UCSC基因组浏览器中的其他工具
UCSC基因组浏览器团队开发并更新了以下主要工具:这个基因组浏览器,BLAT(爆炸),在Silico PCR中,表浏览器、和升降机.我们维护以下不常用的工具:基因分类器,基因组图、和数据集成商.这些可以从站点顶部的“工具”下拉菜单中获得。
我们还为许多文件转换和基本生物信息学功能提供命令行实用程序。您可以通过公用设施部分下载页面的。
UCSC基因组浏览器组创建的以下工具和实用程序也可用供公众使用:
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基因组图-允许将任意数量的注释显示为全基因组密度图。有用的用于探索性数据分析、发布图像和特定数据如链接研究。
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基因分类器-显示相互关联的基因的排序表。这种关系可以是一种包括蛋白质水平的同源性、基因表达谱的相似性、,或基因组接近性。
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引入(仅适用于SARS-CoV-2)- 允许将SARS-CoV-2序列放置到现有的系统发育树上以追踪菌株和传输事件。
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基因相互作用- 基于策划的蛋白质相互作用数据显示基因相互作用和途径图PubMed摘要的数据库和文本挖掘。
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-用基因mRNA杂交显示原位小鼠和青蛙的高质量图像探针和转录因子。
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DNA除尘器- 从输入序列中删除格式化字符和其他非序列相关字符。为输出格式提供了几个配置选项,包括翻译的蛋白质。
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蛋白质除尘器-删除格式字符和其他非顺序相关字符来自输入序列。为输出格式提供了几个配置选项。
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系统发生树PNG标记-创建PNG图像根据给出的系统发育树规范;分支的几个配置选项长度、标准化长度、分支标签、图例等。
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可执行文件和源代码下载-基因组浏览器的可执行文件和源代码下载,爆破和提升。
在使用我们的我们提供的文件格式和基因组注释数据库。对这些工具的引用包括为用户的利益而提供。我们无法支持使用外部开发的工具;如果您有任何疑问或问题,请直接联系该工具的开发人员。