不含天然气:NGLess实现了NGLess，一种用于处理测序数据的DSL

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NGLess实现了一种特定于域的语言，用于处理下一代数据，特别是宏基因组学。

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模块

内置功能
内置模块
- 内置模块。Argv公司
- 内置模块。AsReads（已读取）
- 内置模块。组装
- 内置模块。检查
- 内置模块。加载目录
- 内置模块。ORF风
- 内置模块。质量控制统计
- 内置模块。阅读资料
- 内置模块。删除
- 内置模块。样品
CWL公司
引文
命令参数
配置
数据
- 数据。快速Q
  - 数据。快速Q。实用程序
- 数据。法斯塔
- 数据。全球金融论坛
- 数据。山姆
依赖关系
- 依赖关系。嵌入的
- 依赖关系。版本
外部模块
文件管理
文件或流
- 文件或流。类型
翻译
解释
- 解释。计数
  - 解释。计数。参考序列信息矢量
- 解释。计数文件
- 解释。快速Q
- 解释。地图
- 解释。选择
- 解释。基板
- 解释。独特
- 解释。写入
JSONScript
语言
模块
不含天然气
- NGLess公司。NG错误
- NGLess公司。NGL环境
输出
分析
引用数据库
标准模块
- 标准模块。批次
- 标准模块。例子
- 映射器
  - 标准模块。映射器。Bwa公司
  - 标准模块。映射器。最小值2
  - 标准模块。映射器。香皂
- 标准模块。最小值2
- 标准模块。Mocat公司
- 标准模块。莫特斯
- 标准模块。NGLStdlib（NGLStd库）
- 标准模块。平行
- 标准模块。Samtools公司
- 标准模块。香皂
代币
转换
类型
实用程序
- 实用程序。批次
- 实用程序。管道
- 实用程序。调试
- 实用程序。在这里
- 实用程序。国际集团
- 实用程序。锁定文件
- 实用程序。网络
- 实用程序。流程
- 实用程序。进度栏
- 实用程序。Samtools公司
- 实用程序。建议
- 实用程序。实用程序
- 实用程序。矢量
验证
验证IO
版本

旗帜

自动标志

姓名	描述	违约
嵌入	嵌入依赖项	残疾人
静止的	静态生成	残疾人

使用-f<标志>启用标志，或-f-<标志>禁用该标志。更多信息

下载

NGLess-1.5.0.tar.gz[浏览]（Cabal源包）
程序包描述（如包装中所含）

维修人员角落

包装维护人员

路易斯佩德罗

对于包维护者和黑客托管者

编辑程序包信息

候选人

没有候选人

版本[RSS（RSS）]	1.4.0,1.4.1,1.4.1.1条,1.4.2.0,1.5.0
更改日志	更改日志
依赖关系	伊森(>=0.9),ansi端子,异步,原子写入(>=0.2),基础(>=4.12 && <4.16),字节删除,字节字符串分析,bzlib-conduit公司,管道(>=1.3),导管算法(>=0.0.9.0),外导管(>=1.1.12),配置器,容器,可兑换的,数据默认值,deepseq公司(>=1.3),目录,双重转换,编辑-距离(>=0.2),任何一个,错误(>=2.1),例外,额外的(>=1.4),文件嵌入(>=0.0.8),文件管理器(>=0.3.6),文件路径(>=1.3),可散列的,哈希表,主机名,http-客户端,http-conduit公司,内联-c,内联-cpp,间隔内映射,MissingH公司(>=1.3),mtl公司（>=2.2）,网络,不含天然气,optparse应用程序,解析(>=3.1),原始的（>=0.6）,过程(>=1.2.3),随机震荡,正则表达式,智囊团成员(>=1.1),安全的,保险(>=0.0.2),stm公司,stm-chans公司,stm导管(>=2.7),严格的,焦油(>=0.5),焦油导管(>=0.3.2),template-haskell模板,文本(>=1.2),时间(>=1.5),变压器,unix（通用）,unix兼容,不自由的,非浮心,矢量(>=0.11),向量算法,山药,zlib公司[细节]
许可证	麻省理工学院
作者	路易斯·佩德罗·科埃略等人（见作者）
维护人员	luis@luispedro.org
类别	领域特定语言
主页	https://github.com/ngless-toolkit/ngless#自述文件
Bug跟踪器	https://github.com/ngless-toolkit/ngless/issues
源回购	头部：git克隆https://github.com/ngless-toolkit/ngless
已上传	通过路易斯佩德罗在2022-09-14T15:22:26Z
分配
可执行程序	无角的
下载	总计320人（过去30天内有19人）
额定值	（尚未投票）[估算人贝叶斯平均]
您的评分	λ λ λ
状态	文档不可用[生成日志] 截至2022-09-14，所有报告的构建都失败[所有2个报告]

NGLess-1.5.0自述文件

[返回包描述]

NGLess：用更少的工作量处理NGS

Ngless是一种特定于域的语言，用于NGS（下一代测序数据）处理。

有关问题和讨论，请使用NGLess邮件列表.

如果您正在使用NGLess，请引用：

NG元分析器：使用NGLess快速处理元基因组特定领域语言路易斯·佩德罗·科埃略、雷纳托·阿尔维斯、保罗·蒙泰罗，Jaime Huerta-Cepas、Ana Teresa Freitas、Peer Bork、Microbiome（2019年）https://doi.org/10.1186/s40168-019-0684-8

NGLess卡通

例子

角度“1.5”input=fastq（['ctrl1.fq'，'ctrl2.fq'，'im1.fq'，'im2.fq']）input=使用|read|预处理（input）：读=读[5:]read=子字符串（read，min_quality=26）如果长度（读取）<31：丢弃mapped=映射（输入，参考='hg19'）写入（计数（映射，特征=[‘基因’]），ofile='gene_counts.csv'，格式={csv}）

正在安装

请参阅安装文档了解更多信息。

生物蟒蛇

安装NGLess的推荐方法是生物棉:

conda安装-c生物连接器

码头工人

或者，可在以下网址获得带有NGLess的码头集装箱：码头装卸中心:

docker run-v$PWD:/workdir-w/workdir-it nglesstoolkit/ngless:1.5.0 ngless--版本

调整安装标志(-v（v）)根据需要。

Linux操作系统

您可以下载NGless的静态链接版本1.5.0

这应该适用于各种Linux版本（请报告您遇到的任何问题）：

卷曲-L-Ohttps://github.com/ngless-toolkit/ngless/releases/download/v1.5.0/ngless-v1.50-Linux-static-fullchmod+x NGLess-v1.50-Linux-static-full./NGLess-v1.50-Linux-静态-完整

这下载了文件包bwa、samtools和megahit（也有静态链接）。

来源

也可以从源代码安装/编译。克隆 https://github.com/ngles-toolkit/ngless

依赖关系

获得具有所有依赖项的环境的最简单方法是使用conda：

conda创建-n角度第二激活角conda config—添加通道conda-forgeconda安装堆栈cairo bzip2 gmp zlib perl wget xz pkg-config make

你应该有海湾合作委员会已安装（或其他C编译器）。

以下命令序列应下载并构建软件

git克隆https://github.com/ngles-toolkit/nglesscd角度堆栈设置制作

要安装，可以使用以下命令（replace<前缀>具有要安装的目录，默认为/usr/本地):

制造

在本地计算机上运行示例测试脚本

对于成功编译和安装NGless的开发人员，运行中的测试脚本测试文件夹将是下一行操作样本测试用例的输出。

cd测试

一旦进入测试目录中，选择任何测试文件夹以运行NGless。

例如，在这里我们将运行回归-fqgz测试：

cd回归-fqgzngless ungzip.ngl

运行此脚本后，打开新生成的文件夹ungzip.ngl.output_ngless文件并在中查看模板索引.html文件。

对于已经完成这项工作的开发人员，可以通过阅读以下文档链接来引用和使用更多用于测试的数据集：人类肠道宏基因组学功能和分类学分析 海洋宏基因组学功能分析 海洋宏基因组学组装与基因预测

作者

路易斯·佩德罗·科埃略（电子邮件：luispedro@big-data-biology.org)（在推特上：@路易斯佩德罗科埃略)
保罗·蒙泰罗
雷纳托·阿尔维斯
安娜·特蕾莎·弗里塔斯
而参与研究的伯克