“iDNA-MS：检测多基因组DNA修饰位点的集成计算工具”的支持数据

数据集类型：表观基因组、生物信息学
2023年5月18日发布的数据

H级;刀F-Y;张D;关Z-X;杨H;苏·W;刘M-L;丁H;陈伟;林H（2023）：“iDNA-MS：检测多基因组DNA修饰位点的集成计算工具”GigaScience数据库的支持数据。https://doi.org/10.5524/102395

内政部10.5524/102395

DNA 5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）、N6-甲基腺嘌呤（6mA）和N4-methylcytosine（4mC）是三种常见的DNA修饰，参与各种生物过程。准确的全基因组5hmC、6mA和4mC位点鉴定对于更好地了解其生物功能至关重要。在这项工作中，我们最初提出了使用K元组核苷酸频率成分、核苷酸化学性质和核苷酸频率以及单核苷酸二进制编码方案来制定阳性和阴性样本。随后，利用随机森林对5hmC、6mA和4mC地点进行鉴定。五重交叉验证测试和独立数据集测试结果表明，该方法具有良好的泛化能力，表明该方法对5hmC、6mA和4mC位点具有良好的预测性能。我们预计iDNA-MS将成为大规模鉴定DNA修饰位点的有力工具。
在这里，我们提供了我们的网络服务中使用的3个基准数据集以及分析脚本。

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http://lin-group.cn/server/iDNA-MS/index.html

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文件名	描述	数据类型	文件格式	大小	发布日期	文件属性
自述文件102395.txt		自述文件	文本	2.74千字节	2023-05-12	MD5校验和：2fecf9a8255b700427b4b22c030fa63a
4mC.rar型	木贼叶蝉、F.vesca、酿酒酵母和Tolypocladium中4mC改造的基准数据集。	混合存档	未知	1.72 MB	2023-05-12	MD5校验和：ba15dd6a88154ea296f9a30c676b46fa
5千立方英尺	智人和小家鼠5hmC改良的基准数据集。	混合存档	未知	333.98千字节	2023-05-12	MD5校验和：9c89dd0d7ea45adf115881c4b2dd6404
6毫安	拟南芥、秀丽C.elegans、木贼C.quisetifolia、黑腹角雉D.melanogaster、小牛F.veaca、智人H.sapiens、羊角菜R.chinensis、酿酒酵母S.cerevisiae、嗜热T.thermophile、Tolypocladium、Xoc BLS256、Xoc-BLS279、Xoc-CFBP2286、Xoc-CFBP7331、Xoc-SFBP7341、Xoc-L8、Xoc-RS105中6mA修饰的6mA基准数据集。	混合存档	未知	9.74 MB	2023-05-12	MD5校验和：624ee5ac1040ca8799ec000ba71ea3e9
代码.rar	特征提取方法的代码，包括核苷酸化学性质和核苷酸频率特征、单核苷酸二进制编码特征和K元组核苷酸频率分量特征。	混合存档	未知	4.45千字节	2023-05-12	MD5校验和：102ec0dd2f195ee1ed2f09b71b9eca5

资助机构	获奖者	奖励ID	评论
国家自然科学基金	H林	61772119	通用程序
国家自然科学基金	W Chen先生	31771471	通用程序
四川省	H林	20JCQN0262号	杰出青年科学基金
中国自然科学基金	陈女士	C2017209244号	河北省杰出青年学者
中国电子科技大学	F-B郭	科学实力提升计划	纳

日期	行动
2023年5月18日	数据集发布