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支持“高选择性重症冠状病毒肺炎患者队列的低平均全基因组测序”的数据

数据集类型:基因组,软件
2024年6月5日发布的数据

桑托斯R;莫雷诺-托雷斯五世;品托斯一世;科拉尔O;门多萨Cd;索里亚诺五世;科尔帕斯M(2024年):GigaScience数据库“高选择性重症冠状病毒肺炎患者队列的低平均全基因组测序”的支持数据。https://doi.org/10.5524/102535

内政部10.5524/102535

尽管在识别与严重新型冠状病毒肺炎相关的遗传标记方面取得了进展,但该病的完整遗传特征仍然难以确定。本研究探讨了插补在严重新冠肺炎患者队列低覆盖率全基因组测序中的应用。我们使用GLIMPSE1工具生成了79个输入变量调用格式文件的数据集,每个文件平均包含950万个单核苷酸变体。验证表明,跨测序平台的插补精度较高(平方皮尔逊相关≈0.97),表明GLIMPSE1能够自信地插补西班牙血统个体中次要等位基因频率低至2%的变异。我们对患者队列进行了全面分析,使用一组标准化的医学术语来描述新冠肺炎的严重症状,检查了住院和重症监护的使用情况、性别和年龄差异以及临床表型。这里介绍的方法和发现可能会在未来的基因组项目中得到利用,为应对新冠肺炎等健康挑战提供重要见解

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文件名 描述 样本ID 数据类型 文件格式 大小 发布日期 文件属性 下载
圣卡洛斯医院诊所的证明文件 数据访问协议 PDF格式 98.89千字节 2024-05-28 MD5校验和:611a33df83753703421ae473adbc488
人类受试者道德和保护文件 数据访问协议 DOCX公司 20.18千字节 2024-05-28 MD5校验和:c7e49a40b61426245644fa3ac6b05062
GitHub存储库的存档副本https://github.com/renatosantos98/GLIMPSE-low-coverage-WGS-impution,于2024年5月15日下载。支持“高选择性重症冠状病毒肺炎患者队列的低平均全基因组测序”的数据。此软件是根据麻省理工学院许可证发布的。请访问GitHub存储库以获取最新更新。 GitHub存档 拉链 27.21 MB 2024-05-28 许可证:麻省理工学院许可证
MD5校验和:677975ce5f4424e7271f39be6f50e09f
软件硬件:软件硬件:1:snp:e04aea4b73374999e2bd4faf008e3dfdd06595436
自述文件 文本 2.65千字节 2024-05-28 MD5校验和:b4e49ba9ac88b8e4b7d824baf76b9983
资助机构 获奖者 奖励ID 评论
英国华大基因
日期 行动
2024年6月5日 数据集发布