GINsim(Gene Interaction Network simulation)是一种用于基因调控网络建模和模拟的计算机工具。
功能基因组学的最新发展产生了大量关于基因表达和潜在调控机制的数据。这导致了复杂监管网络的逐步绘制。由于这些网络通常包括许多相互交织的反馈电路,因此了解它们的时空行为违背了生物学家的直觉。在这方面,正式的建模和仿真工具成为实验工具的必要补充。由于目前难以建立分子机制和动力学参数值的精确信息,定性方法为建模和分析遗传调控网络的基本特性提供了一种极具吸引力的方法。
有关基因调控网络建模和分析的一般信息,请参阅[1].
GINsim由一个基于离散逻辑形式主义的遗传调控网络定性模型模拟器组成。
GINsim允许用户根据异步、多值逻辑函数指定遗传调控网络的模型,并模拟和/或分析其定性动力学行为[2].
GINsim独立于操作系统(Linux、Mac OS 10.3+、Windows)。
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