| 1 |
批量数据检索 |
| 1.1. |
您提供什么类型的批量数据文件？ |
|
可用的数据集在下载概述页面。 |
| 2 |
D.黑腹果蝇作为一种模式生物 |
| 2.1. |
我在哪里可以找到有关D.黑腹果蝇? |
|
请查看我们的“Flies新手”页面。 |
| 三。 |
快速跟踪您的论文 |
| 3.1. |
FlyBase就我的出版物与我联系。我不认为这与我的调查有关黑腹果蝇基因。 |
|
FlyBase策展人知道您的论文没有FlyBase-curtable数据是有帮助的；这给了我们更多的时间来撰写数据丰富的论文。快速跟踪你的论文（FTYP）工具允许你快速指出你的论文没有可管理的数据类型或调查没有黑腹果蝇基因。从填写FTYP时，请在“数据类型”部分中勾选“以上数据类型均不适用”框。 |
| 3.2. |
对于“果蝇试剂”下的“新转基因”，我构建了一个包含现有已知D.黑腹果蝇基因。这被认为是“新转基因”吗？ |
|
如果你继续在体内使用质粒（例如，将UAS基因X构建体注射到黑腹果蝇)那么这将被视为一种新的转基因。如果你只在培养细胞或体外使用质粒，我们不认为它是一种新的转基因。请查找有关FTYP工具的更多信息在这里。 |
| 3.3. |
我刚刚浏览了一本最近出版的Fast-Track，但FlyBase“快速跟踪您的论文”工具没有找到它。 |
|
如果这是一篇很新的论文，它可能没有进入我们的参考书目。这意味着该文件尚不可用于“快速跟踪您的文件”工具。请一两周后再试一次。 |
| 3.4。 |
我被要求为最近发表的论文填写FTYP表格。这篇论文描述了许多基因，但实际上是一篇综述文章，没有原始数据。我还应该把本文中描述的基因列为“研究过的”基因吗？ |
|
任何与您的评论相关的基因都会导致您的评论出现在该基因报告的参考列表中。因此，我们鼓励你添加任何你评论的重点基因。 |
| 3.5. |
我提交了FTYP表格，但我的数据在FlyBase上不可见。什么时候会出现在相关的基因报告上？ |
|
我们仅每两个月更新一次公共网页，因此根据您提交Fast-Track信息的时间，参考信息可能需要3-12周才能出现在基因报告中。 |
| 3.6. |
我收到了Fast-Track论文的链接，但当我转到链接时，它表明该论文已经策划好了。我该怎么办？ |
|
该链接不再可用的原因是您的论文已经由FlyBase馆长或另一个Fast-Track投稿人管理。你不需要采取任何进一步的行动。 |
| 3.7. |
我使用了一些遗传试剂，但在我的论文中没有研究它们的作用。我只是将它们用作工具（例如，交叉中的可选标记、GAL4驱动程序、FLP诱导克隆）。我应该在FTYP的“基因研究”领域提到这些基因吗？ |
|
不，我们只对您研究的基因感兴趣（例如，分析它们在发育中的作用，确定突变表型，或确定它们在何处表达），因此无需为用作工具的遗传试剂添加基因。 |
| 3.8. |
我将这些信息提交给了《快速通道》，我们在最近的手稿中制作了一种表达人类基因的新转基因。然而，在选择研究的基因时，该系统没有给我选择相应人类基因的选项。我该怎么办？ |
|
如果你已经在苍蝇中构建了第一个人类基因的转基因结构，那么还没有关于该基因的FlyBase基因报告。在数据部分（基因选择之前），确保已选中“新转基因”框，并且FlyBase管理员会在做出适当的基因报告后将该基因（和构建物）附加到您的论文中。 |
| 3.9. |
我想用Fast-Track写我们的论文，但电子邮件请求已发送给另一位作者。我还可以从填写FTIP吗？ |
|
是的，您可以使用电子邮件中提供的原始链接，然后在“联系人”步骤中手动将电子邮件地址更改为您自己的地址。 |
| 3.10. |
我们填写了FTYP表格，但没有收到任何反馈/消息确认。我们应该再完成一次吗？ |
|
当您提交完数据后，我们不会发送确认电子邮件。一旦您在流程结束时单击“提交论文”按钮，您应该会得到一个“谢谢！”屏幕。所以只要你看到这个页面，你的数据就已经成功输入了。 |
| 3.11. |
我收到一封电子邮件，要求我提交一份关于我论文的FTYP表格，但我完全忘记了。我的论文结果还会在FlyBase上显示吗？ |
|
是的，FTYP系统旨在加快策展过程，但如果您的论文与FlyBase相关，那么即使您没有使用FTYP，最终也会进行策展。如果您在下一篇论文中使用FTYP，我们将不胜感激，因为它为我们节省了宝贵的策展人时间。 |
| 4 |
FlyBase社区咨询小组 |
| 4.1. |
如何加入FlyBase社区咨询小组（FCAG）？ |
|
请填写FCAG登记表。 |
| 4.2. |
我是FCAG的现任成员。我已经搬到一所新学校，你能更新我的详细信息吗？ |
|
请填写FCAG登记表，以便我们可以在数据库中更新您的信息。 |
| 5 |
FlyBase费用 |
| 5.1. |
如何支付FlyBase费用？我可以为我的整个实验室/机构/公司支付费用吗？ |
|
您可以在以下地址支付FlyBase费用：这个链接。我们还有一个专门的FlyBase费用常见问题解答.请联系我们讨论机构/部门/公司费用。 |
| 6 |
FlyBase人员数据库 |
| 6.1. |
FlyBase人员数据库是否仍处于活动状态？ |
|
不，FlyBase人员数据库已退役。 |
| 7 |
基因组浏览器（JBrowse和GBrowse） |
| 7.1. |
GBrowse是否停产？ |
|
是的，不再维护GBrowse，并且在FlyBase版本FB2022_06中将停止GBrowse访问。所有GBrowse曲目和功能现在也可以在JBrowse中使用。请使用J罗兹用于您的查询。 |
| 7.2. |
如何从JBrowse下载FASTA序列？ |
|
请在中查找说明这款FlyBase粗花呢。 目前无法从JBrowse下载装饰好的FASTA；然而，您可以使用“基因组定位”部分的“获得修饰的FASTA”按钮从感兴趣基因的基因报告中下载修饰的FASTA（有关更多信息，请参阅问题8.2）。
|
| 8 |
基因数据 |
| 8.1. |
如何找到具有特定特征的转基因结构？ |
|
请参阅FlyBase上的评论实验工具报告。 |
| 8.2. |
如何获得侧翼基因序列？ |
|
要获得感兴趣基因的侧翼序列，请转到该基因的基因页面。转到“基因组位置”部分并单击“获得装饰FASTA”链接。您可以指定希望在“其他上游/下游基地”框中显示的侧翼序列数量。 您可以从Genomes:Annotation and Sequence（基因组：注释和序列）部分的Current Relase（当前关系）页面获得包含所有Dmel基因两端2000 bp侧翼的基因区域序列的多个FASTA文件。 文件：dmel-all-gene_extended2000-r6.nn.fasta包含这些序列。还有一个包含所有基因间序列的文件。
|
| 8.3. |
我注意到针对特定基因的“基因摘要”似乎过时了。我可以提出一个更新的摘要吗？如果可以，如何提出？ |
|
欢迎您向我们发送建议的更新。您可以使用我们的联系方式并选择“基因快照”作为消息的主题。 |
| 8.4. |
我如何找到一个cDNA，它对应于具有选择性剪接亚型的基因的特定转录物？ |
|
您可以在您感兴趣的成绩单的“成绩单报告”中的“cDNA克隆与成绩单一致”部分找到这些信息。您还可以直观地将cDNA和EST与您在JBrowse中感兴趣的抄本进行比较：选择“抄本序列”子标题下的所有曲目，该子标题位于“抄本级别功能”标题下。 |
| 9 |
基因模型和基因组注释 |
| 9.1. |
我的基因怎么了？其基因报告称其已被撤回。 |
|
由于缺乏支持性证据，基因偶尔会被撤回。更常见的是，一个基因模型可能会与另一个基因合并，或分裂成两个或多个基因。在这种情况下，原始基因被撤回。您可以在撤回基因的报告和合并或拆分产生的基因报告中的“与其他基因的关系”子目（在“基因报告中其他信息”下）中找到撤回基因的命运和/或历史。 |
| 9.2. |
我正在尝试比较已测序基因组的R6组件和dm3组件之间的坐标，但序列坐标转换器工具不支持将版本3作为输出组件选项。 |
|
序列坐标转换器工具允许此选项。UCSC dm3参考序列对应于D.黑腹果蝇基因组，而不是R3组装。 |
| 9.3. |
我翻译了一个蛋白质的转录本，这个蛋白质与FlyBase显示的不同。为什么会有这种不一致？ |
|
你已经在测序的菌株中发现了一个突变基因。迄今为止，FlyBase已经鉴定出64个基因，其中一个突变破坏了编码序列；我们提供了受影响转录本的校正CDS。这些基因将在相关基因报告“基因模型和产品”部分的“基因模型评论”小节中对突变进行评论。您可以在发行说明，表5：iso-1参考序列中已知破坏性突变的基因。另请参阅这张FlyBase纸。 |
| 9.4. |
这两个基因映射到相同的基因组坐标，并且具有相同的转录本，但FlyBase表示它们是不同的基因。这怎么可能？ |
|
你发现了一对双顺反子基因，其中有两个不同的蛋白质编码区，转录本重叠。双顺反子基因对可以包括编码两个基因的CDS的双顺反式转录子，以及仅编码一个受影响基因的CDS的单顺反式抄本。这些基因将在相关基因报告“基因模型和产品”部分的“序列本体：基因类”小节中有一个gene_with_dicistronic_mRNA SO条目。你可以在FlyBase论文中找到更多关于双顺反子基因和其他异常注释案例的信息“基因模型注释黑腹果蝇：规则制定者”。 |
| 9.5. |
这个转录本的一部分在正链上，另一部分在负链上。有错误吗？ |
|
你已经发现了一个带有转分裂转录本的基因。这些基因将在相关基因报告的“基因模型和产品”部分的“序列本体：基因类”小节中有一个gene_with_trans_spliced_transcript SO条目。你可以在FlyBase论文中找到更多关于转剪接基因和其他异常注释案例的信息“基因模型注释黑腹果蝇：规则制定者”。 |
| 9.6. |
该转录物编码的蛋白质不包括ORF中的第一个ATG/延伸到终止密码子之外/不以AUG密码子开始。 |
|
FlyBase中记录了许多特殊的基因模型注释。这些例外情况得到了多物种保护、蛋白质预测算法和/或已发表实验证据的有力支持。每个例外情况都将在相关基因报告的“基因模型和产品”部分的“基因模型评论”小节中有一个澄清性评论，和/或在相关基因报告的“基因模型和产品”部分的“序列本体论：基因类别”小节中有一个信息性SO术语。您可以在FlyBase论文中找到有关例外注释案例的更多信息“基因模型注释黑腹果蝇：规则制定者”。 |
| 9.7. |
注释版本号意味着什么？ |
|
D.黑腹果蝇注释编号结合了BDGP参考基因组组件发布编号和该参考基因组组件的FlyBase注释发布编号，以小数分隔。例如，FlyBase的2022_05版本包括r6.48D.黑腹果蝇注释集（参考基因组组装版本6的第48个注释集）。您可以通过从每个FlyBase页面顶部蓝色导航栏的“关于”部分中选择“发行说明”来找到注释编号。 注意：FlyBase注释编号与NCBI版本号没有任何关联。
|
| 9.8. |
生产参考基因组组合的目的是什么D.黑腹果蝇? |
|
D.黑腹果蝇已经有6个BDGP生产的参考基因组组合。Release_1和Release_2是Celera全基因组鸟枪（WGS）组装体，5和6都是经过高度修饰的BDGP BAC拼接阵列组件（除了中心异染色质的不合作部分和少量其他包含高度重复序列的较大区域，如组蛋白基因簇）。由于Release_1和Release_2的WGS性质，实际上不可能为这些版本生成到releases_3、_4、_5或_6的坐标转换器。 |
| 9.9. |
FlyBase/GenBank/BDGP装配坐标如何与UCSC坐标相关？我在哪里可以找到dm3基因组组装D.黑腹果蝇? |
|
UCSC提供的另一种“dm”编号系统有时被用于指代BDGP参考基因组组合的释放，经常引起混淆。 “dm”编号与BDGP版本的对应关系如下。dm1=版本3dm2=版本4dm3=版本5dm6=版本6
|
| 9.10. |
我如何提交对基因组序列的修正D.黑腹果蝇? |
|
这个D.黑腹果蝇参考基因组组装由BDGP生成，并代表使用测序菌株的特定组装产品。对该参考组件进行修正不属于FlyBase的权限范围。然而，FlyBase可以对基因和转录本注释进行必要的更正-只需联系我们。 |
| 9.11. |
我如何提交对基因模型的修正D.黑腹果蝇? |
|
如果更正（例如，新的剪接亚型、新的TSS）与已发表的论文相关，请使用快速追踪您的论文工具，并在“基因组注释数据”下，勾选与转录物/多肽结构变化相关的框。否则，请通过联系我们FlyBase接触表-我们可以合并数据并将其归因于个人通信。 |
| 9.12. |
FlyBase转录本注释与NCBI RefSeq注释相比如何D.黑腹果蝇? |
|
的NCBI参考序列转录本注释D.黑腹果蝇直接取自每年提交给GenBank的FlyBase。UCSC基因组浏览器反过来使用NCBI RefSeq注释（来自FlyBase）。EBI信号群D.黑腹果蝇直接从FlyBase获得。因此，FlyBase是D.黑腹果蝇大多数网站都提供了成绩单注释。 |
| 9.13。 |
为什么所有理论上可能的基因转录本都没有注释？FlyBase如何决定要注释哪些抄本？ |
|
有关FlyBase基因注释过程的解释，请参阅FlyBases论文“基因模型注释黑腹果蝇：高通量数据的影响”。 |
| 9.14。 |
注释版本号意味着什么？ |
|
BDGP基因组组装使用“Release_#”符号表示。FlyBase发布符号中的小数是指FlyBase生成的附加到该组件的注释集；例如，2019年4月的版本是release_6.27。请注意，特征坐标只会随着新的发布部件而更改。如果需要有关当前部件和当前注释集的信息，应查看FlyBase发布说明，打开标题为“黑腹果蝇（R#.##）”。 D.黑腹果蝇已经有6个由BDGP生产的基因组组合。Release_1和Release_2是Celera全基因组鸟枪（WGS）组件，而Releases_3、_4、，5和6都是经过高度修饰的BDGP BAC拼接阵列组件（除了中心异染色质的不合作部分和少量其他包含高度重复序列的较大区域，如组蛋白基因簇）。由于Release_1和Release_2的WGS性质，实际上不可能为这些版本生成到releases_3、_4、_5或_6的坐标转换器。 这个D.假遮蔽第3版组件由贝勒HGSC生产，是对第1版和第2版组件的改进。FlyBase中其他测序果蝇物种的组件是作为同一项目的一部分生产的初始冷冻CAF1组件。有关更多信息，请访问拟暗果蝇基因组项目现场。
|
| 9.15. |
如何将一个基因组释放的坐标转换为另一个？ |
|
您可以使用FlyBase序列坐标转换器用于将坐标从版本3、4或5转发到版本4、5或6的工具。该页面上有一个工具链接，该工具提供从版本6到版本5的反向转换。不存在从BDGP/FlyBaseGenBank版本1或2迁移的工具。 |
| 9.16。 |
我如何提交对果蝇以外物种的基因组序列或基因模型的修正D.黑腹果蝇? |
|
“其他”果蝇物种（除D.黑腹果蝇)现在由NCBI管理(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse网站#/概述/果蝇,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geneme/annotation_euk/). 如果您有新的或更可靠的序列数据，我们建议您将序列提交给GenBank。然后，您可以向我们发送一份带有登录号和描述的个人通信。我们将在受影响的基因记录中添加该通信和登录号，以便FlyBase的其他用户可以从您改进的数据中受益。 对于基因模型，如果你已经测序了一个cDNA，你应该将该序列提交给GenBank。我们有一个来自NCBI的自动管道，用于处理cDNA数据。登录号将被纳入基因报告和JBrowse上显示的比对。 如果您没有测序的cDNA，但通过其他方式确定了拟议的校正，您可以将其作为TPA（第三方注释）提交给GenBank。同样，在这种情况下，我们希望您能提供包含登录号和错误描述的个人通信。 如果您的更正无法通过任何这些途径适当提交给GenBank，我们将接受它作为个人通信，但这并不可取。该序列将无法通过BLAST或其他查询获得，也不会在JBrowse中显示为对齐。
|
| 9.17. |
在哪里可以找到旧基因组集合的FlyBase数据？ |
|
FlyBase将为我们的FlyBase FTP站点; 您可以在每个FlyBase页面顶部的蓝色导航栏中找到FTP存档版本的链接-单击“下载”，然后选择“版本（FTP）”。 我们的存档的数据页面；您可以在每个FlyBase页面顶部的蓝色导航栏中找到存档数据页面的链接-单击“下载”，然后选择“存档数据”。 因此，例如，从Archived Data（存档数据）页面，可以在已退役的release 5（dm3）D.melanogaster genone组件上查找最终FlyBase发布的日期，即FB2014_03（2014年5月，Dmel release 5.57）。然后，可以在FTP存档站点上查找FB2014_03版本的存档数据。
|
| 10 |
基因名称/重命名 |
| 10.1. |
FlyBase何时（在什么情况下）考虑更改指定的基因名称？ |
|
我们通常对进行更改持保守态度，尤其是当符号/名称在文献中被广泛使用时，所以决策是根据具体情况做出的。如果相关社区显然倾向于使用与FlyBase中当前符号/名称不同的符号/名称，我们将考虑更改它。这一决定可以通过在已发布的文献中首选使用替代符号/名称来做出，也可以通过发布报告或直接与我们联系以进行预期更改的相关方来做出。我们还将考虑符号不准确/具有误导性、与不同基因的符号过于相似、在某些方面具有冒犯性或使基因家族内的命名合理化的变化，等。。请参阅我们的命名指南在这里。 |
| 11 |
工作公告 |
| 11.1. |
我想在FlyBase上发布一份工作；我该怎么做？ |
|
您可以在FlyBase论坛中发布职位，您可以通过单击Fly Base主页外部资源侧栏“会议/课程/工作”选项卡下的“可用职位”图标来访问该论坛。 |
| 12 |
会议或课程 |
| 12.1. |
我正在组织一个果蝇会议。如何将此会议添加到果蝇会议页面？ |
|
会议公告现在在Fly Research Portal上发布，您可以通过FlyBase主页左侧边栏中的“会议课程”图标访问该门户。请使用Fly Research Portal Events页面底部的链接提交您的活动。 |
| 13 |
术语 |
| 13.1条。 |
我发现了一个基因，并想给它命名。对此有什么FlyBase指南吗？ |
|
是的，有。请参阅我们的命名指南在这里。我们建议在论文中提及唯一的FlyBase标识符（FBgn#）和新名称。 |
| 14 |
非素食者物种 |
| 14.1. |
我找不到我最喜欢的基因模型或基因组组装信息非黑食肉动物果蝇类。那个信息怎么了？ |
|
FlyBase停止支持其他物种的基因模型注释和基因组组装信息黑腹果蝇在Flybase版本FB2018_06中。您可以在中找到这些物种的最后一次NCBI注释更新此FlyBase存档版本，以及NCBI页面上的当前注释信息NCBI上注释的真核基因组。 |
| 15 |
单细胞RNA测序数据 |
| 15.1. |
我已经完成了一项即将发表的scRNAseq研究。我应该做什么来确保数据集到达FlyBase？ |
|
您唯一需要做的是使您的原始数据文件在公共数据存储中可用，例如NCBI的基因表达总览或EMBL-EBI的ArrayExpress——正如你可能知道的那样，大多数期刊在发表一项报告高通量测序方法结果的研究时都已经需要这种方法。一旦你的论文发表，它将被我们的scRNAseq馆长自动挑选出来，如果相关的话，他们会联系你要求你的细胞类型注释。 |
| 16 |
参考FlyBase |
| 16.1. |
我可以在出版物/海报中使用FlyBase徽标吗？ |
|
除非出于商业目的，否则允许使用FlyBase徽标。请使用本指南关于引用FlyBase。 |
| 16.2。 |
我从FlyBase中检索到一些出版物信息，想知道如何在我的出版物中引用Fly Base。有什么我可以遵循的准则吗？ |
|
是的，有。请使用本指南关于引用FlyBase。 |
| 17 |
股票 |
| 17.1. |
我想向布卢明顿果蝇库存中心捐赠一些苍蝇。这样做的程序是什么？ |
|
请联系BDSC直接地位于（印第安纳州DOT edu的flystock）。 |
| 17.2. |
如何获得FlyBase中列出的股票？我可以从FlyBase订购该库存吗？ |
|
FlyBase不分销飞行库存。请联系提供您感兴趣的航班的库存中心；FlyBase库存报告在报告底部包含指向相关库存中心订单的链接。您还可以找到库存中心列表在这里。 |
| 17.3. |
我从FlyBase获得了一只股票，我发现了一些社区应该知道的关于该股票的信息。我能做什么？ |
|
请使用向我们发送个人通信FlyBase接触表。如果您的数据确实与苍蝇社区相关，则会将其添加到该种群的报告页面。 请注意，FlyBase不分销股票，我们只提供有关股票的信息。如果你怀疑你得到的股票不是你期望的（例如，与要求的不同的等位基因），你应该直接联系你从那里获得股票的股票中心。
|
| 18 |
发布前提交数据 |
| 18.1. |
我有一份预印本。我应该等待论文在同行评议的期刊上发表，还是可以向FlyBase提交一些信息？ |
|
如果你打算提交你的数据进行同行审查并在期刊上发表，那么是的，最好在向FlyBase添加任何信息之前等待这一情况发生。这样，我们就知道我们正在管理最终数据集（在同行审查和任何添加/更正等之后），并可以将信息归于最终发布的帐户。 |
| 18.2. |
我有一些实验数据，我不打算发表。我可以将这些数据提交给FlyBase吗？ |
|
是的，我们有办法合并未发布的数据。请向我们发送一封包含信息的电子邮件，以便我们决定是否将其作为“个人通信”添加到FlyBase。您可以通过QuickSearch References选项卡查询查看适合个人通信的数据类型：将Year字段设置为过去3年的范围，将Publication类型设置为“personal communication to FlyBase”。可以找到有关提交个人通信的其他信息在这里。 您还可以考虑您的数据是否适合在https://www.micropublication.org。
|
| 20 |
如何。。。？ |
| 20.1条。 |
如何下载产生致死表型的所有隐性等位基因的批量数据表（指定FlyBaseID、相关基因、等位基因类和表型类）？ |
|
FlyBase主页上的快速搜索>表型>表型类别：致死（如果您对部分致死的等位基因/基因也感兴趣，请使用“发育期间死亡率增加”术语）>精炼：隐性>搜索>导出>ID列表（下载） FlyBase主页>批量下载>粘贴下载的ID>数据源：报告字段>将结果发送至：文件>下一步>检查“相关基因”、“等位基因类”和“表型类”>获取字段数据
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1.海量数据检索
1.1. 您提供什么类型的批量数据文件？
可用的数据集在下载概述页面。
2D.黑腹果蝇作为模式生物
2.1. 我在哪里可以找到有关D.黑腹果蝇?
请查看我们的“Flies新手”页面。
3.快速跟踪您的论文
3.1. FlyBase就我的出版物与我联系。我不认为这与我的调查有关黑腹果蝇基因。
FlyBase策展人知道您的论文没有FlyBase-curtable数据是有帮助的；这让我们有更多的时间投入到数据丰富的论文中。快速跟踪你的论文（FTYP）工具允许你快速指出你的论文没有可管理的数据类型或调查没有黑腹果蝇基因。从填写FTYP时，请在“数据类型”部分中勾选“以上数据类型均不适用”框。
3.2. 对于“果蝇试剂”下的“新转基因”，我构建了一个包含现有已知D.黑腹果蝇基因。这被认为是“新转基因”吗？
如果您继续在体内使用质粒（例如，将UAS-geneX构建物注射到黑腹果蝇)那么这将被视为一种新的转基因。如果你只在培养细胞或体外使用质粒，我们不认为它是一种新的转基因。请查找有关FTYP工具的更多信息在这里。
3.3. 我刚去了最近出版的《快速通道》，但FlyBase“快速通道你的论文”工具没有找到它。
如果这是一篇很新的论文，它可能没有进入我们的参考书目。这意味着该文件尚不可用于“快速跟踪您的文件”工具。请一两周后再试一次。
3.4. 我被要求为最近发表的论文填写FTYP表格。这篇论文描述了许多基因，但实际上是一篇综述文章，没有原始数据。我还应该把本文中描述的基因列为“研究过的”基因吗？
任何与你的综述相关联的基因都会导致你的综述出现在该基因报告的参考列表上。因此，我们鼓励你添加任何你评论的重点基因。
3.5. 我提交了FTYP表格，但我的数据在FlyBase上不可见。什么时候会出现在相关的基因报告上？
我们仅每两个月更新一次公共网页，因此根据您提交Fast-Track信息的时间，参考信息可能需要3-12周才能出现在基因报告中。
3.6. 我收到了Fast-Track论文的链接，但当我转到链接时，它表明该论文已经策划好了。我该怎么办？
该链接不再可用的原因是您的论文已经由FlyBase馆长或另一个Fast-Track投稿人管理。你不需要采取任何进一步的行动。
3.7. 我使用了一些遗传试剂，但在我的论文中没有研究它们的作用。我只是将它们用作工具（例如，交叉中的可选标记、GAL4驱动程序、FLP诱导克隆）。我应该在FTYP的“基因研究”领域提到这些基因吗？
不，我们只对您研究的基因感兴趣（例如，分析它们在发育中的作用，确定突变表型，或确定它们在何处表达），因此无需为用作工具的遗传试剂添加基因。
3.8. 我向Fast-Track提交了我们最近的手稿，其中我们制作了一个表达人类基因的新转基因。然而，在选择研究的基因时，该系统没有给我选择相应人类基因的选项。我该怎么办？
如果你已经在苍蝇中构建了第一个人类基因的转基因结构，那么还没有关于该基因的FlyBase基因报告。在数据部分（基因选择之前），确保已选中“新转基因”框，并且FlyBase管理员会在做出适当的基因报告后将该基因（和构建物）附加到您的论文中。
3.9. 我想用Fast-Track写我们的论文，但电子邮件请求已发送给另一位作者。我还能填写FTYP吗？
是的，您可以使用电子邮件中提供的原始链接，然后在“联系人”步骤中手动将电子邮件地址更改为您自己的地址。
3.10. 我们填写了FTYP表格，但没有收到任何反馈/消息确认。我们应该再完成一次吗？
当您提交完数据后，我们不会发送确认电子邮件。在流程结束时单击“提交论文”按钮后，您应该会收到“谢谢！”屏幕。所以只要你看到这个页面，你的数据就已经成功输入了。
3.11. 我收到一封电子邮件，要求我提交一份关于我论文的FTYP表格，但我完全忘记了。我的论文结果还会在FlyBase上显示吗？
是的，“快速跟踪您的论文”（FTYP）系统旨在加快策展过程，但如果您的论文与FlyBase相关，即使您没有使用FTYP，最终也会进行策展。如果您在下一篇论文中使用FTYP，我们将不胜感激，因为它为我们节省了宝贵的策展人时间。
4.1. 如何支付FlyBase费用？我可以为我的整个实验室/机构/公司支付费用吗？
请填写FCAG登记表。
4.2. 我是FCAG的现任成员。我已经搬到一所新学校，你能更新我的详细信息吗？
请填写FCAG登记表，以便我们可以在数据库中更新您的信息。
5.FlyBase费用
您可以在以下地址支付FlyBase费用：这个链接。我们还有一个专门的FlyBase费用常见问题解答.请联系我们讨论机构/部门/公司费用。
6.FlyBase人员数据库
6.1. FlyBase人员数据库是否仍处于活动状态？
不，FlyBase人员数据库已退役。
7.基因组浏览器（JBrowse和GBrowse）
7.1. GBrowse是否停产？
是的，不再维护GBrowse，并且在FlyBase版本FB2022_06中将停止GBrowse访问。所有GBrowse曲目和功能现在也可以在JBrowse中使用。请使用J罗兹用于您的查询。你可以看在FlyBase上使用JBrowse视频教程了解更多信息。
7.2. 如何从JBrowse下载FASTA序列？
请在中查找说明这个FlyBase推文。 目前无法从JBrowse下载装饰好的FASTA；但是，您可以使用“基因组位置”部分中的“获取修饰的FASTA”按钮从感兴趣基因的基因报告中下载修饰的FASAT（有关更多信息，请参阅问题8.2）。
8.基因数据
8.1. 如何找到具有特定特征的转基因结构？
请参阅FlyBase上的评论实验工具报告。
8.2如何获得侧翼基因序列？
要获得感兴趣基因的侧翼序列，请转到该基因的基因页面。转到“基因组位置”部分并单击“获得装饰FASTA”链接。您可以指定希望在“其他上游/下游基地”框中显示的侧翼序列数量。 您可以从Genomes:Annotation and Sequence（基因组：注释和序列）部分的Current Relase（当前关系）页面获得包含所有Dmel基因两端2000 bp侧翼的基因区域序列的多个FASTA文件。 文件：dmel-all-gene_extended2000-r6.nn.fasta包含这些序列。还有一个包含所有基因间序列的文件。
8.3. 我注意到针对特定基因的“基因摘要”似乎过时了。我可以提出一个更新的摘要吗？如果可以，如何提出？
欢迎您向我们发送建议的更新。您可以使用我们的联系方式并选择“基因快照”作为邮件的主题。
8.4. 我如何找到一个cDNA，它对应于具有选择性剪接亚型的基因的特定转录物？
您可以在您感兴趣的成绩单的“成绩单报告”中的“cDNA克隆与成绩单一致”部分找到这些信息。您还可以直观地将cDNA和EST与您在JBrowse中感兴趣的抄本进行比较：选择“抄本序列”子标题下的所有曲目，该子标题位于“抄本级别功能”标题下。
9.基因模型和基因组注释
9.1. 我的基因怎么了？它的基因报告说它被撤回了。
由于缺乏支持性证据，基因偶尔会被撤回。更常见的是，一个基因模型可能会与另一个基因合并，或分裂成两个或多个基因。在这种情况下，原始基因被撤回。您可以在撤回基因的报告和合并或拆分产生的基因报告中的“与其他基因的关系”子目（在“基因报告中其他信息”下）中找到撤回基因的命运和/或历史。
9.2. 我正在尝试比较已测序基因组的R6组件和dm3组件之间的坐标，但序列坐标转换器工具不支持将版本3作为输出组件选项。
序列坐标转换器工具允许此选项。UCSC dm3参考序列对应于D.黑腹果蝇基因组，而不是R3组装。
9.3. 我翻译了一个蛋白质的转录本，这个蛋白质与FlyBase显示的不同。为什么会有这种不一致？
你已经在测序的菌株中发现了一个突变基因。迄今为止，FlyBase已经鉴定出64个基因，其中一个突变破坏了编码序列；我们为受影响的抄本提供了一份更正的CDS。这些基因将在相关基因报告“基因模型和产品”部分的“基因模型评论”小节中对突变进行评论。您可以在发行说明，表5：iso-1参考序列中已知破坏性突变的基因。另请参阅这张FlyBase纸。
9.4. 这两个基因映射到相同的基因组坐标，并且具有相同的转录本，但FlyBase表示它们是不同的基因。这怎么可能？
你发现了一对双顺反子基因，其中有两个不同的蛋白质编码区，转录本重叠。双顺反子基因对可以包括编码两个基因的CDS的双顺反式转录子，以及仅编码一个受影响基因的CDS的单顺反式抄本。这些基因将在相关基因报告“基因模型和产品”部分的“序列本体：基因类”小节中有一个gene_with_dicistronic_mRNA SO条目。你可以在FlyBase论文中找到更多关于双顺反子基因和其他异常注释案例的信息“基因模型注释黑腹果蝇：规则制定者”。
9.5. 这个转录本的一部分在正链上，另一部分在负链上。有错误吗？
你已经发现了一个带有转分裂转录本的基因。这些基因将在相关基因报告的“基因模型和产品”部分的“序列本体：基因类”小节中有一个gene_with_trans_spliced_transcript SO条目。你可以在FlyBase论文中找到更多关于转剪接基因和其他异常注释案例的信息“基因模型注释黑腹果蝇：规则制定者”。
9.6. 该转录物编码的蛋白质不包括ORF中的第一个ATG/延伸到终止密码子之外/不以AUG密码子开始。
FlyBase中记录了许多特殊的基因模型注释。这些例外情况得到了多物种保护、蛋白质预测算法和/或已发表实验证据的有力支持。每个例外情况将在相关基因报告“基因模型和产品”部分的“基因模型评论”小节中有一个澄清性评论，和/或在相关基因报道“基因模型与产品”部分中的“序列本体：基因类”小节中的一个信息性SO术语。您可以在FlyBase论文中找到有关例外注释案例的更多信息“基因模型注释黑腹果蝇：规则制定者”。
9.7. 注释版本号意味着什么？
D.黑腹果蝇注释编号结合了BDGP参考基因组组件发布编号和该参考基因组组件的FlyBase注释发布编号，以小数分隔。例如，FlyBase 2022_05版本包括r6.48D.黑腹果蝇注释集（参考基因组组装版本6的第48个注释集）。您可以通过从每个FlyBase页面顶部蓝色导航栏的“关于”部分中选择“发行说明”来找到注释编号。注意：FlyBase注释编号与NCBI版本号没有任何关联。
9.8. 生产了哪些参考基因组组件D.黑腹果蝇?
D.黑腹果蝇已经有6个BDGP生产的参考基因组组合。Release_1和Release_2是Celera全基因组鸟枪（WGS）组件，而Releases_3、_4、，5和6都是经过高度修饰的BDGP BAC拼接阵列组件（除了中心异染色质的不合作部分和少量其他包含高度重复序列的较大区域，如组蛋白基因簇）。由于Release_1和Release_2的WGS性质，实际上不可能为这些版本生成到releases_3、_4、_5或_6的坐标转换器。
9.9。FlyBase/GenBank/BDGP装配坐标如何与UCSC坐标相关？我在哪里可以找到dm3基因组组装D.黑腹果蝇?
UCSC提供的另一种“dm”编号系统有时被用于指代BDGP参考基因组组合的释放，经常引起混淆。“dm”编号与BDGP版本的对应关系如下。dm1=版本3dm2=版本4dm3=版本5dm6=版本6
9.10. 我如何提交对基因组序列的修正D.黑腹果蝇?
这个D.黑腹果蝇参考基因组组装由BDGP生成，并代表使用测序菌株的特定组装产品。对该参考组件进行修正不属于FlyBase的权限范围。然而，FlyBase可以对基因和转录本注释进行必要的更正-只需联系我们。
9.11事件。我如何提交对基因模型的修正D.黑腹果蝇?
如果更正（例如，新的剪接亚型、新的TSS）与已发表的论文相关，请使用快速追踪您的论文工具，并在“基因组注释数据”下，勾选与转录/多肽结构变化相关的框。否则，请通过联系我们FlyBase接触表-我们可以合并数据并将其归因于个人通信。
9.12. FlyBase转录本注释与NCBI RefSeq注释相比如何D.黑腹果蝇?
NCBI RefSeq成绩单注释D.黑腹果蝇直接从每年提交给GenBank的FlyBase中提取。UCSC基因组浏览器反过来使用NCBI RefSeq注释（来自FlyBase）。EBI信号群D.黑腹果蝇直接从FlyBase获得。因此，FlyBase是D.黑腹果蝇大多数网站都提供了成绩单注释。
9.13. 为什么所有理论上可能的基因转录本都没有注释？FlyBase如何决定要注释哪些抄本？
有关FlyBase基因注释过程的解释，请参阅FlyBases论文“基因模型注释黑腹果蝇：高通量数据的影响”。
9.14. 注释版本号意味着什么？
BDGP基因组组装使用“Release_#”符号表示。FlyBase发布符号中的小数是指FlyBase生成的附加到该组件的注释集；例如，2019年4月的版本是release_6.27。请注意，特征坐标只会随着新的发布部件而更改。如果需要有关当前部件和当前注释集的信息，应查看FlyBase发布说明，打开标题为“黑腹果蝇（R#.##）”。 D.黑腹果蝇已经有6个由BDGP生产的基因组组合。Release_1和Release_2是Celera全基因组鸟枪（WGS）组件，而Releases_3、_4、，5和6都是经过高度修饰的BDGP BAC拼接阵列组件（除了中心异染色质的不合作部分和少量其他包含高度重复序列的较大区域，如组蛋白基因簇）。由于Release_1和Release_2的WGS性质，实际上不可能为这些版本生成到releases_3、_4、_5或_6的坐标转换器。 这个D.假遮蔽第3版组件由贝勒HGSC生产，是对第1版和第2版组件的改进。FlyBase中其他测序果蝇物种的组件是作为同一项目的一部分生产的初始冷冻CAF1组件。有关更多信息，请访问拟暗果蝇基因组项目现场。
9.15. 如何将一个基因组释放的坐标转换为另一个？
您可以使用FlyBase序列坐标转换器用于将坐标从版本3、4或5转发到版本4、5或6的工具。该页面上有一个工具链接，该工具提供从版本6到版本5的反向转换。不存在用于从BDGP/FlyBaseGenBank版本1或2迁移的工具。
9.16. 我如何提交对果蝇以外物种的基因组序列或基因模型的修正D.黑腹果蝇?
“其他”果蝇物种（除D.黑腹果蝇)现在由NCBI管理(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse网站#/概述/果蝇,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geneme/annotation_euk/). 如果您有新的或更可靠的序列数据，我们建议您将序列提交给GenBank。然后，您可以向我们发送一份带有登录号和描述的个人通信。我们将在受影响的基因记录中添加该通信和登录号，以便FlyBase的其他用户可以从您改进的数据中受益。 对于基因模型，如果你已经测序了一个cDNA，你应该将该序列提交给GenBank。我们有一个来自NCBI的自动管道，用于处理cDNA数据。登录号将被纳入基因报告和JBrowse上显示的比对。 如果您没有测序的cDNA，但通过其他方式确定了建议的更正，则可以将其作为TPA（第三方注释）提交给GenBank。同样，在这种情况下，我们希望您能提供包含登录号和错误描述的个人通信。 如果您的更正无法通过任何这些途径适当提交给GenBank，我们将接受它作为个人通信，但这并不可取。该序列将无法通过BLAST或其他查询获得，也不会在JBrowse中显示为对齐。
9.17. 在哪里可以找到旧基因组集合的FlyBase数据？
FlyBase将为我们的FlyBase FTP站点这包括用于几乎所有过去版本的FASTA和GFF，以及用于Release 6（dm6）版本的GTF文件。您可以在每个FlyBase页面顶部的蓝色导航栏中找到FTP存档版本的链接-单击“下载”，然后选择“版本（FTP）”。 我们的存档的数据页面；您可以在每个FlyBase页面顶部的蓝色导航栏中找到存档数据页面的链接-单击“下载”，然后选择“存档数据”。 因此，例如，从Archived Data（存档数据）页面，可以在已退役的release 5（dm3）D.melanogaster genone组件上查找最终FlyBase发布的日期，即FB2014_03（2014年5月，Dmel release 5.57）。然后，可以在FTP存档站点上查找FB2014_03版本的存档数据。
10.基因名称/重命名
10.1. FlyBase何时（在什么情况下）考虑更改指定的基因名称？
我们通常对进行更改持保守态度，尤其是当符号/名称在文献中被广泛使用时，所以决策是根据具体情况做出的。如果相关社区显然倾向于使用与FlyBase中当前符号/名称不同的符号/名称，我们将考虑更改它。这一决定可以通过在已发布的文献中首选使用替代符号/名称来做出，也可以通过发布报告或直接与我们联系以进行预期更改的相关方来做出。我们还将考虑符号不准确/具有误导性、与不同基因的符号过于相似、在某些方面具有冒犯性或使基因家族内的命名合理化的变化，等。。请参阅我们的命名指南在这里。
11.工作公告
11.1. 我想在FlyBase上发布一份工作；我该怎么做？
您可以在FlyBase论坛中发布职位，您可以通过单击Fly Base主页外部资源侧栏“会议/课程/工作”选项卡下的“可用职位”图标来访问该论坛。
12.会议和课程
12.1. 我正在组织一个果蝇会议。如何将此会议添加到果蝇会议页面？
会议公告现在在Fly Research Portal上发布，您可以通过FlyBase主页左侧边栏中的“会议课程”图标访问该门户。请使用Fly Research Portal Events页面底部的链接提交您的活动。
13.术语
13.1. 我发现了一个基因，并想给它命名。对此有什么FlyBase指南吗？
是的，有。请参阅我们的命名指南在这里。我们建议在论文中提及唯一的FlyBase标识符（FBgn#）和新名称。
14非素食者物种
14.1. 我找不到我最喜欢的基因模型或基因组组装信息非黑食肉动物果蝇类。那个信息怎么了？
FlyBase停止支持其他物种的基因模型注释和基因组组装信息黑腹果蝇在Flybase版本FB2018_06中。
NCBI接管了非黑腹果蝇注解的维护工作，可在以下网址找到：NCBI上注释的真核基因组“昆虫”项下列出了40个果蝇基因组。对于列出的每个注释基因组，有文件下载（FTP）、BLAST（B）、注释报告（AR）和基因组数据查看器（GDV）选项。在GDV中，有一个“搜索集合”框，它似乎可以识别至少一些黑腹果蝇基因名，并导航到该物种的直系同源基因：例如wg、dpp，但不是CG46525或CG46525。NCBI基因组浏览器的另一个入口点是使用顶部菜单中“更多工具”选项下的“BLAST基因组”选项。例如，您可以使用FlyBase序列下载器工具，然后针对您选择的非黑食肉动物基因组进行BLAST。这将生成BLAST搜索的“RID”，然后在基因组浏览器左侧的“BLAST”下拉菜单中可见。
15.单细胞RNA测序数据
第15.1条。我已经完成了一项即将发表的scRNAseq研究。我应该做什么来确保数据集到达FlyBase？
您唯一需要做的就是在公共数据存储中提供原始数据文件，例如NCBI的基因表达总览或EMBL-EBI的ArrayExpress——正如你可能知道的那样，大多数期刊在发表一项报告高通量测序方法结果的研究时都已经需要这种方法。一旦你的论文发表，它将被我们的scRNAseq馆长自动挑选出来，如果相关的话，他们会联系你要求你的细胞类型注释。
16.参考FlyBase
16.1. 我可以在出版物/海报中使用FlyBase徽标吗？
除非是为了商业利益，否则允许使用FlyBase标志。请使用本指南关于引用FlyBase。
16.2. 我从FlyBase中检索到一些出版物信息，想知道如何在我的出版物中引用Fly Base。有什么我可以遵循的准则吗？
是的，有。请使用本指南关于引用FlyBase。
17.股票
17.1条。我想向布卢明顿果蝇库存中心捐赠一些苍蝇。这是什么程序？
请联系BDSC直接地位于（印第安纳州DOT edu的flystock）。
17.2. 如何获得FlyBase中列出的股票？我可以从FlyBase订购该库存吗？
FlyBase不分销飞行库存。请联系提供您感兴趣的航班的库存中心；FlyBase库存报告在报告底部包含指向相关库存中心订单的链接。您还可以找到库存中心列表在这里。
17.3. 我从FlyBase获得了一只股票，我发现了一些社区应该知道的关于该股票的信息。我能做什么？
请使用向我们发送个人通信FlyBase接触表。如果您的数据确实与苍蝇社区相关，则会将其添加到该种群的报告页面。 请注意，FlyBase不分销股票，我们只提供有关股票的信息。如果你怀疑你得到的股票不是你期望的（例如，与要求的不同的等位基因），你应该直接联系你从那里获得股票的股票中心。
18.出版前提交数据
18.1我有一份预印本。我应该等待论文在同行评议的期刊上发表，还是可以向FlyBase提交一些信息？
如果你打算提交你的数据进行同行审查并在期刊上发表，那么是的，最好在向FlyBase添加任何信息之前等待这一情况发生。这样，我们就知道我们正在管理最终数据集（在同行审查和任何添加/更正等之后），并可以将信息归于最终发布的帐户。
18.2我有一些实验数据，但我不打算发表。我可以将这些数据提交给FlyBase吗？
是的，我们有办法合并未发布的数据。请给我们发一封包含信息的电子邮件，以便我们决定是否将其作为“个人通信”添加到FlyBase中。您可以通过QuickSearch References选项卡查询查看适合个人通信的数据类型：将Year字段设置为过去3年的范围，将Publication类型设置为“personal communication to FlyBase”。可以找到有关提交个人通信的其他信息在这里。您还可以考虑您的数据是否适合在https://www.micropublication.org。
19.旧版本的数据
19.1. 如何访问旧版本中的数据？
FlyBase每个版本的所有数据都可以通过我们的FTP服务器获得(https://ftp.flybase.org/releases网站；https://ftp.flybase.org/genemos网站). 我们的存档的数据页面；可以在每个FlyBase页面顶部的蓝色导航栏中找到存档数据页面的链接-点击“下载”，然后选择“存档数据”。使用FTP存档Wiki页面旨在帮助用户更加熟悉FTP文件，以便他们能够找出如何重述在整个网站上进行的搜索。
20.如何。。。？
20.1. 如何下载产生致死表型的所有隐性等位基因的批量数据表（指定FlyBaseID、相关基因、等位基因类和表型类）？
FlyBase主页上的快速搜索>表型>表型类别：致死（如果您对部分致死的等位基因/基因也感兴趣，请使用“发育期间死亡率增加”术语）>精炼：隐性>搜索>导出>ID列表（下载） FlyBase主页>批量下载>粘贴下载的ID>数据源：报告字段>将结果发送至：文件>下一步>检查“相关基因”、“等位基因类”和“表型类”>获取字段数据
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