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早在很久以前,当表描述注释数据库的已停止更新。检索模式对于基因组浏览器注释轨迹下的表格,可以使用表格浏览器使用“数据格式描述”按钮或REST API。

ref平面示例

    基因预测和带有基因名的RefSeq基因

    将基因名称与基因预测信息相关联的genePred版本。在其他拼接情况下,每个转录本在该表中都有一行。

    表参考平面“带有附加geneName字段的基因预测。”(字符串geneName;“基因浏览器中显示的基因名称。”字符串名称;“基因名称”字符串色度;“染色体名称”char[1]链;“+或-用于钢绞线”uint txStart;“转录起始位置”uint txEnd;“转录结束位置”uint cds启动;“编码区域开始”uint cdsEnd;“编码区域结束”uint外显子计数;“外显子数量”uint[exonCount]exonStarts;“外显子起始位置”uint[exonCount]exonEnds;“外显子末端位置”)

此条目的文本已弃用。请使用下面的访问此信息的表浏览器方法。

将表浏览器或API与refFlat示例一起使用的当前方法

表浏览器

下面是使用表浏览器检索表描述的当前方法。

  1. 导航到您感兴趣的特定程序集的表浏览器,该程序集具有您正在查找的数据。例如,如果您使用hg19组件,您可以选择:http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?clade=哺乳动物&org=人类&db=hg19
  2. 从适当的组中选择表格。或将组设置为“所有表”并找到您有兴趣查找其描述的表,在本例中ref平桌:http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?clade=malimal&org=Human&db=hg19&hgta_group=allTables&hgta _track=hg19&hgta_table=refFlat
  3. 单击“数据格式说明”按钮,然后查找数据格式说明显示示例数据和相关曲目描述(如果可用)。

有关使用表浏览器的更多信息,请参见表浏览器用户指南.

美国石油学会

下面是使用API检索表描述的当前方法。

您还可以使用我们的美国石油学会使用如下查询:

http://api.genome.ucsc.edu/list/schema?genome=hg38轨道=参考平面

请注意,响应将采用JSON表示法,可能需要解析才能解释。

中也有指向我们源代码的链接src/hg/lib文件以发现定义我们的表的autoSql文件(.as)。以下是refFlat.as文件的示例链接:http://genome-source.soe.ucsc.edu/gitlist/kent.git/raw/master/src/hg/lib/refFlat.as