输入

系统或
常用名称

上次更新时间
2011年7月

要查询的酵母数据库

汇编的知识来源:
MIPS功能分类
MIPS表型
MIPS亚细胞定位
MIPS蛋白质复合物
MIPS蛋白质类
GO分子功能
GO生物工艺
GO蜂窝组件
SMART域
Pfam域

发布的数据集
酵母双杂交-Uetz等人。
酵母双杂交-伊藤等(核心)
酵母双杂交-Ito等人(完整)
合成基因阵列-Tong等人。
MDS蛋白质组复合体-Ho等人。
细胞复合体-Gavin等人。
蛋白质组定位-Kumar等人(观察)
蛋白质组定位-Kumar等人(预测)
本质和形态——Giaever等人。
酵母适合性数据-Giaever等人。

附加服务
已发布的复合体

Bonferroni修正?是的

P值截止:

描述

FunSpec(“功能规范”的缩写)输入酵母基因名称列表,并输出功能类别、细胞定位、蛋白质复合物、,等等。已下载评估的类和类别来自MIPS数据库这个GO数据库此外,许多出版物已经编译了数据集来评估富集度。出版物的超文本链接给出了。

使用超几何计算的p值分布,表示给定列表与任何给定的功能类别是偶然发生的。邦费罗尼纠正分歧p值阈值,这将被视为对单个测试重要,由进行的试验数量,从而解释了由于多次试验而产生的虚假显著性测试数据库的类别。在Bonferroni修正后,只有显示富集概率低于以下值的类别:p-value/#CD,其中#CD是所选数据库中的类别数。没有Bonferroni校正,显示所有类别的相同概率在单个测试中,富集度低于:p值阈值

请注意许多基因包含在许多类别中,特别是在MIPS数据库中(它们是等级),这可能会产生偏见FunSpec(功能规格)目前不作任何补偿。此外,数据库被视为彼此独立,事实并非如此,每种搜索都是分开的,这可能不是最优的用于统计计算。尽管如此,我们发现它对于筛选聚类分析结果、TAP下拉列表等。

有关详细信息,请单击在这里.

可以找到如何使用FUNSPEC的说明在这里.


Funspec由Jorg Grigull、Naveed Mohammad和Mark Robinson创建。目前由Harm van Bakel维护()