UCSC基因组浏览器确认

该网站上显示的数据和软件是由UCSC和世界各地研究机构的许多人。我们想承认为UCSC基因组浏览器及其数据做出贡献的科学家和工程师，以及通过慷慨的资金使这个项目成为可能的组织。

人类

承认早期支持

UCSC基因组浏览器项目团队

人类基因组浏览器确认

UCSC人类基因组浏览器由UCSC基因组生物信息学组与国际人类基因组计划浏览器项目的主要资金来自于这个国家人类基因组研究所.

我们与许多其他机构的合作者合作，制作并注释此参考人类基因组序列。要查看特定注释的完整确认，请参阅基因组浏览器中曲目描述页面上的“署名”部分。对于以下列表与浏览器相关的出版物，请参阅我们的出版物页面.

UCSC人类基因组浏览器：

人类基因组数据源

人类基因组序列的最新版本，从汞19提供（GRCh37）组件由基因组参考联合体（GRC），其目标是纠正当前误传的参考文献，以尽可能缩小剩余差距，并必要时产生结构变异位点的替代组合。

之前汞19，人类基因组浏览器使用的序列数据由属于人类基因组测序协会。此数据的定期冻结由生成美国国立生物技术信息中心和EST，mRNA，用于装配和注释的BASend和其他类型的数据来自GenBank（基因银行）,欧洲分子生物学实验室（EMBL），以及日本DNA数据库（DDBJ）。克隆贴图由各个测序中心创建。

原始染色体文件由表中列出的机构和个人制作如下所示。

染色体 排序中心 AGP文件
1 桑格研究所，英国剑桥
华盛顿大学基因组科学系，西雅图，华盛顿州，美国		 简罗杰斯
2 美国密苏里州圣路易斯华盛顿大学基因组研究所 里克·威尔逊
三 美国德克萨斯州休斯顿贝勒医学院人类基因组测序中心（BCM-HGSC）
北京基因组研究所/人类基因组中心，中国北京
华盛顿大学基因组科学系，西雅图，华盛顿州，美国		 史蒂夫·谢勒
4 美国密苏里州圣路易斯华盛顿大学基因组研究所
斯坦福人类基因组中心，美国加利福尼亚州帕洛阿尔托		 里克·威尔逊
5 美国加州胡桃溪美国能源部联合基因组研究所
斯坦福人类基因组中心，美国加利福尼亚州帕洛阿尔托		 杰里米·施穆茨
6 英国剑桥威康信托桑格研究所 简罗杰斯
7 美国密苏里州圣路易斯华盛顿大学基因组研究所
华盛顿大学基因组科学系，西雅图，华盛顿州，美国		 里克·威尔逊
8 美国马萨诸塞州剑桥市布罗德学院
日本东京庆应义塾大学
德国耶拿分子生物学研究所		 乍得·纳斯博姆
9 英国剑桥威康信托桑格研究所
德国布伦瑞克Gesellschaft fuer Biotechnologische Forschung（GBF）		 简罗杰斯
10 英国剑桥威康信托桑格研究所
美国马萨诸塞州沃尔瑟姆市基因组治疗公司（GTC）		 简罗杰斯
11 日本RIKEN人类基因组研究小组
美国马萨诸塞州剑桥市布罗德学院		 托德·泰勒
12 美国德克萨斯州休斯顿贝勒医学院人类基因组测序中心（BCM-HGSC） 史蒂夫·谢勒
13 英国剑桥威康信托桑格研究所 简罗杰斯
14 法国埃弗里国家基因组测序中心
华盛顿州西雅图系统生物学研究所（ISB）
美国密苏里州圣路易斯华盛顿大学基因组研究所
日本RIKEN人类基因组研究小组		 让·韦森巴赫
15 美国马萨诸塞州剑桥市布罗德学院
分子生物学研究所
华盛顿州西雅图系统生物学研究所（ISB）		 乍得·纳斯博姆
16 美国加州胡桃溪美国能源部联合基因组研究所（JGI）
斯坦福人类基因组中心，美国加利福尼亚州帕洛阿尔托
美国马里兰州罗克维尔基因组研究所（TIGR）
英国剑桥威康信托桑格研究所		 杰里米·施穆茨
17 美国马萨诸塞州剑桥市布罗德学院 乍得·纳斯博姆
18 美国马萨诸塞州剑桥市布罗德学院
日本RIKEN人类基因组研究小组		 乍得·纳斯博姆
19 美国加州胡桃溪美国能源部联合基因组研究所（JGI）
斯坦福人类基因组中心，美国加利福尼亚州帕洛阿尔托		 杰里米·施穆茨
20 英国剑桥威康信托桑格研究所 詹姆斯·吉尔伯特
21 日本RIKEN人类基因组研究小组
德国柏林马克斯·普朗克分子遗传学研究所
德国布伦瑞克Gesellschaft fuer Biotechnologische Forschung（GBF）
日本东京庆应义塾大学医学院
21号染色体联盟		 托德·泰勒
22 英国剑桥威康信托桑格研究所
美国俄克拉何马州诺曼市俄克拉荷马大学
日本东京庆应义塾大学医学院		 简罗杰斯
X 英国剑桥威康信托桑格研究所
美国德克萨斯州休斯顿贝勒医学院人类基因组测序中心（BCM-HGSC）
德国耶拿分子生物学研究所
美国密苏里州圣路易斯华盛顿大学基因组研究所
德国柏林马克斯·普朗克分子遗传学研究所		 简罗杰斯
Y（Y） 美国密苏里州圣路易斯华盛顿大学基因组研究所 里克·威尔逊

羊驼基因组

排序/组装： 布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国

UCSC Alpaca基因组浏览器/注释：

数据使用

羊驼序列已作为哺乳动物基因组项目的一部分免费提供（29哺乳动物项目）。该数据集的初始分析可以在Lindblad-Toh K中找到等.使用29种哺乳动物绘制的人类进化约束高分辨率地图.自然2011年10月12日；478(7370):476-82. PMID：21993624; 预防性维修识别码：PMC3207357型

提供的数据具有以下理解：

犰狳基因组

排序/组装： 布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国

UCSC犰狳基因组浏览器/注释：

数据使用

犰狳序列已作为哺乳动物基因组项目的一部分免费提供（29哺乳动物项目）。该数据集的初始分析可以在Lindblad-Toh K中找到等.使用29种哺乳动物绘制的人类进化约束高分辨率地图.自然2011年10月12日；478(7370):476-82. PMID：21993624; 预防性维修识别码：PMC3207357型

提供的数据具有以下理解：

狒狒基因组

基金： 国家人类基因组研究所（NHGRI），美国

排序/组装： 贝勒医学院人类基因组测序中心（BCM-HGSC）美国德克萨斯州休斯顿

UCSC狒狒基因组浏览器/注释：

数据使用

狒狒基因组测序免费提供狒狒序列供公众使用联合体。请查看BCM-HGSC使用条件使用此数据之前的指导原则。

野牛基因组

排序/组装： 大学马里兰州美国马里兰州College Park

UCSC野牛基因组浏览器/注释：

数据使用

野牛序列由马里兰大学基因组组装小组免费提供，阿列克谢·齐明。

倭黑猩猩基因组

基金：意大利拨款里切卡的未来2010年-RBFR103CE3和霍华德·休斯医学院

排序/组装：

艾希勒实验室,西雅图华盛顿大学基因组科学系
马里奥·文图拉巴里·阿尔多·莫罗大学

UCSC倭黑猩猩基因组浏览器/注释：

数据使用

巴里大学和华盛顿大学。

基金： 欧洲研究理事会（授予233297，TWOPAN）和马克斯·普朗克学会

排序/组装： 马克斯·普朗克进化人类学研究所，德国

UCSC倭黑猩猩基因组浏览器/注释：

数据使用

倭黑猩猩序列由马克斯·普朗克进化研究所免费提供人类学。该数据集的初始分析可以在普吕费尔K中找到等.倭黑猩猩基因组与黑猩猩和人类基因组的比较.自然2012年6月28日；486(7404):527-31. PMID：22722832

棕色猕猴桃基因组

排序/组装： 马克斯·普朗克进化人类学研究所，德国

UCSC棕色猕猴桃基因组浏览器/注释：

数据使用

马克斯·普朗克进化研究所免费提供棕色猕猴桃序列人类学。该数据集的初始分析可以在Le Duc D中找到等.猕猴桃基因组提供了对夜间生活方式进化的见解.基因组生物学2015年7月23日；16:147. PMID：26201466

布什婴儿基因组

基金： 国家人类基因组研究所（NHGRI）

排序/组装： 布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国

UCSC Bushbay基因组浏览器/注释：

数据使用

作为哺乳动物基因组计划（29哺乳动物项目）。该数据集的初始分析可以在Lindblad-Toh K中找到等.使用29种哺乳动物绘制的人类进化约束高分辨率地图.自然2011年10月12日；478(7370):476-82. PMID：21993624; 预防性维修识别码：PMC3207357型

提供的数据具有以下理解：

猫基因组

UCSC felCat9基因组浏览器显示基因组测序中心（GSC）在华盛顿大学医学院：

排序/组装：

UCSC猫基因组浏览器/注释（猫9）:希拉姆·克劳森和康纳·鲍威尔

UCSC felCat8和felCat5基因组浏览器显示国际猫基因组生成的数据排序联盟：

基金： 国家人类基因组研究所（NHGRI），美国马里兰州贝塞斯达

454生产排序： 基因组研究所华盛顿大学（WUSTL）美国密苏里州圣路易斯

BAC测序：WUSTL基因组研究所

质粒和磷酰胺测序： 布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国和Agencourt生物科学

用于创建染色体AGP文件的序列组装和数据集成：这个WUSTL基因组研究所

Cat RH地图：比尔·墨菲，德克萨斯农工大学，美国德克萨斯州大学站。

DNA来源：Kristina Narfstrom博士，密苏里大学美国密苏里州哥伦比亚市。

UCSC猫基因组浏览器/注释：

UCSC公司猫4基因组浏览器显示2008年12月catChrV17e草图组件的数据，基于六个数据的顺序读取家猫和一只野猫。

排序/组装：

UCSC猫基因组浏览器/注释(猫4): UCSC基因组生物信息学小组，加州圣克鲁斯，美国-Chin Li，Hiram Clawson，Antonio Coelho，MaryGoldman和Donna Karolchik

UCSC公司猫3基因组浏览器显示2006年3月家猫v3草图组件的数据(家猫).

基金： 国家人类基因组研究所（NHGRI），美国马里兰州贝塞斯达

项目领导： 布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国

排序/组装：Broad Institute-由Kerstin领导的团队林布拉德·托赫

质粒和磷酰胺库：布罗德学院

BAC末端测序： Agencourt生物科学，丹弗斯，马萨诸塞州，美国

UCSC猫基因组浏览器/注释(猫3):Heather Trumbower、Angie Hinrichs、Mark Diekhans、BrookeRhead和Archana Thakkapallayil

数据使用

catChrV17e猫组件最初在Pontius JU上发布等.初始顺序和猫基因组的比较分析.基因组研究2007年11月；17(11):1675-89. PMID：17975172; 预防性维修识别码：项目编号：C2045150

布罗德研究所发布了猫基因组的初始2X（v3）组装，作为哺乳动物基因组的一部分基因组项目（29种哺乳动物项目）。此数据集的初始分析可以在中找到林布拉德·托·K等.使用29种哺乳动物绘制的人类进化约束高分辨率地图.自然2011年10月12日；478(7370):476-82. PMID：21993624; 预防性维修识别码：PMC3207357型

cat序列免费提供，并具有以下理解：

黑猩猩基因组

加州大学旧金山分校黑猩猩基因组浏览器显示了由加州大学生产的全基因组组装数据华盛顿：

以及黑猩猩基因组测序联盟产生的组装数据草案：

基金： 国家人类基因组研究所（NHGRI）

排序/组装（panTro6）：

雄性黑猩猩Clint（Yerkes家系编号C0471）的全基因组组装于年完成阶段，产生三个渐进版本：

排序/组装（panTro5）：

排序/组装（panTro2、panTro3、panTroS）：

排序/组装（panTro1）：由埃里克·兰德领导的团队组织的序列，博德研究所博士和WUSTL基因组研究所Richard K.Wilson博士

路线：LaDeana Hillier，WUSTL和The Broad基因组研究所研究所

注释：

UCSC Chimp基因组浏览器：

数据使用

黑猩猩基因组的初步测序和分析由黑猩猩发表排序和分析协会。黑猩猩序列数据可以免费下载，用于分析，并在正确确认提供者的情况下在数据库中重新打包。请引用这个使用这些数据时发布：

黑猩猩测序和分析协会。黑猩猩基因组的初始序列及其与人类基因组的比较.自然2005年9月1日；437(7055):69-87. PMID：16136131

中国仓鼠基因组

排序/组装： 鹰基因组有限公司

UCSC中国仓鼠基因组浏览器/注释：

数据使用

中国仓鼠序列数据可以免费下载，用于分析，并在数据库（如果提供程序得到正确确认）。使用这些时请引用本出版物数据：

路易斯东北等。 中国仓鼠卵巢细胞系的基因组图谱灰仓鼠基因组草图.Nat生物技术2013年8月；31(8):759-65.

中国穿山甲基因组

基金：NIH-NHGRI向基因组研究所所长RKW授予5U54HG00307907在华盛顿大学

DNA来源：Stephen O'Brien博士圣彼得堡州立大学

排序/组装： 基因组华盛顿大学医学院研究所美国密苏里州圣路易斯

UCSC中国穿山甲基因组浏览器/注释：

数据使用

中国穿山甲序列数据可以免费下载，用于分析，并在数据库（如果提供者得到适当认可）：Richard K.Wilson博士和基因组研究所，华盛顿大学医学院。

奶牛基因组

UCSC Cow Genome Browser显示牛基因组的三个不同组合：一个由马里兰大学生物信息学和计算生物学中心（UMD CBCB）来自贝勒医学院人类基因组测序中心（BCM-HGSC），以及第三个来自美国农业部农业研究服务（USDA ARS）。组件浏览器中提供的功能包括：

UMD CBCB基因组组合提供了以下确认：

基因组序列：NCBI跟踪存档

基因组组装： 马里兰大学生物信息学和计算生物学中心, 美国马里兰州帕克学院

UCSC奶牛基因组浏览器/注释：

BCM-HGSC基因组组件具有以下确认：

基金-关于资助奶牛测序项目的众多机构的名单，参见BCM-HGSC牛基因组项目第页。

BAC文库DNA：迈克尔·麦克尼尔博士的实验室美国农业部农业研究服务，迈尔斯城，MT，美国

全基因组鸟枪序列DNA：蒂莫西·史密斯博士的实验室美国肉食动物研究中心美国东北部克莱中心

基于BAC的指纹图谱： 基因组科学中心不列颠哥伦比亚省温哥华。

UCSC奶牛基因组浏览器/注释：

数据使用

奶牛序列数据可以自由下载，用于分析，并在数据库中重新打包，如果提供者得到了正确的确认。使用时请引用适当的出版物数据。

UMD奶牛组件：Zimin AV、Delcher AL、Florea L、Kelley DR、Schatz MC、Puiu D、Hanrahan F、Pertea G、Van TassellCP、Sonstegard TS等.家养奶牛Bos taurus的全基因组集合.基因组生物学. 2009;10（4）：R42。

贝勒奶牛组件：牛基因组测序和分析协会。的基因组序列牛牛：反刍动物生物学和进化的窗口.科学类. 2009年4月24日；324(5926):522-8.

有关更多信息，请参阅UMD CBCB 和BCM-HGSC牛基因组项目页。

食蟹猕猴基因组

基金： 国家人类基因组研究所（NHGRI）

DNA来源：Jay Kaplan博士，北卡罗来纳州维克森林灵长类动物设施

基因组序列： 基因组华盛顿大学研究所美国密苏里州圣路易斯

序列装配：Richa Agarwala、Sergey Shiryaev、NCBI和基因组美国密苏里州圣路易斯华盛顿大学医学院研究所

大会管理：LaDeana Hillier，华盛顿大学基因组研究所美国密苏里州圣路易斯医学院

FISH映射数据：马里亚诺·罗基（Mariano Rocchi），巴里大学生物系，意大利巴里

UCSC食蟹猕猴基因组浏览器/初始注释：

数据使用

食蟹猕猴数据具有以下理解：

狗基因组

canFam5提交者：这个密歇根大学.

基金：这个国家人类基因组研究所

项目领导： 这个布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国

排序/组装： 这个布罗德学院-由Kerstin Lindblad-Toh博士领导的团队。

质粒和磷酰胺库： 布罗德学院

BAC库： 儿童奥克兰医院研究所（CHORI），美国加利福尼亚州奥克兰

BAC末端测序： Agencourt生物科学，丹弗斯，马萨诸塞州，美国

右侧地图： 国家中心la Recherche科学（CNRS），法国

FISH映射： 北卡罗来纳州州立大学（NCSU），罗利，北卡罗来纳州，美国

狗狗选择： 弗雷德·哈钦森癌症研究中心（FHCRC），美国华盛顿州西雅图

UCSC狗基因组浏览器/注释：

数据使用

狗的基因组序列由狗基因组测序项目。使用这些数据时，请引用本出版物：

Lindblad-Toh K、Wade CM、Mikkelsen TS、Karlsson EK、Jaffe DB、Kamal M、Clamp M、Chang JL、，Kulbokas EJ 3rd，Zody MC等.国内外基因组序列、比较分析和单倍型结构狗.自然2005年12月8日；438(7069):803-19. 项目管理标识号：16341006

海豚基因组

排序： 贝勒医学院人类基因组测序中心（BCM-HGSC）美国德克萨斯州休斯顿

装配： 布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国

UCSC海豚基因组浏览器/注释：

数据使用

海豚序列已作为哺乳动物基因组项目的一部分免费提供（29哺乳动物项目）。该数据集的初始分析可以在Lindblad-Toh K中找到等.使用29种哺乳动物绘制的人类进化约束高分辨率地图.自然2011年10月12日；478(7370):476-82. PMID：21993624; 预防性维修识别码：PMC3207357型

海豚数据具有以下理解：

大象基因组

排序/组装： 这个布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国

UCSC大象基因组浏览器/注释：

数据使用

大象序列在科学出版前免费提供，包括以下内容理解：

雪貂基因组

基金： 国家研究所过敏和传染病（NIAID），传染病基因组测序中心（GSCID）程序

排序/组装：雪貂基因组测序联盟和布罗德学院马萨诸塞州剑桥市，美国

UCSC Ferret基因组浏览器/注释：

数据使用

雪貂序列数据可以自由下载，用于分析，并在数据库中重新打包，如果提供者得到了正确的确认。使用这些数据时，请引用本出版物：

Peng X、Alföldi J、Gori K、Eisfeld AJ、Tyler SR、Tisoncik-Go J、Brawand D、Law GL、Skunca N、，哈塔·M等.雪貂（Mustela putorius furo）基因组草图有助于研究人类呼吸道疾病.Nat生物技术2014年12月；32(12):1250-5.

加特蛇基因组

排序/组装： 华盛顿基因组研究所大学医学院

UCSC Garter Snake基因组浏览器/注释：

数据使用

基因测序中心向社区免费提供吊袜带蛇序列，华盛顿大学医学院，理解如下：

长臂猿基因组

基金： 国家人类基因组研究所（NHGRI）

排序/组装：

UCSC Gibbon基因组浏览器/注释：

数据使用

长臂猿序列数据可以免费下载，用于分析，并在数据库中重新打包，如果提供者得到了正确的确认。使用这些数据时，请引用本出版物：

Carbone L、Harris RA、Gnerre S、Veeramah KR、Lorente-Galdos B、Huddleston J、Meyer TJ、Herrero J、，房间C，Aken B等.长臂猿基因组与小猿的快速核型进化.自然. 2014年9月11日；513(7517):195-201.

金鹰基因组

排序/组装： 华盛顿基因组研究所大学医学院

UCSC金鹰基因组浏览器/注释：

数据使用

金鹰序列由基因组测序中心免费提供给社区，华盛顿大学医学院，理解如下：

金丝猴基因组

排序/组装：诺禾致源

UCSC金蛇猴基因组浏览器/注释：

数据使用

黄金封闭猴子序列数据可以自由下载，用于分析，以及如果提供者得到正确确认，则在数据库中重新打包。请在下列情况下引用本出版物使用这些数据：

周X、王B、潘Q、张J、库马尔S、孙X、刘Z、潘H、林Y、刘G等.全基因组被忽视猴子的测序提供了对小叶动物和进化历史的见解.自然遗传学。2014年12月；46(12):1303-10. PMID：25362486

大猩猩基因组

UCSC公司戈尔6基因组浏览器显示来自华盛顿大学2019年8月大会的数据。

排序/组装： 华盛顿大学

UCSC大猩猩基因组浏览器/注释：

UCSC公司戈尔5基因组浏览器显示2016年3月装配的数据西部低地大猩猩由华盛顿大学特此致谢：

排序/组装：华盛顿大学

UCSC大猩猩基因组浏览器/注释：

UCSC公司戈尔4和戈尔3基因组浏览器显示Wellcome Trust Sanger Institute生成的数据，并确认如下：

排序/组装：

UCSC大猩猩基因组浏览器/注释：

数据使用

大猩猩序列数据可以免费下载，用于分析，并在数据库中重新打包，如果提供者得到了正确的确认。使用这些数据时，请引用本出版物：

Scally A、Dutheil JY、Hillier LW、Jordan GE、Goodhead I、Herrero J、Hobolth A、Lappalainen T、，马奎斯·博内特·梅隆德等.从大猩猩基因组序列看人类进化.自然2012年3月7日；483(7388):169-75. PMID：22398555; 预防性维修识别码：PMC3303130型

此外，本出版物还讨论了gorGor5程序集：

Gordon D、Huddleston J、Chaisson MJ、Hill CM、Kronenberg ZN、Munson KM、Malig M、Raja A、Fiddes I、，希利尔LW等.大猩猩基因组的长序列组装.科学类. 2016年4月1日；352（6281）：aae0344。PMID：27034376; 预防性维修识别码：项目经理4920363

绿猴基因组

绿猴组件由Vervet Genomics Consortium提供，包括以下内容确认：

基金： 国家人类基因组研究所（NHGRI）

DNA来源：Jay Kaplan博士，北卡罗来纳州维克森林灵长类动物设施，美国

基因组序列：

BAC库：Pieter DeJong博士，CHORI公司，奥克兰，加利福尼亚州，美国

装配固化：

FISH映射数据：玛丽亚诺·罗基，巴里大学生物系意大利巴里

cDNA数据-RNA来源：Nelson Freimer博士-塞梅尔神经科学与人类研究所加州大学洛杉矶分校行为学，加利福尼亚州，美国

UCSC绿猴基因组浏览器/注释：

数据使用

绿色猴子序列在科学出版之前免费提供，如下所示理解：

豚鼠基因组

基金： 国家人类基因组研究所

排序/组装： 这个布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国

UCSC豚鼠基因组浏览器/注释：

数据使用

在科学出版之前，可免费获得豚鼠序列，如下所示理解：

夏威夷僧海豹基因组

排序/组装： 约翰霍普金斯大学美国马萨诸塞州巴尔的摩

UCSC夏威夷僧海豹基因组浏览器/注释：

数据使用

夏威夷僧侣海豹序列数据可以免费下载，用于分析，并在数据库中重新打包，如果提供者得到了应有的认可：约翰·霍普金斯大学的艾伦·F·斯科特。

Mohr DW、Naguib A、Weisenfeld NI、Kumar V、Shah P、Church DM、Jaffe D、Scott AF。改进的de Novo基因组组装：链接读取测序与光学定位相结合产生低成本高质量哺乳动物基因组.生物Rxiv2017年4月18日（预印本）。

刺猬基因组

排序/组装： 布罗德学院麻省理工学院和哈佛大学，马萨诸塞州剑桥，美国

DNA样本：Neil J.Gemmell博士-繁殖，奥塔哥大学基因组学与发展小组新西兰达尼丁

UCSC Hedgehog基因组浏览器/注释：

数据使用

刺猬序列已作为哺乳动物基因组计划的一部分免费提供（29哺乳动物项目）。该数据集的初始分析可以在Lindblad-Toh K中找到等.使用29种哺乳动物绘制的人类进化约束高分辨率地图.自然2011年10月12日；478(7370):476-82. PMID：21993624; 预防性维修识别码：PMC3207357型

提供的刺猬数据具有以下理解：

马的基因组

UCSC eqCab3基因组浏览器显示路易斯维尔大学生成的数据：

排序/组装： 路易斯维尔大学美国肯塔基州路易斯维尔

UCSC马基因组浏览器/注释：

基金：这个国家人类基因组研究所

项目领导： 这个布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国

排序/组装： 布罗德学院

BAC最终读数： 汉诺威兽医大学、德国和亥姆霍兹感染中心研究德国布伦瑞克

UCSC马基因组浏览器/注释：

数据使用

马序列数据可以自由下载，用于分析，并在数据库中重新打包，如果提供者得到了正确的确认。使用这些数据时，请引用本出版物：

西奥多·卡尔布弗雷希、爱德华·赖斯、迈克尔·德普里斯特、布莱恩·瓦伦茨、马修·S。赫斯坦德等.家马参考基因组的改进增加了装配邻接性和作文.自然、社区生物学2018年11月16日；197:2399-3642

Wade CM、Giulotto E、Sigurdsson S、Zoli M、Gnerre S、Imsland F、Lear TL、Adelson DL、Bailey E、，Bellone右后等.家畜基因组序列、比较分析和群体遗传学马.科学类2009年11月6日；326(5954):865-7.

袋鼠基因组

排序： 贝勒医学院人类基因组测序中心（BCM-HGSC）、休斯顿、，德克萨斯州，美国

装配： 布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国

UCSC袋鼠基因组浏览器/注释：

数据使用

作为哺乳动物基因组计划的一部分，袋鼠鼠序列已经免费提供（29哺乳动物项目）。该数据集的初始分析可以在Lindblad-Toh K中找到等.使用29种哺乳动物绘制的人类进化约束高分辨率地图.自然2011年10月12日；478(7370):476-82. PMID：21993624; 预防性维修识别码：PMC3207357型

对袋鼠数据的理解如下：

马来亚狐猴基因组

基金：美国国立卫生研究院（NIH）

装配/排序： 这个华盛顿大学医学院基因组研究所美国密苏里州圣路易斯

DNA来源：威廉·墨菲-德克萨斯农工大学VIBS美国德克萨斯州大学城

UCSC马来亚飞行狐猴基因组浏览器/注释：

数据使用

马来亚狐猴飞行序列可以免费下载，用于分析，并在数据库（如果数据提供者得到适当认可）：Richard K.Wilson和the Genome Institute，华盛顿大学医学院。

海牛基因组

排序/组装： 布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国

UCSC海牛基因组浏览器/注释：

数据使用

海牛序列数据可以自由下载，用于分析，并在数据库中重新打包，如果提供者得到了正确的确认。使用这些数据时，请引用本出版物：

Foote AD、Liu Y、Thomas GW、VinařT、Alföldi、Deng J、Dugan S、van Elk CE、Hunter ME、，乔希五世等.海洋哺乳动物基因组的聚合进化.自然基因. 2015年3月；47(3):272-5. PMID：25621460; 预防性维修识别码：项目经理4644735

绒猴基因组

UCSC公司计算Jac4基因组浏览器显示来自麦道奈尔基因组研究所于2020年5月在华盛顿大学特此致谢：

排序和组装： 华盛顿麦克唐纳基因组研究所大学

DNA来源：威斯康星州灵长类动物研究中心

UCSC绒猴基因组浏览器/注释：

排序和组装： 基因组华盛顿大学研究所美国密苏里州圣路易斯贝勒医学院人类基因组测序中心（BCM-HGSC）美国德克萨斯州休斯顿

DNA来源：Suzette Tardif博士，西南国家队灵长类研究中心美国德克萨斯州圣安东尼奥

CHORI-259 BAC库：Pieter DeJong博士，奥克兰研究所儿童医院，奥克兰，加利福尼亚州，美国

UCSC绒猴基因组浏览器/注释：

数据使用

这些数据由WUSTL基因组研究所和BCM-HGSC制作，可以下载在这里.

绒猴序列数据可以免费下载，用于分析，并在数据库中重新打包如果提供者得到了正确的确认。使用这些数据时，请引用本出版物：

绒猴基因组测序和分析协会。普通人绒猴基因组提供了灵长类生物和进化的见解.自然基因. 2014年8月；46(8):850-7. PMID：25038751; 预防性维修识别码：项目经理4138798

此外，本出版物还讨论了calJac4程序集：

王伟，刘JY，王HF，杨美妍，刘QY，丁MX。完整的线粒体白绒绒狨的基因组.线粒体DNA A DNA映射序列分析2016年5月；27(3):1920-1.PMID：25329280数字对象标识：10.3109/19401736.2014.971287

巨型蝙蝠基因组

基金： 国家人类基因组研究所（NHGRI）

排序/组装：

UCSC Megabat基因组浏览器/注释：

数据使用

作为哺乳动物基因组计划（29哺乳动物项目）。该数据集的初始分析可以在Lindblad-Toh K中找到等.使用29种哺乳动物绘制的人类进化约束高分辨率地图.自然2011年10月12日；478(7370):476-82. PMID：21993624; 预防性维修识别码：PMC3207357型

提供的megabat数据具有以下理解：

小棕蝙蝠基因组

排序/组装：布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国

UCSC小棕蝙蝠基因组浏览器/注释：

数据使用

作为哺乳动物基因组计划的一部分，小棕蝙蝠序列已经免费提供（29哺乳动物项目）。该数据集的初始分析可以在Lindblad-Toh K中找到等.使用29种哺乳动物绘制的人类进化约束高分辨率地图.自然2011年10月12日；478(7370):476-82. PMID：21993624; 预防性维修识别码：PMC3207357型

对小棕蝙蝠数据的理解如下：

小须鲸基因组

排序/组装：韩国研究所海洋科学与技术，安山，大韩民国

UCSC小须鲸基因组浏览器/注释：

数据使用

小须鲸基因组数据可以免费下载，用于分析，并在数据库中重新打包如果数据提供程序得到正确确认。使用这些时请引用本出版物数据：

Yim HS、Cho YS、Guang X、Kang SG、Jeong JY、Cha SS、Oh HM、Lee JH、Yang EC、Kwon KK等.小须鲸鲸类的基因组与水生适应.自然基因2014年1月；46(1):88-92. PMID：24270359

小鼠基因组

从开始毫米10（GRCm38）小鼠基因组组装现在由基因组参考联合体（GRC）。请参阅GRC鼠标基因组用于确认的网页。

UCSC小鼠基因组浏览器(毫米10):希拉姆·克劳森和卢维娜·古鲁瓦杜
UCSC小鼠基因组浏览器(毫米39):Hiram Clawson和Jairo Navarro

在mm10/GRCm38之前，小鼠组件由小鼠基因组测序联盟生产这些确认：

基金：

排序：

物理地图：

装配：迪纳教堂、里查·阿加瓦拉、乔什·切里、迈克·迪库乔、小川Chen、Paul Kitts、Victor Sapojnikov

cDNA测序：

UCSC小鼠基因组浏览器：

注释：

小鼠基因组的最初3X覆盖范围由小鼠测序协会制作以下确认：

项目监督：阿瑟·霍尔顿和弗朗西斯·柯林斯

基金：

排序：

数据使用

如果数据提供程序已正确确认。使用这些数据时，请引用本出版物：

小鼠基因组测序协会。小鼠基因组的初步测序和比较分析.自然2002年12月5日；420(6915):520-62. PMID：12466850

有关GRC提供的鼠标组件的更多信息，请参阅GRC鼠标基因组网页。有关mm10/GRCm38之前的组件的信息，请参阅Wellcome Trust桑格研究所鼠标资源门户.

鼠狐猴基因组

序列/装配：

UCSC鼠狐猴基因组浏览器/注释：

数据使用

作为哺乳动物基因组计划的一部分，鼠狐猴序列已经免费提供（29哺乳动物项目）。该数据集的初始分析可以在Lindblad-Toh K中找到等.使用29种哺乳动物绘制的人类进化约束高分辨率地图.自然2011年10月12日；478(7370):476-82. PMID：21993624; 预防性维修识别码：PMC3207357型

鼠狐猴数据具有以下理解：

裸鼹鼠基因组

排序/组装： 北京基因组研究所，中国深圳

UCSC裸鼹鼠基因组浏览器/注释：

数据使用

裸鼹鼠基因组数据可以免费下载，用于分析，并在数据库（如果正确确认了数据提供程序）。使用时请引用本出版物这些数据：

Keane M、Craig T、Alföldi J、Berlin AM、Johnson J、Seluanov A、Gorbunova V、Di Palma F、，Lindblad-Toh K，Church总经理等.这个裸鼹鼠基因组资源：促进癌症和长寿相关分析适应.生物信息学2014年12月15日；30(24):3558-60.

负鼠基因组

排序/组装： 布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国

FISH映射： 北卡罗来纳州州立大学（NCSU），罗利，北卡罗来纳州，美国

UCSC负鼠基因组浏览器/注释：

数据使用

如果满足以下条件，负鼠基因组数据可以免费下载、用于分析并在数据库中重新打包正确确认数据提供程序。使用这些数据时，请引用本出版物：

Mikkelsen TS、Wakefield MJ、Aken B、Amemiya CT、Chang JL、Duke S、Garber M、Gentles AJ、，古斯塔特·L，海格·A等.家养有袋动物Monodelphis的基因组揭示了非编码方面的创新序列.自然2007年5月10日；447(7141):167-77.

猩猩基因组

排序：

序列组装和染色体序列/AGP构建：基因组研究所在WUSTL

DNA来源：

BAC库：Yuko Yoshonaga在Pieter de Jong的实验室，奥克兰儿童医院研究研究所，奥克兰，加利福尼亚州，美国

Fosmid库：WUSTL基因组研究所

指纹图：WUSTL基因组研究所

细胞遗传学绘图和人类/猩猩断点分析：玛丽亚诺·罗基，遗传与医学系微生物学意大利巴里巴里大学

针对人类基因组的化石末端定位（用于断点/反转AGP构建期间的分析）：Lin Chen和Evan Eichler，基因组科学部，华盛顿大学，西雅图，华盛顿州，美国

基金：国家人类基因组研究所卫生部（NIH）

UCSC猩猩基因组浏览器/注释：

数据使用

猩猩基因组数据可以免费下载，用于分析，并在数据库中重新打包如果数据提供程序得到正确确认。使用这些时请引用本出版物数据：

Locke DP、Hillier LW、Warren WC、Worley KC、Nazareth LV、Muzny DM、Yang SP、Wang Z、Chinwalla AT、，最小P等.猩猩-不丹基因组的比较和人口学分析.自然. 2011年1月27日；469(7331):529-33.

Kronenberg ZN、Fiddes IT、Gordon D、Murali S、Dutcher SK、Gage FH、Warren WC、Shendure J、HausslerD、 Schneider VA、Cao H、Ventura M、Wilson RK、Paten B、Pollen A、Eichler EE、，等.大猩猩基因组的高分辨率比较分析。 科学类2018年6月8;360(6393).

熊猫基因组

排序/组装： 深圳北京基因组研究所

UCSC熊猫基因组浏览器/注释：

数据使用

如果数据提供程序已正确确认。使用这些数据时，请引用本出版物：

李锐、范伟、田刚、朱赫、何莉、蔡J、黄Q、蔡Q、李B、白Y、张Z等.大熊猫基因组序列及其从头组装.自然. 2010年1月21日；463(7279):311-7. PMID：20010809

猪基因组

排序/组装：

UCSC猪基因组浏览器/注释：

数据使用

国际猪基因组测序联合会公布了猪的基因组序列根据合同条款多伦多声明.

国际猪基因组测序协会对猪基因组进行全基因组分析描述如下：Uenishi H、Morozumi T、Toki D、Eguchi-Ogawa T、Rund LA、Schook LB。大规模测序基于猪的全长cDNA文库：对猪基因组注释的贡献拔模顺序.BMC基因组学2012年11月15日；13:581. PMID：23150988

初始标记纸：Archibald AL、Bolund L、Churcher C、Fredholm M、Groenen MA、Harlizius B、Lee KT、Milan D、Rogers J、，罗斯柴尔德MF等.猪基因组序列分析与发布策略.BMC基因组学. 2010年7月19日；11:438. PMID：20642822; 预防性维修识别码：项目经理3017778

鼠兔基因组

排序/组装： 布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国

UCSC Pika基因组浏览器/注释：

数据使用

鼠兔序列已作为哺乳动物基因组计划的一部分免费提供（29哺乳动物项目）。该数据集的初始分析可以在Lindblad-Toh K中找到等.使用29种哺乳动物绘制的人类进化约束高分辨率地图.自然2011年10月12日；478(7370):476-82. PMID：21993624; 预防性维修识别码：PMC3207357型

鼠兔数据具有以下理解：

鸭嘴兽基因组

排序/组装： 这个华盛顿大学基因组研究所（WUSTL）美国密苏里州圣路易斯

UCSC鸭嘴兽基因组浏览器/注释：

数据使用

鸭嘴兽基因组数据可以免费下载，用于分析，并在数据库中重新打包，如果正确确认数据提供程序。使用这些数据时，请引用本出版物：

Warren WC、Hillier LW、Marshall Graves JA、Birney E、Ponting CP、Grützner F、Belov K、Miller W、，克拉克·L，钦瓦拉·AT等.鸭嘴兽的基因组分析揭示了独特的进化特征.自然2008年5月8日；453(7192):175-83. PMID：18464734

Probosis猴基因组

排序/组装：益生菌猴功能基因组联盟

UCSC Proboscis Monkey基因组浏览器/注释：

数据使用

长鼻猴序列在科学出版前免费提供以下理解：

兔子基因组

排序/组装： 布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国

UCSC兔子基因组浏览器/注释：

数据使用

在科学出版之前，兔子序列可以免费获得，如下所示理解：

大鼠基因组

第7轮

排序/组装： 威康桑格研究所英国剑桥郡欣克斯顿

UCSC大鼠基因组浏览器/注释：

rn6及以上

大鼠基因组组装(褐家鼠)由大鼠基因组测序提供联合体，确认如下：

项目协调： 贝勒医学院人类基因组测序中心（BCM-HGSC）

基金：

排序：

装配：BCM-HGSC ATLAS集团-Rui Chen、James Durbin、Paul Havlak

指纹映射： 英国人哥伦比亚癌症局基因组科学中心-马可·马拉（Marco Marra）、杰基·谢恩（Jackie Schein）

BAC结束排序： 这个基因组研究所-赵沙英（Shaying Zhao）

BAC图书馆建设和分布： 奥克兰研究所儿童医院（CHORI）-彼得·德容

大鼠基因组数据库:医疗威斯康星学院

UCSC大鼠基因组浏览器/注释：

数据使用

大鼠基因组数据可以免费下载，用于分析，并在数据库中重新打包，如果数据提供程序已正确确认。使用这些数据时，请引用这些出版物：

Havlak P、Chen R、Durbin KJ、Egan A、Ren Y、Song XZ、Weinstock GM、Gibbs RA。阿特拉斯基因组组装系统.基因组研究2004年4月；14(4):721-32. PMID：15060016

大鼠基因组测序项目联盟。Brown Norway大鼠的基因组序列揭示了哺乳动物进化.自然.2004年4月1日；428(6982):493-521. PMID：15057822

看看贝勒条件使用的网页上查看这些数据的使用限制。

恒河猴基因组

UCSC基因组浏览器显示由不同机构：

华盛顿大学医学院基因组研究所大会提供了以下确认：

猕猴序列和组装学分：测序基金-这项工作得到了NHGRI批准号：5U24HG00908103，高质量人类和非人类初级基因组组合，网址：华盛顿大学医学院麦克唐纳基因组研究所DNA来源-科里尔样品编号：AG07107，MMU基因组测序-华盛顿麦克唐纳基因组研究所大学医学院。序列组装-华盛顿麦克唐奈基因组研究所大学医学院。序列组装管理——麦克唐纳基因组研究所，华盛顿大学医学院；华盛顿大学，西雅图，华盛顿州。

BGI程序集提供了以下确认：

基金：中国南方创新药物中心国家自然科学基金、深圳市政府、国家重点基础研究发展计划中国和国家重大药物创新和开发

排序/组装：BGI，中国深圳

MMGSC程序集提供了以下确认信息：

基金： 国家人类基因组研究所（NHGRI），美国

排序/组装：BCM-HGSC，美国德克萨斯州休斯顿，与以下公司合作：

BAC资源： 奥克兰研究所儿童医院（CHORI），美国加利福尼亚州奥克兰

基于BAC的指纹图谱： 基因组科学中心不列颠哥伦比亚省温哥华。

有关MMGSC恒河猴基因组项目的更多信息，请参阅BCM HGSC恒河猴基因组项目网页。

UCSC恒河猴基因组浏览器/注释：

数据使用

社区可使用猕猴mulatta Mmul_9.0和Mmul_10装配序列密苏里州圣路易斯华盛顿大学麦克唐纳基因组研究所理解：如果数据提供者正确，用户可以自由分析这些数据任何全基因组分析都应遵循多伦多协议中概述的指南关于此程序集的使用。

MMGSC生产的恒河猴基因组的初步测序和分析已发布in：恒河猴基因组测序和分析协会。进化和猕猴基因组的生物医学见解.科学类. 2007年4月13日；316(5822):222-34. PMID：17431167

BGI生产的恒河猴基因组的初步测序和分析发表于：Yan G、Zhang G、Fang X、ZhangY、Li C、Ling F、Cooper DN、Li Q、Li Y、van Gool AJ等 基因组食蟹猴和中国恒河猴两种非人灵长类动物模型的测序和比较猕猴.Nat生物技术2011年10月16日；29(11):1019-23. PMID：22002653

恒河猴序列免费供公众使用，如下所示理解：

岩蹄兔基因组

基金： 国家人类基因组研究所（NHGRI）

排序/组装：

UCSC Rock Hyrax基因组浏览器/注释：

数据使用

岩蹄兔序列作为哺乳动物基因组项目（29种哺乳动物项目）。此数据集的初始分析可以在中找到林布拉德·托·K等.使用29种哺乳动物绘制的人类进化约束高分辨率地图.自然2011年10月12日；478(7370):476-82. PMID：21993624; 预防性维修识别码：PMC3207357型

岩蹄类数据具有以下理解：

绵羊基因组

排序/组装： 国际绵羊基因组学联合会（ISGC）

线粒体基因组测序： Justus-Liebig-University大学，德国

UCSC绵羊基因组浏览器/注释：

数据使用

绵羊基因组数据可以免费下载，用于分析，并在数据库中重新打包，如果数据提供程序已正确确认。使用这些数据时，请引用这些出版物：

姜瑜、谢敏、陈伟、塔尔博特·R、马多克斯·JF、Faraut T、Wu C、穆兹尼·DM、李毅、张伟等.绵羊基因组阐明瘤胃生物学和脂质代谢.科学类. 2014年6月6日；344(6188):1168-73. PMID：24904168

国际绵羊基因组学联合会。绵羊基因组参考序列研究进展.阿尼姆·杰内. 2010年10月；41(5):449-53. PMID：20809919

Shrew基因组

基金： 国家人类基因组研究所（NHGRI）

排序/组装： 布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国

UCSC Shrew基因组浏览器/注释：

数据使用

作为哺乳动物基因组项目（29种哺乳动物项目）。此数据集的初始分析可以在中找到林布拉德·托·K等.使用29种哺乳动物绘制的人类进化约束高分辨率地图.自然2011年10月12日；478(7370):476-82. PMID：21993624; 预防性维修识别码：PMC3207357型

对鼩鼱数据的理解如下：

懒惰基因组

排序： 华盛顿大学基因组研究所（WUSTL），美国密苏里州圣路易斯

装配： 布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国

UCSC插槽基因组浏览器/注释：

数据使用

作为哺乳动物基因组计划（29哺乳动物项目）。该数据集的初始分析可以在Lindblad-Toh K中找到等.使用29种哺乳动物绘制的人类进化约束高分辨率地图.自然2011年10月12日；478(7370):476-82. PMID：21993624; 预防性维修识别码：PMC3207357型

对树懒数据的理解如下：

松鼠基因组

排序/组装： 布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国

UCSC松鼠基因组浏览器/注释：

数据使用

松鼠序列已作为哺乳动物基因组项目的一部分免费提供（29哺乳动物项目）。该数据集的初始分析可以在Lindblad-Toh K中找到等.使用29种哺乳动物绘制的人类进化约束高分辨率地图.自然2011年10月12日；478(7370):476-82. PMID：21993624; 预防性维修识别码：PMC3207357型

松鼠数据具有以下理解：

松鼠猴基因组

排序/组装： 布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国

UCSC松鼠猴基因组浏览器/注释：

数据使用

松鼠猴序列在科学出版前免费提供以下理解：

眼镜猴基因组

基金： 国家人类基因组研究所（NHGRI）

排序/组装：

UCSC Tarsier基因组浏览器/注释：

数据使用

作为哺乳动物基因组项目（29哺乳动物项目）。该数据集的初始分析可以在Lindblad-Toh K中找到等.使用29种哺乳动物绘制的人类进化约束高分辨率地图.自然2011年10月12日；478(7370):476-82. PMID：21993624; 预防性维修识别码：PMC3207357型

对目标数据的理解如下：

塔斯马尼亚魔鬼基因组

排序/组装： Wellcome公司信托桑格研究所，英国剑桥

UCSC塔斯马尼亚魔鬼基因组浏览器/注释：

数据使用

塔斯马尼亚魔鬼基因组数据可以免费下载，用于分析，并在数据库（如果正确确认了数据提供程序）。使用时请引用本出版物这些数据：

Murchison EP、Schulz-Trieeglaff OB、Ning Z、Alexandrov LB、Bauer MJ、Fu B、Hims M、Ding Z、Ivakhno S、，斯图尔特C等.塔斯马尼亚魔鬼及其传播株的基因组测序和分析癌症.单元格2012年2月17日；148(4):780-91. PMID：22341448

Tenrec基因组

排序/组装： 布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国

UCSC Tenrec基因组浏览器/注释：

数据使用

tenrec序列在科学出版之前免费提供，如下所示理解：

树鼩基因组

基金： 国家人类基因组研究所（NHGRI）

排序/组装： 布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国

UCSC树鼩基因组浏览器/注释：

数据使用

树鼩序列已作为哺乳动物基因组计划的一部分免费提供（29哺乳动物项目）。该数据集的初始分析可以在Lindblad-Toh K中找到等.使用29种哺乳动物绘制的人类进化约束高分辨率地图.自然2011年10月12日；478(7370):476-82. PMID：21993624; 预防性维修识别码：PMC3207357型

树鼩数据具有以下理解：

小袋鼠基因组

排序/组装：Tammar Wallaby基因组测序联盟-贝勒医学院人类基因组测序中心（BCM-HGSC）和澳大利亚基因组研究机构

UCSC袋鼠基因组浏览器/注释：

数据使用

如果满足以下条件，小袋鼠基因组数据可以免费下载、用于分析，并在数据库中重新打包正确确认数据提供程序。使用这些数据时，请引用本出版物：

Renfree MB、Papenfuss AT、Deakin JE、Lindsay J、Heider T、Belov K、Rens W、Waters PD、Pharo EA、，肖·G等。 基因组澳大利亚袋鼠Macropus eugenii的序列提供了对哺乳动物的繁殖和发育.基因组生物学2011年8月29日；12（8）：R81。PMID：21854559

白犀牛基因组

排序/组装： The Broad公司研究所，马萨诸塞州剑桥市，美国

数据示例： Oliver Ryder博士圣地亚哥动物园保护研究所加利福尼亚州迭戈

UCSC白犀牛基因组浏览器/注释：

数据使用

南部白犀牛序列在科学出版前免费提供以下理解：

非洲爪蟾

排序/组装： 国际爪蟾测序协会

UCSC非洲爪蛙基因组浏览器/注释：

数据使用

非洲爪蛙基因组数据可以免费下载，用于分析，并在数据库（如果正确确认了数据提供程序）。使用时请引用本出版物这些数据：

会议AM、Uno Y、Kwon T、Chapman JA、Toyoda A、Takahashi S、Fukui A、Hikosaka A、Suzuki A、Kondo M等.异源四倍体非洲爪蟾的基因组进化.自然2016年10月20日；538(7625):336-343.PMID：27762356; 项目管理咨询公司：PMC5313049

美洲鳄基因组

排序/组装： 国际鳄鱼基因组工作组

UCSC美国鳄鱼基因组浏览器/注释：

数据使用

美国短吻鳄基因组数据可以免费下载，用于分析，并在数据库（如果正确确认了数据提供程序）。使用时请引用本出版物这些数据：

St John JA、Braun EL、Isberg SR、Miles LG、Chong AY、Gongora J、Dalzell P、Moran C、Bed'hom B、，阿布扎诺夫A等.对三个鳄鱼基因组进行测序，以阐明祖龙和羊膜.基因组生物学2012年1月31日；13(1):415. PMID：22293439

大西洋鳕鱼基因组

基金： 挪威研究委员会（福吉）

排序/组装： GenoFisk财团

UCSC大西洋鳕鱼基因组浏览器/注释：

数据使用

大西洋鳕鱼基因组数据可以免费下载，用于分析，并在数据库中重新打包如果数据提供程序得到正确确认。使用时请引用这些出版物数据：

Johansen SD、Coucheron DH、Andreassen M、Karlsen BO、Furmanek T、Jörgensen TE、徽章A、，Breines R、Nordeide JT、Moum T公司等.大西洋鳕鱼的大尺度序列分析.N生物技术. 2009年6月；25(5):263-71. PMID：19491044

Star B、Nederbragt AJ、Jentoft S、Grimholt U、Malmstrom m、Gregers TF、Rounge TB、Paulsen J、，Solbakken MH，Sharma A公司等.大西洋鳕鱼的基因组序列揭示了一种独特的免疫系统.自然2011年8月10日；477(7363):207-10. PMID：21832995

鹦鹉基因组

排序/组装： 华盛顿大学基因组研究所（WUSTL），密苏里州圣路易斯，美国

UCSC鹦鹉基因组浏览器/注释：

数据使用

鹦鹉序列在科学出版之前免费提供，内容如下理解：

鸡基因组

排序：基因组参考联盟

物理地图：WUSTL基因组研究所

遗传图谱/连锁分析：鸡绘图联盟：

cDNA序列： 国家卫生研究所和曼彻斯特大学BBSRC ChickEST数据库

RJF完成的克隆：

装配、装配/地图集成、黄金路径创建：基因组研究所WUSTL公司

SNP和交叉引用基因注释： 北京基因组研究所（BGI）中国北京

UCSC鸡基因组浏览器/注释：

数据使用

如果满足以下条件，鸡基因组数据可以免费下载、用于分析并在数据库中重新打包正确确认数据提供程序。使用这些数据时，请引用本出版物：

国际鸡基因组测序协会。鸡基因组的序列和比较分析提供了独特的视角脊椎动物进化论.自然2004年12月9日；432(7018):695-716. PMID：15592404

BGI基因注释和SNP数据可通过以下使用条款获得：

腔棘鱼基因组

基金： 国家人类基因组研究所（NHGRI）

排序/组装： 布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国

UCSC腔棘鱼基因组浏览器/注释：

数据使用

腔棘鱼基因组数据可以免费下载，用于分析，并在数据库中重新打包如果数据提供程序得到正确确认。使用这些时请引用本出版物数据：

Amemiya CT、Alföldi J、Lee AP、Fan S、Philippe H、Maccallum I、Braasch I、Manousaki T、，施耐德一世、罗纳N等.这个非洲腔棘鱼基因组提供了四足动物进化的见解.自然. 2013年4月18日；496(7445):311-6. PMID：23598338

象鲨基因组

排序/组装： 新加坡分子与细胞生物学研究所

UCSC大象鲨基因组浏览器/注释：

数据使用

大象鲨的基因组数据可以免费下载，用于分析，并在数据库（如果正确确认了数据提供程序）。使用时请引用本出版物这些数据：

Venkatesh B、Lee AP、Ravi V、Maurya AK、Lian MM、Swann JB、Ohta Y、Flajnik MF、Sutoh Y、Kasahara M等.象鲨基因组为颚体进化提供了独特的见解.自然2014年1月9日；505(7482):174-9. PMID：24402279

河豚基因组

河豚基因组组装(红色Takifugu)由联合基因组研究所（JGI）是由JGI和新加坡分子与细胞研究所生物（IMCB）。

排序/组装：程序集是使用JGI汇编程序JAZZ从JGI和IMCB在JGI、Myriad Genetics和Celera的配对末端测序读数基因组学

UCSC Fugu基因组浏览器/注释：

数据使用

河豚基因组数据可以免费下载，用于分析，并在数据库中重新打包，如果数据提供程序已正确确认。使用这些数据时，请引用本出版物：

Kai W、Kikuchi K、Tohari S、Chew AK、Tay A、Fujiwara A、Hosoya S、Suetake H、Naruse K、Brenner S等.河豚基因图谱和基因组组装的整合有助于深入了解硬骨动物和哺乳动物基因组进化的独特特征.基因组生物进化. 2011;3:424-42. PMID：21551351

磷虾基因组

基金： 国家人类基因组研究所（NHGRI）

排序/组装：

UCSC Lamprey基因组浏览器/注释：

数据使用

七鳃鳗基因组数据可以免费下载，用于分析，并在数据库中重新打包，如果正确确认数据提供程序。使用这些数据时，请引用本出版物：

Smith JJ、Kuraku S、Holt C、Sauka-Spengler T、Jiang N、Campbell MS、Yandell MD、Manousaki T、MeyerA类等.海洋七叶树（Petromyzon marinus）基因组测序为深入了解脊椎动物进化.自然基因2013年4月；45（4）：415-21、421e1-2。PMID：234350859

蜥蜴基因组

排序/组装： 布罗德学院，美国马萨诸塞州剑桥

UCSC蜥蜴基因组浏览器/注释：

数据使用

蜥蜴基因组数据可以免费下载，用于分析，并在数据库中重新打包，如果正确确认数据提供程序。使用这些数据时，请引用本出版物：

Alföldi J、Di Palma F、Grabherr M、Williams C、Kong L、Mauceli E、Russell P、Lowe CB、Glor RE、，杰菲·JD等.这个绿蜥蜴基因组及其与鸟类和哺乳动物的比较分析.自然2011年8月31日；477(7366):587-91. PMID：21881562

Medaka基因组

medaka基因组组装(青鳉)由日本提供国家遗传学研究所（NIG）和东京大学. The 程序集是使用RAMEN汇编程序构造的。

注意：UCSC oryLat1程序集被替换为oryLat2型2008年11月纠正与chrUn的UCSC装配错误，其中contigs在其内部的间隙关系超contigs断裂。这个oryLat2型程序集基于与oryLat1相同的程序集：v1.0程序集来自NIG和东京大学。

排序/组装：NIG和日本东京大学

UCSC Medaka基因组浏览器/注释：

数据使用

如果满足以下条件，则可以免费下载medaka基因组数据，用于分析，并在数据库中重新打包正确确认数据提供程序。使用这些数据时，请引用本出版物：

Kasahara M、Naruse K、Sasaki S、Nakatani Y、Qu W、Ahsan B、Yamada T、Nagayasu Y、Doi K、Kasai Y等.medaka基因组草图和脊椎动物基因组进化见解.自然2007年6月7日；447(7145):714-9. PMID：17554307

中地雀基因组

排序/组装：基因组10K项目与北京基因组研究所（BGI）

UCSC Medium Ground Finch基因组浏览器/注释：

数据使用

中地雀基因组数据可以免费下载，用于分析，并在数据库（如果正确确认了数据提供程序）。使用时请引用本出版物这些数据：

Zhang G、Li C、Li Q、Li B、Larkin DM、Lee C5、Storz JF、Antunes A、Greenwold MJ、Meredith RW等.比较基因组学揭示了鸟类基因组进化和适应.科学类2014年12月12日；346(6215):1311-20. PMID：25504712; 预防性维修识别码：项目经理4390078

尼罗河罗非鱼基因组

排序/组装： 布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国

UCSC尼罗河罗非鱼基因组浏览器/注释：

数据使用

尼罗河罗非鱼基因组数据可以免费下载，用于分析，并在数据库中重新打包如果数据提供程序得到正确确认。使用这些时请引用本出版物数据：

Brawand D、Wagner CE、Li YI、Malinsky M、Keller I、Fan S、Simakov O、Ng AY、Lim ZW、Bezault E等.非洲慈鲷适应性辐射的基因组底物.自然2014年9月18日；513(7518):375-81. PMID：25186727; 预防性维修识别码：PMC4353498型

彩绘龟基因组

排序/组装：国际彩绘龟基因组测序联合体

UCSC彩绘海龟基因组浏览器/注释：

数据使用

彩绘的海龟基因组数据可以免费下载，用于分析，并在数据库（如果正确确认了数据提供程序）。使用时请引用本出版物这些数据：

Badenhorst D、Hillier LW、Literman R、Montiel EE、Radhakrishnan S、Shen Y、Minx P、Janes DE、Warren爱德华兹州WC等.彩绘龟基因组的物理测绘和精细化告知羊膜基因组进化并挑战龟鸟染色体保护.基因组生物进化2015年6月24日；7(7):2038-50. PMID：26108489; 预防性维修识别码：项目经理4524486

粘背基因组

排序/组装： 布罗德学院，美国马萨诸塞州剑桥

UCSC Stickleback基因组浏览器/注释：

数据使用

贴回序列在科学出版之前免费提供，内容如下理解：

四齿龙基因组

排序/组装：

项目资金：

初始基因组浏览器注释：

UCSC四齿龙基因组浏览器：

数据使用

如果满足以下条件，则可以免费下载四齿龙基因组数据，用于分析，并在数据库中重新打包正确确认数据提供程序。使用这些数据时，请引用本出版物：

岳国浩、罗立春、朱志勇、林刚、冯峰。四齿龙线粒体基因组的完整核苷酸序列黑病毒.DNA序列2006年4月；17(2):115-21. PMID：17076253

藏蛙基因组

排序/组装： 北京基因组研究所，中国深圳

UCSC藏蛙基因组浏览器/注释：

数据使用

藏蛙基因组数据可以免费下载，用于分析，并在数据库中重新打包如果数据提供程序得到正确确认。使用这些时请引用本出版物数据：

孙玉斌、熊振杰、向XY、刘SP、周WW、涂XL、钟L、王L、吴DD、张BL等.的全基因组序列藏蛙Nanorana parkeri和四足类基因组的比较进化.美国国家科学院程序2015年3月17日；112（11）：E1257-62。PMID：25733869; 预防性维修识别码：PMC4371989

土耳其基因组

排序/组装：土耳其基因组联盟-弗吉尼亚农业与生活技术学院科学和弗吉尼亚生物信息学研究所美国弗吉尼亚州布莱克斯堡

UCSC土耳其基因组浏览器/注释：

数据使用

土耳其基因组数据可以免费下载，用于分析，并在数据库中重新打包，如果正确确认数据提供程序。使用这些数据时，请引用本出版物：

Dalloul RA、Long JA、Zimin AV、Aslam L、Beal K、Blomberg Le Ann、Bouffard P、Burt DW、Crasta O、，克罗伊曼斯RP等。 家鸡（Meleagris）的多平台下一代测序gallopavo）：基因组组装和分析.公共科学图书馆生物学2010年9月7日；8(9). PMID：20838655

热带X染色体组

xenTro10公司

排序/组装： 加州大学伯克利分校美国加州伯克利

UCSC公司十、热带基因组浏览器/注释：

xenTro9及以上

排序/组装： 关节基因组研究所（JGI），胡桃溪，加利福尼亚州，美国

UCSC公司十、热带基因组浏览器/注释：

数据使用

这个十、热带基因组数据可以免费下载，用于分析，并在数据库（如果正确确认了数据提供程序）。使用时请引用本出版物这些数据：

Hellsten U、Harland RM、Gilchrist MJ、Hendrix D、Jurka J、Kapitonov V、Ovcharenko I、Putnam NH、，Shu S、Taher L等.热带爪蟾的基因组.科学类. 2010年4月30日；328(5978):633-6. PMID：20431018

斑纹雀基因组

排序/组装： 基因组WUSTL研究所美国密苏里州圣路易斯

斑纹雀DNA：洛杉矶加州大学洛杉矶分校生理科学系Arthur P.Arnold实验室美国加利福尼亚州洛杉矶

UCSC斑马芬奇基因组浏览器/注释：

数据使用

斑马雀基因组数据可以免费下载，用于分析，并在数据库中重新打包如果数据提供程序得到正确确认。使用这些时请引用本出版物数据：

Warren WC、Clayton DF、Ellegren H、Arnold AP、Hillier LW、Künstner A、Searle S、White S、，维拉拉AJ，费尔利S等.鸣禽的基因组.自然2010年4月1日；464(7289):757-62. PMID：20360741

斑马鱼基因组

从开始丹雷尔10（GRCz10）组装，斑马鱼基因组序列现在由基因组参考联盟（GRC）。参见GRC斑马鱼基因组网页感谢。

最新UCSC斑马鱼基因组浏览器(丹瑞11):克里斯托弗·艾森哈特、希拉姆·克劳森、克里斯托弗·李

以前的程序集具有以下确认：

排序/组装： 这个威康信托桑格研究所，英国。

FPC图：

BAC克隆、BAC端对：

注释：

UCSC斑马鱼基因组浏览器：

数据使用

斑马鱼基因组数据可以免费下载，用于分析，并在数据库中重新打包，如果正确确认数据提供程序。使用这些数据时，请引用本出版物：

Howe K、Clark医学博士、Torroja CF、Torrance J、Berthelot C、Muffato M、Collins JE、Humphray S、McLaren K、，马修斯·L等.斑马鱼参考基因组序列及其与人类的关系基因组.自然2013年4月25日；496(7446):498-503. PMID：23594743

有关GRC提供的斑马鱼组件的更多信息，请参阅GRC公司斑马鱼网页。有关danRer10/GRCz10之前的组件的信息，请参阅Sanger研究所的斑马鱼测序项目网页。

肠杆菌基因组

项目资金：在美国国务院主持下开展的工作能源科学、生物和环境研究计划办公室和大学美国加利福尼亚州劳伦斯-利弗莫尔国家实验室，合同编号：W-7405-Eng-48，劳伦斯伯克利国家实验室（合同号：DE-AC03-76SF00098）和洛斯阿拉莫斯国家实验室根据合同编号W-7405-ENG-36。

项目合作者:

注释：

UCSC公司肠杆菌基因组浏览器：

数据使用

这个肠杆菌序列数据由JGI免费提供如果数据提供程序正确，则下载、用于分析并在数据库中重新打包已确认。使用这些数据时，请引用本出版物：

Dehal P、Satou Y、Campbell RK、Chapman J、Degnan B、De Tomaso A、Davidson B、Di Gregorio A、GelpkeM、 古德斯坦DM等.肠蝉基因组草图：脊索动物和脊椎动物研究起源.科学类2002年12月13日；298(5601):2157-67. PMID：12481130

有关肠杆菌装配，参见JGI肠杆菌门户.

柳叶刀基因组

基金：美国能源部科学、生物和环境办公室研究项目

排序/组装： 日本政府投资局

UCSC Lancelet基因组浏览器/注释：

数据使用

柳叶刀基因组数据可以免费下载，用于分析，并在数据库中重新打包，如果正确确认数据提供程序。使用这些数据时，请引用本出版物：

Putnam NH、Butts T、Ferrier DE、Furlong RF、Hellsten U、Kawashima T、Robinson-Rechavi M、Shoguchi E、，Terry A、Yu JK等.这个文昌鱼基因组与脊索动物核型进化.自然. 2008年6月19日；453(7198):1064-71. PMID：18563158

紫癜链球菌基因组

基金： 国家人类基因组研究所（NHGRI）

排序/组装： BCM-HGSC公司美国德克萨斯州休斯顿

UCSC公司紫癜链球菌基因组浏览器/注释：

数据使用

海胆基因组数据可以免费下载，用于分析，并在数据库中重新打包如果数据提供程序得到正确确认。使用这些时请引用本出版物数据：

海胆基因组测序协会。海洋基因组紫斑海胆.科学类2006年11月10日；314(5801):941-52. PMID：17095691

有关海胆基因组项目的更多信息，请参阅BCM-HGSC海胆基因组项目网页。

冈比亚疟原虫基因组

MOZ2冈比亚按蚊数据由国际按蚊基因组项目提供并从Ensembl下载。数据具有以下确认：

基金：

Celera Genomics和Genoscope分别由美国国立卫生研究院（NIH）和法国研究。

项目协作：国际按蚊基因组计划以下各方之间的合作：

排序和装配：

数据下载： 合奏

UCSC公司A.甘拜基因组浏览器/注释：

其他基因组浏览器注释:

数据使用

这个A.甘拜序列由国际按蚊基因组免费提供项目。使用这些数据时，请引用以下出版物：

Holt RA、Subramanian GM、Halpern A、Sutton GG、Charlab R、Nusskern DR、Wincker P、Clark AG、RibeiroJM、Wides R等.疟蚊冈比亚按蚊的基因组序列.科学类. 2002年10月4日；298(5591):129-49. PMID：12364791

蜜环菌基因组

基金：

排序和组装： BCM-HGSC公司,美国德克萨斯州休斯顿

BAC库：Pieter de Jong和Katzutyo Osoegawa奥克兰儿童医院研究研究所（CHORI），美国加利福尼亚州奥克兰

UCSC公司A.梅尔利弗拉基因组浏览器/注释：

数据使用

这个A.梅尔利弗拉蜜蜂基因组测序免费提供序列联合体。使用这些数据时，请引用以下出版物：

蜜蜂基因组测序协会。社会洞察力蜜蜂蜜蜂基因组中的昆虫.自然. 2006年10月26日；443(7114):931-49. PMID：17073008

看看贝勒条件使用的有关这些数据使用指南的声明。

D.ananassae基因组

droAna2数据由Agencourt Bioscience提供。droAna1数据由基因组研究所（TIGR）。

排序： 阿根库尔生物科学，丹弗斯，马萨诸塞州，美国

装配：

UCSC公司A.梅尔利弗拉基因组浏览器/注释：

数据使用

这个D.阿纳萨斯序列可以免费下载，用于分析，并在数据库（如果正确确认了数据提供程序）。使用时请引用这些出版物这些数据：

果蝇12基因组联盟。果蝇系统发育的基因和基因组进化.自然. 2007年11月8日；450(7167):203-18. PMID：17994087

Zimin AV、Smith DR、Sutton G、Yorke JA。装配对账.生物信息学2008年1月1日；24(1):42-5. PMID：18057021

D.直立人基因组

排序和装配： Agencourt生物科学，丹佛，马萨诸塞州，美国，使用阿拉克尼汇编程序

UCSC公司D.直立人基因组浏览器/注释：

数据使用

这个D.直立人序列可以免费下载，用于分析，并在数据库（如果正确确认了数据提供程序）。使用时请引用这些出版物这些数据：

果蝇12基因组联盟。果蝇系统发育的基因和基因组进化.自然. 2007年11月8日；450(7167):203-18. PMID：17994087

Zimin AV、Smith DR、Sutton G、Yorke JA。装配对账.生物信息学2008年1月1日；24(1):42-5. PMID：18057021

D.grimshawi基因组

排序和装配： Agencourt生物科学，丹佛，马萨诸塞州，美国，使用阿拉克尼汇编程序

UCSC公司D.格里姆沙维基因组浏览器/注释：

数据使用

这个D.格里姆沙维序列可以免费下载，用于分析，并在数据库（如果正确确认了数据提供程序）。使用时请引用这些出版物这些数据：

果蝇12基因组联盟。果蝇系统发育的基因和基因组进化.自然. 2007年11月8日；450(7167):203-18. PMID：17994087

Zimin AV、Smith DR、Sutton G、Yorke JA。装配对账.生物信息学2008年1月1日；24(1):42-5. PMID：18057021

D.黑腹果蝇基因组

这个D.黑腹果蝇UCSC基因组浏览器中显示的程序集是从伯克利果蝇基因组项目（BDGP）确认如下：

排序和装配：

注释：

UCSC公司D.黑腹果蝇基因组浏览器：

数据使用

有关这些数据的其他信息，包括引文指南，请参阅BDGP网站.

莫哈文氏双球菌基因组

排序和装配： Agencourt生物科学，丹佛，马萨诸塞州，美国，使用阿拉克尼汇编程序

基金： 国家人类基因组研究所（NHGRI），美国

UCSC公司莫哈文氏双球菌基因组浏览器/注释：

数据使用

这个莫哈文氏双球菌序列可以免费下载，用于分析，并在数据库（如果正确确认了数据提供程序）。使用时请引用这些出版物这些数据：

果蝇12基因组联盟。果蝇系统发育的基因和基因组进化.自然. 2007年11月8日；450(7167):203-18. PMID：17994087

Zimin AV、Smith DR、Sutton G、Yorke JA。装配对账.生物信息学2008年1月1日；24(1):42-5. PMID：18057021

波斯D.persimilis基因组

排序/组装： 这个布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国

UCSC公司D.波斯米利斯基因组浏览器/注释：

数据使用

这个D.波斯米利斯序列可以免费下载，用于分析，并在数据库（如果正确确认了数据提供程序）。请引用以下出版物使用这些数据：

果蝇12基因组联盟。果蝇系统发育的基因和基因组进化.自然. 2007年11月8日；450(7167):203-18. PMID：17994087

Zimin AV、Smith DR、Sutton G、Yorke JA。装配对账.生物信息学2008年1月1日；24(1):42-5. PMID：18057021

假盲蝽基因组

排序和装配： BCM-HGSC公司美国德克萨斯州休斯顿

UCSC公司D.假遮蔽基因组浏览器/注释：

数据使用

这个D.假遮蔽数据可通过特定使用条件. 请引用以下出版物：

Richards S、Liu Y、Bettencourt BR、Hradecky P、Letovsky S、Nielsen R、Thornton K、Hubisz MJ、Chen R、，梅塞尔RP等.伪暗果蝇的比较基因组测序：染色体、基因和顺元素演化.基因组研究2005年1月；15(1):1-18. PMID：15632085; 预防性维修识别码：PMC540289

果蝇12基因组联盟。果蝇系统发育的基因和基因组进化.自然. 2007年11月8日；450(7167):203-18. PMID：17994087

D.sechellia基因组

排序/组装： 这个布罗德学院，美国马萨诸塞州剑桥

UCSC公司D.塞克利亚基因组浏览器/注释：

数据使用

这个D.塞克利亚序列可以免费下载，用于分析，并在数据库（如果正确确认了数据提供程序）。请引用以下出版物使用这些数据：

果蝇12基因组联盟。果蝇系统发育的基因和基因组进化.自然. 2007年11月8日；450(7167):203-18. PMID：17994087

Zimin AV、Smith DR、Sutton G、Yorke JA。装配对账.生物信息学2008年1月1日；24(1):42-5. PMID：18057021

D.simulans基因组

排序和组装： 这个华盛顿大学基因组研究所（WUSTL）美国密苏里州圣路易斯

UCSC公司D.模拟人基因组浏览器/注释：

数据使用

这个D.模拟人序列可以免费下载，用于分析，并在数据库（如果正确确认了数据提供程序）。请引用以下出版物使用这些数据：

果蝇12基因组联盟。果蝇系统发育的基因和基因组进化.自然. 2007年11月8日；450(7167):203-18. PMID：17994087

D.virilis基因组

排序和装配： Agencourt生物科学，丹佛，马萨诸塞州，美国，使用阿拉克尼汇编程序

基金： 国家人类基因组研究所（NHGRI），美国

UCSC公司D.雄性基因组浏览器/注释：

数据使用

这个D.雄性序列可以免费下载，用于分析，并在数据库（如果正确确认了数据提供程序）。请引用以下出版物使用这些数据：

果蝇12基因组联盟。果蝇系统发育的基因和基因组进化.自然. 2007年11月8日；450(7167):203-18. PMID：17994087

Zimin AV、Smith DR、Sutton G、Yorke JA。装配对账.生物信息学2008年1月1日；24(1):42-5. PMID：18057021

D.亚库巴基因组

基金： 国家人类基因组研究所（NHGRI）

排序、装配和AGP创建： 基因组华盛顿大学研究所

初始排序建议，项目合作：David J.Begun和Charles H。兰利，加州大学戴维斯分校, 加利福尼亚州，美国

UCSC公司D.亚库巴基因组浏览器/注释：

数据使用

这个D.亚库巴序列可以免费下载，用于分析，并在数据库（如果正确确认了数据提供程序）。请引用以下出版物使用这些数据：

果蝇12基因组联盟。果蝇系统发育的基因和基因组进化.自然. 2007年11月8日；450(7167):203-18. PMID：17994087

Zimin AV、Smith DR、Sutton G、Yorke JA。装配对账.生物信息学2008年1月1日；24(1):42-5. PMID：18057021

线虫基因组

这个秀丽线虫数据来自蜗杆底座.我们要感谢华盛顿大学基因组研究所（WUSTL）和桑格研究所的他们在排序秀丽线虫基因组和WormBase联盟用于访问当前秀丽线虫顺序。

蠕虫基因组（秀丽线虫除外）

最新版本的C.布伦内里,C.布里格斯,山茶,C.还押、和太平洋P.pacificus序列来自基因组测序中心位于这个华盛顿大学基因组研究所（WUSTL）。cb1浏览器数据来自蜗杆底座.

我们感谢WUSTL为这些组件提供序列数据，以及桑格研究所（Sanger Institute）在确定初始C.布里格斯哥伦比亚广播公司1基因组。还要感谢WormBase联盟提供对cb1序列的访问。

数据使用

蠕虫序列免费提供，并具有以下理解：

酵母基因组

2011年4月酿酒酵母基因组组装(sacCer3)基于序列日期：2011年4月酵母菌基因组数据库（新加坡元）。此基因组序列下载自美国国立生物技术信息中心（基因库/基因组/真核生物/真菌/糖精学ces_cerevisiae/SacCer_Apr2011/）。SGD基因注释是从新加坡元下载站点S288C菌株用于该测序项目。

2008年6月酿酒酵母基因组组装(sacCer2)基于2008年6月的SGD序列，从现场获得http://downloads.yeastgenome.org/sequence/genomic_sequence/chromas/fasta/。S288C菌株是用于此测序项目。

2003年10月酿酒酵母基因组组装(sacCer1)基于2003年10月1日的SGD序列。序列、开放阅读框（ORF）和基因注释从网站下载http://www.yeastgenome.org/download-data/sequence.细胞定位和UCSC基因分类器中显示的蛋白质丰度数据来自酵母GFP融合定位数据库.

UCSC公司酿酒酵母基因组浏览器/注释：

数据使用

参见SGD系统排序表获取组件中每个染色体的信用和联系信息。我们要感谢斯坦福大学、SGD、加州大学旧金山分校（UCSF）、，圣路易斯华盛顿大学和布罗德学院提供数据和注释对于这些浏览器。

加州海兔基因组

排序/组装： 这个布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国

加州大学旧金山分校加利福尼亚海兔基因组浏览器/注释：

数据使用

加州海兔序列免费提供，有以下理解：

埃博拉病毒基因组

排序/组装： 这个布罗德学院，马萨诸塞州剑桥市，美国

UCSC埃博拉病毒基因组浏览器/注释：

其他鸣谢：多亏了菲利普·伯曼以及他在加州大学旧金山分校的实验室为埃博拉疫情提供持续反馈病毒基因组浏览器，以及帕迪斯·萨贝蒂门诊化验室在Broad Institute寻求指导。

感谢以下机构提供关于埃博拉病毒的补充说明基因组：

数据使用

埃博拉病毒序列可以免费下载，用于分析，并在数据库中重新打包。如果正确确认这些数据的提供者。

猴痘病毒基因组

排序/组装：不适用

UCSC猴痘病毒基因组浏览器/注释：

数据使用

Monkeyopx病毒序列可以免费下载，用于分析，并在数据库。这些数据可以在分析特定基因和区域的科学论文中自由使用如果这些数据的提供者得到了正确的确认。

承认早期支持

在这个项目的初始阶段，从2000年1月到2001年6月，我们没有收到任何直接的联邦资金用于制定工作草案，而非旅行支持。然而，我们很感激感谢我们的基本生物信息学研究拨款对我们人员的支持，特别是DOE拨款DE-FG03-99ER62849（用于开发基因发现方法），也包括NSF拨款DBI-9809007，加州大学生物技术学院拨款99-11，由斯隆基金会、大卫和露西尔大学拨款帕卡德基金会、NIH拨款GM-52848和Zahler拨款，为Jim Kent提供支持这项工作的早期阶段。

我们特别感谢Patrick Mantey（加州大学圣保罗分校工程学院院长），詹姆斯·吉尔（研究部副部长）、约翰·辛普森（UCSC Provost）和M.R.C.格林伍德（UCSC财政大臣）愿意在2000年2月为我们提供建造本工作中使用的原始100节点LINUX集群，在Dean Mantey的情况下人员支持。计算机科学主席Phokion Kolaitis也做出了贡献。

我们感谢Compaq提供了额外的马萨诸塞州剑桥市的100-CPU计算集群，用于公共人类基因组研究。我们非常感谢ILOG公司。（现在是IBM的一部分）为其CPLEX线性编程软件提供折扣许可，这对于我们早期的一些实验。

2000年12月，HHMI公司开始为设备和人员。2001年夏天，HHMI为新集群提供了主要资金从机架式购买的1000个运行LINUX的CPU（现为SGI），有来自CISI和NHGRI公司.被称为UCSC KiloKluster，该设备成为基因组浏览器项目。