使用MariaDB下载数据（MySQL）

UCSC基因组浏览器使用MariaDB作为后端数据库服务器。马里兰州开发银行是一个社区开发的，商业支持的MySQL关系数据库管理系统的分支，打算保留GNU通用公共许可证下的免费开源软件。

我们有两个MariaDB数据库供公众访问：

• 基因组-mysql.soe.ucsc.edu（位于美国西海岸）
• 基因组-euro-mysql.soe.ucsc.edu（位于欧洲）

这些服务器允许MySQL访问我们当前公开的同一组数据基因组浏览器网站。数据每周与我们公共网站上的主要数据库同步。在同步过程中，MariaDB服务器可能会与以下主要网站间歇性不同步：短时间内。每周同步时间为周一上午4:00至太平洋时间上午9:00（夏季格林尼治时间-7:00，冬季格林尼治标准时间-8:00）。

连接

您的计算机上必须安装MariaDb（MySQL）客户端库。您可以在MariaDB站点.

您可以使用以下命令连接到US MariaDB服务器：

mysql--user=genome--host=genome-mysql.soe.ucsc.edu-A-P 3306

或者使用以下命令访问欧洲MariaDB服务器：

mysql--user=genome--host=genome-euro-mysql.soe.ucsc.edu-A-P 3306

这个-A类标志是可选的，但建议用于速度。

连接到数据库后，您可以使用各种SQL命令来查询数据库。

使用条件

• 避免可能影响服务器性能的过多或繁重查询。查询使用不当将导致访问限制。如果您计划执行您认为可能是过多，请首先联系UCSC，以避免访问被阻止的可能性。
• 机器人访问和过度的程序驱动使用是不允许的。
• 禁止本地镜像站点的附件。

有关使用条件的更多详细信息，请参阅下一页，基因组浏览器使用条件.

将MariaDB服务器与我们的实用程序一起使用

MariaDB数据库还可供基因组浏览器源树。其中一些实用程序需要密码，因此您需要添加以下内容$HOME/.hg.conf文件的规范（记住将.hg.conf文件更改为600权限）如果您想访问美国公共MariaDB服务器：

#US MariaDB服务器db.host=genome-mysql.soe.ucsc.edudb.user=基因组db.password=密码中央.db=hgcentralcentral.host=genome-mysql.soe.ucsc.educentral.user=基因组central.password=密码gbdb位置1=http://hgdownload.soe.ucsc.edu/gbdb/forceTwoBit=打开

如果您想访问欧洲MariaDB服务器，请使用以下行：

#欧洲MariaDB服务器db.host=基因组-euro-mysql.soe.ucsc.edudb.user=基因组db.password=密码中央.db=hgcentralcentral.host=基因组-euro-mysql.soe.ucsc.educentral.user=基因组central.password=密码gbdb位置1=http://hgdownload.soe.ucsc.edu/gbdb/forceTwoBit=启用

这个数据库*和中央*设置告诉我们的实用程序如何连接到公共MariaDB服务器。这个gbdb位置1设置告诉我们的实用程序在哪里可以找到数据文件。这个强制2位设置对于检索基因组序列的实用程序来说是必要的。

如果您已经如上所述设置了.hg.conf文件，则可以使用hgsql语言实用程序，可从我们的下载服务器下载公用设施部分,访问公共MariaDB服务器。使用hgsql语言命令是您不必在命令中包含用户名或密码。你只需要指定主机：

hgsql-h基因组-mysql.soe.ucsc.edu

如果您更喜欢图形用户界面（GUI）而不是UCSC数据库表，请使用表浏览器.

如果您想了解更多有关.hg.conf文件设置和使用命令行实用程序的细节，请参阅此示例最小hg.conf文件。

系统问题应报告给genome-www@soe.ucsc.edu.将有关数据库内容或查询的问题发送到genome@soe.ucsc.edu基因. 发送到此地址的消息将被发布到调节的基因组邮件列表中，即存档在SEARCHABLE，PUBLIC上谷歌群组论坛.