国际晶体学联合会\(\def\h填{\hskip5em}\def\hfil{\hski p3em}\def\eqno#1{\hfil{#1}}\)

期刊徽标结构生物学
通信
国际标准编号:2053-230X

2011年作者注释

关键词: 作者须知.

1.目标和范围

结晶学报第F节旨在响应结晶和结构生物学中快速通信的需要。该杂志仅为电子版,文章一经准备好就会在网上发布,并提供了从数据库存放到发布的简化路线。

该杂志特别欢迎通过结构基因组学倡议或迭代研究(如制药行业中使用的研究)确定的结构。

所有通信都得益于彩色插图的无限免费使用。编辑们也热衷于鼓励具有扩展多媒体功能的文章,这些文章可以按以下任何类别提交。

2.捐款类别

投稿应符合期刊的一般编辑风格。为了充分利用快速出版的优势,通讯不应超过三个期刊页面(约2000字),结构化通讯应描述一个单一的结构。典型文章可以通过访问//journals.iucr.org/f/sample_issue.html期刊 .

2.1. 结构通信

这些文章描述了生物结构的测定。该类别提供快速报告结果,包括结构基因组学研究的结果。蛋白质-配体复合物或核酸类也适用于此类别。有关结构通信数据要求的详细信息,请访问//journals.iucr.org/f/services/strustructuralcommunications杂志/ 模板可用于此类物品(参见§13.1[链接]).

2.2. 结晶通信

结晶通信 应描述一项连贯的工作,包括大分子的表达、纯化和结晶,以及晶体质量的验证,包括衍射数据统计的呈现。作者还应考虑在//journals.iucr.org/f/services/cystalization杂志/ 如果大分子的结构已经解决,则应在文章中包括PDB代码和任何出版物参考。该类物品的模板可用(参见§13.1[链接]).

2.3. 实验室通讯

这些是对特殊方法、设备改造、完成特定任务的技术的简要描述等。并且可以与结晶或结构生物学的其他领域有关。

2.4. 补遗和勘误表

这些是简短的文章,描述了对现有内容的添加、评论或勘误第F节出版物,不用于报告正在进行的工作。补遗和勘误表应提交给原始文章的合编人。

2.5. 特殊问题

结晶学报第F节还出版专门的章节和问题,致力于专注于结构基因组学和特定主题领域的小组的工作。欲了解更多信息,请联系med@iucr.org。

3.稿件的提交和处理

文章必须以电子方式提交通过网站位于//journals.iucr.org/f/services/submitbdy.html 通过 公共生物 .

3.1. 提交

有关提交程序的详细信息,请访问//journals.iucr.org/f/services/submitbdy.html 。有关提交文章的完整说明和所需文件的详细信息,请参阅//journals.iucr.org/f/services/submitinstructions.html 。鼓励作者使用公共生物发布工具位于https://publibio.iucr.org网址/ 准备并提交他们的文章。结构文章的作者需要提供验证报告提交时。文章将使用交叉检查服务。

3.2. 出版语言

结晶学报第F节将以英语、法语、德语和俄语发表文章。

3.3. 写作质量

文章应该写得清楚,语法正确。如果合编人认为语言问题会给裁判带来不必要的负担,则可以不经审查将手稿退还给作者。有关语言编辑服务的详细信息,请访问//journals.iucr.org/services/languageservices.html .

3.4. 手稿的处理

所有稿件在被接受发表之前,都会被推荐人(通常是两名)看到。稿件被指派给的编辑负责审查过程以及接受或拒绝文章。这一责任包括决定条款的最终形式以及必要时对这些注释的解释。

如果编辑、联合编辑或编辑人员在一个月提交文件将被视为撤回。如果手稿需要进一步修订,通常预计将在要求修订后的一个月内完成。如果一份手稿经过两次修改后仍不被接受,则不再考虑进一步修改。在编辑过程中,任何随后的材料交流都将被视为新的提交。被拒绝的文章不得重新提交给任何IUCr期刊,除非在修订版中充分说明了拒绝的原因。

对于已接受的文章,总编辑有责任准备文章发表。这可能需要与作者和/或责任编辑通信,以解决歧义或获得令人满意的数字或表格。发表文章上的接受日期是总编辑收到最后一项要求的日期。除非总编辑被告知其他合适的安排,否则将向提交文章的作者发送信件。

文章一旦准备好出版,就会在网上发布。他们将在出现时收到在线发布日期,每个月都会收集新的在线文章并作为下一期发布。

在极少数情况下,编辑可能会认为一篇文章更适合于晶体学报除作者指定的以外应用晶体学杂志或发送到同步辐射杂志只有在与联系作者进行充分讨论后,才能对出版物的章节或期刊进行任何更改。

3.5. 作者的保证

文章的提交被视为一种隐含的保证,即作品是原创的,是作者自己的作品,所有作者都知道并同意提交的内容,参与研究的所有工人都被列为作者或在确认书中给予适当的信任,该手稿尚未出版(以任何语言或媒介),并且在考虑出版IUCr期刊时,该手稿未被考虑,也不会在其他地方提供。将材料纳入非正式出版物,例如预印本服务器或时事通讯并不排除在IUCr期刊上发表。

文章的合著者应该是所有对所报告的工作做出重大科学贡献的人,包括想法及其执行,并对结果承担责任和问责的人。其他贡献应在“致谢”一节中注明。对作者名单的更改通常需要得到编辑和所有作者的同意。

年出版的道德准则中给出了与出版相关的重要考虑Acc.化学。物件。(2002),35, 74–76和格拉芙等。[国际临床杂志。实践。(2007),61(补充152),1-26]. 作者应遵守这些准则。

3.6. 版权

除非国家法律另有规定,作者必须签署并提交版权转让协议表在每一份手稿被接受之前。在电子提交过程中,作者将被要求转让版权。有关作者权利的详细信息,请访问//journals.iucr.org/services/authorrights.html 参见§13.4[链接]获取有关开放获取文章许可的信息。

3.7. 作者申诉程序

如果作者认为某篇文章受到合编人不公正的对待,可以首先向编辑部上诉,要求重新审查,最后向合编人上诉晶体学报如果作者仍然对该决定感到不满。首次上诉必须在驳回该条款后三个月内提出。主编的决定是最终决定。任何重新提交给另一位联合编辑的文件都将转发给部门编辑。

3.8. 联系人电子邮件地址

联系作者必须提供一个电子邮件地址,用于编辑沟通和发送电子证据。

3.9. 文件格式

文章所需的源文件包括:Word、OpenOffice或L(左)A类T型E类X(X)文章的文本、表格和图表标题的格式;每个图形和方案的TIFF、PostScript或封装PostScripts格式的高分辨率图形文件(最小600 d.p.i.);以及任何补充材料的文件。应按照在线提交说明 。或者,作者可以使用公共生物直接准备并提交文章。

3.10. 修订

首次提交后,应上传任何修订或新文件通过网络界面只有响应联合编辑的特定请求;这些文件应上传到联合编辑提供的网址。

4.条款格式

在准备文章之前,作者应该查阅当前期刊,熟悉一般格式,如标题的使用、表格的布局和参考文献的引用。样本问题也可在//journals.iucr.org/f/sample_issue.html期刊 .

标题应简洁但信息丰富。文章还应以作者姓名、开展工作的机构的名称和完整邮政地址作为标题。

所有稿件必须附有英语摘要还有一两句话简介将文章的主要发现纳入相关问题的目录。这个摘要应尽可能具体和定量地说明所获得的主要结果。

这个摘要应适合通过抽象服务而不改变措辞进行复制。它不应重复标题中给出的信息。通常100个单词就足够了。它不应提及文章中包含的表格、图表、原子序数或公式。它不应包含脚注。中给出的数字信息摘要文本中不应重复。它不应包括“we”或“I”的用法。

参考文献摘要不鼓励。如果引用不可避免,则应在摘要用于明确识别,例如[Terwilliger(1994)。《水晶学报》。D类50, 17–23].

文章正文通常应分为以下几个部分:引言;实验,包括材料和方法;结果;讨论;确认;参考文献;以及表格和数字。

5.图表和照片(“图形”)

准备数字的一套指南可从以下网址获得://journals.iucr.org/f/services/help/artwork/guide.html 图应使用§3.9中列出的文件格式之一进行编制[链接].

应优化数字的选择,以生成符合清晰度的最短文章。应避免在图和表中重复显示相同的信息,文本也应避免冗余。可以存入补充数字(见§12[链接]).

可以包括文章第一页和目录页的插图。

5.1. 质量

采用§3.9所列格式的电子文件[链接]对高质量的繁殖至关重要。位图图形的分辨率应至少为600 d.p.i。

5.2. 大小

图表的大小通常应确保最大宽度(包括文字)小于轴颈中的一列宽度(8.8 cm)。

5.3. 字母和符号

在整个图表缩小为一列宽度后,精细比例的细节和文字必须足够大,以便清晰易读(高度最好为1.5–3 mm)。

应尽量减少字体;说明性内容应放在标题中。

5.4. 编号和标题

图表应按照文本中引用的顺序在单个系列中编号。手稿中应包括一份数字标题列表。

5.5. 立体图像

当包含原子标签时,应在立体视图中的左视图和右视图上。这两种观点应合并为一个图形。

5.6. 彩色数字

接受彩色数字作者无需支付费用.准备彩色图形的作者应该考虑图形以灰度打印时的外观,以及对彩色盲读者的外观。对比度差非常重要(例如白色背景的浅色)。

5.7. 封面图

封面人物通常是一个三维旋转结构。提交时提供mmCIF和/或使用§5.8中所述交互工具的作者[链接]将有资格将其结构纳入保险范围。

5.8. 增强型数字

作者可以使用一个在线工具来准备标准和相应的三维交互式结构图,网址为https://submission.iucr.org/jtkt网站 .

6.表格

在Word中提交的作者应使用Word表格编辑器准备表格。可以按照§6.3准备实验台[链接]如下所示。

6.1. 表格的使用

广泛的数字信息通常以最经济的方式列在表格中。文本和图表不应与表格冗余。

6.2. 设计、编号和尺寸

表格应按照文本中引用的顺序,在一系列阿拉伯数字中编号。应为其提供标题。

桌子应精心设计,以占用最少的空间,并保持清晰。

6.3. 实验台

每个结晶或结构通讯通常包括一个标准的实验细节表。建议作者使用公共生物以生成此表。工具和示例表位于https://publibio.iucr.org网址 也可以使用Word模板中的表格工具选项生成标准实验表格//日志.iucr.org/services/docxtemplate/ .

7.数学和字母符号

在Word中提交的作者应使用Word公式编辑器准备显示的数学公式。

应避免使用停止(周期)来表示乘法,标量乘积除外。通常不需要符号,但如果需要,则应使用乘号(×)。

矢量应为粗体,张量应为粗体字。

希腊字母不应该拼写出来。

应注意不要因使用相同字母符号的两种不同含义而引起混淆。

应避免使用哥特式、手写体或其他不寻常的字体。如果作者使用的字体不可用,可以用另一种字体代替。

所有显示的方程式,包括已发布附录中的方程式,应在单个序列中编号。

8.多媒体

多媒体内容(例如延时序列、三维结构)受到欢迎。有关如何准备增强三维图形的详细信息,请参见§5.8[链接].

9.术语

9.1. 结晶命名法

作者应遵循IUCr结晶命名委员会提出的一般建议(参见https://www.iucr.org/iucr/commissions/cnom.html ).

9.2. 化合物命名.

公式和命名法应符合国际纯粹与应用化学联合会制定的命名规则(IUPAC公司)国际生物化学和分子生物学联合会(IUBMB公司)和其他适当机构。晶体命名法应尽可能与系统名称相对应。

9.3. 单位

这个国际单位制()使用的是,但不包括ángström(符号Au,定义为10−10m) 通常首选纳米(nm)或皮米(pm)作为适当的长度单位。建议使用十进制倍数的前缀,而不是`×10n个'.

10.参考文献

对已发表作品的引用必须在作者姓名后立即注明发表年份,例如Neder&Schulz(1998)或(Neder&Schulz,1998)。如果有三位或三位以上作者,文本中的参考应以史密斯的形式表示等。(1998)或(史密斯等。, 1998)等。

在参考列表中,期刊条目[缩写为化学文摘(缩写《水晶学报》。,J.应用。克里斯特。J.同步辐射。除外)],书籍、多作者书籍、计算机程序和个人通信应按字母顺序排列,并符合以下风格:

Brünger,A.T.(1992年).X-PLOR公司。3.1版。X射线晶体学和核磁共振系统美国康涅狄格州耶鲁大学。

Brünger,A.T.(1992年b条).自然(伦敦),355, 472–474.

Brünger,A.T.,Adams,P.D.,Clore,G.M.,DeLano,W.L.,Gros,P.,Grosse-Kunstleve,R.W.,Jiang,J.-S.,Kuszewski,J.,Nilges,M.,Pannu,N.S.,Read,R.J.,Rice,L.M.,Simonson,T.&Warren,G.L.(1998)。《水晶学报》。D类54, 905–921.

协作计算项目,第4期(1994年)。《水晶学报》。D类50, 760–763.

Crowther,R.A.(1972年)。分子置换法由M.G.Rossmann编辑,第173–178页。纽约:Gordon和Breach。

国际结晶学联合会(2008年)。(IUCr)结构生物学与结晶通讯,//journals.iucr.org/f/journalhomepage.html。

Jones,A.B.(2011年)。《水晶学报》。F类67在媒体上。

Schomaker,V.(1946年)。个人沟通。

Sheldrick,G.M.(2008)。《水晶学报》。A类64, 112–122.

Weiss,M.S.、Einspahr,H.、Baker,E.N.、Dauter,Z.、Kaysser-Pyzalla,A.、Kostorz,G.和Larsen,S.(2010年)。《水晶学报》。F类66,doi:10.1107/S1744309110041825。

请注意,所有作者和包容的必须给出页码。

使用数据库参考(识别)代码识别文章中的单个结构时,应在参考列表中完整引用原始文献。在这种情况下,文本中的引文应采用“……amiyanin的结构(PDB代码1aac,Cunane等。, 1996)'.

在可能的情况下,期刊中的参考文献将链接到原始出版物以及适当的书目数据库(例如Medline)。

补充材料中的引文也应出现在文章的正文中。

11.评价标准

11.1. 结构数据

建议纳入的评估标准和数据结构通信可以在网站上找到//journals.iucr.org/f/services/strustructuralcommunications杂志/ .

11.2. 结晶数据

建议纳入的数据列表结晶通信可以在网站上找到//journals.iucr.org/f/services/cystalization杂志/ 结晶通信通常不包含有关相位确定的信息。然而,如果作出需要确定相位的声明,相关统计数据,如重原子站点数量、相位功率、估计相位误差等。在实验阶段,以及初始刚体的某些组合测试自由的,的相关系数,Z轴分数,如果按分子替换,需要提供。

11.3. 核磁共振数据

核磁共振数据发布指南可从//journals.iucr.org/f/services/strustructuralcommunications杂志/ .

11.4. 中子数据

在报告中子数据的文章中,不应包括初步的核密度图,除非,自由的,相关系数并提供了误差估计。

11.5. 验证报告

结构文章的作者需要在提交时提供验证报告。鼓励作者将他们的数据预先提交给PDB,并获得其结构的验证报告。有关验证报告的更多信息,请参阅在线提交说明.

12.补充内容

12.1. 目的和范围

所有补充内容将与文章一起提供通过 晶体学期刊在线 或通过指向蛋白质数据库,的核酸数据库ICDD公司视情况而定。

12.2. 非结构性信息

所有非结构性补充内容,可能包括:

  • 实验程序的其他细节;

  • 数学推导的细节仅在正文和数学附录中概述;

  • 对不具有普遍意义的观点进行长时间的讨论,或者对不会得出明确结论但具有重大价值的观点进行长时间的讨论;

  • 附加图表;

  • 和多媒体内容,

应以下列格式之一提供//journals.iucr.org/services/filetypes.html .

12.3. 高分子结构

作者应遵循IUCr生物大分子委员会的沉积建议[《水晶学报》。(2000),D56, 2]. 对于大分子的所有结构研究,坐标和相关实验数据(结构因子振幅/强度)必须存放在世界蛋白质数据库的成员站点(https://www.wwpdb.org)如果报告了总分子结构。鼓励作者在提交给期刊之前将其数据存入wwPDB,并提供mmCIF和wwPDB验证报告提交时需要。有关mmCIF和验证报告的更多信息,请参阅在线提交说明。作者必须提供wwPDB参考代码,文章才能发表。对于核磁共振结构,除了坐标、指定的化学位移和在最后一轮精炼应存放在wwPDB。建议也保存NOE峰值列表。

鼓励作者对衍射数据图像的结构进行安排,以便存档并根据要求提供。

13.作者信息和服务

作者服务页面可在//journals.iucr.org/f/services/authorservices.html .

13.1. 作者工具

有许多工具可用于帮助准备文章。

Word、OpenOffice和L(左)A类T型E类X(X)模板可以从author服务页面下载。

Word模板中的表格工具可用于从mmCIF文件中准备实验表格。

用于准备增强图形的工具包位于https://submission.iucr.org/jtkt网站 .

web服务,公共生物,位于https://publibio.iucr.org网址 用于准备文章的文本、实验表格和增强图形,并确保文章包含出版所需的所有项目。

对于结构纸,ADIT公司它可以在线使用,也可以作为独立程序使用,用于检查mmCIF的语法,还可以用于对结构进行预检查和验证。

13.2. 电子状态信息

作者可以通过以下网址获取其文章的当前状态信息://journals.iucr.org/services/status.html .

13.3. 校样

将以便携式文档格式(pdf)提供证据。当校样准备好下载时,将通过电子邮件通知联系人作者。

13.4. 开放式访问

在证明阶段,作者将有机会发表文章`开放存取'在晶体学期刊在线 开放存取文章的作者不会被要求将版权转让给IUCr,而是会被要求同意开放存取许可证。此许可证与知识共享署名许可证.

13.5. 重印

出版后,联系人作者将能够下载免费电子转载已发表文章。

13.6. 晶体学期刊在线

所有IUCr期刊都可以在网上找到通过 晶体学期刊在线;//日记.iucr.org/ .