UCSC的单个单元格资源

单细胞实验测量了数千个细胞中数以万计的基因位点同时。由此产生的数据难以可视化。UCSC Genome Browser将发布的数据集添加为轨迹和全新的数据探索工具：

UCSC单元浏览器
基于细胞注释或基因的交互式颜色维度缩减图
鼠舌片
基因组浏览器追踪显示单细胞RNA-seq基因表达、基因组覆盖率和剪接位点

UCSC单元浏览器

这个UCSC单元浏览器是一个快速、轻量级的单单元格数据查看器。你可以：

  • 查看由t-SNE或UMAP等算法排列的单元格的2D图
  • 通过元数据和基因表达为细胞着色
  • 查看簇标记基因和选定的数据集相关基因
  • 查看显示集群中选定基因表达的热图
  • 重命名簇并向选定的单元格集添加自定义批注
联系我们：细胞@ucsc。教育部请求新数据集或建议改进。要设置您自己的手机浏览器，请按照我们的安装和设置说明.

UCSC基因组浏览器中的单细胞数据集

下面是一个屏幕截图公开会议这突显了鼠舌草基因表达轨迹。会议显示了Sox10基因座。顶部的基因表达轨迹表明该基因仅在基底细胞（橙色）、乳腺（蓝色）和少突胶质细胞（粉红色）中表达良好。当您将鼠标悬停在基因组浏览器。下面的覆盖轨迹显示所有外显子在这些细胞中转录，但最后一个外显子也在基质细胞中转录在基因的杯状细胞3'中可以看到一些非编码转录。这个下面的拼接轨迹表明，正确的拼接仅限于四种单元类型如上所述。这也是斑马鱼和鸡中保守的非编码区。