加州大学圣保罗分校新冠肺炎研究 更新日期：2022年1月12日

2019年12月，严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型作为一种新型人类病原体出现严重急性呼吸综合征（COVID-19）。疾病在世界范围内迅速传播世界卫生组织宣布大流行2020年3月11日。

数千个病毒样本的基因组测序帮助研究人员研究了人类免疫系统的感染、传播和反应。我们在加州大学圣克鲁斯分校基因组研究所正在响应生物医学研究的紧迫性，以开发治疗和疫苗通过基因组序列的快速跟踪可视化和分析用于SARS-CoV-2的UCSC基因组浏览器.我们还整合了相关的生物医学数据集，如单细胞肺基因表达式转换为UCSC单元浏览器，以及创建数据轨迹属于人类基因组浏览器中的新冠肺炎注释.这些注释可以进一步理解感染易感性、疾病严重程度和结果的人类遗传决定因素。

自从SARS-CoV-2在人类中开始循环以来，病毒基因组一直在积累突变。SARS-CoV-2中显示了在医学和流行病学上被确定为重要的突变浏览器轨道关注的变量和尖峰突变.病毒突变的抗体耐药性研究可在抗体逃逸轨道收藏。辉瑞和Moderna mRNA疫苗序列与SARS-CoV-2基因组的比对可以使用疫苗轨道。

查看我们的SARS-CoV-2简介页有关的概述提供的资源。描述UCSC SARS-CoV-2基因组浏览器也在2020年9月9日出版的自然遗传学.

截至2020年5月30日的新冠肺炎传播
Nextstrain.org最新全球分析

严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型基因组数据集的UCSC基因组浏览器视图

视频教程：使用冠状病毒浏览器.

UCSC细胞浏览器中的COVID-19和肺部基因表达数据：

COVID-19数据集：

• 新型冠状病毒肺炎患者的支气管肺泡免疫细胞
• 新冠肺炎航空公司
• 新冠肺炎与流感免疫表型
• 新冠肺炎细胞图谱
• 新冠肺炎SARS-CoV-2和冠状病毒相关受体和因子
• HCA-LungMAP新冠肺炎综合分析

细胞浏览器中的其他肺部数据集

UShER用于实时基因组接触追踪

除了基因组浏览器，我们还提供web界面到超快样品放置现有T雷兹（UShER） （Turakhia等人）,一种用于识别用户新测序的病毒基因组之间关系的工具以及所有已知的严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型病毒基因组。UShER确定病毒之间的关系通过将它们添加到现有的类似序列的系统发育树中直观地描述基因组序列之间的进化关系。这种方法支持“基因组接触追踪”。也就是说，UShER告诉你病毒基因组是否密切相关，因此可能来自同一来源，或者如果他们是远亲和感染来自不同的来源。当新测序的病毒基因组被添加到以前的综合树中时基因组测序，接触示踪剂通常能够确定世界上的何处这些基因组来自于。UShER是唯一可以“实时”做到这一点的方法。我们的工具将基因组放在一个超过80000的综合全球系统发育史上病毒基因组在不到一秒钟的时间内完成。有关UShER的更多信息，请参阅UCSC新闻文章，新工具实现快速冠状病毒序列分析及变异株追踪.基因组数量自文章首次发表以来，可用序列已增至560万2021年5月有120万个序列。

这个美国疾病控制与预防中心新冠肺炎基因组流行病学工具包现在包括UShER的培训模块！模块3.3包括视频,幻灯片(PDF格式),以及更多资源的链接。

使用显示的UShER结果示例Nextstrain公司.代表假设疫情的序列为黄色；之前采样的序列是蓝色的。分支已标记通过核苷酸突变。

新闻

• 2022年1月12日:添加ARTIC V4.1版牛津纳米孔测序引物。本曲目显示了ARTIC网络SARS-CoV-2测序协议，版本4.1（2022年1月7日），恢复了一些针对Omicron的引物的功能变体。
• 2021年12月7日:SARS-CoV-2更新关注变量（VOC）11的氨基酸和核苷酸注释跟踪不同的冠状病毒变种，包括Delta（B.1.617.2）、Mu（B.1.621）和Omicron（B.1.1.529）变体。
• 2021年5月11日:SARS-CoV-2发布疫苗追踪，显示三种不同mRNA疫苗序列与冠状病毒基因组：BioNTech/Pfizer BNT-162b2序列BNT-162b2 RNA序列和Moderna mRNA-1273序列。
• 2021年2月17日:SARS-CoV-2发布关注的变量跟踪，显示2021年1月下旬定义的三个“关注变量”（B.1.1.7、B.1.351和P.1）和一个“关注变体”（B.1.429，首次在加利福尼亚州发现）中的氨基酸和核苷酸突变。
• 2021年1月29日:1月29日SARS-CoV-2更新-这一更新包括序列变异和系统发育的新数据，棘突蛋白氨基酸突变，抗体逃逸。
• 2021年1月8日:1月8日严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型更新- 此更新包括一个更新的曲目以及三个新曲目这个冠状病毒基因组浏览器，以及用于hg19/GRCh37型和hg38/GRCh38型人类集会。
• 2020年10月21日:新基因模型、免疫学、致病性和保守性注释轨迹已发布。点击以上链接直接访问曲目描述页面特定的曲目标题，如PhyloCSF基因、Weizman ORF、icSHAPE RNA结构、，来自IEDB的经验证的表位和各种系统发育树轨迹。
• 2020年9月22日: UCSC人类基因组浏览器上第一条与新冠肺炎相关的注释轨迹：新冠肺炎GWAS：GWAS荟萃分析全球多个合作伙伴（18此版本），作为新冠肺炎宿主遗传学倡议, 促进新冠肺炎宿主遗传学研究的生成、分析和共享的合作努力。
• 2020年9月9日: 描述UCSC SARS-CoV-2基因组浏览器，现在发布于自然遗传学.
• 2020年8月7日:八条新注释轨迹，显示有关的信息重复区域、测序、基因身份、质粒构建、蛋白质接触位点、，和变量分布。
• 2020年7月7日: 释放的注释轨迹：PhyloCSF（密码子替换频率）、微缺失和人类CoV（SARS-CoV-2、SARS-CoV-1、MERS和其他三种人类感染冠状病毒的多重比对）
• 2020年5月29日：公共轨道枢纽新冠肺炎相关基因的GENCODE注释发布。在中查看浏览器.
• 视频：冠状病毒浏览器SARS CoV-2
• 五月SARS-CoV-2基因组浏览器数据发布
• 四月SARS-CoV-2基因组浏览器数据发布
• 2020年2月7日：发布首个SARS-CoV-2基因组浏览器

相关出版物和数据资源

• 研究手稿的预印本：BioRxiv/MedRxiv新型冠状病毒肺炎系列（全部免费提供）
• COVID-19开放研究数据集学术文献
• GISAID公司SARS-CoV-2序列的主要储存库
• NIH数据科学战略办公室开放存取数据和计算资源以应对新冠肺炎
• 欧洲分子生物学实验室/欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）及其合作伙伴：新冠肺炎数据门户
• 中国生物信息中心：2019年新型冠状病毒资源
• 疾病预防控制中心严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型测序资源在GitHub上
• 病原进化的下一菌株开源跟踪：SARS-CoV-2浏览器（菌株树，地理制图）
• NCBI序列数据库搜索、发布列表和基因组显示：NCBI SARS-CoV-2序列
• 病毒病原体资源：VIPR严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型资源（序列和结构分析、比较基因组学和表型研究的工具）
• 疾病预防控制中心：案例在美国。，每日更新。
• 约翰·霍普金斯大学：冠状病毒资源中心
• 公民科学网：新冠肺炎公民科学和众包项目
• 维基百科：严重急性呼吸综合征冠状病毒2型
• COVID教材：COVID参考
• 《自然新闻》疫苗设计图形指南：冠状病毒疫苗竞赛
• 冠状病毒基因组内部、和冠状病毒如何变异和传播《纽约时报》
• 加州大学旧金山分校的百万冠基因组树可能是第一棵加州大学旧金山分校基因组研究所
• 比较SARS-CoV-2基因含量和COVID-19突变影响44肉瘤病毒基因组,自然遗传学.

基金

这个UCSC基因组浏览器是一个自2000年7月以来为研究界提供服务的公开网络资源。基因组浏览器和UCSC细胞浏览器均由NIH国家人类基因组研究所.基因组浏览器获得了来自NIAID、，国家过敏和传染病研究所.除此之外，这里的新冠肺炎项目也由慷慨的支持者资助，包括：几个匿名捐赠者；帕特和罗兰·瑞贝尔；埃里克和温迪·施密特根据施密特期货程序；社会利益信息技术研究中心(CITRIS公司); 和加利福尼亚大学校长办公室(UCOP公司).要做出贡献，请单击在这里.