人类乳腺肿瘤雌激素受体1染色质分析显示患者间高度异质性最保守区域的风险SNP和增强子活性
- Stacey E.P.Joosten公司1,2,14,
- 塞巴斯蒂安·格雷戈里奇奥1,2,14,
- 苏珊·斯特洛2,三,
- 埃利夫·雅普4,5,
- Chia-Chi Flora Huang先生6,
- 克里姆·雅武兹6,
- 玛丽亚·唐纳森·科利尔1,2,
- TunçMorova村6,
- 乌穆特·贝尔凯·阿尔廷塔什6,
- 金永洙7,
- 桑德·卡尼修斯8,9,
- 凯西·莫兰斯10,
- 保罗·范迪斯特10,
- 戈兹德·科克马兹4,5,
- 内森·A·拉克4,5,6,
- 米歇尔·弗默伦2,三,11,
- 萨宾·C·林8,10,12和
- 威尔伯特·兹瓦特1,2,13
- 1荷兰癌症研究所肿瘤组学部，荷兰阿姆斯特丹1066 CX；
- 2荷兰Oncode研究所；
- 三奈梅亨拉德布大学拉德布分子生命科学研究所理学院分子生物学系，荷兰奈梅亨6500HB；
- 4土耳其伊斯坦布尔科奇大学医学院，34450；
- 5土耳其伊斯坦布尔34450 Koç大学转化医学研究中心；
- 6加拿大不列颠哥伦比亚大学温哥华分校温哥华前列腺中心，V6H 3Z6；
- 7荷兰阿姆斯特丹HV 1081号阿姆斯特丹癌症中心阿姆斯特丹大学医学中心病理学系；
- 8荷兰癌症研究所分子病理科，荷兰阿姆斯特丹1066 CX；
- 9荷兰癌症研究所分子致癌部门，荷兰阿姆斯特丹1066 CX；
- 10乌得勒支大学医学中心病理学系，3584 CX Utrecht，荷兰；
- 11荷兰癌症研究所分子遗传学部，荷兰阿姆斯特丹1066 CX；
- 12荷兰癌症研究所Antoni van Leeuwenhoek医院肿瘤内科，1066 CX阿姆斯特丹荷兰；
- 13荷兰埃因霍温5600 MB埃因霍芬理工大学生物医学工程系
-
↵14这些作者为这项工作做出了同等贡献。
通讯作者：w.兹瓦特{at}nki.nl
摘要
雌激素受体1（ESR1；也称为ERα，由ESR1系列基因）是腔性乳腺癌的主要驱动因素和主要药物靶点。ESR1染色质结合在细胞系和有限数量的人类肿瘤，使用样本之间共享的峰共识。然而，关于ESR1染色质作用的肿瘤间异质性及其生物学意义。在这里，我们使用了大量ESR170 ESR1的ChIP-seq数据+乳腺癌研究ESR1 DNA结合的患者间异质性，以揭示显著的肿瘤间异质性ESR1动作。值得注意的是，常见的ESR1位点显示出最高的雌激素驱动增强子活性，并且参与度最高在长程染色质相互作用中。此外，最常见的ESR1增强子富含于乳房癌症风险SNP位点。我们实验证实SNV影响ESR1及其先导因子的染色质结合电位最后，在TCGA乳腺癌队列中，我们可以确认这些变异与表达差异相关用于目标基因。累积起来，我们揭示了乳腺癌中ESR1–染色质相互作用的自然层次结构高度异质性肿瘤间ESR1景观，最常见的共享区域最活跃，受种系影响乳腺癌发生的功能风险SNP。
- 收到2023年10月30日。
- 认可的2024年4月11日。
