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Tirtella的植物样本。

支持“基因组数据Vigna汗衫"

数据集类型：基因组、表观基因组
2023年6月26日发布的数据

普塔卡姆W;Sonthirod C公司;Naktang C公司;云大C;Yoocha T公司;Kongkachana西;桑斯拉克鲁D;Somta P公司;Tangphatsornruang南（2023）：支持“基因组数据Vigna汗衫“GigaScience数据库。https://doi.org/10.5524/102399

内政部10.5524/102399

Vigna汗衫是一种多年生野生豆科植物，属于Ceratotropis亚属维格纳，也是的父级之一反身Vigna reflecto-pilosa在本研究中，从泰国采集叶、花、荚和根的样本，进行DNA和RNA分析。
该数据集代表了10X基因组学技术的基因组组装数据汗衫弧菌.组件的N50尺寸为2078642，L50脚手架编号为64。总装配尺寸为474.13 Mb，BUSCO完整性评估为98.1%。蛋白质编码基因汗衫弧菌为34371，重复序列为41.0%。

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  • Pootakham，W.、Sonthirod，C.、Naktang，C.，Yundaeng，C.、Yoocha，T.、Kongkachana，W.，Sangsrakru，D.、Somta，P.和Tangphatsornruang，S.（2022年）。Vigna reflecto-pilosa（cre ole bean）及其祖先Vigna hirtella和Vigna trinervia的基因组组合揭示了异源四倍体的同源表达偏倚和表达水平优势。GigaScience，12。https://doi.org/10.1093/gigascience/giad050（公共医学：37470496)
相关数据集：

数字对象标识：10.5524/102399IsPartOf doi：10.5524/102397

访问（数据不在GigaDB中）：

生物项目：PRJNA716777公司

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样本ID 通用名称 科学名称 示例属性 分类ID Genbank名称
VH-pod3周 Vigna汗衫 地理位置（经度）：99.91
环境（生物群落）：领域[ENVO:0100352]
当地环境背景：农业领域[ENV。。。
... 		157746
VH-pod1周 维格纳汗衫 描述：来自汗衫菌的1周豆荚组织
分析物类型：RNA
替代配件-BioSample:SAMN33531435
... 		157746
VH-只读 Vigna汗衫 样品来源：现场实验室
描述：从汗衫中提取的30天根组织。。。
分析物类型：RNA
... 		157746
VH-流量 Vigna汗衫 描述：V型衬衫的30天花纸巾。。。
分析物类型：RNA
替代配件-BioSample:SAMN33531433
... 		157746
VH公司 Vigna汗衫 描述：V。hirtel的30天叶子组织。。。
分析物类型：RNA、DNA
替代品——BioSample:SAMN18451827
... 		157746
显示5个样本，共5个

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表格设置

文件名 描述 样本ID 数据类型 文件格式 大小 发布日期 文件属性 下载
自述文件 文本 2.37千字节 2023-05-30 MD5校验和：8beee892a79bed2963cc353313c1a0af
BUSCO_v5.4.4 V.hirtella超新星草图装配文件的完整输出表 BUSCO公司 TSV公司 229.99千字节 2023-05-30 MD5校验和：0b450ba12b20782f841b967eb7ced098
BUSCO_v5.4.4 V.hirtella超新星草图装配文件中缺失基因表 BUSCO公司 TSV公司 320亿 2023-05-30 MD5校验和：dfdb7ac4f3c82c460b8f97fb545e7daa
BUSCO_v5.4.4 V.hirtella超新星草图装配文件的输出摘要 BUSCO公司 文本 896亿 2023-05-30 MD5校验和：7cfc61f41cef8f8de88f4f9d14134171
用于cds DNA甲基化分析的V.hirtella注释文件 注释 全球金融论坛 48.88 MB 2023-05-30 MD5校验和：975c83be76e6e68fca7e75fa126db2e7
2000个碱基上游和下游以及编码区内的汗衫菌甲基化水平（图5A、6A） 表格数据 文本 10.81千字节 2023-05-30 MS中的数字：5A、6A
MD5校验和：7815fd62490b243f31f72d54feb34695
V.hirtella超新星草稿重复库文件 重复序列 美国金融服务贸易协会 33.84 MB 2023-05-30 MD5校验和：1c5849ecf89ee0f9d393a54149a1d62c
V.hirtella超新星草图注释文件 注释 全球金融论坛 43.46 MB 2023-05-30 MD5校验和：9ef957e5fbd31bd1df98c296e1746127
V.hirtella超新星草稿光盘文件 编码顺序 美国金融服务贸易协会 42.66 MB 2023-05-30 MD5校验和：f332838617d5b10686cf0ed67a27922b2
V.hirtella超新星草图装配文件 基因组序列 美国金融服务贸易协会 474.39 MB 2023-05-30 BUSCOv5结果：C:98.1%[S:95.2%，D:2.9%]，F:1.1%，M:0.8%，n:1614
MD5校验和：866315c63803645f0aefcce553120b11
第页，共2页
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资助机构 获奖者 奖励ID 评论
国家科学技术开发署 W普塔卡姆 1000221
日期 行动
2023年6月26日 数据集发布
2023年6月26日 标题更新自：“Vigna hirtella基因组数据”的支持数据
2023年9月27日 添加了手稿链接：10.1093/gigascience/giad050
2023年10月10日 描述更新自：Vigna汗衫是一种多年生野生豆科植物，属于Ceratotropis亚属维格纳.
该数据集通过10X基因组技术表示基因组组装数据汗衫弧菌.
2023年10月10日 说明更新自：Vigna汗衫是一种多年生野生豆科植物，属于Ceratotropis亚属维格纳在本研究中，从泰国采集叶、花、荚和根的样本，进行DNA和RNA分析。
该数据集通过10X基因组技术表示基因组组装数据汗衫弧菌.组件的N50尺寸为2078642，L50脚手架编号为64。总装配尺寸为474.13 Mb，BUSCO完整性评估为98.1%。蛋白质编码基因汗衫弧菌为34371，重复序列为41.0%。