UCSC硅内PCR
 
基因组：
装配：
目标：
前底漆：
反向底漆：
 

最大产品尺寸：
最小完美匹配：
最小良好匹配：
翻转反向底漆：
附加到现有PCR结果：


关于硅内PCR
 硅内PCR V39x1使用一对PCR引物，使用BLAT指数实现快速性能。查看示例视频在我们的YouTube频道上。
此工具不能保证绝对找到所有非目标位置，它针对具有更高身份的目标进行了优化。对于在引物设计中，特别是在重复区域中，考虑使用以下工具进行额外验证底漆喷砂.
如果您正在寻找与RT-PCR引物相匹配的引物，其中引物通常跨越内含子-外显子边界，请更改目标选项并选择一个基因转录集。

配置选项

基因组与组装-要搜索的序列数据库。
目标-如果可用，选择查询转录序列。
正向底漆-长度必须至少为15个底座。
反向底漆-在前底漆的相反绞线上。最小长度为15个底座。
最大产品尺寸-放大区域的最大大小。
最小完美匹配-与引物3'端完全匹配的碱基数。最小匹配尺寸为15。
最小良好匹配-引物3’端的碱基数量，其中至少有2个碱基匹配。
翻转反向底漆-反转反向引物的序列顺序并进行补充。
附加到现有PCR结果-将此PCR结果列表添加到当前PCR结果的现有轨迹中。

输出

搜索成功后，返回fasta格式的序列输出文件包含数据库中介于和之间的所有序列引物对。fasta标头描述数据库中的区域以及引物。fasta车身在底漆区域大写sequence匹配数据库序列，其他地方使用小写。在这里是人类的一个例子：
>chr22:31000551+31001000 TAACAGATTGATGATGCATGAAATGG CCCATGAGTGGCTCTAAAGCAGCTGC电话TtACAGATTGATGGATGCATGAAATGGgggtggccagggtggggtgagactgcagagaaggcaggctggttcatacaaggttgcgccaatatgacagctgagattttccaggggtgattgagccagtgagtaag标签塔卡卡加卡特卡塔加加ccctcattagaaaccctcatcattaaagataaaaaaaaagacttgctgtgtaagggattggattatcctattgaaattcttatccagaatggtctaccccacacaatgaagtgtaccgtaatcaaagcaagctcctcctcagagaaaacacacgcgctcacaggaaagcaaagaaattgcttcacttttaaggtaatccagacccagatgcagcccaagcactttgctctcagctccacGCAGCTTTAGGAGCCACTCATGaG
fasta标头中坐标之间的+表示这是正面的。

作者

硅内PCR由编写吉姆·肯特.此web服务器上的交互使用对所有人都是免费的。在您自己的服务器上运行批处理作业的源和可执行文件是免费的用于学术、个人和非营利目的。非排他性商业还提供了许可证。有关详细信息，请联系Jim。