（IUCr）《结晶学报》第F节第70卷第9部分，2014年9月

《水晶学报》。(2014).F类70,1117-1126
https://doi.org/10.107/S2053230X14015507

蛋白质结晶优化中的微种子基质筛选：我们学到了什么？

A.达西,T.Bergfors公司,S.W.考恩-雅各布和M.马什

微种子基质筛选在优化蛋白质结晶引线方面越来越成功。

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碘化钠结晶模型蛋白中顺铂和卡铂与组氨酸的化学转化

S.W.M.坦利和J.R.海利维尔

在碘化钠条件下生长的含顺铂的HEWL晶体和含卡铂的HEWL晶体都显示顺铂或卡铂部分化学转化为反式碘铂（PtI）₂X（X）₂)形式。仅在N处装订^δHis15的原子。另一种铂族（PtI_三X（X）)也可以看到，在这两种情况下，都结合在对称相关蛋白分子之间的缝隙中。

PDB参考:卡铂/NaI，4瓦;顺铂/溴化钠，4owb;顺铂/NaI，4ow9

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六卤化铂（Cl、Br和I）与蛋清溶菌酶的结合及PtI的化学转化₆PtI的八面体络合物_三部分绑定到His15

S.W.M.坦利,L.-V.斯塔基,L.兰普利,S.Kaenket公司和J.R.海利维尔

铂六卤化物具有六个卤素原子结合到铂中心的八面体排列，因此具有八面体形状，这可能被证明对解释较差的电子密度图有用。在详细描述中，PtI₆化学转化为方形PtI_三绑定到N的复数^δ还观察到HEWL的His15原子，而PtBr未观察到该原子₆或PtCl₆.

PDB参考:4欠;4欧;4个工作日

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卡铂与组氨酸结合

S.W.M.坦利,K.Diederichs公司,L.M.J.科隆-巴滕堡,C.征税,A.M.M.Schreurs公司和J.R.海利维尔

最终获得了一个X射线晶体结构，显示模型蛋白中纯卡铂与组氨酸的结合。这需要进行广泛的结晶试验和各种新颖的晶体结构分析。

PDB参考:在MPD条件下HEWL与卡铂共结晶：晶体1使用EVAL公司软件包，4lt0;在0.9163 Au，4nsf的X射线波长下研究了溴化钠结晶条件下卡铂与HEWL的结合;在MPD条件下HEWL与卡铂共结晶：晶体2使用XDS公司软件包，4lt3;在pH 5.6、4nsi条件下，在20%丙醇、20%聚乙二醇4000中卡铂与HEWL结合;在1.5418μl，4nsg的X射线波长下，在NaBr结晶条件下研究卡铂与HEWL的结合;0.2中卡铂与HEWL结合M（M）硫酸铵，0.1M（M）pH 4.6，4nsh，25%PEG 4000中的醋酸钠;卡铂与HEWL结合2M（M）甲酸铵，0.1M（M）pH 7.5，4nsj下的HEPES

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BMN 673抑制聚（ADP核糖）聚合酶1和2的结构基础，BMN 673是一种源自二氢吡啶并邻苯二甲酸酮的强效抑制剂

M.Aoyagi-Scharber先生,A.S.加德伯格,叶国凯（B.K.Yip）,B.王,Y.Shen先生和P.A.菲茨帕特里克

BMN 673是一种临床开发中的新型PARP1/2抑制剂，具有显著的肿瘤细胞毒性，在烟酰胺囊中形成广泛的氢键结合和π堆积，其独特的双取代支架延伸至囊中不太保守的边缘。这些相互作用可能为BMN 673抑制催化和影响DNA结合活性的能力提供结构上的见解。

PDB参考:catPARP1–BMN 673，4pjt;catPARP2–BMN 673，4pjv型

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太平洋对虾核苷二磷酸激酶的结构(凡纳滨对虾)嘌呤和嘧啶核苷二磷酸二元配合物

A.A.洛佩兹·扎瓦拉,I.E.金特罗眼睛,J.S.卡拉斯科·米兰达,V.斯托亚诺夫,A.韦克塞尔,E.鲁迪尼奥·皮涅拉和R.R.索特洛·蒙多

虾核苷二磷酸激酶与dCDP、dADP和ADP的二元复合物的晶体结构显示出与核苷酸结合类型无关的保守接触。

PDB参考:吕NDK，与dCDP复合，4uog;与ADP复合物，4uoh;与dADP的络合物，4uof

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人CD44透明质酸结合域的替代形式的高分辨率晶体结构揭示了蛋白质相互作用的位点

L.-K.刘和B.芬泽尔

人CD44透明质酸结合域的两种交替晶体形式，一种是六边形，另一种是单斜形，已分别以1.60和1.08 Au的分辨率测定。单斜形式的短肽可能识别CD44的一个位点，用于蛋白质-蛋白质相互作用。

PDB参考:人类CD44透明质酸结合域，在新空间组中，4pz4;含未定义肽的复合物，4pz3

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谷胱甘肽的结构S公司-人体钩虫主要寄生虫的转移酶1美洲坏死菌(纳-GST-1）与谷胱甘肽复合物

O.A.Asojo先生和C.切卡雷利

的结构纳-据报道，GST-1与GST复合物。

PDB参考:纳-GST-1，4米;4个

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来自的DsbF同源物的结构白喉棒状杆菌

S.-H.嗯,J.-S.金,K·李和N.-C.哈

在本研究中，DsbE或DsbF同源蛋白的晶体结构白喉棒状杆菌已确定，它显示了一个具有典型C的硫氧还蛋白样结构域XX年C活动站点。

PDB参考:DsbF同源物，4pq1

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的结构耻垢分枝杆菌Eis与巴龙霉素复合物

K·H·金,D.R.安,H.J.尹,J.K.杨和S.W.Suh先生

分枝杆菌Eis蛋白是氨基糖苷乙酰转移酶。这里是M.污点腮腺素结合型Eis的报告分辨率为3.3º。

PDB参考:Eis，与巴龙霉素复合物，4qb9

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来自的质体半胱氨酸脱硫酶Nfs2的X射线结构拟南芥

T.罗雷,H.Pégeot公司,J.时装设计师,G.穆利埃,N.鲁希尔和C.迪迪尔让

半胱氨酸脱硫酶（CD）是为几种生物过程提供硫的酶，包括铁-硫簇的合成。现有两组CD与不同伙伴相互作用的能力差异似乎取决于含有催化半胱氨酸的扩展叶的灵活性。

PDB参考:位于Nfs2_C384S，4q76;在Nfs2，4q75

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的结构弓形虫果糖-1,6-二磷酸醛缩酶

L.E.鲍彻和J.博世

的结构弓形虫果糖-1,6-二磷酸醛缩酶是一种糖酵解酶，也是入侵机制的结构成分，其分辨率为2.0º。

PDB参考:果糖-1,6-二磷酸醛缩酶，4tu1

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来自中国的GH43酶Xsa43E的结构分析蛋白水解丁酸弧菌

M.直到,D.戈德斯通,G.卡,G.T.阿特伍德,C.D.月亮和V.L.Arcus公司

Xsa43E的结构具有所有GH43酶中特有的五叶β-螺旋桨结构域。Xsa43E的功能表征表明它是一种阿拉伯呋喃糖苷酶，能够从木聚糖的短片段中裂解阿拉伯糖侧链。

PDB参考:Xsa43E，11月4日

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丙氨酸消旋酶的结构鲍曼不动杆菌

E.戴维斯,E.斯卡莱蒂·哈钦森,H.欧宝阅读,Y.Nakatani先生和K.L.克劳斯

晶体结构鲍曼氏杆菌丙氨酸消旋酶（Alr_阿坝州)从高度抗抗生素的NCTC13302菌株中分离得到的菌株的分辨率为1.9º。（Alr）的比较_阿坝州)来自密切相关细菌的丙氨酸消旋酶显示出一个保守的整体折叠。

PDB参考:丙氨酸消旋酶，4tlo

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一种双功能酶岩藻激酶的结晶、初步X射线晶体学和冷冻电镜分析/L（左）-岩藻糖-1-P-鸟苷基转移酶脆弱拟杆菌

C.程,J.顾,J.苏,丁伟,J.尹,W.Liang先生,X.于,J.马,P.G.王,Z.肖和Z.-J.刘

双功能酶岩藻激酶的表达、纯化、结晶、初步X射线晶体学和冷冻电镜分析/L（左）-报道了岩藻糖-1-鸟苷酰转移酶。使用同步辐射X射线从全长天然蛋白质晶体中收集衍射数据集，分辨率为3.7°。初步的冷冻电镜图像显示了两个直径为10nm的平行圆盘状物体。

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硫类似酶APR1 C末端氧化还原结构域的结晶拟南芥

F.-F.陈,Y.-Y.Chang,C.-C.Cho和C.-H.Hsu

APR1的氧化还原域拟南芥在四方空间群中结晶P（P）4_三2₁2或P（P）4₁2₁2，衍射数据采集到2.70Ω分辨率。

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细菌鞭毛III型蛋白输出装置的膜组件FliP周质结构域的结晶和初步X射线分析

T.福村,Y.Furukawa先生,川口（T.Kawaguchi）,Y.赛约·哈马诺,K.Namba公司,K.伊马达和T.氨基

对细菌鞭毛Ⅲ型输出装置的FliP周质结构域进行了表达、纯化和结晶，并用X射线衍射对晶体进行了表征。

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周质结构域的结晶和初步X射线衍射分析大肠杆菌天冬氨酸受体Tar及其与天冬氨酸酯的复合物

T.米塞,H.松下,F.A.萨马蒂和I.N.丸山

周质域大肠杆菌克隆、表达、纯化天冬氨酸受体Tar，并用结合配体和不结合配体进行结晶。获得的晶体衍射分辨率分别为1.58和1.95欧。

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Par-4（PAWR）C末端结构域的克隆、表达、纯化、结晶和初步晶体学分析

英国蒂鲁塔尼·苏布拉曼扬,J.库比切克,U.B.艾德霍夫和J.拉巴恩

本文报道前列腺凋亡反应-4蛋白（Par-4）C末端结构域的克隆、过表达、纯化、结晶和初步晶体学分析。

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糖基转移酶-1的纯化、结晶和初步X射线晶体学分析蜡样芽孢杆菌

Y.-C.谢,H.-H.Chiu,Y.-C.黄,香港娱乐,C.-Y.Lu先生,Y.-K.李和C.-J.Chen先生

提纯、结晶和初步的X射线晶体学分析蜡样芽孢杆菌报道了糖基转移酶-1。

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甘蔗土壤元基因组碳水化合物结合模块（CBM_E1）的克隆、纯化、结晶和初步X射线研究

B.M.坎波斯,T.M.阿尔瓦雷斯,M.V.利伯拉托,一、波利卡波夫,H.J.吉尔伯特,A.C.M.泽里和F.M.松鼠

为了鉴定新的碳水化合物结合模块（CBMs），对甘蔗土壤宏基因组文库进行了分析，并鉴定出一个无特征的CBM_E1。在本研究中，对CBM_E1进行了表达、纯化和结晶，并收集了1.95º分辨率的X射线衍射数据。

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EF-P羟基化的重要因素YfcM的结晶和初步X射线晶体学分析

K.小林,T.铃木,N.多马,R.Ishitani先生和O.努雷基

大肠杆菌表达、纯化和结晶YfcM。YfcM晶体由就地蛋白质水解结晶法。使用这些晶体，以1.45º的分辨率收集了X射线衍射数据集。

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人肌管蛋白相关蛋白3的表达、纯化、结晶及初步晶体学分析

J.Y.儿子,J.U.李,K.-Y.Yoo先生,W.Shin先生,D.-W.进口,S.J.金,S.E.Ryu公司和Y.-S.希奥

克隆、表达、纯化并结晶人肌管蛋白相关蛋白3。X射线衍射数据的分辨率为3.3º。

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一水合抗坏血酸还原酶的纯化、表征和初步X射线晶体学研究水稻L。日本

H.做,I.-S.金,Y.-S.金,S.-Y.Shin先生,J.-J.金,J.-E.Mok先生,S.-I.公园,A.R.Wi公司,H.公园,J.H.李,H.-S.Yoon先生和H.-W.金

单脱氢抗坏血酸还原酶（OsMDHAR）来自欧·萨提娃L。日本表示为主动形式，使用大肠杆菌应变NiCo21（DE3）。X射线衍射数据的分辨率为1.9º。

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葡萄糖-1-磷酸尿苷酰转移酶（GalU）的表达、纯化、结晶和初步X射线分析淀粉食性埃文氏菌

M.托卡方迪,M.Cianci先生和S.贝尼尼

葡萄糖-1-磷酸尿苷酰转移酶梨火疫病已被克隆、表达、纯化和结晶。在空间小组中收集的数据分辨率为2.46ºP（P）6₂通过分子替换，利用来自大肠杆菌.

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Ski7的C末端片段的结晶和初步X射线分析酿酒酵母

J.-Y.Lee,S.H.公园,B.-C.Jeong先生和香港宋

Ski7的C端域2和3来自酿酒酵母纯化并结晶。晶体衍射到2.0º分辨率。

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16S rRNA甲基转移酶RsmI的纯化、结晶和初步晶体学分析大肠杆菌

M.赵,L·王,H.张,Y.Dong先生,Y.龚,L.张和J.Wang（王）

16S rRNA甲基转移酶RsmI的初步晶体学分析大肠杆菌已报告。

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TssL的提纯、结晶和初步X射线晶体学分析霍乱弧菌

J.-H.Jeong先生,张建华（J.H.Chang）和Y.G.金

TssL的结晶霍乱弧菌已报告。

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鸡CD8αα–BF2*0401配合物的组装、结晶及初步X射线晶体学分析

刘彦（Y.Liu）,R.Chen先生,M.塔里克和C.夏

鸡MHCⅠ类分子BF2*0401与鸡CD8αα（CD8α-BF2*0.401）配合物的晶体衍射分辨率为2.8º，属于空间群P（P）2₁，带有单位-细胞参数一= 90.6,b条= 90.8,c= 94.9 Å, β = 98°.

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Xaa-Pro二肽酶的结晶和初步X射线衍射分析野油菜黄单胞菌

A.库马尔,V.N.Are公司,B.戈什,阿格拉瓦尔大学,S.N.詹达尔,R.D.马克德和S.M.Sharma公司

Xaa-Pro二肽酶的表达、纯化和结晶X.野油菜报告了（GenBank登录号NP_637763）及其分辨率为1.83º的初步X射线衍射分析。

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C末端DUF490的重组表达、纯化、结晶及初步X射线衍射分析_963–1138TamB域来自大肠杆菌

I.乔斯特,R.格林特,S.M.凯利,K.Mosbahi公司,A.罗斯扎克,R.科格德尔,B.O.史密斯,O.拜伦和D.沃克

C端子DUF490_963–1138TamB域（之前为YtfN）大肠杆菌菌株K-12已经过表达、纯化和结晶。初步衍射数据已收集到2.1º的分辨率。

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克隆、纯化和初步晶体学分析幽门螺杆菌pseudaminic酸生物合成N个-乙酰转移酶PseH

Y.C.刘,A.I.Ud-Din公司和A.鲁杰尼科娃

这个N个-乙酰转移酶PseH来自幽门螺杆菌采用悬挂滴气相扩散法纯化了假尿酸生物合成途径，并与乙酰辅酶A共结晶。衍射数据集已收集到2.5º的分辨率。

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人MTMR4 PH-GRAM结构域的结晶和初步X射线晶体学分析

J.U.李,J.Y.儿子,K.-Y.Yoo先生,W.Shin先生,D.-W.进口,S.J.金,S.E.Ryu公司和Y.-S.希奥

人MTMR4的PH-GRAM结构域被克隆、表达、纯化和结晶。X射线衍射数据的分辨率为3.20º。

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两种变体的结晶和初步X射线分析大肠杆菌O157 ParE2–PaaA2毒素–抗毒素复合物

Y.G.J.斯特克斯,S.Haesaerts公司,L.Van Melderen先生和R.洛里斯

配合物的一种新晶型大肠杆菌描述了O157 PaaA2和ParE2。晶体属于太空群P（P）4₁2₁2（或P（P）4_三2₁2）并衍射到2.8Å的分辨率。成功地获得了能衍射到相同分辨率的SeMet衍生的配合物晶体。最后，还描述了PaaA2截断和ParE2络合物的结晶。

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乙酰肽水解酶的表达、纯化、结晶及初步X射线衍射分析耐辐射球菌

V.N.Are公司,B.戈什,A.库马尔,P.雅达夫,D.巴特纳加,S.N.贾姆达尔和R.D.马克德

乙酰肽水解酶的表达、纯化和结晶D.耐辐射药物报告了（GenBank登录号NP_293889）及其2.6º分辨率的初步X射线衍射分析。

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不对称单元中大量分子的分子替换

C.约比钦和K.斯瓦米纳坦

对蛋白质数据库中不对称单元中含有大量分子的条目进行了调查，并描述了用于分子替换的策略。

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2014年9月号

IYCr结晶系列

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