(一)发病原因
肛管癌真正病因尚未明了，但有研究表明它是多因素作用下多基因失控所致，以往注意到长期慢性刺激如肛瘘，湿疣和免疫性疾患（阿特·克罗恩病)与肛管癌发生有关，近年来发现人乳头状病毒（人乳头瘤病毒）与它有密切关系，特别是HPV-16,50%～80%的肛管癌细胞中有 HPV-16性行为异常也是肛管癌的高危因素，男性同性恋患者47%有肛管湿疣史，其肛管癌发病危险系数是正常配偶的12.4倍，女性患者中30%有肛交史，免疫抑制如肾移植术后患者，肛管癌的发病率要比正常人群高100倍，肛管癌也存在基因表达异常，67%，71%的肛管癌有癌基因C-myc公司的表达，且分布异常，此外，也有人注意到吸烟也是肛管癌的重要诱因，有吸烟史的男，女性发病率分别是正常人的9.4倍和7.7倍。
(二)发病机制
病理学
肛管是内，外胚层交接之处，所以肿瘤组织学来源较为复杂，大致分为三大类：上皮细胞肿瘤(如鳞状上皮癌，基底细胞癌，腺癌等)，非上皮细胞肿瘤(如肉瘤，淋巴瘤等)和恶性黑色素瘤。
肛管癌以鳞状细胞癌最多见，约占2/3以上，按细胞分化程度分高，中和低分化癌，少数为腺癌，至于肉瘤和淋巴瘤在肛管区少见，恶性黑色素瘤在肛管直肠肿瘤中不足1%，中山医科大学肿瘤医院统计肛管直肠肿瘤574例中，仅有4例黑色素瘤，占0.7%，但其恶性度极高，生长快，迅速转移至区域淋巴结和其他脏器，预后甚差。
肛管癌扩散途径主要是淋巴道转移，而且主要是沿直肠上动脉向上方转移至直肠旁淋巴结，汇成直肠上淋巴结，继而转移到肠系膜下动脉周围，肛管癌亦可向侧方淋巴转移至髂内，髂总淋巴结，向下方转移主要向前经过会阴及大腿内侧部皮下组织到达腹股沟浅淋巴结，少数向后沿臀部外侧经两侧髂嵴进入腹股沟浅淋巴结，最后均汇至腹股沟深淋巴结和髂外，髂总淋巴结，可见，腹股沟淋巴结转移常可成为第1站淋巴结转移，与直肠癌有所不同，其次，肛管癌局部扩散可侵入肛门括约肌，阴道后壁，会阴，前列腺和膀胱，造成肛管阴道瘘或肛管膀胱瘘，所以在行腹会阴联合直肠切除术治疗肛管癌时，会阴部切除范围应较直肠癌手术时广泛，肛管癌第三条扩散途径是经血道至肝，肺，骨，腹膜等。
