利用人类衰老基因组资源
HAGR提供了多种工具和数据库。然而，其关键资源可分为以基因为中心的数据库：GenAge公司,发电机DR和寿命图，前者分为人类基因和模型生物中的基因; 加上动物物种数据库AnAge公司。所有这些资源的根本是人工管理和数据质量。下面是一个简洁的用户手册，介绍了HAGR中的其他主要功能。
在OpenHelix（OpenHelix）也做得很好视频介绍HAGR:
GenAge：衰老基因数据库
GenAge公司有两个主要资源：一个在模式生物和数据库人类衰老基因。这两个数据库都是手动管理的。这个模式生物数据库中有更多的基因，但人类数据库更详细，包含每个基因的更多数据和信息。
与长寿或衰老相关的基因数据集模式生物本质上是带有一个或几个关键参考文献的基因列表，简要描述基因的表型或遗传操作的效果，基因的人类同源物，以及一些外部链接。要确定一个基因的特征，它与衰老和/或寿命的关联必须是明确的，因此大多数基因的选择都是基于遗传操作，而不仅仅是相关性，例如基因与年龄的上调，在这种情况下因果关系是无法确定的。
模型生物中的基因可分为以下几类：
- 永久变形性基因：表达减少（由于基因敲除、突变或RNA干扰）会缩短寿命和/或过度表达会延长寿命的基因。
- 抗长寿基因：那些表达减少延长寿命和/或过度表达降低寿命的基因。
- 健身必需基因：鉴于推测加速老化对于酵母大规模寿命筛选是有问题的，酵母基因缩短筛选中的寿命或与老化过程没有联系的酵母基因被注释为健身所必需的基因而不是支持长寿基因。
在观察到相互矛盾的结果或数据不足以得出明确结论的情况下，我们的政策是保持所有观察结果并将基因注释为不清楚的和未注明分别是。
长寿或衰老相关基因模式生物可以作为研究人员的参考和教育资源。该数据集还用作推导可能与人类老化通常，来自模式生物作为推导假定数据集的基础人类衰老相关基因，如下所述。
这个人类数据集在里面GenAge公司是一个精心策划的基因数据库，这些基因可能调节人类衰老，或者至少可能与人类衰老表型有很大关联。这是一个功能基因组数据库，旨在提供衰老和分子遗传学方面的最新信息。
因为我们关注的是基本的衰老过程，一些作者称之为衰老，而不仅仅是与年龄相关的病理学人类数据集特征主要是与生物老化相关的基因，而不是只影响寿命对整体健康产生影响。这一点很重要，因为寿命可能受到与衰老无关的因素的影响，尽管通常很难区分，但区别是至关重要的。（对于那些对与人类长寿相关的基因感兴趣的人，请参考寿命图). 同样，在衰老过程中差异表达的基因本身并不能证明该基因与衰老过程有因果关系。尽管如此，对于研究转录物随年龄变化的研究人员来说，也有哺乳动物衰老过程中常见差异表达的基因通过对老化微阵列数据.
考虑到上述因素，在使用人类数据集，你不应该期望找到与特定年龄相关病理学完全相关的基因，而是可以作为一个整体或至少是衰老表型的多个方面来调节衰老过程的基因。如上所述人类数据集大体上是根据模式生物因此，它们必须被归类为与人类衰老相关的假定而非证实的基因病例。下面我们解释如何选择基因以包含在人类数据集.
每个基因人类数据集是在对文献进行广泛回顾后选择的。我们确定了与衰老相关的基因模式生物以及那些可能直接调节哺乳动物的衰老包括人类。当然，模型系统中与衰老相关的基因可能与人类衰老有关，也可能与之无关，因此我们回顾了有关低等生物中人类和小鼠基因同源物的文献。每个基因都是根据其在不同模型系统中与衰老的关联来选择或排除的，优先考虑与人类生物和进化更密切相关的生物体。因为我们的重点是人类衰老的遗传基础，所以我们没有在模型系统中对衰老进行深入描述，而是将从多个模型中收集的信息结合起来，以收集有关人类衰老遗传的线索。
最初，我们将与生物体衰老相关的基因分组，以获得功能群这些基因组具有相似的功能或与相似的途径相关。确定最大的群体和那些与衰老关系最密切的群体，使我们能够选择许多其他基因纳入人类数据集因为它们与以前与衰老相关的其他基因或途径有关。还评估了来自其他几个数据库的信息，并在某些情况下将其整合到GenAge公司由于我们更喜欢假阳性而不是假阴性，因此我们发现了一些仅与衰老间接相关的基因；虽然用户可以忽略他们认为无关的条目，但错误的否定可能会影响使用GenAge公司.
在每个人类基因条目给出了包含在数据库中的主要原因。使用以下标准：
- 基因产物与人类衰老直接相关的证据(人类)
- 哺乳动物模型生物中基因产物与衰老直接相关的证据(哺乳动物)
- 非哺乳动物模型生物中基因产物与衰老直接相关的证据(模型)
- 细胞模型系统中基因产物与衰老直接相关的证据(细胞)
- 基因或其产物与人类寿命和/或多种年龄相关表型相关的证据(人的联系)
- 直接将基因产物与以前与衰老相关的基因的调控联系起来的证据(上游)
- 将基因产物与衰老相关途径或机制联系起来的证据(功能性的)
- 表明基因产物在与衰老相关的途径、机制或其他基因产物下游发挥作用的证据(下游)
- 将基因产物与衰老联系起来的间接或非决定性证据(推定的)
您可以查看GenAge中所有人类基因的列表以及他们各自的主要选择理由。
正在搜索人类数据集可以从它的主页或从其查询页面.GenAge公司符号跟随HUGO基因命名委员会（HGNC），但也可以搜索基因的通用名称和常用别名。例如，搜索“ghbp”将检索生长激素受体（GHR），因为“GHBP”是GHR的常见别名。这个GenAge搜索引擎对大小写敏感。目前，在搜索中不接受通配符，除了“*”，如“abc*”中的“*”将与“abc”、“abcd”和“abcde”等匹配。最后，您可以查看整个基因列表在一页中.
一旦你找到感兴趣的条目，GenAge公司可以用作参考数据库，特别是人类基因为每个条目提供了丰富的生物数据，包括老年学上下文中的注释。例如，在GHR条目除了基本的生物学信息外，还描述了GHR与衰老之间的潜在联系，包括参考书目：GHR基因产物与小鼠的衰老有关，这是GHR被纳入人类数据集，但在人类中没有，尽管已经描述了人类基因的突变。重要的是人类数据集不仅代表了书目的摘要，还代表了手动整理的摘要，目的是在老龄化背景下提高准确性和相关性。
当然，GenAge公司有其局限性，我们的目标是包括最相关的信息，但不是所有可用的数据。如果需要更详细的信息，则每个条目中都有参考书目的选择，包括指向公共医学摘要。指向顶级数据库的超链接，例如奥米姆还包括帮助研究人员在其他或更广泛的生物学范围内快速定位其他信息。
可以说人类数据集提供了目前已知的人类衰老遗传学的总体观点。调查人类数据集总的来说，最合适的工具是其浏览器.使用浏览器除其他外，可以只检索那些通过与选择过程或注释相关的特定标准的条目。您可以通过按住CTRL键来选择不同的条件。如果您选择一个唯一的标准，结果列表将相应地排序。用户还可以下载数据库并进行局部分析。
这个人类数据集在里面GenAge公司可以帮助进行更经典的衰老和长寿基因研究。例如，如果确定了给定的染色体区域，则可以查找该区域中存在哪些基因.尽管GenAge公司不是书目数据库参考文献在中人类数据集可以是一种有用的资源。参考资料托管在我们的LibAge数据库.
链接到GenAge
人类基因
正在链接到GenAge公司很简单。要创建指向人类基因请使用（首选）：
http://genomics.sensionce.info/genes/entry.php？hgnc=x个
并更换x个HGNC符号。或（已弃用）：
http://genomics.sensionce.info/genes/entry.php？id=XXXX
并用适当的HAGRID替换XXXX。然而，使用HGNC更可取，因为HAGRID编号不是静态的，因此可能会在未来的版本中更改。
模型生物体
要从模式生物请使用（首选）：
http://genomics.sensionce.info/genes/details.php？基因=x个&有机体=年
并更换x个通过基因符号和年按生物体的属。或（已弃用）：
http://genomics.sensionce.info/genes/details.php？id=x个
并更换x个然而，最好使用基因符号，因为ID号不是静态的。
AnAge：动物衰老和长寿数据库
AnAge公司是一个现存物种寿命、衰老和生命史的数据库，使用相同的引擎GenAge公司。你可以查询AnAge如上所述GenAge公司。唯一允许的通配符是“*”，您可以通过包含有机体通用名称或分类的关键字搜索数据库。考虑到AnAge公司，您无法查看同一页面中的所有条目。
中最重要的特性AnAge公司是最大寿命（也称为最大寿命），因为它是比较物种老化速度最常用的参数。最大寿命是根据创纪录的寿命来估计的。当然，许多因素可能会影响寿命记录，例如种群规模以及动物是否被圈养。因为我们希望最大寿命是物种间比较的可靠术语，所以我们尽量减少这些问题。简单地说，我们努力获得每一份长寿记录的原始来源并验证其真实性；轶事并不用于估计最大寿命，尽管它们在观察部分中有所提及；而那些最长寿的物种被怀疑被严重低估了，它们的最长寿通常被归类为“尚不可用”。此外，对于绝大多数物种来说，给定物种的最大寿命是来自野外还是圈养的样本。
所有物种都有一个样本量估计值，以便研究人员进行寿命比较研究，以最小化样本量对寿命记录的偏差。对于圈养物种的寿命记录，从国际物种信息系统（ISIS）。野生记录的估计值通常来自寿命数据的来源，例如鸟类的带状带研究。样本量反映了每个物种样本数量的数量级差异，分为“微小”（少于10个样本）、“小”（10-100个）、“中等”（100-1000个）、“大”（超过1000个）和“巨大”。人类是唯一一个样本量被归类为“巨大”的物种，该分类器的加入是为了标记人类在这方面的特殊地位。
每个条目都有一个限定符，表示寿命数据中的置信度。该限定词基于获得最大寿命的原始参考的可靠性、样本量、给定物种是否已在圈养条件下研究和繁殖，以及是否有任何冲突报告。因此，寿命数据的可信度被归类为：“低”（仅用于没有确定最大寿命的物种AnAge公司)“可疑”、“可接受”和“高”。
中的条目AnAge公司这对研究人员了解特定物种的衰老过程很有帮助。包括具有独特老化表型或老年学家特别感兴趣的物种，例如衰老可忽略不计的物种和常用的模式生物。除了寿命外，还提供了有关动物随年龄变化的生理和病理变化的观察结果。虽然人口老龄化测量包括在AnAge公司，这需要进行详细的动物研究，而这些研究很少可用，因此只代表了AnAge公司如果可能，我们使用Gompertz方程确定了给定物种的死亡率倍增时间（MRDT）和初始死亡率（IMR），如下所示在别处描述.
主要生活史特征的典型值，如成人体型和性成熟年龄，也体现在AnAge公司至少对大多数哺乳动物来说是这样。对一些物种的代谢率的估计，如休息或基础代谢率，也具有特色。尽管如此，当我们试图咨询有关寿命记录的原始来源时（如上所述），对于其他生命史特征和代谢率，我们通常依赖于回顾和大规模数据集。然而，我们确实试图将误差降到最低，观察到的差异（例如，性成熟时的男女年龄之间，或产仔间隔和每年产仔数之间）反映了这些大规模数据来源的不一致性。
对于哺乳动物还包括最大寿命(tmax（tmax）)残差，表示为根据成人体型计算的预期最大寿命的百分比(M（M）)并从哺乳动物的异速生长方程推导得出：tmax（tmax）= 4.88M（M）0.153这有助于识别比预期寿命长的物种。鲸目动物被排除在外是因为我们对它们的寿命记录比对其他哺乳动物类群的寿命记录缺乏信心，这些记录是从野外研究中获得的，通常使用间接方法。
包括一些哺乳动物和鸟是增长率。这些值代表出生后的生长速度，以天表示-1它们是通过将从公布的生长曲线中获得的经验数据拟合到乙状生长函数来计算的，并且被认为适合于同一分类类别内的比较分析。然而，请注意哺乳动物由Gompertz函数导出，而鸟都是从logistic函数中导出的，因此需要考虑这两个类之间的比较。
再说一遍，就像GenAge公司,AnAge公司有其局限性，外部超链接将用户指向其他信息源，如生命之树和动物多样性网站.
AnAge的浏览器工作方式不同于GenAge的浏览器尽管如此，因为它允许用户浏览AnAge公司。一旦选择了一组给定的条目，就可以通过调查收集简单的描述性统计数据同样，可以通过鼠标单击选择感兴趣的物种，并计算感兴趣参数的平均值。例如，到寻找海龟人们只需键入“testudines”，即海龟所属的顺序。AnAge中的海龟列表将根据分类法或寿命进行显示和排序，然后可以获得寿命、成年体型、性成熟年龄或其他主要特征的平均值和标准差AnAge公司。如中所示GenAge公司，很容易在中的不同工具之间导航AnAge公司由于不同页面之间存在大量交叉链接。
通常，与特定物种相关的其他信息可以在该物种的较高分类群中找到。因此，鼓励用户参考与其感兴趣的物种及其所属分类群相关的观察结果。
因为我们的最终目的是帮助理解人类的衰老，所以优先考虑进化过程中更接近人类的物种。虽然特别关注哺乳动物，哺乳动物条目往往包含更多信息，但也有其他分类群，包括一些非动物物种。物种分类依据：王国、门、纲、目、科、属和种。的分类AnAge公司遵循综合分类信息系统（ITIS）。
书目AnAge公司也可用于搜索，其工作方式与上述完全相同GenAge公司.
链接到AnAge
链接到AnAge公司也很简单。只需使用物种名称（首选）：
http://genomics.sensionce.info/species/entry.php？species=x个_年
并更换x个按生物体的属和年由有机体的物种决定。这种方法更可取，因为如果由于某种原因，某个条目碰巧被删除，您将得到一个错误，而不是另一个条目。您还可以使用HAGRID编号创建链接（已弃用）：
http://genomics.sensionce.info/species/entry.php？id=XXXXX
并用适当的HAGRID替换XXXXX。不过，最好使用物种名称，因为HAGRID编号可能会在数据库的未来版本中更改。
GenDR：饮食限制基因数据库
发电机DR是一个关于饮食限制（DR）相关基因的信息资源，这是一种最强大的非基因干预措施，可以延长多种模式生物的寿命。明确地，发电机DR包括手动整理的DR必需基因列表（“基因操作“），以及从哺乳动物DR差异表达基因的荟萃分析中生成的DR的保守分子特征（”基因表达").
DR本质基因是指在基因操作时（例如通过失去功能，如突变、转座或敲除，或通过获得功能，如额外转基因的过度表达）干扰DR延长寿命的能力的基因。在理想情况下，DR-必需基因的遗传改变不会改变随意（AL），但通过限制饮食完全抵消了寿命延长。在这种情况下，他们的选择标准遵循相同的逻辑GenAge公司，但特别关注那些通过饮食调节衰老过程所必需的基因（根据定义，这些基因也不一定是衰老基因）。关注基因操作实验中的基因意味着选择与DR相关的基因将更加客观和公正，就像GenAge公司尽管如此，由于有多种不同形式的DR方案，其中大多数可以应用于不同严重程度的疾病，如果有证据表明这些基因干扰了至少一种DR方案或限制强度，则将其包括在内。根据定义，这包括对延长寿命的食物浓度的反应发生变化（例如。奇科). 我们试图使用尽可能广泛的定义来选择DR-必需基因，并始终如一地遵守该定义，以便将DR-必需的基因纳入各种实验环境中。
中的每个记录发电机DRDR-本质基因包含关于基于文献的证据以及推断与DR关联的原因的注释（即观察结果）。还引用了参考文献。如果某一特定基因的报告相互矛盾，我们的政策是仍然将该基因纳入发电机DR但要提到所有相互矛盾的研究。针对酵母菌，包括在复制或时间寿命分析中DR-必需的基因。特定DR方案和老化模型（其中发现一个基因对DR-lifespan延伸至关重要）均在发电机DR使用DR必需基因的广义定义而非更具体的定义的目的是，这将使人们有可能关注DR的普遍机制，因此更有可能与人类衰老相关。通过同源基因或偏执狂数据库。基因可以被生物体查看，单个基因可以被搜索，并且可以在矩阵视图中（专门为发电机DR)所有的基因，包括那些有或没有同源物的基因都可以一次显示出来。每个有机体的DR必需基因也可以下载。
在使用哺乳动物微阵列图谱对DR进行的荟萃分析中，得出了DR差异表达基因的常见转录特征。这些基因在多个组织、多个物种以及不同实验平台之间不断改变其表达水平。可以搜索单个基因，并且对于每个基因，都表明其在过表达或欠表达中的富集。
链接到GenDR
通过为生物体的所有基因提供属和种的名称或为单个基因提供Entrez基因ID，可以提供与DR-必需基因的链接：
长寿地图：人类长寿基因变异
这个寿命图是一个与长寿相关的人类遗传变异数据库。基因、变异体（如SNP）和染色体位置具有特征，反映了人类长寿遗传关联研究的多样性。所有这些都可以查询搜索感兴趣的条目。
我们遵循高标准和严格的程序GenAge公司开发寿命图。简而言之寿命图是从文献中手动整理的。研究是在严格的文献调查后选择的，该调查排除了基线时健康人群队列中的研究。虽然寿命图，比如GenAge公司是一个包含大型和小型研究的包容性数据库，每个条目都详细说明了研究设计的细节，包括人口和样本量。负面结果也包括在寿命图为访问者提供尽可能多的关于之前在长寿方面研究的每个基因和变异的信息。每个条目都是指一项研究的具体观察结果，并标记结果是否具有统计意义。大规模研究通常在寿命图.如中所示GenAge公司我们对争议结果的政策是详细说明争议事实，让用户发表自己的意见。
链接到长寿地图
因为寿命图有着丰富多样的数据，创建链接并不像其他基因数据库那样简单。然而，可以链接到数据库中包含的特定基因：
http://genomics.sensionce.info/ligence/gene.php？id=x个
并更换x个通过HGNC符号。
DrugAge：老年药物数据库
这个药物年龄该数据库包含大量具有抗衰老特性的药物、化合物和补充剂（包括天然产品和营养药品）的汇编，可以延长模型生物的寿命。介绍了药物、种类、剂量和（某些条目）性别。所有这些都可以浏览或查询用于感兴趣的条目。
我们遵循其他数据库的高标准和严格程序来开发药物年龄。简而言之药物年龄是从文献中手动整理的。研究是在经过严格的文献调查后选择的。我们的重点是潜在影响衰老的药物/化合物，因此不包括延长防病动物（例如癌症模型）或有害条件寿命的药物/混合物。负面结果仅包括选定的相关条目（即，与衰老领域特别相关的药物，如主要研究中显示的延长寿命的药物）。每个条目都是指来自给定研究的特定观察结果，因此对于给定化合物可能存在多个相互冲突的条目。如中所示GenAge公司，我们对冲突结果的政策是详细说明事实，让用户发表自己的意见。
CellAge：细胞衰老基因数据库
这个CellAge公司该数据库包含一组与细胞衰老相关的人类基因，在细胞衰老过程中，正常增殖的细胞经历不可逆的细胞周期停滞并停止分裂。细胞衰老在抑制肿瘤方面发挥作用，并被认为有助于衰老过程。
与我们所有的数据库一样，数据是使用科学文献中报告的结果手动整理的。在对每个基因的可用文献进行综述后，选择了研究。选择基于基因操作实验（基因敲除、基因敲除，部分或全部功能丧失突变，过度表达或药物调制），这些实验会导致细胞诱导、抑制或逆转细胞衰老。将重点放在基因操作实验中的基因上，确保了选择过程更加客观和公正。
衰老类型（复制型、应激诱导型、致癌诱导型）、细胞类型/细胞系和操作方法都已记录下来，可以帮助用户浏览或查询感兴趣的条目。这个CellAge公司数据库包括来自原代细胞、永生化细胞系和癌细胞系的数据，后者被标记为用于癌症特异性分析。
每个记录都包含对证据的观察结果，通常包括进一步的实验细节和结果摘要。凡报道的常见衰老标志物，如SA-Beta-半乳糖苷酶活性增加，均描述了BrdU掺入减少或形态改变。理想情况下，条目只描述最符合选择标准的一篇相关文献的结果，但在某些情况下，对多篇出版物的结果进行了详细说明，以最好地说明与衰老的联系。
HAGR的其他功能
在HAGR中，您还可以找到收集生物信息工具，尤其是Perl工具包题为《老龄化研究计算工具》（ARCT）。文档和示例包含在ARCT的发行版，建议您在安装之前阅读ARCT公司或其任何模块。估计给定人口老龄化率的方法也是可获得的与SPSS脚本一起执行计算。
HAGR使用一个名为HAGRID的登录号，它代表人类老化基因组资源ID，而不是哈利·波特中的猎场看守人。HAGRID编号可用于搜索和检索大多数HAGR数据库中的条目。然而，如上所述，HAGRID编号可能会更改，因此应将其使用保持在最低限度。这些ID主要由管理员和开发人员使用，不供第三方使用。
我们建议用户阅读我们的科学战略了解HAGR的目标并更好地利用我们的资源。此外，出于法律和实际原因，HAGR是衰老.info这是一个关于衰老生物学的信息网站，是对该主题的极好介绍。HAGR中还包括广泛的联系.
反馈始终受到欢迎。如果您有任何问题、建议、想法等，请随时联系我们.
