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基于遗传序列和不确定感染时间的传播树的贝叶斯重建
门德利
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作者
赫萨姆·蒙塔泽里
小苏珊
Mozzgan Mozaffarilegha
尼科·比伦文克尔
维克托·德格拉托拉
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日期
2020-12
类型
期刊文章
引文
年被引用3次
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权利/许可
版权所有-允许非商业使用
摘要
病原体的遗传序列数据越来越多地用于研究地方病和疾病暴发的传播动力学。
这种研究有助于制定适当的干预措施,并有助于设计评估干预措施的研究。
有几种计算方法
建议从序列数据推断传输链;
然而,现有的方法通常不能可靠地重建传播树,因为遗传序列数据或从这些数据推断出的系统发育树包含的信息不足,无法准确估计传播链。
在这里,我们通过仿真研究表明,即使感染时间不确定,也可以大大提高传播树重建的准确性。
为了实现这一改进,我们提出了一种使用马尔可夫链蒙特卡罗的贝叶斯推断方法,该方法在疫情完全抽样的假设下直接从传播树空间中抽取样本。
每个传播树的可能性通过系统发育模型计算,将其内部节点视为传播事件。
通过模拟研究,我们证明了重建传播树的准确性主要取决于感染时间的可用信息量;
当感染时间已知到特定的确定度时,我们证明了该方法相对于两种替代方法的优越性。
此外,我们举例说明了使用多重插补框架来研究流行病动力学的特征,例如节点特征与平均出站边缘或入站边缘数量之间的关系,表示节点之间可能发生的传播事件。
我们将提出的方法应用于圣地亚哥的一个传播集群和2014年塞拉利昂埃博拉病毒爆发的数据集,并调查生物、行为和人口因素的影响。
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永久链接
https://doi.org/10.3929/ethz-b-000461862
出版物状态
出版
外部链接
https://doi.org/10.1515/sagmb-2019-0026
期刊/系列
遗传学和分子生物学中的统计应用
体积
19
(4-6)
页码/文章编号。
20190026
出版商
德古意特出版社
主题
埃博拉病毒;
HIV;
蒙特卡洛·马尔可夫链;
系统发育分析;
输电树
组织单位
03790-比伦文克尔、尼科/比伦文科尔、尼科
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