在出版物或网页中引用UCSC浏览器

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如何引用UCSC基因组浏览器

UCSC基因组浏览器由NIH独家资助，请考虑适当引用我们以便我们可以报告使用情况并继续开发此资源。

引用什么手稿？

请引用我们目前最新的论文PMID 37953330,内政部10.1093/nar/gkad987。此外，您可以参考基因组浏览器网站在你的手稿中：http://genome.ucsc.edu或文中提到您使用了“UCSC基因组浏览器”。引用我们的一个计算工具，请参见参考截面如下所示。

出版物的一般最佳做法

以下是改进您的科学手稿，确保读者在10年内仍能找到你分析的DNA序列。这需要提及组件，染色体位置，任何转录本，最好也是基因组浏览器稳定链接：

  1. 装配：明确提及你正在使用的基因组组装，例如。“hg19”或“hg38”。将程序集名称直接放置在任何包含注释的补充文件名。例如“promoters.hg38.bed”。
  2. 染色体位置：核苷酸的引用应在尽可能提供出版物文本或补充表格。仅包括上的位置随着转录本模型的改变，转录本或编码序列可能会很混乱。例如，除了基于转录的内容外，还提到“NC_000023.11:g.32389644G>A”说明“NM_004006.2:c.4375C>T”。或者，在手稿中，你可以添加染色体括号中的位置，例如“（hg38，chr11:32389644）”，当核苷酸4375讨论了NM_004006.2。
  3. 成绩单：成绩单更改。总是提到转录本的加入，而不仅仅是基因名称。例如“NM_004006.2”，不仅仅是“DMD基因最长的转录本”。基因符号和转录本会随着时间而改变，所以任何形式的加入都是有帮助的。
  4. 稳定链接：UCSC基因组浏览器链接是共享的结果或区域对读者和评论家可以探索的方式感兴趣。它包括集合、位置、所有转录本，任何可见的曲目、您所做的所有过滤器设置以及浏览器中的任何其他设置。如果您想包括链接，不要直接从地址栏复制URL，带有“hgsid=xxx”。这些链接很长，几天后过期。相反，使用菜单选项“我的数据>我的会话“，生成空头，稳定链接到您当前的基因组浏览器视图。有关如何添加自己的注释以这种方式共享请参见自定义轨迹和轨道集线器.

基因组浏览器软件和网站参考资料

基因组浏览器屏幕截图：
使用View->PDF可以制作基因组浏览器的日志级屏幕截图实用程序。当包含手稿中的屏幕截图，参考http://genome.ucsc.edu在标题和引文中手稿中最新的基因组浏览器论文。如上所述，我们建议包括我的数据>我的会话URL允许读者与您的数据交互并获取更多信息。

UCSC Genome Browser最新出版物：
Nassar等人。UCSC基因组浏览器数据库：2023更新.核酸研究2023年PMID:36420891，DOI:10.1093/nar/gkac1072

UCSC Genome Browser原始出版物：
Kent WJ、Sugnet CW、Furey TS、Roskin KM、Pringle TH、Zahler AM、Haussler D。人类基因组UCSC浏览器.基因组研究。2002年6月；12(6):996-1006.

按日期排序的所有当前和过去的UCSC基因组浏览器更新都可以通过以下方式显示PubMed搜索.

BLAT（爆炸）：
肯特·WJ。BLAT-类似BLAST校准工具.基因组研究。2002年4月；12(4):656-64.

升空：
Hinrichs AS、Karolchik D、Baertsch R、Barber GP、Bejerano G、Clawson H、Diekhans M、Furey TS、HarteRA、Hsu F等.UCSC基因组浏览器数据库：2006年更新.核酸研究2006年1月1日；34（数据库问题）:D590-8。

UCSC表格浏览器：
Karolchik D、Hinrichs AS、Furey TS、Roskin KM、Sugnet CW、Haussler D、Kent WJ。UCSC表浏览器数据检索工具.核酸研究2004年1月1日；32（数据库问题）:D493-6。

UCSC数据集成器和变量注释集成器：
Hinrichs AS、Raney BJ、Speir ML、Rhead B、Casper J、Karolchik D、Kuhn RM、Rosenbloom KR、Zweig AS、，豪斯勒D等.UCSC数据集成器和变量注释集成器.生物信息学2016年5月1日；32(9):1430-2.

BigWig和BigBed工具：
Kent WJ、Zweig AS、Barber G、Hinrichs AS、Karolchik D。大Wig和BigBed：支持浏览大型分布式数据集.生物信息学2010年9月1日；26(17):2204-7.

RESTful API：
Lee CM、Barber GP、Casper J、Clawson H、Diekhans M、Gonzalez JN、Hinrichs AS、Lee BT、Nassar LR、，鲍威尔CC等.UCSC基因组浏览器进入第20年.核酸研究2020年1月8日；48（D1）：D756-D761。

轨道数据中心：
Raney BJ、Dreszer TR、Barber GP、Clawson H、Fujita PA、Wang T、Nguyen N、Paten B、Zweig AS、，Karolchik D，Kent WJ。跟踪数据中心支持在UCSC基因组浏览器.生物信息学2014年4月1日；30(7):1003-5. Epub 2013年11月13日。

盒子里的基因组浏览器（GBiB）：
Haeussler M、Raney BJ、Hinrichs AS、Clawson H、Zweig AS、Karolchik D、Casper J、Speir ML、HausslerD、 肯特·WJ。使用UCSC Genome Browser在盒子中浏览受保护的基因组数据.生物信息学2015年3月1日；31(5):764-6.

UCSC基因分类器：
Kent WJ、Hsu F、Karolchik D、Kuhn RM、Clawson H、Trumbower H、Haussler D。探索UCSC基因分类器的关系和数据挖掘.基因组研究2005年5月；15(5):737-41.

UCSC SARS-CoV-2基因组浏览器：
Fernandes JD、Hinrichs AS、Clawson H等人。UCSC SARS-CoV-2基因组浏览器.自然遗传学。2020年9月9日；52:991-998.

GenArk:UCSC基因组档案：
Clawson H、Lee BT、Raney BJ、Barber GP、Casper J、Diekhans M、Fischer C、Gonzalez JN、Hinrichs AS，Lee CM公司等.GenArk：面向100万UCSC基因组浏览器.Res平方2023年4月3日；。

其他基因组组合：
包括使用非人类生物体基因组浏览器组装数据的手稿例如，我们提供的数千个GenArk组件中的一个，应该引用相关的测序文件。通常可以在在我们的网关页面或NCBI GenBank BioProject上选择基因组时出现的组装描述程序集的第页。