UCSC的基因型组织表达(GTEx)项目资源

这个基因型组织表达(GTEx)项目是由国立卫生研究院共同基金,为了研究基因变异和基因表达之间的关系各种人体组织。共研究了近1000个人的53个组织通过基因组和RNA测序。这些资源对于探索人类疾病。广泛的数据访问和可视化功能可从GTEx门户,由提供的资源GTEx实验室,布罗德研究所数据分析和协调中心。

UCSC基因组浏览器为选定的摘要数据提供可视化资源GTEx项目,包括这些轨道和枢纽:

GTEx基因追踪
8555份样本(570名供体)GTEx RNA-seq中53个组织的基因表达
GTEx成绩单轨道
8555份样本(570名供体)GTEx RNA-seq中53个组织的转录表达
GTEx组合eQTL轨道
44个GTEx组织的联合表达QTL
GTEx Tissue eQTL跟踪
44个GTEx组织中的QTL表达
GTEx信号集线器
53个组织的GTEx RNA-seq(570个供体)
GTEx分析中心
GTEx分析中53个组织的等位基因特异性表达
 
GTEx分析中影响基因表达的远距离变异(trans-eQTLs)
GTEx V8基因轨迹
17382份样本(948名供体)GTEx RNA-seq中54个组织的基因表达

GTEx组织体图

这张互动图确定了GTEx为基因表达研究取样的组织。一些GTEx浏览器轨迹在轨迹配置页面中包含Body Map,以便于将轨迹显示限制为感兴趣的组织。带有交互式的独立页面图形是在这里.

来源:jwestdesign

浏览器中的GTEx

下面是一个屏幕截图公开会议这突出了GTEx基因表达轨迹和GTEx RNA-seq信号枢纽基因组浏览器博客文章中的GTEx参考资料. 会议显示了一个基因组区域,其中5个基因表现出不同的组织特异性表达模式。