FB2024_02型 2024年4月23日发布
FB2024_02发行说明
通用FlyBase FB2024_02统计
FlyBase中的引用数
241488
研究论文数量
117266
到FlyBase的个人通信数量
7782
苍蝇种群数量
167405
飞行图像数量
1258
注释源

基因模型注释黑腹果蝇蛋白质编码和非蛋白质编码基因由FlyBase手动注释(请参见FBrf0229216号).miRNA注释来自miRBase(参见FBrf0220601型).

FlyBase不再反映非-黑腹果蝇果蝇种类。有关这些基因模型注释的状态,请参阅NCBI页面NCBI上注释的真核基因组.FlyBase存档版本FB2017_05型包括为这些物种导入FlyBase的最后一次NCBI注释更新。

黑腹果蝇(R6.57)
统计
基因记录
32151
基因组中的基因
17873
基因不在基因组中
14278
等位基因
221450
定位基因的等位基因
212801
未定位基因的等位基因
8649
像差
21461
不足之处
8770
映射端点的不足
2501
转置元件插入
218531
映射到序列的插入
72118
注释发布6.57
上一版本的更改摘要
新基因模型
0
恢复基因模型
0
删除的基因模型
0
合并基因模型
0
分裂基因模型
0
复杂组合
0
带注释的基因模型
带注释的基因模型
计数
平均大小
最长的
最短的
更改
基因
17873
5753
1965857
30
0
蛋白质编码基因
13986
6956
1965857
162
0
蛋白质编码转录本
30802
2889
71382
152
0
5'未翻译区域
28571
196
5416
1
0
3'未翻译区域
21861
504
18494
1
0
外显子(蛋白质编码)
77850
539
28074
1
-1
内含子(蛋白质编码)
58665
1711
268107
23
0
独特的多肽
22282
694
22949
9
0
rRNA基因
115
463
8118
30
0
rRNA
115
463
8118
30
0
tRNA基因
312
75
186
62
0
tRNA
312
73
87
62
0
snRNA基因
32
168
444
71
0
snRNA
32
168
444
71
0
snoRNA基因
269
119
316
46
0
snoRNA
270
119
316
46
0
miRNA基因
262
91
174
50
0
微小RNA
485
22
29
18
0
长非编码RNA基因
2557
1978
239347
31
0
长的非编码RNA
3060
1093
21216
31
0
长非编码RNA外显子
4450
697
21216
6
0
长的非编码RNA内含子
1590
2252
158159
42
0
假基因
339
973
13559
30
0
测序菌株中存在的可转座元件
5896
1573
66001
1
0
带注释的重复区域
9450
其他注释基因特征
映射核苷酸变化
带注释的基因特征
计数
更改
总定位核苷酸变化
25531
226
像差结
9957
18
复代换
70
0
删除
5538
67
插入位置
2745
103
点突变
6843
35
序列变量
70
0
TE目标站点复制
0
0
核苷酸序列的无特征变化
54
0
插入
254
映射的监管要素
带注释的基因特征
计数
更改
总映射监管元素
423708
19664
增强剂
0
0
poly A站点
106698
0
蛋白质结合位点
1404
0
监管区域
58283
19662
救援碎片
877
2
复制的起源
8062
0
消音器
0
0
绝缘体
7684
0
转录因子结合位点
240700
0
映射的试剂特征
带注释的基因特征
计数
更改
转座元件插入位点
72118
8
微阵列放大器
14095
0
美国银行
50389
0
dsRNA扩增子(体外)
68437
0
dsRNA扩增子(体内)
48141
54
报告者构造
48793
0
短导向RNA
16325
150
寡核苷酸
495232
6
对齐的证据特征
核苷酸对齐
带注释的基因特征
算法
计数
更改
D.melanogaster cDNA插入物
挥霍
22360
0
D.melanogaster EST公司
sim4,打印
671275
0
其他黑腹食肉动物DNA序列
sim4串联,拼接
15768
1
基因预测
注释基因特征
算法
计数
更改
BATZ对比度
对比度
14218
0
BATZ对比度NA
对比度
13585
0
CONGO外显子
刚果(金)
40543
0
DGIL快照
SNAP(快照)
19630
0
DGIL快照同源性
SNAP(快照)
22936
0
NCBI指示灯
格诺蒙
19719
0
RGUI基因
通用1.2
12385
0
RGUI基因u12
通用1.2
12716
0
蛋白质排列
带注释的基因特征
算法
计数
更改
D.melanogaster蛋白
Prosplign公司
60247
5
其他蛋白质
Prosplign公司
6571523
96777
翻译核苷酸对齐
带注释的基因特征
算法
昆虫EST
WU-tblastx 2.0版
冈比亚按蚊基因组学
WU-tblastx 2.0版
D.假遮蔽基因组学
WU tblastx 2.0版
Release 6序列组件

更新日期:2014年9月11日

表1:BDGP概述黑腹果蝇版本6黑腹果蝇基因组组装。
当前版本Dmel_释放_6
数据提供程序
序列菌株
iso-1标准
可用苍蝇:
55个已知突变(见下表5)
布卢明顿:2057
DGRC京都:106641
3个可能是多态的已知重复(见下表6)
BAC克隆可用:
CHORI BPRC公司
发布日期2014年7月21日(FlyBase,核基因组组装)
2014年7月25日(GenBank,RefSeq)
出版物第6版参考基因组组装,Hoskins等人,2015年
FlyBase功能迁移至Release 6,dos Santos等人,2015年
其他信息BDGP自述文件(准备中)。
NCBI加入版本6和MT
RefSeq程序集:GCF_ 000001215.4*
生物项目:项目编号13812
程序集统计信息
  • 总序列长度=143726002 bp。
  • 总间隙长度=1152978 bp。
    • 471585 bp来自主要染色体支架的大小间隙。
    • 18800 bp,来自主要染色体支架上的188个未大小的缺口。
    • 662593 bp,来自小型脚手架中的大小间隙和非大小间隙。
  • 脚手架总数=1870。
  • 七个染色体臂(加上线粒体基因组*):X、2L、2R、3L、3R、4和Y。
  • 绝大多数序列,137.6Mbp,存在于七个色质体臂上。
  • 1862个“未缩放”的小支架包括在内,其中884个已在细胞学或遗传学上映射到染色体:X、2CEN、3CEN、Y、XY和rRNA**
与版本5相关的主要更改
  • 第6版增加了4.2 Mbp(4240621 bp)。
  • 总间隙长度减少了1.5 Mbp。
  • 大多数新序列(13.5Mbp)已添加到染色体臂支架的异色区域,其中10.0Mbp来自BDGP Release 5支架XHet、2LHet、2RHet、3LHet、3RHet和U。
  • 染色体Y支架得到了极大的改进,在3.1 Mbp的速率下,其体积增大了10倍。
  • 大多数间隙都在组件的异色区域中。
  • 1862个小型脚手架取代Release 5连接假脚手架(例如,U)。
  • 48个小型脚手架已从版本5修改;它们的名字表示它们的映射(例如2集装箱脚手架_10_D1684)。剩下的1814个“未修改的”次要脚手架具有数字标识符,如2110000。。。
  • 版本5中的所有片段基因注释都已解决,这主要是由于Y和3R支架的改进。
*Dmel R6.01(FB2014_04)中的组装更新仅针对核基因组,包括旧的线粒体基因组。在更新的FB2015_01(Dmel R6.04)中,旧的线粒体参考基因组装配被iso-1测序菌株的装配所取代。
表2:BDGP Release_6组件的详细信息
染色体臂支架
脚手架长度(bp)大小
差距
尺寸间隙的总长度(bp)未调整大小
差距***
加入
(GenBank,RefSeq)
与版本5的比较*
X(X)23,542,271465,5206AE014298.5,NC_004354.4
  • 与r5 X+XHet相比,净增益为0.9Mb:在脚手架末端最多。
  • X序列中央15.4 Mb不变:r5:X:4684794..20073489映射到r6:X:4790761..20179456。
  • 脚手架开始时添加了大约103.6 kb的新序列(从r5脚手架U开始,增加14.1 kb)。
  • 在支架末端附近添加了1 Mb的新序列,其中分别来自r5支架U和XHet的208.9 kb和204.1 kb。
2升23,513,712002AE014134.6,NT_033779.5
  • 与r5 2L加2LHet相比,净增益为133.3 kb:均在脚手架末端。
  • 2L脚手架的初始21.5 Mb不变:r5:2L:1..21485538映射为r6:2L:1.21485538。
  • 末端的新序列包括分别来自r5支架2LHet和U的293.3kb和40.2kb。
2小时25,286,936160007AE013599.5,NT_033778.4
  • 与r5 2R加2RHet相比,净增益为0.9Mb:在脚手架开始时最大。
  • 2R序列中央16.7 Mb不变:r5:2R:3036..16668212映射到r6:2R:4115531..20780707。
  • 开始时的新序列包括来自r5支架2RHet和U的2.3 Mb和987.3 kb。
3升28,110,2274117660个5AE014296.5,NT_037436.4
  • 与r5 3L加3L Het相比,净增益为1.0 Mb:均在脚手架末端。
  • 最初的24.5Mb 3L序列没有改变,只是一个未调整大小的间隙现在大小为7kb:r5:3L:1..24523740映射到r6:3L:1.24530640。
  • 最后的新序列包括来自r5支架3LHet、2RHet和U的2.3 Mb、328.2 kb和150.2 kb。
3R公司32,079,331922,77218AE014297.3,NT_033777.3
  • 与r5 3R加3RHet相比,净增益为1.7 Mb:均在脚手架开始时。
  • 3R序列的最后27.9 Mb不变:r5:3R:1.27905053映射到r6:3R:4174278..32079331。
  • 最后的新序列分别包括来自r5脚手架3RHet和U的2.2 Mb和1.0 Mb。
41,348,131117,0000AE014135.4,NC_004353.4
  • 与r5脚手架4相比,净损失为3.7 kb。
  • 更换r5脚手架开始:移除24.1 kb的序列(一些移到r6 3R、X和Y),并从r5脚手架U更换为3.4 kb。
  • 更改r6脚手架4的起点完成贾尔帕基因注释。
  • 其余序列不变,但r5中未调整大小的间隙现在大小为17kb。
 
Y染色体支架
脚手架长度(bp)大小
差距
尺寸间隙的总长度(bp)未调整大小
差距
加入
(GenBank,RefSeq)
与版本5的比较*
3,667,35261242,633150CP007106.1,NC_024512.1
  • 与r5 YHet相比,净收益为3.3 Mb:增长了10倍以上。
  • 从r5支架YHet携带232.3kb。
  • 新序列包括来自r5支架U和3LHet的702.5 kb和84.2 kb。
 
线粒体支架
脚手架长度(bp)大小
差距
尺寸间隙的总长度(bp)未调整大小
差距
加入
(GenBank,RefSeq)
与版本5的比较*
M(M)19,524000KJ947872.2、NC_024511.2
  • 来源于iso-1测序菌株。
 
小型脚手架组(单个小型脚手架的完整列表)**
无序脚手架组脚手架数量总规模(bp)总间隙大小(bp)未调整大小
差距
评论*
X(X)4461,005,34572,9150
2CEN(欧洲标准化委员会)28222,87360,0731
  • 染色体2着丝粒。
3CEN标准144729,96641,42910
  • 第3染色体着丝粒。
199860,22363,08124
XY公司66209,5418061
rDNA176,97316,5000
  • GenBank接入CP007120.1。
未映射9783,053,597402989年11
  • 与r5假支架U相比,由于序列移动到染色体臂或映射的支架组,净损失为7.0Mb。
  • 现在由单独的脚手架表示,而不是串联的伪脚手架。
*推导了从释放5到释放6脚手架的顺序移动来自对FlyBase r5-r6升降台它来自NCBI映射信息。
**X、2CEN、3CEN、Y、XY和rDNA组的支架在细胞学或遗传学上被定位到染色体上,如中所述He等人,2012年.
表3:BDGP Release 6组装体的染色体臂支架中的已知间隙*
脚手架GenBank接入间隙间隙类型评论
X(X)AE014298.5号十: 21907216..21907315无尺寸的
X(X)AE014298.5号十: 22260555..22260654无尺寸的
X(X)AE014298.5号十: 22281173..22281192调整大小
X(X)AE014298.5号十: 22282924.22314923调整大小
X(X)AE014298.5号十: 22317805.22349804调整大小
X(X)AE014298.5十: 22354229…22354328无尺寸的
X(X)AE014298.5号十: 23020992..23021091无尺寸的
X(X)AE014298.5号十: 23321166..23321265无尺寸的
X(X)AE014298.5号十: 23356568..23358067调整大小
X(X)AE014298.5号十: 23473919…23474018无尺寸的
2升AE014134.6号2L:21485539..21485638无尺寸的组蛋白基因簇**
2升AE014134.6号2L:22420242..22420341无尺寸的
2小时AE013599.5号2R:4369..4468无尺寸的
2R型AE013599.5号2R:24427..24526无尺寸的
2R型AE013599.5号2R:416885..422884调整大小
2R型AE013599.5号2R:748932..749031无尺寸的
2R型AE013599.5号2R:1472351..1472450无尺寸的
2R型AE013599.5号2R:1826184..1826283无尺寸的
2R型AE013599.5号2R:3759568..3759667无尺寸的
2R型AE013599.5号2R:20780708..20780807无尺寸的
3升AE014296.53L:5107767..5114766调整大小通过光学测绘估计为7 kb。
3升AE014296.5号3L:24592985..24593084无尺寸的
3升AE014296.5号3升:24637106.24637205无尺寸的
3升AE014296.5号3L:26400915..26401014无尺寸的
3升AE014296.5号3L:26404000..26406999调整大小
3升AE014296.5号3L:26882322..26936121调整大小
3升AE014296.5号3L:26952526..27006385调整大小
3升AE014296.5号3L:27015780..27015879无尺寸的
3升AE014296.5号3L:27549161..27549260无尺寸的
3R公司AE014297.3号3R:27271..27370无尺寸的
3R公司AE014297.3号3R:30825..30924无尺寸的
3R公司AE014297.3号3R:44500..50290调整大小
3R公司AE014297.3号第三版:52605.52704无尺寸的
3R公司AE014297.3号3R:122626..122725无尺寸的
3R公司AE014297.3号3R:168640..168739无尺寸的
3R公司AE014297.3号3R:169034..172514调整大小
3R公司AE014297.3号3R:189146..189245无尺寸的
3R公司AE014297.3号3R:268539..268638无尺寸的
3R公司AE014297.3号3R:304890..304989无尺寸的
3R公司AE014297.3号3R:1461766..1461865无尺寸的
3R公司AE014297.3号3R:2409542..2409641无尺寸的
3R公司AE014297.3号3R:2446427..2446526无尺寸的
3R公司AE014297.33号:2488684.2488783无尺寸的
3R公司AE014297.3号3R:2492821..2494720调整大小
3R公司AE014297.3号3R:2498073.2499972调整大小
3R公司AE014297.3号3R:2515633..2516632调整大小
3R公司AE014297.3号3R:2519339..2520338调整大小
3R公司AE014297.3号3R:2522592..2522691无尺寸的
3R公司AE014297.3号3R:2527792..2530091调整大小
3R公司AE014297.3号3R:2536032..2539431调整大小
3R公司AE014297.3号3R:2543863..2543962无尺寸的
3R公司AE014297.3号3R:3033775..3033874无尺寸的
3R公司AE014297.3号3R:3169915..3170014无尺寸的
3R公司AE014297.3编号:4009645.4011644调整大小
3R公司AE014297.3号3R:4012025..4012124无尺寸的
3R公司AE014297.3号第三版:4174179.4174278无尺寸的
4AE014135.4号4:1,200,663..1,217,662调整大小通过光学测绘估计为17 kb。
*在基因组组装序列中,未确定大小的缺口由100个Ns序列表示。
**5 kb组蛋白重复单元约100个拷贝的约20个拷贝存在于版本6 AE014134.6脚手架中。
表4:BDGP第6版主要染色体臂支架中异染色质的位置
脚手架表观基因组边界*细胞基因组边界**美国银行**
X(X)21368973至2295816422,628,490BACR08A09标准
2升21090000至2217000022,000,975BACR10I13型
2R型5692495至66124955,398,184BACR02D22公司
3升22256900至2302690022,962,476BACR17M18型
3R公司未定义4,552,934BACR15E02型
*H3K9me2组蛋白修饰水平突变的位置ChIP-ChIP在细胞系、胚胎、幼虫和成人头部中鉴定出。显示了不同样本中过渡位置的范围。在某些情况下,没有观察到基于H3K9me2的边界。参见的表1和图3Riddle等人,2011年.
**常染色质-异染色质边界显示由有丝分裂染色体的FISH定义使用BAC衍生探针的三龄幼虫成神经细胞,与为有丝分裂染色体(带h1-h61)。边界对应于所示BAC的远端,异染色质暂时定义为靠近这些边界(,更靠近着丝粒)。注意,从常染色质到异染色质的转变是渐进的,细胞学图谱的分辨率约为100kb。有关更多信息,请参见的图8和表1Hoskins等人,2002年.
表5:iso-1参考序列中已知破坏性突变的基因*
基因符号基因ID批注ID阿勒关于突变的信息
α4GT2FBgn0039378号CG5878号α4GT21测序菌株中的突变:插入转座子。
附件CFBgn0041579号CG4740型附件Ciso-1标准序列菌株中的突变:缺失;第一外显子8bp缺失。
体重FBgn0000241号CG17632号体重1测序菌株中的已知突变:复杂;多个帧内停止。
Cby公司FBgn0067317号CG13415号抄送iso-1标准序列菌株中的突变:移码(-2)。
CG2528型联邦银行账号0032969CG2528型CG2528型iso-1标准序列菌株的突变:插入转座子;转录似乎在roo转座子内终止,或者转录物拼接不当。
CG3894号FBgn0035059号CG3894号CG3894号iso-1标准序列菌株的突变:插入转座子;许多EST对应于未剪接的替代转录物,其具有转座子序列的通读。
CG4892型FBgn0028884号CG4892型CG4892型iso-1标准序列菌株中的突变:移码(-1)。
CG7963型FBgn0037584号CG7963型CG7963型iso-1标准序列菌株中的突变:复合物;多个指数。
CG8642号FBgn0033312号CG8642号CG8642号等位异构体-1测序菌株突变:移码-2氨基酸78/79处的移码。
CG9812号FBgn0034860型CG9812号CG9812号iso-1标准菌株突变:过早停止(无义突变);胞嘧啶残基在2R:23413037突变为腺嘌呤。
CG9897号FBgn0034807号CG9897号CG9897号iso-1标准序列菌株突变:移码(+1)。
CG11891号FBgn0039309号CG11891号CG11891号iso-1标准测序菌株中的突变:复杂。
CG11951型FBgn0039656号CG11951型CG11951型iso-1标准序列菌株中的突变:缺失;251-bp删除。
CG12224号FBgn0037974号CG12224号CG12224号iso-1标准序列菌株中的突变:缺失;第一外显子7-bp缺失。
CG13749号FBgn0033353号计算13749计算13749iso-1标准测序菌株中的突变:编码序列中的10bp缺失。
CG14088型FBgn0036858号CG14088型CG14088型等位异构体-1序列菌株中的突变:移码。
CG14499型FBgn0034317号CG14499型CG14499型iso-1标准序列菌株中的突变:缺失(-5)。
CG14907号FBgn0038455号CG14907号CG14907号iso-1标准序列菌株中的突变:移码(-1)。
CG17267号FBgn0038821号CG17267号CG17267号iso-1标准序列菌株中的突变:移码。
CG18787号FBgn0042125号CG18787号CG18787号iso-1标准菌株突变:过早停止(无意义突变)。串联复制内;CG18789的副本。
CG31013号FBgn0051013号计算31013计算31013iso-1标准菌株突变:过早停止(无意义突变)。
CG33267号FBgn0053267号CG33267号CG33267号等位异构体-1测序菌株中的突变:插入转座子。
CG33282号FBgn0053282号CG33282号CG33282号iso-1标准测序菌株突变:外显子3提前终止。
CG33301型FBgn0053301号CG33301型CG33301型iso-1标准菌株突变:过早停止(无意义突变)。
CG33346号FBgn0053346号CG33346号CG33346号iso-1标准菌株突变:过早停止(无意义突变)。
CG33511号FBgn0053511号CG33511号CG33511号iso-1标准测序菌株突变:aa 362无义突变。
CG33632号FBgn0053632号CG33632号CG33632号等位异构体-1菌株突变:过早停止(无意义突变)。
CG33964号FBgn0053964号CG33964号CG33964号iso-1标准序列菌株中的突变:缺失;以GM20958为代表的功能性等位基因。
CG34308号FBgn0085337号CG34308号CG34308号iso-1标准测序菌株的突变;移帧(-1)。
CG42335号FBgn0259237号CG42335号CG42335号iso-1标准序列菌株的突变:插入转座子;转录终止于mdg1转座子。
CG42364号FBgn0259710号CG42364号CG42364号iso-1标准菌株突变:起始密码子发生单碱基变化。
CG42395号FBgn0259741号CG42395号CG42395号iso-1标准测序菌株中的突变:插入转座子。
CG42566号FBgn0260768号CG42566号CG42566等位异构体-1序列菌株的突变:移码-2R处的2移码:22662946。
CG43092型FBgn0262538号CG43092型CG43092型等位异构体-1测序菌株中的突变:23-bp缺失。
CG46042型FBgn0267709号CG46042型CG46042型iso-1标准序列菌株中的突变:缺失;26-nt删除。
CHKov1型FBgn0045761号CG10618号CHKov1型文件1420序列菌株的突变:插入转座子;野生型菌株中分离的插入等位基因。
中国FBgn0000337号CG1555型中国1测序菌株中的已知突变:3'末端缺失。
Cyp6a14细胞FBgn0033302号CG8687号Cyp6a14细胞iso-1标准序列菌株突变:氨基酸74处-2移码。
Cyp6a16细胞FBgn0031726号CG7249号Cyp6a16细胞iso-1标准测序菌株突变:缺失;编码区内11bp缺失。
Cyp6a20细胞FBgn0033980号CG10245号Cyp6a20细胞iso-1标准测序菌株突变:外显子1移码。
塞浦路斯6a9FBgn0013771号CG10246号Cyp6a9细胞iso-1标准序列菌株的突变:起始密码子的单碱基改变;起始密码子的G到A转换。
FucTC公司FBgn0044872号CG40305号FucTC公司iso-1标准测序菌株突变:外显子1移码。
22b级FBgn0045500号CG31931号22b级iso-1标准菌株突变:过早停止(无意义突变)。
22d级FBgn0045498号CG31930型22d级iso-1标准测序菌株的突变;移码突变。
GstD5型FBgn0010041号CG12242号GstD5型等位异构体-1菌株突变:过早停止(无义突变):全长CDS序列可从FBrf0058802中获得。
Ir10a公司FBgn0083979号CG34143号Ir10a公司iso-1标准序列菌株中的突变:缺失;外显子2缺失31bp。
Ir60e型FBgn0035019号CG13592号Ir60e型iso-1标准菌株突变:过早停止(无意义突变)。
Ir67a公司FBgn0036010型CG12525型Ir67a公司iso-1标准菌株突变:过早停止(无意义突变)。
Ir93a公司FBgn0259215号CG42315号Ir93a公司等位异构体-1测序菌株中的突变:插入转座子。
凝集素-28CFBgn0040099号CG7106型凝集素-28Ciso-1标准序列菌株中的突变:缺失;编码区内28-bp删除。
MstProx公司FBgn0015770型CG1149号MstProx公司等位异构体-1菌株突变:过早停止(无意义突变)。
百万吨位FBgn0053192号CG33192号百万吨位OreR公司菌株突变:过早停止(无意义突变)。
国家统计局FBgn0261530号CG6754号美国国家广播公司iso-1标准测序菌株的突变;相对于其他果蝇物种,第二内含子剪接供体的G到A突变。可以使用替代的下游剪接供体。
Or85e公司FBgn0026399号CG9700系列Or85e公司iso-1标准序列菌株中的突变:缺失;在3'端截断。
Or98b公司FBgn0039582号CG1867号Or98b公司iso-1标准测序菌株突变:外显子2移码(-1)。
OSCP1公司FBgn0033685号CG13178号OSCP1公司iso-1标准测序菌株突变:过早停止(无义突变)。
Rh6型FBgn0019940号CG5192型铑61测序菌株突变:缺失;19-bp缺失跨越第一外显子/内含子边界。
接收FBgn0020617号CG10052号接收iso-1标准测序菌株突变:移码;第一外显子的单碱基缺失(2R:20917096)。
sdk公司FBgn0021764号CG5227号位置X:730319(插入T)的序列错误导致第五外显子过早翻译停止。
Sirt6公司FBgn0037802号CG6284型Sirt6公司iso-1标准测序菌株中的突变:插入转座子。
斑点FBgn0287831号CG3318号斑点1测序菌株中的已知突变:插入转座子。
特克FBgn0023479号CG4821型特克iso-1标准测序菌株中的突变:插入转座子。
Ugt35C1型FBgn0040256号CG6633号Ugt35C1型iso-1标准测序菌株突变:氨基酸残基47(外显子1)后移码。
FBgn0004034号CG3757型1测序菌株中的已知突变:起始密码子的单碱基变化。与GB:X04427进行比较。
*已知iso-1参考菌株具有y基因型1; 体重1,中国1,标准普尔1.在FlyBase基因模型注释期间发现了其他破坏性突变。
表6:iso-1参考序列中已知的大串联重复*
复制大小受影响的脚手架变更的结构评论
32.4千字节2L:AE014134.6
  • 重复1:2L:15654568..15686758
  • 重复2:2L:15688165..15721755
  • 重复序列1与重复序列2的序列相同,但重复序列1的1400 bp(2L:15657273..15658672)在重复序列2中串联重复(2L:15690870..15692269和2L:15892270..15693669)。

  • 括号中是顺序相同的Hobo元素:
    H{}377号:2L:15653162..15654567[-]
    H{}380型:2L:15686759..15688164[-]
    H{}382型:2L:15721756..15723161[-]
26.7 kb3升:AE014296.5
  • 重复1:3L:19713242..19739963
  • 重复2:3L:19744658..19771377
  • 重复1和重复2在26722 bp的26720处序列相同。

  • 用文档元素括起来:
    文件{}1052:3L:19708521..19713241
    未注释:3L:19739964..19744657
    文件{}1053:3L:19771346..19776073
994基点3L:AE014296.5
  • 重复1:3L:1245256..1246249
  • 重复2:3L:1246250..1247243
  • 重复1和重复2的顺序相同。
*这些串联重复在iso-1参考菌株中可能具有多态性。
表7:版本5到版本6迁移直接导致的注释更改。
名称(R5.57)内径(R5.57)注释
(5.57卢比)
R5至R6
脚手架更换
注释
CR41604型FBgn0085814号CR41604型在Dmel R6.01中删除。
CR41608号FBgn0085818公司CR41608号在Dmel R6.01中删除。
CR40546号FBgn0085742号CR40546号在Dmel R6.01中删除。
CR40572号FBgn0085747号CR40572号在Dmel R6.01中删除。
CR40597号FBgn0085754号CR40597号在Dmel R6.01中删除。
CR40508号FBgn0085740号电话40508在Dmel R6.01中删除。
CR40507号FBgn0085739号CR40507号在Dmel R6.01中删除。
CR41539号FBgn0085796号CR41539号在Dmel R6.01中删除。
CR41617号FBgn0085823号CR41617号在Dmel R6.01中删除。
CR40574型FBgn0085749号CR40574号在Dmel R6.01中删除。
CR40528号FBgn0085741号CR40528号在Dmel R6.01中删除。
CR41618号FBgn0085824号CR41618号在Dmel R6.01中删除。
CR40728号FBgn0085769号CR40728号在Dmel R6.01中删除。
CR40734号FBgn0085770号CR40734号在Dmel R6.01中删除。
CR40565型FBgn0085745号CR40565型在Dmel R6.01中删除。
CR40779号FBgn0085774号CR40779号在Dmel R6.01中删除。
CR40581号FBgn0085750型CR40581号在Dmel R6.01中删除。
CR41540型FBgn0085797号CR41540型在Dmel R6.01中删除。
CR40560型FBgn0085743号CR40560型在Dmel R6.01中删除。
CR41605号FBgn0085815号CR41605号在Dmel R6.01中删除。
Su(Ste):CR42405联邦银行账号0259836CR42405型在Dmel R6.01中删除。
Su(Ste):CR42413FBgn0259844号CR42413号在Dmel R6.01中删除。
Su(Ste):CR42423FBgn0259854号CR42423号在Dmel R6.01中删除。
Su(Ste):CR42434FBgn0259865号CR42434号在Dmel R6.01中删除。
Su(Ste):CR42435FBgn0259866号CR42435号在Dmel R6.01中删除。
苏(斯坦):CR42436FBgn0259867号CR42436号在Dmel R6.01中删除。
苏(斯坦):CR42437FBgn0259868号CR42437号在Dmel R6.01中删除。
Su(Ste):CR42440FBgn0259871号CR42440型在Dmel R6.01中删除。
苏(史泰):CR42441FBgn0259872号CR42441号在Dmel R6.01中删除。
Su(Ste):CR42442FBgn0259873号CR42442号在Dmel R6.01中删除。
Su(Ste):CR42443FBgn0259874号CR42443号在Dmel R6.01中删除。
CG30271号FBgn0050271号CG30271号Dmel R6.01中更改了CDS。
CG40801型FBgn0085520号CG40801型U到YDmel R6.01中更改了CDS。
CG40813号FBgn0085521号CG40813号U到XDmel R6.01中更改了CDS。
kl-2型FBgn0001313号CG17866号YHet到YDmel R6.01中更改了CDS。
奥利FBgn0046323号CG40446号YHet到YDmel R6.01中更改了CDS。
帕尔普FBgn0010247菲律宾比索CG40411型3R设置为3RDmel R6.01中更改了CDS。
第1页-第2页FBgn0046698号CG40448型YHet到YCDS在Dmel R6.01中发生变化。
Sdic3公司FBgn0052823号CG32823号Dmel R6.01中更改了CDS。
Sdic4公司FBgn0053499号CG33499号Dmel R6.01中更改了CDS。
欧洲联盟FBgn0262124号CG42595号2R加热至2RDmel R6.01中更改了CDS。
CG43176号FBgn0262795号CG43176号U到YDmel R6.01中更改了CDS;在Dmel R6.02中转化为假基因CR43176。
第1页-Y1FBgn0261399号CG41534号U到YDmel R6.01中更改了CDS;不再支离破碎。
贾尔帕FBgn0040037号CG17923号Dmel R6.01中更改了CDS;CG17923与CG40625合并为Dmel R6.01中的新注释CG45760(JYalpha)。
CG40625号FBgn0085503型CG40625型U至4CG17923与CG40625合并为Dmel R6.01中的新注释CG45760(JYalpha)。
CG42644号FBgn0261404号CG42644号U至2RCG42644合并为Dmel R6.02中的新注释CG45781;不再支离破碎。
CG40378号FBgn0058378号CG40378号U至2RCG40378并入Dmel R6.02中的新注释CG45781;不再支离破碎。
CG43676号FBgn0263759号CG43676号U至2RCG43676并入Dmel R6.02中的新注释CG45781;不再支离破碎。
CG41343号FBgn0085625号CG41343号3L设置为3LCG41343并入Dmel R6.02中的新注释CG45782;不再支离破碎。
CG41087号FBgn0069947号CG41087号U至3LCG41087并入Dmel R6.02中的新注释CG45782;不再支离破碎。
CG40467号FBgn0069977号CG40467号3L设置为3LCG40467合并为Dmel R6.02中的新注释CG45782;不再支离破碎。
CG42617号FBgn0261280号CG42617号3R设置为3RCG42617并入Dmel R6.02中的新注释CG45783;不再支离破碎。
CG40249公司FBgn0058249号CG40249号U至3RCG40249并入Dmel R6.02中的新注释CG45783;不再支离破碎。
CG40188型FBgn0058188号CG40188型U至3RCG40188并入Dmel R6.02中的新注释CG45783;不再支离破碎。
CG42618标准FBgn0261281号CG42618标准3R设置为3RCG42618并入Dmel R6.02中的新注释CG45783;不再支离破碎。
CG41056号FBgn0058232号CG41056号3R设置为3RCG41056并入Dmel R6.02中的新注释CG45783;不再支离破碎。
CG15831号FBgn0040034号CG15831号3R设置为3RDmel R6.01中更改了CDS;CG15831并入Dmel R6.02中的新注释CG45784;不再支离破碎。
CG40155型FBgn0058155号CG40155型3R设置为3RCG40155并入Dmel R6.02中的新注释CG45784;不再支离破碎。
CG40204号菲律宾国家银行0058204CG40204号U至3RCG40204并入Dmel R6.02中的新注释CG45784;不再支离破碎。
CG41281号FBgn0085597号CG41281号3R设置为3RCG41281并入Dmel R6.02中的新注释CG45784;不再支离破碎。
CG41518号FBgn0085663CG41518号U至3RCG41518并入Dmel R6.02中的新注释CG45784;不再支离破碎。
CG41527号FBgn0085670号CG41527号U至3RCG41527并入Dmel R6.02中的新注释CG45784;不再支离破碎。
CG42621号FBgn0261336号CG42621号3R设置为3RCG42621并入Dmel R6.02中的新注释CG45784;不再支离破碎。
CG42622号FBgn0261337公司计算42622U至3RCG42622并入Dmel R6.02中的新注释CG45784;不再支离破碎。
CG42623号FBgn0261338号CG42623号U至3RCG42623并入Dmel R6.02中的新注释CG45784;不再支离破碎。
CG42624号FBgn0261339号CG42624号3R设置为3RCG42624并入Dmel R6.02中的新注释CG45784;不再支离破碎。
CG40992号FBgn0085550号CG40992号U到YCG40992并入Dmel R6.02中的新注释CG45785(kl-3);不再支离破碎。
CG40936号FBgn0085539号CG40936号U到YCG40936并入Dmel R6.02中的新注释CG45785(kl-3);不再支离破碎。
kl-3型FBgn0001314号CG17629号YHet到YDmel R6.01中更改了CDS;CG17629并入Dmel R6.02中的新注释CG45785(kl-3);不再支离破碎。
5公里FBgn0001315号CG40444型YHet到YDmel R6.01中更改了CDS;CG40444并入Dmel R6.02中的新注释CG45786(kl-5);不再支离破碎。
CG41497号FBgn0085658号CG41497号U到YDmel R6.01中更改了CDS;CG41497并入Dmel R6.02中的新注释CG45786(kl-5);不再支离破碎。
CG41367号FBgn0085633号CG41367号U到YCG41367并入Dmel R6.02中的新注释CG45787(PRY);不再支离破碎。
CG42619号FBgn0261334号CG42619号U到YCG42619并入Dmel R6.02中的新注释CG45787(PRY);不再支离破碎。
CG40930型FBgn0085538号CG40930型U到YCG40930并入Dmel R6.02中的新注释CG45787(PRY);不再支离破碎。
CG40245型FBgn0058245号CG40245型U到YCG40245并入Dmel R6.02中的新注释CG45799(WDY);不再支离破碎。
CG40583号FBgn0085498号CG40583U到YCG40583并入Dmel R6.02中的新注释CG45799(WDY);不再支离破碎。
CG40551号FBgn0085496号CG40551号U到YCG40551合并为Dmel R6.02中的新注释CG45799(WDY);不再支离破碎。
CG41020型FBgn0085556号CG41020型U到YDmel R6.01中更改了CDS;CG41020并入Dmel R6.02中的新注释CG45799(WDY);不再支离破碎。
CG42620型FBgn0261335号CG42620型U到YCG42620并入Dmel R6.02中的新注释CG45930(Ccy);不再支离破碎。
CG40948号FBgn0085541号CG40948号U到YCG40948并入Dmel R6.02中的新注释CG45930(Ccy);不再支离破碎。
CG40968号FBgn0085546号CG40968号U到YCG40968并入Dmel R6.02中的新注释CG45930(Ccy);不再支离破碎。
 
本体版本
本体论
版本/日期
ChEBI(生物感兴趣的化学实体)
2024年3月28日
DO(人类疾病本体论)
2024-01-31
图像本体
2005-08-10
FBbt(飞行解剖学)
2024-02-22
FBdv(fly_development)
2019-10-21
FBcv(FlyBase控制词汇表)
2023-08-02
FBsv(股票本体)
2022-09-26
GO(基因本体)
2024-01-17
PSI-MI(分子相互作用)
2015-08-11
SO(序列本体)
2021-11-22