研究交流\(\def\h填{\hskip5em}\def\hfil{\hski p3em}\def\eqno#1{\hfil{#1}}\)

期刊徽标晶体学
通信
国际标准编号:2056-9890

晶体结构,1-(1,3-苯并噻唑-2-基)-3-(2-羟基-乙氧基)咪唑啉-2-酮的Hirshfeld表面分析、相互作用能和密度泛函研究

十字标记_颜色_方形_文本.svg

有机烟囱实验室(Laboratoire de Chimie Organique Hétérocyclique URAC 21),美国药理学协会。摩洛哥拉巴特穆罕默德五世大学科学学院BP 1014 Ibn Battota,b条摩洛哥阿加迪尔伊本佐尔大学应用科学学院,c(c)土耳其安卡拉贝特佩06800号哈塞特佩大学物理系d日美国洛杉矶70118新奥尔良杜兰大学化学系
*通信电子邮件:mohamedsrhir2018@gmail.com

美国基恩州立学院J.Jasinsk编辑(2019年12月23日收到; 2020年2月6日接受; 在线2020年2月14日)

在标题分子中,C12H(H)13N个O(运行)2S、 苯并噻吩嗪部分稍显非平面,咪唑啉部分仅偏离前者的平均平面几度。在晶体中,平行于公元前平面由O-H的组合形成海德西●牛顿Thz公司氢键与弱C-H伊姆兹年O伊姆兹和C-H新西兰元年O伊姆兹(Hydrethy=羟基乙基,Thz=噻唑,Imdz=咪唑烷,Bnz=苯)相互作用,以及C-H伊姆兹π(环)和头尾打滑π-噻唑环之间的叠加作用[质心到质心距离=3.6507(7)和3.6866(7)Ω]。Hirshfeld曲面分析晶体结构表明对晶体堆积的最重要贡献来自H…H(47.0%)、H…O/O…H(16.9%)、H?C/C?H(8.0%)和H?S/S?H(7.6%)相互作用。氢键和范德瓦尔斯相互作用是晶体填料中的主要相互作用。计算化学表明,在晶体中,C-H…N和C-H…O氢键能量为68.5(对于O-H海德西●牛顿Thz公司),60.1(用于C-H新西兰新西兰年O伊姆兹)和41.8千焦摩尔−1(用于C-H伊姆兹年O伊姆兹). 将密度泛函理论(DFT)优化的B3LYP/6–311G(d,p)级结构与实验确定的固态分子结构进行了比较。

1.化学背景

含有苯并噻唑骨架的化合物已经在学术和工业实验室中进行了广泛的研究(Mekhzoum等。, 2016【Mekhzoum,M.E.M.、Essassi,E.M.,Qaiss,A.E.K.和Bouhfid,R.(2016)。RSC Advv.611472-111481。】, 2019【Mekhzoum,M.E.M.,El Bourakadi,K.,Essassi,E.M.,Qaiss,A.E.K.&Bouhfid,R.(2019),《分子结构杂志》1193,303-309。】; 查基布等。, 2010【Chakib,I.,Zerzouf,A.,Zouihri,H.,Essassi,E.M.和Ng,S.W.(2010a)。晶体学报E66,o2842。】,b条【Chakibe,I.、Zerzouf,A.、Essassi,E.M.、Reichelt,M.和Reuter,H.(2010b),《结晶学报》E66,o1096。】, 2019【Chakib,I.,El Bakri,Y.,Lai,C.-H.,Benbacer,L.,Zerzouf,A.,Essassi,E.M.&Mague,J.T.(2019),《分子结构杂志》1198126910-126921。】). 这些分子具有广泛的生物学应用,包括作为抗肿瘤药物(贝内托等。, 1999[Bénéteau,V.,Besson,T.,Guillard,J.,Léonce,S.和Pfeiffer,B.(1999)。欧洲医学化学杂志,第34期,第1053-1060页。]; 克阿列塔等。, 2004【奇·阿列塔,I.,格迪沙·M.,马尔沃什·塞尔梅克,D.,塞蒂纳,M.,特拉利奇-库列诺维奇,V.,帕维利奇,K.和卡尔明斯基-扎莫拉,G.(2004)。法玛科,59,297-305。】)、抗菌剂(Shastry等。, 2003【Shastry,C.S.、Joshi,S.D.、Aravind,M.B.和Veerapur,V.P.(2003)。印度化学杂志。13,57-60。】; 拉特罗法等。, 2005[Latrofa,A.、Franco,M.、Lopedota,A.、Rosato,A.、Carone,D.和Vitali,C.(2005年)。Farmaco,60,291-297。],辛格等。,2013年【Singh,M.K.、Tilak,R.、Nath,G.、Awasthi,S.K.和Agarwal,A.(2013)。《欧洲医学化学杂志》63,635-644。】)、止痛药(Kaur等。, 2010【Kaur,H.,Kumar,S.,Singh,I.,Saxena,K.K.&Kumar,A.(2010),DIG.J.Nanomater.生物5,67-76.】),抗炎药(奥凯塔尼等。, 2001[Oketani,K.,Nagakura,N.,Harada,K.&Inoue,T.(2001).欧洲药理学杂志.422209-216.])、抗HIV药物(Nagarajan等。, 2003【Nagarajan,S.R.、De Crescenzo,G.A.、Getman,D.P.、Lu,H.F.、Sikorski,J.A.、Walker,J.L.、McDonald,J.J.、Housman,K.A.、Kocan,G.P.、Kishore,N.、Mehta,P.、Funkes-Shippy,C.L.和Blystone,L.(2003)。生物组织与医学化学11,4769-4777。】; 皮塔等。,2013年【Pitta,E.,Geronikaki,A.,Surmava,S.,Eleftheriou,P.,Mehta,V.P.&Van der Eycken,E.V.(2013),《酶抑制医学化学杂志》28,113-122。】)、抗利什曼原虫药物(Delmas等。, 2004【Delmas,F.,Avellaneda,A.,Di Giorgio,C.,Robin,M.,De Clercq,E.,Timon-David,P.&Galy,J.P.(2004),《欧洲医学化学杂志》39,685-690。】)、抗癌药物(杨等。, 2003[Yang,B.Q.,Yang,P.H.&Zhu,A.L.(2003).中国化学通讯.14,901-903.]; 等。, 2006[黄S.-T.,徐英杰&陈C.(2006).生物有机医学化学.14,6106-6119.]; 科克等。, 2008【Kok,S.H.L.,Gambari,R.,Chui,C.H.,Yuen,M.C.W.,Lin,E.,Wong,R.S.M.,Lau,F.Y.,Cheng,G.Y.M.,Lan,W.S.,Chan H.,Lam,K.H.,Cheng)、抗高血压药物(Saggu等。, 2002【Saggu,J.S.,Sharma,R.,Dureja,H.&Kumar,V.(2002),《印度科学研究杂志》82,177-182。】),抗氧化剂,(Ayhan Kilcigil等。2004年【Ayhan-Kilcigil,G.,Kus,C.,Cooban,T.,Can-Eke,B.&Iscan,M.(2004),《酶抑制医学化学杂志》19,129-135。】)和抗病毒药物(Tewari等。, 2006【Tewari,A.K.和Mishra,A.(2006),《印度化学杂志》45B,489-493。】). 咪唑啉酮部分是一种重要的支架,具有多种药理作用,包括抗惊厥、抗帕金森综合征和单胺氧化酶抑制活性(Hari Narayana Moorthy等。, 2012【Hari Narayana Moorthy,N.S.,Saxena,V.,Karthikeyan,C.&Trivedi,P.(2012年),《酶抑制医学化学杂志》,第27期,201-207年。】; 德赛等。, 2009[Desai,N.C.,Bhavsar,A.M.&Baldaniya,B.B.(2009),《印度药学杂志》,第71期,第90-94页。]). 此外,咪唑啉是抗菌、抗真菌、抗病毒、抗癌和CNS抑制剂(Naithani等。, 1989【Naithani,D.K.,Shrivastava,V.K.,Barthwal,J.P.,Szxena,A.K.,Gupta,T.A.&Shanker,K.(1989).印度化学杂志28B,990-992.】; 哈芬主义者等。, 1978【Harfenist,M.、Soroko,E.F.和McKenzie,G.M.(1978),《医学化学杂志》21,405-409。】). 我们之前已经证明,氢氯二(2-氯乙基)胺是几种化合物的有趣前体杂环化合物含有恶唑烷酮部分(Sebbar等。, 2016[Sebar,N.K.,Mekhzoum,M.E.M.,Essassi,E.M.,Zerzouf,A.,Talbaoui,A.,Bakri,Y.,Saadi,M.和Ammari,L.E.(2016),《化学研究》,第426845-6862页。], 2018[Sebbar,N.K.,Ellouz,M.,Elmsellem,H.,Zerzouf,A.,Hlimi,F.&Essassi,E.M.(2018).J.Mar.Chim.杂环.17,179-183.]; 埃卢等。, 2017【Ellouz,M.、Sebbar,N.K.、Boulhaoua,M.,Essassi,E.M.和Mague,J.T.(2017年)。IUCrData,2,x170646。】; Hni公司等。, 2019[Hni,B.,Sebbar,N.K.,Hökelek,T.,El Ghayati,L.,Bouzian,Y.,Mague,J.T.和Essassi,E.M.(2019)。晶体学报E75,593-599。]). 在我们继续使用双(2-氯乙基)胺氢氯化物作为合成新杂环体系的中间体的研究中,我们研究了2-氨基苯并噻唑与双(2-氯乙酰基)胺氢氯化物在四氯乙烷存在下的缩合反应-n个-丁基溴化铵为催化剂,碳酸钾为碱。生成产物1-(1,3-苯并噻唑-2-基)-3-(2-羟基-乙氧基)咪唑啉-2-酮的合理机制(),在反应方案中给出。

【方案二】

首次获得标题化合物,并通过单晶X射线衍射技术和Hirshfeld表面分析对其进行了表征。用密度泛函理论(DFT)在B3LYP/6-311G(d,p)水平上进行的计算结果与实验确定的固态分子结构进行了比较。

【方案一】

2.结构注释

在标题mol­gele中()(图1[链接]),苯并噻唑单元略微非平面,如组分环平均平面之间1.52(4)°的二面角所示[A类(C1–C6)和B类(S1/N1/C1/C6/C7)]。咪唑啉环构象的折叠分析C类(N2/N3/C8-C10)给出了参数(2) =0.0767(14)Ω和φ(2) = 66.5 (10)°. 构象被描述为“C9上的包络线”。这个环几乎与噻唑环共面B类平均平面之间的二面角为3.61(4)°。

[图1]
图1
标题化合物的分子结构与原子编号方案。位移椭球是在50%的概率水平上绘制的。

3.超分子特征

在晶体中,O-H氢化物…N个Thz公司(Hydethy=羟基乙基,Thz=噻唑)氢键(表1[链接])形成沿着c(c)-轴方向(图2[链接]). 它们被连接成平行于公元前弱C-H平面伊姆兹年O伊姆兹(Imdz=咪唑啉)和C-H伊姆兹π(环)相互作用(表1[链接]). 各层由弱C-H连接新西兰元年O伊姆兹(Bnz=苯)相互作用。层的形成和堆叠也由头尾滑动来辅助π-叠加相互作用(图3[链接]和4[链接])沿着-噻唑环之间的轴向[Cg公司2⋯Cg公司2Cg公司2⋯Cg公司2ii(ii)分别为3.6507(7)和3.6866(7)奥;对称码:(i)−x个 + 1, − + 1, −z(z) + 1; (ii)−x个 + 2, − + [{1\超过2}], −z(z) + [{3\超过2}],其中Cg公司2是环的质心B类].

表1
氢键几何形状(λ,°)

Cg公司1是苯环的质心(A类,C1–C6)。

-H月A类 -H(H) 小时A类 A类 -H月A类
氧气-氢气A类●N1 0.90 (2) 1.97 (2) 2.8560 (15) 170(2)
C5-H5……O1 0.954 (19) 2.559 (19) 3.4439 (16) 154.3 (14)
C8-H8型B类2010年1月不及物动词 0.958 (17) 2.532 (16) 3.2542 (16) 132.2 (13)
C8-H8型A类Cg公司1 0.997 (17) 2.840 (16) 3.5646 (15) 130.0 (12)
对称代码:(i)[-x+2,y+{\script{1\over2}},-z+{\sscript{3\over2{}]; (iii)[x,-y+{\script{1\over2}},z+{\sscript{1\ower2}}]; (iv)-x个+1, -+1, -z(z)+1; (vi)[x,-y+{\script{1\over2}},z-{\script}1\over 2}}].
[图2]
图2
O-H的一部分海德西●牛顿Thz公司(Hydethy=羟基乙基,Thz=噻唑)(红色虚线)氢键链沿轴。
[图3]
图3
两条链条的部分,沿b条轴,显示它们之间的相互作用。O小时海德西●牛顿Thz公司氢键用红色虚线表示,而弱C-H伊姆兹年O伊姆兹和C-H新西兰新西兰…O伊姆兹(Hydethy=羟基乙基,Thz=噻唑,Imdz=咪唑啉,Bnz=苯)相互作用用黑色虚线表示。弱C-H伊姆兹π(铃声)头尾打滑π-叠加相互作用分别用绿色和橙色虚线表示。
[图4]
图4
沿b条分子间相互作用的轴如图3所示[链接].沿轴如图所示。

4.赫什菲尔德表面分析

为了可视化晶体中分子间的相互作用Hirshfeld表面(HS)分析【赫什菲尔德·H·L(Hirshfeld,H.L.)(1977),《修道院学报》,第44期,第129-138页。】; Spackman和Jayatilaka,2009年【Spackman,M.A.和Jayatilaka,D.(2009),《CrystEngComm》,第11、19-32页。】)使用水晶探险家17.5(特纳等。, 2017[Turner,M.J.、McKinnon,J.J.,Wolff,S.K.、Grimwood,D.J.、Spackman,P.R.、Jayatilaka,D.&Spackman的M.A.(2017年)。《水晶探险家》17。西澳大利亚大学。]). 在绘制的HS中d日规范(图5[链接]),白色表面表示接触距离等于范德瓦尔斯半径之和,红色和蓝色分别表示距离比范德瓦尔半径短(近接触)或长(远接触)(文凯特桑等。, 2016【Venkatesan,P.、Thamotharan,S.、Ilangovan,A.、Liang,H.和Sundius,T.(2016)。光谱学。学报A部分,153,625-636。】). 出现在O1和氢原子H5、H2附近的亮斑A类,小时8B类表明他们作为捐赠者和/或接受者的角色;它们也以蓝色和红色区域出现,对应于HS上映射的静电势上的正负电位(Spackman等。, 2008【Spackman,M.A.、McKinnon,J.J.和Jayatilaka,D.(2008),《CrystEngComm》,第10期,第377-388页。】; 贾亚蒂拉卡等。, 2005【贾亚蒂拉卡·D·、格林伍德·D·J·、李·A·、勒梅·A·,拉塞尔·A·J·,泰勒·C·、沃尔夫·S·K·、卡萨姆·切奈·P·惠顿·A·(2005)。《TONTO-计算化学系统》。在线阅读:https://hirshfeldsurface.net/])如图6所示[链接]蓝色区域表示正静电势(氢键施主),而红色区域表示负静电势(氢键受主)。HS的shape-index是一种可视化工具π——π通过相邻的红色和蓝色三角形进行叠加;如果没有相邻的红色和/或蓝色三角形,则没有π——π相互作用。图7[链接]清楚地表明π——π相互作用.

[图5]
图5
三维Hirshfeld曲面视图绘制于d日规范在−0.5793至1.2827 a.u.范围内。
[图6]
图6
三维Hirshfeld曲面视图在静电上绘制势能使用哈特里-福克理论水平上的STO-3 G基准集,在−0.0500至0.0500 a.u.的范围内。氢键供体和受体分别显示为原子周围对应正负电势的蓝色和红色区域。
[图7]
图7
Hirshfeld曲面在shape-index上绘制。

整个二维指纹图,图8[链接],以及划分为H…H、H…O/O…H、H…C/C…H、S…S/S…H、HN/N…H、C…C、N…C/C N、O…C/C O、S…C/C S和S…N/N…S触点(麦金农等。, 2007【McKinnon,J.J.,Jayatilaka,D.&Spackman,M.A.(2007),《化学通讯》,第3814-3816页。】)如图8所示[链接]b条——k个以及它们对Hirshfeld曲面的相对贡献。最重要的相互作用(表2[链接])是H­H,占整个晶体填充的47.0%,如图8所示[链接]b条由于分子中氢含量高,尖端位于d日e(电子)=d日= 1.10 Å. 指纹图中的一对翅膀被描绘成H­O/O­H触点(图8[链接]c(c),16.9%贡献)具有对称分布的点,其边缘位于d日e(电子)+d日= 2.40 Å. C-H的存在π相互作用由具有尖刺的特征翅膀表示,尖刺位于d日e(电子)+d日=2.63º,在指纹图中描绘为H­C/C­H触点(图8[链接]d日,贡献8.0%)。H­S/S­H触点占整个晶体填料的7.6%,如图8所示[链接]e(电子)尖端位于d日e(电子)+d日= 3.03 Å. 指纹图中的一对尖峰被描绘成H?N/N?H触点(图8[链接](f),5.3%)具有对称的点分布,尖端位于d日e(电子)+d日= 1.88 Å. C­C触点(5.0%的贡献,图8[链接])具有箭头形状的点分布,尖端位于d日e(电子)=d日= 1.70 Å. N…C/C…N相互作用(4.3%,图8[链接]小时)长出小翅膀,尖端在d日e(电子)+d日= 3.41 Å. O­C/C­O触点(2.2%,图8[链接])给出广泛分散的点,提示如下d日e(电子)+d日= 3.56 Å. 最后,S?C/C?S和S?N/N?S相互作用,分别占整个晶体填充的2.2%和1.3%(图8[链接]j个k个)长出小翅膀,尖端在d日e(电子)+d日=3.63º和d日e(电子)+d日分别为3.63奥。

表2
选定的原子间距离(Ω)

S1…O1号机组 2.7721 (10) C1……C7 3.4070 (17)
S1和C11 3.6700 (14) C2和C10iv(四) 3.5859 (18)
S1和C1ii(ii) 3.6552 (12) C3和C10iv(四) 3.5928(19)
第1页至第11页A类 3.117 (16) C4和C10ii(ii) 3.4350 (19)
O1和C9 3.2869 (16) C4至C8iv(四) 3.587 (2)
O1至C8 3.2543 (16) C6至C7ii(ii) 3.5502 (17)
O2和N1 2.8560 (14) C1和H2A类不及物动词 2.81 (2)
氧气和C3iv(四) 3.4071 (17) C4至H8A类iv(四) 2.850(16)
…氧气2 N3 2.9500 (15) C5至H8A类iv(四) 2.718 (15)
O1至H9B类 2.640 (17) C9到H12B类 2.830 (16)
O1和H11A类 2.482(17) C12至H9A类 2.857 (18)
O1至H8B类 2.534 (16) 氢气……H9A类vii(七) 2.49 (3)
氧气……H9A类 2.804 (19) 氢气和氢气A类不及物动词 2.53 (3)
氧气……H12B类 2.803 (18) A类月H8B类 2.59 (3)
氧气……H3iv(四) 2.601 (18) H4和C12viii(八) 2.828 (18)
氧气和氢气 2.838 (18) H4……H12A类 2.38 (2)
N1和C12不及物动词 3.4313 (17) H4到H12B类viii(八) 2.38 (2)
氮气和C5ii(ii) 3.4204 (17) H5…O1型 2.557 (17)
N1…时8分B类 2.769 (17) H5亿H11A类 2.36 (2)
N1和H2A类不及物动词 1.97 (2) H8型B类月H11A类不及物动词 2.44 (2)
N1至H8A类 2.857 (17) H9型A类2012年上半年B类 2.40 (2)
对称代码:(i)[-x+2,y+{\script{1\over2}},-z+{\sscript{3\over2{}]; (ii)-x个+2, -+1, -z(z)+1; (iii)[x,-y+{\script{1\over2}},z+{\sscript{1\ower2}}]; (iv)-x个+1, -+1, -z(z)+1; (v)-x个+1, -, -z(z)+1; (vi)[x,-y+{\script{1\over2}},z-{\script}1\over 2}}]; (vii)[-x+1,y+{\script{1\over2}},-z+{\sscript{1\ower2}}]; (viii)x个,+1,z(z).
[图8]
图8
的全二维指纹图,显示()所有相互作用,以及(b条)H…H(c(c))H·O/O·H(d日)H……C/C……H(e(电子))H¡­S/S¡­H((f))H¡­N/N¡­H()C至C(小时)C…N/N…C,(i)O…C/C…O(j个)S……C/C……S和(k个)S……N/N……S相互作用。这个d日d日e(电子)这些值是距离Hirshfeld曲面上给定点最近的内部和外部距离(单位:Ω)。

函数的Hirshfeld曲面表示d日规范图9显示了H…H、H…O/O…H、H…C/C…H、H-…S/S…H、H/N…H和C…C相互作用在表面上的绘图[链接]一个--(f)分别是。

[图9]
图9
的Hirschfeld曲面表示使用函数d日规范打印到曲面上()H……H(b条)H¡­O/O¡­H(c(c))H……C/C……H(d日)H¡­S/S¡­H(e(电子))H…N/N…H和((f))C……C相互作用。

Hirshfeld表面分析证实了H原子接触在建立填料中的重要性。大量H…H、H…O/O…H和H…C/C…H相互作用表明范德瓦尔斯相互作用和氢键在晶体填充(Hathwar等。, 2015[Hathwar,V.R.,Sist,M.,Jörgensen,M.R.V.,Mamakhel,A.H.,Wang,X.,Hoffmann,C.M.,Sugimoto,K.,Overgaard,J.&Iversen,B.B.(2015).国际癌症杂志,2,563-574.]).

5.相互作用能量计算

分子间相互作用能由CE-B3LYP/6-311G(d,p)能量模型计算水晶探险家17.5(特纳等。, 2017[Turner,M.J.、McKinnon,J.J.,Wolff,S.K.、Grimwood,D.J.、Spackman,P.R.、Jayatilaka,D.&Spackman的M.A.(2017年)。《水晶探险家》17。西澳大利亚大学。])使用应用程序生成的分子簇晶体对称性中心分子半径3.8°范围内的操作(特纳等。, 2014[Turner,M.J.,Grabowsky,S.,Jayatilaka,D.和Spackman,M.A.(2014)。《物理化学快报》第5期,4249-4255页。]). 分子间总能量(E类总数)是静电的总和(E类ele(电气)),极化(E类波尔),分散(E类数字化信息系统)和交换排斥(E类代表)能量(特纳等。, 2015[Turner,M.J.,Thomas,S.P.,Shi,M.W.,Jayatilaka,D.&Spackman,M.A.(2015),《化学通讯》第51期,第3735-3738页。])比例因子分别为1.057、0.740、0.871和0.618(麦肯齐等。, 2017[Mackenzie,C.F.,Spackman,P.R.,Jayatilaka,D.&Spackman(M.A.)(2017年),IUCrJ,4575-587。]). 氢键相互作用能(单位:kJ mol−1)计算结果为−67.2(E类ele(电气)), −18.0 (E类波尔), −35.4 (E类数字化信息系统), 75.7 (E类代表)和−68.5(E类总数)对于O2-H2A类●N1,−21.5(E类ele(电气)), −6.1 (E类波尔), −82.0 (E类数字化信息系统), 62.3 (E类代表)和−60.1(E类总数)适用于C5-H5­O1和−1.2(E类ele(电气)), −6.3 (E类波尔), −73.7 (E类数字化信息系统), 45.7 (E类代表)和−41.8(E类总数)用于C8-H8B类月O1。

6.干膜厚度计算

这些计算的主要目的是提供实验结果的相互解释。为此使用B3LYP功能理论水平和6-31G(d,p)基组(Becke,1993【Becke,A.D.(1993),《化学物理杂志》,第98期,第5648-5652页。】)在中实现高斯-09(弗里希等。, 2009[Frisch,M.J.,Trucks,G.W.,Schlegel,H.B.,Scuseria,G.E.,Robb,M.A.,Cheeseman,J.R.等人(2009年),GAUSSIAN-09。Gaussian Inc.,美国康涅狄格州沃林福德。]). 分子采用的几何形状与使用DFT计算得到的几何形状非常接近(表3[链接]). 对于S1-C6(0.1º)和S1-C7(0.08º)键长以及C11-N3-C9键角(1.6°),观察到计算值和实验值之间的最大差异。这些差异可能与以下事实有关:这些计算与孤立的分子有关,而实验结果对应于相互作用的分子晶格其中存在与相邻分子的分子内和分子间相互作用。

表3
所选(X射线和DFT)几何数据的比较(Ω,°)

债券/角钢 X射线 B3LYP/6–311G(d,p)
S1-C6号机组 1.7448 (13) 1.83061
S1-C7号机组 1.7517 (12) 1.85613
O1-C10型 1.2246 (16) 1.24399
氧气-C12 1.4161 (17) 1.45513
N1-C7型 1.3060 (16) 1.30197
N1-C1型 1.3940 (16) 1.40321
N2-C7气体 1.3619(17) 1.37118
N2-C10气体 1.3930 (16) 1.40686
N2-C8气体 1.4628 (16) 1.47735
N3-C10型 1.3477 (16) 1.37333
编号3-C11 1.4485(16) 1.45760
N3-C9型 1.4543 (17) 1.47023
     
C6-S1-C7型 88.16 (6) 87.72
C7-N2-C10型 125.18 (10) 126.57
C7-N1-C1型 109.77 (10) 110.27
C7-N2-C8型 122.65 (10) 121.09
C10-N2-C8型 112.16 (10) 112.17
C10-N3-C11号机组 123.10 (11) 122.39
C10-N3-C9 113.37 (10) 113.06
C11-N3-C9 122.24(11) 123.84

7.数据库调查

剑桥结构数据库(CSD,5.41版,更新至2019年12月;Groom等。, 2016【Groom,C.R.,Bruno,I.J.,Lightfoot,M.P.&Ward,S.C.(2016),《水晶学报》B72,171-179。】)使用搜索片段生成24个hit,其中10个是苯并噻唑或其衍生物的金属配合物。在剩下的分子中,四种成分和结构最接近(KEQTAC;Olyaei等。, 2006[Olyaei,A.,Abbasi,A.,Ghandi,M.,Salimi,F.&Eriksson,L.(2006),《结晶学报》E62,o5326-o5327。]),四、(NOHJAX;Sahoo公司等。, 2014[Sahoo,S.K.,Jena,H.S.,Majji,G.&Patel,B.K.(2014)。综合,46,1886-1900。]),V(V)(RUBPAG;萨切夫斯基等。, 2005【Saczewski,F.、Kornicka,A.和Gdaniec,M.(2005),《Pol.J.Chem.》第79期,第115-120页。】)和不及物动词(YUYTUH;科兹克等。, 1995【Kozísek,J.、Ulick,L.、Floch,L.和Langer,V.(1995),《结晶学报》C51,1429-1431。】). 在这四个分子中,苯并噻唑的部分比,除了不及物动词其中为1.3°。,由C7/N1/C1/C6/S1和C7/N2/C8/C10定义的平面之间的二面角为1.94(4)°,而其他平面中的相应二面角从13.64°变化至0.61°英寸V(V).

[方案3]

8.合成和结晶

向2-氨基苯并噻唑(2.22 mmol)、双(2-氯乙基)胺(1.11 mmol)和碳酸钾(3.21 mmol-n个-溴化丁基铵(0.37毫摩尔)。将混合物在353K下搅拌24小时。通过过滤除去固体材料并蒸发溶剂真空中通过乙醇重结晶纯化固体产物,得到无色晶体(产率:70%)。

9.精炼

水晶数据、数据收集和结构精炼表4总结了详细信息[链接]所有氢原子均位于差分-傅里叶映射中,其坐标和各向同性位移参数无约束地进行了细化。

表4
实验细节

水晶数据
化学配方 C类12H(H)13N个O(运行)2S公司
M(M)第页 263.31
晶体系统,空间组 单诊所,P(P)21/c(c)
温度(K) 150
,b条,c(c)(Å) 7.2863 (2), 13.9178 (5), 11.6156 (4)
β(°) 98.866 (1)
V(V)) 1163.85 (7)
Z轴 4
辐射类型 K(K)α
μ(毫米−1) 2.47
晶体尺寸(mm) 0.28 × 0.27 × 0.11
 
数据收集
衍射仪 布鲁克D8 VENTURE PHOTON 100 CMOS
吸收校正 多扫描(SADABS公司; 克劳斯等。, 2015【Krause,L.、Herbst-Irmer,R.、Sheldrick,G.M.和Stalke,D.(2015),《应用结晶杂志》第48期,第3-10页。】)
T型最小值,T型最大值 0.69, 0.77
测量、独立和观察的数量[> 2σ()]反射 8781, 2246, 2160
R(右)整数 0.023
(罪θ/λ)最大值−1) 0.618
 
精炼
R(右)[F类2> 2σ(F类2)],水风险(F类2),S公司 0.030, 0.080, 1.06
反射次数 2246
参数数量 215
氢原子处理 所有氢原子参数均已细化
Δρ最大值,Δρ最小值(eó)−3) 0.20, −0.36
计算机程序:4月3日圣保罗(布鲁克,2016[Bruker(2016)。APEX3,SAINT和SADABS。Bruker AXS,Inc.,美国威斯康星州麦迪逊。]),SHELXT公司(谢尔德里克,2015年【谢尔德里克·G·M(Sheldrick,G.M.)(2015a),《结晶学报》A71,3-8。】),SHELXL2018型(谢尔德里克,2015年b条[Sheldrick,G.M.(2015b),《结晶学报》,C71,3-8。]),钻石(Brandenburg&Putz,2012)【Brandenburg,K.和Putz,H.(2012)。德国波恩水晶冲击GbR钻石公司。】)和SHELXTL公司(谢尔德里克,2008年[Sheldrick,G.M.(2008),《水晶学报》,A64112-122。]).

支持信息


计算详细信息顶部

数据收集:4月3日(布鲁克,2016);细胞细化: 圣保罗(布鲁克,2016);数据缩减:圣保罗(布鲁克,2016);用于求解结构的程序:SHELXT公司(谢尔德里克,2015年);用于细化结构的程序:SHELXL2018型(谢尔德里克,2015年b条);分子图形:钻石(Brandenburg和Putz,2012);用于准备出版材料的软件:SHELXTL公司(谢尔德里克,2008)。

1-(1,3-苯并噻唑-2-基)-3-(2-羟乙基)咪唑啉-2-酮顶部
水晶数据 顶部
C类12H(H)13N个O(运行)2S公司F类(000) = 552
M(M)第页= 263.31x个=1.503毫克米
单诊所,P(P)21/c(c)K(K)α辐射,λ= 1.54178 Å
= 7.2863 (2) Å7989次反射的细胞参数
b条= 13.9178 (5) Åθ= 6.2–72.3°
c(c)= 11.6156 (4) ŵ=2.47毫米1
β= 98.866 (1)°T型=150 K
V(V)= 1163.85 (7) Å块,无色
Z轴= 40.28×0.27×0.11毫米
数据收集 顶部
Bruker D8 VENTURE PHOTON 100 CMOS公司
衍射仪
2246次独立反射
辐射源:INCOATEC IµS微焦点源2160次反射> 2σ()
镜面单色仪R(右)整数= 0.023
探测器分辨率:10.4167像素mm-1θ最大值= 72.3°,θ最小值= 6.2°
ω扫描小时=98
吸收校正:多扫描
(SADABS公司; 克劳斯等。,2015年)
k个=1715
T型最小值= 0.69,T型最大值= 0.77=1414
8781次测量反射
精炼 顶部
优化于F类2主原子位置:双
最小二乘矩阵:完整二次原子位置:差分傅里叶映射
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.030氢位置:差分傅里叶图
水风险(F类2) = 0.080所有氢原子参数均已细化
S公司= 1.06 w个= 1/[σ2(F类o个2) + (0.0449P(P))2+ 0.4296P(P)]
哪里P(P)= (F类o个2+2个F类c(c)2)/3个
2246次反射(Δ/σ)最大值= 0.001
215个参数Δρ最大值=0.20埃
0个约束Δρ最小值=0.36埃
特殊细节 顶部

几何图形使用全协方差矩阵估计所有esd(除了两个l.s.平面之间二面角的esd)。在估计距离、角度和扭转角的esd时,单独考虑单元esd;细胞参数中esd之间的相关性仅在由晶体对称性定义时使用。细胞esd的近似(各向同性)处理用于估计涉及l.s.平面的esd。

精炼.F的细化2对抗所有反射。加权R系数wR和拟合优度S基于F2,传统的R系数R基于F,对于负F,F设置为零2F的阈值表达式2>2西格玛(F2)仅用于计算R系数(gt)等,与选择反射进行细化无关。基于F的R系数2从统计上看,是基于F的因子的两倍,而基于ALL数据的R因子将更大。

分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部
x个z(z)U型国际标准化组织*/U型等式
S1(第一阶段)0.84367 (4)0.49137 (2)0.62655 (3)0.02128 (12)
O1公司0.88222 (13)0.29904 (7)0.68752 (8)0.0249 (2)
氧气0.55711 (14)0.04397 (7)0.66690 (8)0.0288 (2)
过氧化氢0.586 (3)0.0432 (16)0.745 (2)0.055 (6)*
N1型0.67379 (15)0.47968 (7)0.41147(9)0.0191(2)
氮气0.74321 (14)0.33066 (7)0.49825 (9)0.0193 (2)
N3号机组0.78449 (16)0.17939 (8)0.55357 (9)0.0223 (2)
C1类0.69815 (16)0.57713 (9)0.43706(11)0.0188 (3)
指挥与控制0.63908 (18)0.65197 (10)0.35997 (12)0.0241 (3)
0.570 (2)0.6355 (13)0.2837 (16)0.035 (4)*
C3类0.67664 (19)0.74589 (10)0.39635 (13)0.0267 (3)
H3级0.637 (2)0.7985 (14)0.3464 (16)0.035 (5)*
补体第四成份0.77217 (19)0.76532 (10)0.50716 (13)0.0275 (3)
H4型0.797 (2)0.8334 (13)0.5348 (16)0.035 (4)*
C5型0.82913(19)0.69236(10)0.58568 (12)0.0251 (3)
H5型0.891 (2)0.7065 (13)0.6624 (16)0.032 (4)*
C6级0.79036 (17)0.59783 (9)0.54928 (11)0.0201 (3)
抄送70.74425 (16)0.42847(9)0.50177 (10)0.0177 (3)
抄送80.66402 (19)0.27650 (9)0.39448 (11)0.0217 (3)
H8A型0.528 (2)0.2896 (12)0.3761 (15)0.031 (4)*
H8B型0.725 (2)0.2958 (12)0.3310 (15)0.027 (4)*
C9级0.7093 (2)0.17217 (10)0.43041 (11)0.0274 (3)
H9A型0.597 (3)0.1309 (13)0.4205 (16)0.037 (5)*
H9B型0.801 (2)0.1427 (13)0.3901 (15)0.036(4)*
第10条0.81190(17)0.27069 (9)0.59095 (11)0.0189 (3)
C11号机组0.8591 (2)0.09704 (10)0.62142 (11)0.0250 (3)
H11A型0.900 (2)0.1210 (12)0.6983 (15)0.028 (4)*
H11B型0.972(2)0.0720 (13)0.5935 (15)0.031 (4)*
第12项0.7190 (2)0.01623 (9)0.62181 (12)0.0256 (3)
H12A型0.784 (2)0.0373 (12)0.6672 (14)0.026 (4)*
H12B型0.681 (2)0.0069 (11)0.5418 (16)0.025 (4)*
原子位移参数(2) 顶部
U型11U型22U型33U型12U型13U型23
S1(第一阶段)0.0263 (2)0.01777 (18)0.01832 (18)0.00109 (11)0.00106 (13)0.00110 (10)
O1公司0.0344 (5)0.0211 (5)0.0181 (4)0.0011 (4)0.0003 (4)0.0002 (3)
氧气0.0353 (5)0.0272(5)0.0228(5)0.0006 (4)0.0011 (4)0.0037 (4)
N1型0.0222 (5)0.0164 (5)0.0185 (5)0.0007 (4)0.0025 (4)0.0010 (4)
氮气0.0259 (5)0.0152 (5)0.0163 (5)0.0001(4)0.0012 (4)0.0004 (4)
N3号机组0.0319 (6)0.0153 (5)0.0183 (5)0.0003 (4)0.0002 (4)0.0023 (4)
C1类0.0191 (6)0.0160 (6)0.0218 (6)0.0007 (5)0.0048 (4)0.0003 (5)
指挥与控制0.0284 (7)0.0198 (6)0.0237 (6)0.0030 (5)0.0027 (5)0.0023 (5)
C3类0.0312 (7)0.0181 (6)0.0316 (7)0.0048 (5)0.0073(5)0.0036 (5)
补体第四成份0.0300 (7)0.0174 (6)0.0361 (7)0.0016 (5)0.0081 (6)0.0030 (5)
C5型0.0262 (6)0.0204 (6)0.0281 (7)0.0004 (5)0.0027(5)0.0051(5)
C6级0.0198 (6)0.0183 (6)0.0221 (6)0.0017 (5)0.0030 (5)0.0006 (5)
抄送70.0180 (6)0.0166 (6)0.0188 (6)0.0002 (4)0.0041 (4)0.0005 (4)
抄送80.0299 (7)0.0175(6)0.0168 (6)0.0019 (5)0.0005 (5)0.0003 (5)
C9级0.0439 (8)0.0179 (6)0.0187 (6)0.0025 (6)0.0008 (5)0.0003 (5)
第10条0.0220 (6)0.0172 (6)0.0180 (6)0.0006 (5)0.0046 (5)0.0021 (5)
C11号机组0.0333 (7)0.0167 (6)0.0243 (7)0.0038 (5)0.0022 (5)0.0033 (5)
第12项0.0399 (8)0.0153 (6)0.0210 (7)0.0011 (5)0.0023 (6)0.0003 (5)
几何参数(λ,º) 顶部
S1-C6号机组1.7448 (13)C3-C4型1.392 (2)
S1-C7号机组1.7517 (12)C3-H3型0.952 (19)
O1-C10型1.2246 (16)C4-C5型1.385(2)
氧气-C121.4161(17)C4-H4型1.008 (18)
氧气-H2A0.90 (2)C5至C61.3974 (18)
N1-C7型1.3060 (16)C5-H5型0.954 (19)
N1-C1型1.3940 (16)C8-C9型1.5327 (18)
N2-C7气体1.3619(17)C8-H8A型0.997 (17)
N2-C10气体1.3930 (16)C8-H8B型0.958 (17)
N2-C8气体1.4628 (16)C9-H9A型0.993 (19)
N3-C10型1.3477 (16)C9-H9B型0.967 (18)
编号3-C111.4485 (16)C11-C12号机组1.5194 (19)
N3-C9型1.4543 (17)C11-H11A型0.957 (18)
C1-C2类1.3975 (18)C11-H11B型0.992 (17)
C1-C6号机组1.4013 (18)C12-小时12a0.991 (17)
C2-C3型1.388 (2)C12-H12B型0.982 (18)
C2-H2型0.977 (19)
S1··O12.7721(10)C1···C7iv(四)3.4070 (17)
S1··C113.6700 (14)C2··C10iv(四)3.5859 (18)
S1··C1ii(ii)3.6552 (12)C3··C103.5928 (19)
S1··H11A3.117 (16)C4··C10ii(ii)3.4350 (19)
O1··C93.2869 (16)C4··C8iv(四)3.587 (2)
O1··C83.2543 (16)C6··C7ii(ii)3.5502 (17)
O2··N12.8560 (14)C1··H2A不及物动词2.81 (2)
O2··C3iv(四)3.4071 (17)C4··H8A2.850(16)
氧气··N32.9500 (15)C5··H8Aiv(四)2.718 (15)
O1··H9B2.640 (17)C9··H12B2.830 (16)
O1··H11A2.482 (17)C12··H9A2.857 (18)
O1··H8B2.534 (16)氢··H9Avii(七)2.49 (3)
氧气··H9A2.804 (19)H2··H2A不及物动词2.53 (3)
氧气··H12B2.803 (18)H2A··H8B2.59 (3)
氧气··H3iv(四)2.601 (18)H4··C12viii(八)2.828 (18)
氧气··氢气2.838(18)H4··H12Aviii(八)2.38 (2)
N1··C12不及物动词3.4313 (17)H4··H12Bviii(八)2.38 (2)
N2··C5ii(ii)3.4204 (17)H5···O12.557(17)
N1··H8B2.769 (17)H5··H11A2.36 (2)
N1··H2A不及物动词1.97 (2)H8B··H11A不及物动词2.44 (2)
N1··H8A2.857 (17)H9A··H12B2.40 (2)
C6-S1-C7型88.16 (6)N2-C7-S1型121.60 (9)
C12-O2-H2A106.8 (13)N2-C8-C9型102.87 (10)
C7-N1-C1型109.77 (10)N2-C8-H8A型109.6 (10)
C7-N2-C10型125.18 (10)C9-C8-H8A113.3(10)
C7-N2-C8122.65 (10)N2-C8-H8B型108.6 (10)
C10-N2-C8型112.16 (10)C9-C8-H8B111.6 (10)
C10-N3-C11号机组123.10 (11)H8A-C8-H8B110.5 (14)
C10-N3-C9113.37(10)N3-C9-C8103.60 (10)
C11-N3-C9型122.24 (11)N3-C9-H9A型109.4 (11)
N1-C1-C2型124.89 (12)C8-C9-H9A型112.1 (10)
N1-C1-C6115.18 (11)N3-C9-H9B型108.8 (10)
C2-C1-C6型119.93 (12)C8-C9-H9B型114.0 (11)
C3-C2-C1118.69 (13)H9A-C9-H9B108.7 (15)
C3-C2-H2123.1 (10)臭氧-C10-N3128.27 (12)
C1-C2-H2118.2 (11)O1-C10-N2型124.38 (11)
C2-C3-C4型120.76 (13)N3-C10-N2号107.35 (10)
C2-C3-H3型120.8(11)N3-C11-C12型113.03 (11)
C4-C3-H3型118.5 (11)N3-C11-H11A型105.6 (10)
C5-C4-C3121.51 (13)C12-C11-H11A型111.7 (10)
C5-C4-H4117.3 (10)N3-C11-H11B型111.1 (10)
C3-C4-H4型121.1 (10)C12-C11-H11B109.4 (10)
C4-C5-C6117.70 (13)H11A-C11-H11B型105.7 (14)
C4-C5-H5型120.9 (11)氧气-C12-C11113.43 (11)
C6-C5-H5型121.4 (11)O2-C12-H12A型111.6 (9)
C5-C6-C1121.38 (12)C11-C12-H12A106.8 (9)
C5-C6-S1128.70 (10)O2-C12-H12B型108.1 (10)
C1-C6-S1型109.92 (9)C11-C12-H12B型109.3 (9)
N1-C7-N2型121.45 (11)H12A-C12-H12B型107.4 (13)
N1-C7-S1型116.94 (10)
C7-N1-C1-C2号机组179.95(12)C8-N2-C7-S1178.90 (9)
C7-N1-C1-C60.42 (15)C6-S1-C7-N11.36 (10)
N1-C1-C2-C3178.49 (12)C6-S1-C7-N2177.54 (10)
C6-C1-C2-C3型1.12 (19)C7-N2-C8-C9175.82(11)
C1-C2-C3-C4型0.4 (2)C10-N2-C8-C95.38 (14)
C2-C3-C4-51.5 (2)C10-N3-C9-C87.90 (16)
C3-C4-C5-C6型1.1 (2)C11-N3-C9-C8175.30 (11)
C4-C5-C6-C1型0.40 (19)N2-C8-C9-N37.49 (14)
C4-C5-C6-S1型179.83 (10)C11-N3-C10-O18.4 (2)
N1-C1-C6-C5型178.12 (11)C9-N3-C10-O1175.68 (13)
C2-C1-C6-C5型1.53 (19)C11-N3-C10-N2172.01 (11)
N1-C1-C6-S11.40 (13)C9-N3-C10-N24.74(15)
C2-C1-C6-S1178.95 (9)C7-N2-C10-O10.1 (2)
C7-S1-C6-C5178.02 (13)C8-N2-C10-O1178.84 (12)
C7-S1-C6-C11.45 (9)C7-N2-C10-N3179.53 (11)
C1-N1-C7-N2178.10 (11)C8-N2-C10-N3型0.77 (14)
C1-N1-C7-S10.80 (13)C10-N3-C11-C12135.47 (13)
C10-N2-C7-N1178.69 (11)C9-N3-C11-C1258.36 (17)
C8-N2-C7-N10.05 (18)N3-C11-C12-O259.05 (15)
C10-N2-C7-S12.46 (17)
对称代码:(i)x个+2,+1/2,z(z)+3/2; (ii)x个+2,+1,z(z)+1; (iii)x个,+1/2,z(z)+1/2; (iv)x个+1,+1,z(z)+1; (v)x个+1,,z(z)+1; (vi)x个,+1/2,z(z)1/2;(vii)x个+1,+1/2,z(z)+1/2; (viii)x个,+1,z(z).
氢键几何形状(λ,º) 顶部
Cg公司1是苯环的质心(A类,C1–C6)。
-H(H)···A类-H(H)H(H)···A类···A类-H(H)···A类
氧气-氢气A类···N1型0.90 (2)1.97(2)2.8560(15)170 (2)
C5-H5···O10.954 (19)2.559 (19)3.4439 (16)154.3 (14)
C8-H8型B类···O1公司不及物动词0.958 (17)2.532 (16)3.2542 (16)132.2 (13)
C8-H8型A类···Cg公司1iv(四)0.997 (17)2.840 (16)3.5646 (15)130.0 (12)
对称代码:(i)x个+2,+1/2,z(z)+3/2; (iii)x个,+1/2,z(z)+1/2; (iv)x个+1,+1,z(z)+1; (vi)x个,+1/2,z(z)1/2.
所选(X射线和DFT)几何数据的比较(Ω,°) 顶部
债券/角钢X射线B3LYP/6-311G(d,p)
S1-C6号机组1.7448 (13)1.83061
S1-C7号机组1.7517 (12)1.85613
O1-C10型1.2246 (16)1.24399
氧气-C121.4161 (17)1.45513
N1-C7型1.3060 (16)1.30197
N1-C1型1.3940 (16)1.40321
N2-C7气体1.3619(17)1.37118
N2-C10气体1.3930 (16)1.40686
N2-C8气体1.4628 (16)1.47735
N3-C10型1.3477 (16)1.37333
编号3-C111.4485(16)1.45760
N3-C9型1.4543 (17)1.47023
C6-S1-C7型88.16 (6)87.72
C7-N2-C10型125.18 (10)126.57
C7-N1-C1型109.77 (10)110.27
C7-N2-C8型122.65 (10)121.09
C10-N2-C8型112.16 (10)112.17
C10-N3-C11号机组123.10 (11)122.39
C10-N3-C9113.37 (10)113.06
C11-N3-C9122.24(11)123.84
 

资金筹措信息

感谢美国国家科学基金会第1228232号MRI拨款支持购买衍射仪,感谢杜兰大学支持杜兰晶体学实验室。TH感谢Hacettepe大学科研项目单位(批准号:013 D04 602 004)。

工具书类

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