正在下载数据
Rsync(推荐方法)
我们建议您使用命令行通过rsync下载数据,特别是对于大型使用北美或欧洲下载服务器的文件。
例如,当将文件下载到当前目录(./)时,请使用如下表达式作为:
rsync-a-Prsync://hgdownload.soe.ucsc.edu/gbdb/hg38/uniprot/unipAliTrembl.bb ./
rsync-a-Prsync://hgdownload-euro.soe.ucsc.edu/gbdb/hg38/uniprot/unipAliTrembl.bb ./
要下载整个目录(注意后面的斜线),请使用以下表达式:
rsync-a-Prsync://hgdownload.soe.ucsc.edu/gbdb/hg38/uniprot/ ./
rsync-a-Prsync://hgdownload-euro.soe.ucsc.edu/gbdb/hg38/uniprot/ ./
获取要与一起使用的文件位置(URL)rsync(同步)(rsync://hgdownload.soe.ucsc.edu/。。。或rsync://hgdownload-euro.soe.ucsc.edu/。。。),在浏览器中导航到我们的FTP站点ftp://hgdownload.soe.ucsc.edu网站/或我们的下载页面位于http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html,并查找您的文件利息。要了解有关rsync选项的更多信息,请在命令行中键入“man-rsync”。
从web浏览器下载
如果您不习惯使用命令行,可以通过FTP在您的浏览器位于ftp://hgdownload.soe.ucsc.edu/golden路径,或从我们的下载页面http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html.
然而,通过浏览器下载将非常缓慢,甚至可能会因大文件而超时(即。,bigBed、bigWig、BAM、VCF等)。此外,Safari不支持浏览器内的FTP。当你在Safari中输入FTP URL,您可能需要选择“Guest”并单击“submit”登录才能在桌面上的窗口中打开FTP文件系统。
来自命令行的FTP
我们不鼓励使用FTP下载大型数据文件. Rsync是一种更高效、更方便的传输机制,因此更快捷、更容易用于下载我们的数据文件。然而,以下是FTP的命令行步骤,如果您选择使用它:
$ftp hgdownload.soe.ucsc.edu姓名:匿名密码:<您的电子邮件地址>ftp>cd goldenPathftp>cd<程序集名称>(例如hg19)ftp>cd<数据目录>(例如,liftOver)
同样的ftp连接也可以连接到我们的欧洲服务器:
$ftp hgdownload-euro.soe.ucsc.edu
要从UNIX ftp命令行下载多个文件,请使用“mget”命令。你可以想要使用促使
命令切换交互模式提示输入您下载的每个文件。
ftp>mget[文件名1][文件名2]。。。
或下载目录中的所有文件:
ftp>mget-a