合进一步稳定了蛋白质（图4). 然而，还需要进行进一步的研究，如PCA的抑制和/或生物催化以及定点突变，以确定PCA是SALD的真正配体AP公司及其生物学相关性。由于该酶是一种NAD依赖的水杨酸醛脱氢酶，我们也用NAD进行了DSF+和水杨醛单独或组合。有趣的是，无论是水杨醛还是NAD+完全稳定的SALDAP公司然而，重要的是(第页<0.05）在辅酶和底物存在的情况下观察到蛋白质的稳定性T型米～70°C（表5).
| 酶/配体 | 熔化温度(T型米)（摄氏度） | | 未经处理 | 67.9 ± 0.17 | | 北美 | 68.7±0.25 | | 原儿茶酸 | 69.2 ± 0.25* | | 水杨醛 | 67.7 ± 0.29 | | NAD+水杨醛 | 70.3 ± 0.35* | | |
![[图4]](va5044fig4thm.gif)
| 图4
SALD的熔化曲线AP公司显示酶结合时熔化温度的变化(一)1.5米M（M）北美+, (b条)2米M（M）原儿茶酸和(c（c）)2米M（M）水杨醛与1.5m的混合物M（M）北美+和2米M（M）水杨醛。 |
总体晶体结构SALD的AP公司显示了两个独立的同型二聚体非对称单元（图5). 多肽链A类和C类形成了第一个二聚体，而链B类和D类形成第二个同二聚体。晶体独立分子B类,C类和D类模型与分子相同A类晶体独立的同源二聚体进一步证实了分析凝胶过滤的发现，即SALD的生物单位AP公司以二聚体形式存在。
![[图5]](va5044fig5thm.gif)
| 图5
SALD的整体晶体结构AP公司显示了两个同型二聚体非对称单元。链A类和C类形成二聚体的颜色分别为绿色和金色，而链B类和D类形成第二二聚体的分别是蓝色和洋红色。 |
SALD公司AP公司采用ALDH超家族的标准构造。单体表明该酶是一种典型的醛脱氢酶，表现出典型的α/β具有三个结构域的乙醛脱氢酶超家族组织：催化、NAD+-结合域和桥接域（图6一). SALD的生物单位（二聚体）AP公司由齐聚两个单体通过桥联结构域。桥接或齐聚域的特征是三个β-板材(β3中，β4和β18） 它们是反平行的。二聚体的形成涉及到α-螺旋线α每个亚单位的11个（残基217–231）和β-相邻亚单位的链(β16，残留物417–420，以及β18，残留物455–461）（图6b条). 这个齐聚结构域是3类ALDHs中的典型结构域，蛋白质的C末端部分指向有利于二聚体-二聚体界面（四聚体）相互作用的位置，因此只利于二聚物的形成。罗德里格斯-扎瓦拉和韦纳（2002）)发现ALDH1和ALDH3的C末端“尾部”的序列和结构存在显著差异，他们证明该区域的疏水表面积是驱动四聚体形成的主要作用力。与二聚体ALDH3相比，四聚体酶（ALDH1）的疏水表面积增加。ALDHs的C末端也被发现最终与蛋白质的稳定性有关。核苷酸结合域符合由五个平行结构组成的罗斯曼褶皱β-股(β5–β9） 连接到六个α-螺旋(α6–α11). 尽管是NAD+在辅因子结合位点未发现分子，这些潜在残基与NAD的相互作用有关+采用了与其他NAD中观察到的褶皱非常相似的褶皱+-依赖性ALDH复合物结构。
![[图6]](va5044fig6thm.gif)
| 图6
小说SALD整体折叠的不同表现AP公司显示(一)单体作为带有N和C末端标记的卡通模型。催化、辅因子结合和桥接结构域分别为红色、灰色和柠檬色。原儿茶酸分子的C和O原子分别表示为黄色和红色球体。(b条)拓扑图。螺旋显示为管状，而β-绞合线如箭头所示；两者都用数字标记。N端和C端为黄色。 |
新解决SALD的结构比较AP公司PDB中具有晶体结构的结构显示ALDHs与SALD具有高度的结构相似性AP公司使用PDB90对结构匹配进行了分析，PDB90是PDB链的代表子集，其中没有两条链彼此共享超过90%的序列一致性。表6显示了由DALI公司服务器。同源物按等级排列，Z轴-分数和百分比序列的一致性。
| 排名 | PDB代码，链 | Z轴-分数 | R.m.s.d.（奥兰多） | 对齐残留物数量 | 残留物数量 | 身份（%） | PDB描述 | | 1 | 4jz6型,A类 | 54.4 | 1.4 | 466 | 484 | 48 | 水杨醛脱氢酶（NahF） | | 2 | 第3季度,D类 | 50.8 | 2.4 | 458 | 480 | 33 | NADP-依赖性甘油醛-3-磷酸脱氢酶 | | 三 | 3当量,A类 | 50.8 | 1.8 | 451 | 459 | 33 | 推测琥珀酸-乙醛脱氢酶 | | 4 | 3伏零,A类 | 50.1 | 1.8 | 449 | 456 | 28 | 假定NAD依赖性醛脱氢酶 | | 5 | 4海里/小时,C类 | 50.1 | 1.5 | 463 | 490 | 33 | 乙醛脱氢酶 | | 6 | 3pqa,B类 | 49.9 | 1.8 | 451 | 458 | 31 | 乳酸脱氢酶 | | 7 | 3jz4公司,A类 | 49.9 | 1.5 | 455 | 481 | 34 | 琥珀酸-乙醛脱氢酶（NADP+) | | 8 | 3个月1,A类 | 49.8 | 1.5 | 457 | 485 | 32 | 乙醛脱氢酶 | | 9 | 5x5吨,A类 | 49.7 | 1.6 | 455 | 476 | 32 | α-酮戊二酸半醛脱氢酶 | | 10 | 1欧元,A类 | 49.4 | 1.4 | 454 | 474 | 34 | NADP-依赖性醛脱氢酶 | | |
SALD的最佳结构性邻居不足为奇AP公司是NahF（PDB条目4jz6型)，这是唯一的水杨醛脱氢酶晶体结构在我们的晶体结构。两个晶体结构重叠（图7). 叠加允许残基的结构排列以及底物和辅因子结合位点的比较。高Z轴-得分（表6)这表明两种蛋白质之间具有高度的结构相似性，结构的重叠/排列进一步证实了这种相似性：85%的氨基酸残基在结构上排列良好，在2580个等效原子上的根-平方偏差（r.m.s.d.）为1.050Ω。高Z轴-评分和类似的功能描述表明同源性可能对功能保守性产生影响。SALD公司AP公司有18个β-而NahF有21股。相反，NahF有18个α-螺旋而SALDAP公司有20个。本质上，这两种蛋白质在N末端彼此不同，其中SALDAP公司有一条短的N末端尾巴，只有两条β-股。然而，除了β-SALD拥有的链AP公司，NahF有三个β-N端的薄板，使其成为SALD的加长版AP公司.SALD N末端的截断AP公司可能发生在进化过程中，因为该区域位于表面，与其他蛋白质亚基没有接触。因此，该区域可能在该蛋白质中不起重要作用。这一发现加强了这样一个结论，即蛋白质在进化上与其序列相比，不如与其结构相关。在有利的情况下，结构相似性可以揭示难以使用序列比较检测的进化联系。
![[图7]](va5044fig7thm.gif)
| 图7
两个水杨醛脱氢酶的重叠单体。SALD公司AP公司与黄色棒中的配体一起被染成品红色，并且NahF与蓝色棒中的配体一起被染成蓝色。 |
这个晶体结构我们在这里介绍的内容将有助于进一步研究ALDH中的配体结合（醛/羧酸）和催化机制。此外，我们报告的策略也为从环境中发现和开发新酶提供了概念证明。重组SALD的详细生化特性AP公司将在另一份未来的论文中发表。原子坐标和晶体结构SALD的AP公司已保存在蛋白质数据库中，并带有登录代码6公里.
致谢
我们感谢Anouk Ly在面向基因的组装管道方面给予我们的善意帮助。
资金筹措信息
本研究的资金由联邦奖学金委员会提供（奖学金编号NGCA-2014-78，授予Shamsudeen Umar Dandare）。
参考文献
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