个人工具

共表达簇以下为：C261型

来自FANTOM5_SSTAR

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完整id:C261_locus_medial_parietal_pons_diencephalon_olfactory_spinal



第一阶段CAGE峰值

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Hg19:：chrX:49044292..49044308-电话：49044292..49044308
-


此共表达簇上的丰富路径<b>摘要：典型路径基因集是从Reactome、Wikipathys和KEGG中编译而来的。对于主要的信号通路，转录调控基因（下游靶点）是从Netpath获得的。综合起来，典型途径和下游靶点总计489个人类基因集。利用同源基因数据库通过同源性推断出相应的小家鼠基因集。通过超几何概率评估共表达簇中包括的489个经典途径和基因集中的每一个的富集度。然后，采用Benjamini-Hochberg方法对所得P值进行调整，以进行多重比较<br><b>分析师：Emmanuel Dimont链接到源数据集数据

p.值财务总监n基因n通道姓名
2.4140612493822e-08号1.52810077085894e-05号三53肌萎缩侧索硬化症（ALS）（KEGG）：05014



此共表达簇上的丰富基因本体术语<b>摘要：共表达簇的GOStat分析结果。使用GOStat（PMID:14962934）和默认参数对启动子映射到至少两个不同基因的每个簇进行分析<br><b>分析师：Erik Arner链接到源数据集数据

GO标识GO名称FDR校正的p值
GO:0060053号神经丝细胞骨架4.23101610269649e-09
去：0005883神经丝4.23101610269649e-09
去：0030424轴突4.81680398255976e-07
GO:0045110号中间丝束组件6.84538130668057e-07号
GO:0043005号神经元投射3.91095559129903e-06
GO:0060052号神经丝细胞骨架的组织与生物发生3.91095559129903e-06
GO:0045109号中间纤维组织3.91095559129903e-06
去：0008088轴突货物运输9.580148792241电子06
去：0031175神经突起发育1.07113664769344e-05
GO:0048666号神经元发育1.38193985235911e-05
去：0007399神经系统发育1.38193985235911e-05
GO:0045104号中间丝细胞骨架的组织与生物发生2.07496567459559e-05号
GO:0045103号中间丝状工艺2.08846379961956e-05
去：0032990细胞部分形态发生2.08846379961956e-05
GO:0048858号细胞投射形态发生2.08846379961956e-05
通过：0030030细胞投射组织与生物发生2.08846379961956e-05
去：0030182神经元分化2.14453827583458e-05
GO:0044430号细胞骨架部分2.27522652460715e-05
去：0005882中间灯丝2.5883240202762e-05
GO:0045111号中间丝细胞骨架2.5883240202762e-05
GO:0048699号神经元的产生2.65804079784278e-05号
GO:0022008年神经发生3.2199136132167e-05
去：0050770轴突发生的调控3.86366421737609e-05号
GO:0042995号细胞投影4.92236542123348e-05
去：0007017基于微管的过程4.92236542123348e-05
去：0050767神经发生的调节7.38786335274999e-05号
去：0005856细胞骨架8.52699397135336e-05
GO:0048731号系统开发0.000133838498078037
GO:0044446号细胞内细胞器部分0.000133838498078037
GO:0044422号细胞器部分0.000133838498078037
去：0000902形态建成0.000133838498078037
去：0032989细胞结构形态发生0.000133838498078037
GO:0048856号解剖结构发育0.000275992745606819
通过：0005200细胞骨架的结构成分0.000286103611385618
去：0007010细胞骨架组织与生物发生0.000359040506163476
去：0000226微管细胞骨架组织与生物发生0.000389482381163675
去：0007275多细胞生物发育0.000422578373894008
去：0007409轴突发生0.000461063935069976
电话：0048667分化过程中的神经元形态发生0.00048537342180161
GO:0048812号神经突形态发生0.00048537342180161
GO:0000904号分化过程中的细胞形态发生0.000522096502794062
去：0008090逆行轴突货运0.000528510109930102
去：0033693神经丝束组件0.000528510109930102
去：0033596TSC1-TSC2复合体0.000528510109930102
电话：0043232细胞内非膜结合细胞器0.00087136633023563
转到：0043228非膜结合细胞器0.00087136633023563
去：0007018基于微管的运动0.00091716122221323
去：0009653解剖结构形态发生0.00091716122221323
去：0031133轴突直径的调节0.000930123030426531
GO:0019896号线粒体的轴突运输0.000930123030426531
去：0030705细胞骨架依赖的细胞内转运0.00101433288656327
GO:0016043编号细胞成分组织与生物发生0.00121196012980163
去：0032502发展过程0.00126827491445492
GO:0019987编号抗凋亡的负调控0.00126827491445492
电话：0030517轴突伸展的负调控0.00126827491445492
GO:0048468号细胞发育0.00130133684677868
去：0050793发育过程的调控0.00131382944009915
去：0032501多细胞生物过程0.00197025161148262
去：0008089顺行轴突货物运输0.00197025161148262
去：0006996细胞器组织与生物发生0.00222492379745686
去：0031594神经肌肉接头0.00224976776725475
电话：0050771轴突发生的负调控0.00224976776725475
转到：0001578微管束形成0.00258291462092895
GO:0048869号细胞发育过程0.00338391799232485
GO:0030154编号细胞分化0.00338391799232485
去：0050768神经发生的负调控0.00404163294447627
GO:0016358号枝晶发育0.00404163294447627
GO:0045767号抗凋亡的调节0.00404163294447627
去：0030516轴突伸展的调节0.00404163294447627
GO:0048675号轴突延伸0.00564219054121416
去：0005829细胞溶质0.00600575663579328
GO:0043229号细胞内细胞器0.00681287527294214
转到：0043226细胞器0.00681287527294214
去：0007026微管解聚的负调控0.00681287527294214
去：0031114微管解聚的调控0.00681287527294214
去：0031111微管聚合或解聚的负调控0.00693714164661611
去：0007019微管解聚0.00693714164661611
去：0031110微管聚合或解聚的调控0.00863164222565041
去：0031109微管聚合或解聚0.00940234569647014
GO:0022607号蜂窝组件组件0.0107676993146376
GO:0051261号蛋白质解聚0.013087176159772
去：0046907细胞内转运0.013087176159772
GO:0051129号细胞成分组织和生物发生的负调控0.0145253696570421
GO:0030176编号内质网膜的整体0.0146275959853866
GO:0044424号细胞外0.0150008238923059
去：0030334细胞迁移的调控0.016167772421178
去：0031227内质网膜固有的0.0162473449589946
GO:0051649号细胞定位的建立0.0175591055910402
去：0051270细胞运动的调节0.0179566926436438
GO:0051641号细胞定位0.0180258923310935
GO:0048523号细胞过程的负调控0.0181232143219493
编号：0040012运动调节0.0181232143219493
GO:0040011号运动0.0181762756204863
去：0008022蛋白质C末端结合0.0182281790107758
GO:0048519号生物过程的负调控0.018568730079944
GO:0051093号发育过程的负调控0.018568730079944
GO:0051128号细胞成分组织和生物发生的调控0.0238343265402459
GO:0051248号蛋白质代谢过程的负调控0.0245289866141991
去：0005622细胞内的0.0259452798575701
GO:0051179号本地化0.0294502339281616
GO:0044444号细胞质部分0.0312111074793519
去：0031301细胞器膜的组成部分0.0314334501173939
去：0031300细胞器膜固有的0.0340135051096874
去：0006916抗凋亡0.0376357318201396
GO:0005875号微管相关复合体0.0394468473645381
GO:0044445号细胞溶质部分0.0412212483758672
去：0005635核外壳0.0416858902861601
电话：0043066细胞凋亡的负调控0.0482313546818419
GO:0043069号程序性细胞死亡的负调控0.0484118847156383
GO:0016477号细胞迁移0.0485889128549148



此共同表达集群上的丰富示例本体术语<b>摘要：</b>为了总结1000个样本中的启动子活性（TSS区域的表达谱），我们基于FANTOM5样本本体（FF本体）进行了富集分析。这里的问题是“在哪种类型的样本中启动子更活跃”。为了回答这个问题，我们使用Mann-Whitney秩和检验比较了与样本本体术语相关的样本和其余样本中的表达式（TPM）。为了总结在这个共表达集群中丰富的本体，我们对组成的所有启动子的平均表达谱进行了相同的分析<b> 分析师：Hideya Kawaji链接到源数据集单元格_数据<br>uberon_data（超级数据）<br><br>

单元格类型
本体术语p值n个
默克尔电池2007年10月5日2
优步解剖
本体术语p值n个
神经管1.15e-108页56
神经棒1.15e-108页56
未来脊髓1.15e-108页56
神经龙骨1.15e-108页56
神经系统区域部分7.46e-10053
大脑区域部分7.46e-10053
脑6.37e-86页68
未来大脑6.37e-86页68
前脑区域部分2.02e-85页41
前脑2.0平方英寸-8541
前神经管2.02e-85页41
未来前脑2.02e-85页41
中枢神经系统7.72e-85号文件81
神经系统1.47e-81页89
脑灰质1.20至7634
灰质1.20至7634
端脑8.26e-76页34
神经板5.92e-74页82
假定神经板5.92e-74页82
大脑半球6.11e-71页32
端脑区域部分1.50e-7032
神经外胚层5.50e-7086
外髓氦2.48e-61页104
大脑皮层区域部分3.41e-60页22
弦前神经板8.42e-58页61
新皮质3.10e-54页20
大脑皮层1.62e-52英寸25
大脑皮层1.62e-5225
成体生物2.11e-50页114
神经嵴对发育有贡献的结构9.92电子-44132
外胚层衍生结构2.69e-42页171
外胚层2.69e-42页171
推测外胚层2.69e-42页171
器官系统细分2.06e-29日223
神经核2.62e-25页9
大脑核2.62e-25页9
基底神经节6.12e-25页9
神经轴核复合体6.12e-25页9
大脑的聚集区域部分6.12e-25页9
基底神经节集合6.12e-25页9
大脑皮层下6.12e-25页9
管7.20e-25日192
后神经管3.33e-23号文件15
弦神经板3.33e-23号文件15
端脑核2.53e-197
脑回2.77电子196
脑干3.34e-196
解剖导管1.59e-17240
顶叶9.40e-16日5
颞叶9.53e-16号机组6
边缘系统1.16e-15号机组5
后脑节段性细分1.50e-1512
后脑1.50e-1512
推定后脑1.50e-1512
枕叶4.35e-15日5
神经系统节段性细分2014年3月7日13
上皮1.27e-13306
细胞层2.26e-13号机组309
解剖簇3.73e-13页373
间脑区域部分1.15e-12页4
器官部分4.59e-12页218
纹状体6.23e-12段4
纹状体6.23e-12段4
端脑腹侧6.23e-12段4
未来纹状体6.23e-12段4
间脑4.87e-117
未来间脑4.87e-117
脑桥8.50e-11日三
额叶皮层2.54e-10三
脊髓3.26e-10三
背区元件3.26e-10段三
背部3.26e-10段三
延髓3.91e-10三
髓鞘3.91e-10三
未来髓鞘脑3.91e-10三
尾壳核1.86e-09三
背侧纹状体1.86e-09三
多组织结构2009年9月39日342
后脑局部1.57e-08年9
后脑1.57e-08年9
未来后脑1.57e-08年9
器官2008年5月2日503
额叶中回9.83至082
颞中回2007年1月2日2
蓝斑2007年1月2日2
脑干核1.02e-07年1月2
后脑核1.02e-07年1月2
阿蒙角1.49e-07年7月2
大脑皮层的叶部1.49e-07年7月2
海马结构1.49e-07年7月2
边缘叶1.49e-07年7月2
胚胎2.41e-07日592
扁桃形结构2.53e-072
松果体2007年7月7日2
墓志铭的区域部分2007年7月7日2
分泌性室周器2007年7月7日2
室周器官2007年7月7日2
墓志铭2007年7月7日2
背侧丘脑加腹侧丘脑4.81e-072


此共表达簇上过度表达的TFBS（DNA）基序<b>摘要：</b>显示的值是该共表达簇中基序过度表达的p值。因此，较小的p值意味着强烈的过度代表性<b> 分析师：Michiel de Hoon链接到源数据数据<br><br>茉莉花图案<br>数据

新颖的图案



JASPAR图案

Motifs公司-log10（p值）
MA0003.1号机组5.78061e-12号机组
MA0004.1号机组0.0287532
MA0006.1号机组0.0290142
MA0007.1号机组0.024623
MA0009.1号机组0.252434
MA0014.1号1.14887e-11号
MA0017.1号0.00870385
MA0019.1号0.0757474
MA0024.1号机组0.183969
MA0025.1号文件2.4963
MA0027.1号机组1.73105
MA0028.1号机组0.0348968
MA0029.1号机组1.08244
MA0030.1型0.188804
MA0031.1号文件0.150659
电话0038.10.213125
MA0040.1型0.199633
MA0041.1号0.0332488
MA0042.1号0.264815
MA0043.1号0.252653
MA0046.1号0.685727
MA0048.1号0.00351449
马0050.10.109642
MA0051.1号0.0572096
MA0052.1号0.202085
MA0055.1号1.0756
马0056.10
MA0057.1号0.0812865
MA0058.1号0.0568651
MA0059.1号0.0561949
马0060.10.000588275
MA0061.1号0.0687895
MA0063.1号0
MA0066.1号1.23063
MA0067.1号0.49981
MA0068.1号8.92408e-05号
马0069.10.242306
MA0070.1号0.234718
MA0071.1号0.0459331
MA0072.1号0.231695
MA0073.1号1.15334e-13号机组
MA0074.1号0.0569489
MA0076.1号0.0138475
MA0077.1号0.226543
MA0078.1号0.321356
MA0081.1号7.9135
MA0083.1号0.25765
MA0084.1号0.664025
MA0087.1号0.230056
MA0088.1号0.00767257
马0089.10
MA0090.1号0.191226
MA0091.1号机组0.289788
MA0092.1号1.4496
MA0093.1号0.0300741
马0095.10
马0098.10
MA0100.1型0.227752
MA0101.1号机组0.200267
MA0103.1号0.318689
MA0105.1号0.00563636
MA0106.1号0.0741862
MA0107.1号0.496379
MA0108.2号0.14894
MA0109.1号0
MA0111.1号0.082444
MA0113.1号0.0808928
MA0114.1号0.179021
MA0115.1号0.436009
MA0116.1号0.729675
MA0117.1号0.27892
马0119.10.274103
MA0122.1号机组0.297683
MA0124.1号机组1.03875
MA0125.1号机组0.336564
MA0130.1号机组0
马0131.10.10574
MA0132.1号机组0
MA0133.1号机组0
MA0135.1号机组0.27375
MA0136.1号机组1.25703
MA0139.1号0.000203372
MA0140.1号机组0.389168
MA0141.1号0.0552982
MA0142.1号0.133251
MA0143.1号0.582117
MA0144.1号机组2.10189
MA0145.1号1.47713e-05
MA0146.1号9.46233e-10段
MA0147.1号0.00196312
MA0148.1号0.0348816
MA0149.1号0.0422402
MA0062.2号0.122451
MA0035.2号0.171459
MA0039.2号2.7447e-11号
MA0138.2号机组0.0978028
MA0002.2号机组0.00348218
马0137.20.905104
MA0104.2号0.0005775
MA0047.2号0.0694194
MA0112.2号2007年11月7日
MA0065.2号0.206774
MA0150.1号机组0.0151269
MA0151.1号0
MA0152.1号2.05334
MA0153.1号机组0.865299
MA0154.1号机组1.15244
MA0155.1号0.0317588
MA0156.1号机组0.408437
MA0157.1号0.119034
MA0158.1号0
MA0159.1号机组0.00198615
MA0160.1号0.152819
MA0161.1号机组0
MA0162.1号机组7.17851e-09号
MA0163.1号机组0.000201516
MA0164.1号机组3.3867
MA0080.2号5.41959
马0018.20.0747401
MA0099.2号机组0.0472524
MA0079.2号1.90069电子13
MA0102.2号机组0.697711
马0258.10.0254544
马0259.10.0144768
马0442.10



ENCODE TF ChIP-seq峰富集分析<b>摘要：</b>对于每个TF和每个共表达簇，使用Fisher精确检验将带有ENCODE TF ChIP信号的启动子数量与稳健集的其他启动子进行比较。Benjamini-Hochberg校正后，保留了ChIP显著富集（q<=0.05）的聚类<br><b>分析师：Erik Arner链接到源数据集数据

没有此群集的分析结果

共表达簇的相对表达<b>总结：</b>将共表达簇与FANTOM5样本进行比较，以获得相对表达<br><b>分析师：不适用<br><br>链接到数据源数据

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