个人工具

共表达簇以下为：C211型

来自FANTOM5_SSTAR

跳转到：航行,搜索


完整id:C211_small_Hepatocyte_liver_colon_temporal_direcholum_ludney



第一阶段CAGE峰值

Hg19:：chr10:135160870..135160906+p1@PRAP1
Hg19:：chr10:135165944..135165963-p1@CU687189
Hg19:：chr10:70066579..70066613-第4页@PBLD
Hg19:：chr10:74714533..74714580-p1@PLA2G12B
Hg19:：chr10:96522413..96522424+第2页@CYP2C19
Hg19:：chr10:96522430..96522444+CYP2C19中的p1
Hg19:：chr11:118900144..118900155-p6@SLC37A4
Hg19:：chr11:118900180..118900195-第3页@SLC37A4
Hg19:：chr11:16419067..16419077-第23页@SOX6
Hg19:：chr11:17036092..17036106-第7页@PLEKHA7
Hg19:：chr11:2924521..2924577+p2@SLC22A18
Hg19:：chr12:56623816..56623825+p4@SLC39A5
Hg19:：chr12:56623827..56623866+p1@SLC39A5
Hg19:：chr14:103561012..103561038+p2@ENST00000559843
Hg19:：chr14:24774871..24774885-电话：chr14:24774871..24774885
-
Hg19:：chr14:39703112..39703135+第1页@MIA2
Hg19:：chr14:74462922..74462955-第3页@ENTPD5
Hg19:：chr15:67356427..67356442+电话：chr15:67356427…67356442
+
Hg19:：chr16:27225918.27225945+第4页@JMJD5
Hg19:：chr16:583916..583932+电话：chr16:583916..583932
+
Hg19:：chr16:66969412..66969439+第3页@CES2
Hg19:：chr17:1898875..1898901+p@克时17:1898875..1889901
+
Hg19:：chr19:4164527..4164546+电话：chr19:4164527..4164546
+
Hg19:：chr1:100435315..100435325+第8页@SLC35A3
Hg19:：chr1:16068987..16069031+第1页@TMEM82
Hg19:：chr1:16069036..16069054+第2页@TMEM82
Hg19:：chr1:60392452..60392499-p2@CYP2J2
Hg19:：chr1:6511322..6511327+第21页@ESPN
Hg19:：chr1:6511328..6511341+第8页@ESPN
Hg19:：chr1:6511365..6511371+第12页@ESPN
Hg19:：chr20:43024295..43024308-p1@ENST00000452481
p1@uc002xlx.2
Hg19:：chr20:43076886..43076893+电话：chr20:43076886..43076893
+
Hg19:：chr21:45287080..45287091+第9页@AGPAT3
Hg19:：chr21:45287096..45287111+第5页@AGPAT3
Hg19:：chr2:21255446..21255458-电话：chr2:21255446..21255458
-
Hg19:：chr2:238499280..238499287-第7页@RAB17
Hg19:：chr2:44065897..44065908-p1@ABCG5
Hg19:：chr3:119500874..119500885+p5@NR1I2
Hg19:：chr3:119500891..119500904+第2页@NR1I2
Hg19:：chr3:119500908..119500919+第3页@NR1I2
Hg19:：chr3:185046677..185046694+p3@MAP3K13
Hg19:：chr3:195943398..195943417+p1@OSTα
Hg19:：chr3:58523104..58523127-p7@二氧化碳
Hg19:：chr4:22694573..22694609+p2@GBA3
Hg19:：chr4:69817286..69817319-第2页@UGT2A3
Hg19:：chr5:149020928..149020943-电话：chr5:149020928..149020943
-
Hg19:：chr5:79949935..79949949-第5页@DHFR
Hg19:：chr6:133035185..133035201-p1@VNN1
Hg19:：chr6:168227291..168227302+第19页@MLLT4
Hg19:：chr6:41006941..41006968-p1@UNC5CL
Hg19:：chr6:43028274..43028300+第3页@KLC4
Hg19:：chr6:8609998..86099931-p1@ENST00000455071
p1@uc003pkm.2
Hg19:：chr7:91671935..91671949+电话：chr7:91671935..91671949
+
Hg19:：chr7:99277610..99277626-第1页@CYP3A5
Hg19:：chr8:110615669..110615692-p11@悉尼大学
Hg19:：chr8:27348649..27348720+p1在EPHX2处
Hg19:：chr8:67624738..67624752+p10@SGK3
Hg19:：chr9:104187248..104187297-电话：chr9:104187248..104187297
-
Hg19:：chr9:104187769..104187778-p3@阿尔多布
Hg19:：chr9:104187775..104187786+电话：chr9:104187775..104187786
+
Hg19:：chr9:104187850..104187863-阿尔多布p2
Hg19:：chr9:104187899..104187908-p4@阿尔多布
Hg19:：chr9:104189912..104189930-电话：chr9:104189912..104189930
-
Hg19:：chr9:104190749..104190775+电话：chr9:104190749..104190775
+
Hg19:：chr9:104192114..104192138-电话：chr9:104192114..104192138
-
Hg19:：chr9:104193143..104193169-电话：chr9:104193143..104193169
-
Hg19:：chr9:104198042..104198062-p1@阿尔多布
Hg19:：chr9:131872789..131872800-第5页@CRAT
Hg19:：chr9:32427222.第32427240页+p@基督：32427222..32427240
+
Hg19:：chrX:38211890..38211897+p3@场外交易


此共表达簇上的丰富路径<b>摘要：典型路径基因集是从Reactome、Wikipathys和KEGG中编译而来的。对于主要的信号通路，转录调控基因（下游靶点）是从Netpath获得的。综合起来，典型途径和下游靶点总计489个人类基因集。利用同源基因数据库通过同源性推断出相应的小家鼠基因集。通过超几何概率评估共表达簇中包括的489个经典途径和基因集中的每一个的富集度。然后，采用Benjamini-Hochberg方法对所得P值进行调整，以进行多重比较<br><b>分析师：Emmanuel Dimont链接到源数据集数据

p.值财务总监n基因n通道姓名
1.15247210510591e-06号0.000243171614177346459花生四烯酸代谢（KEGG）:00590
7.13397324646485e-08号4.51580506501225e-05430亚油酸代谢（KEGG）：00591
8.57251743419267e-05号0.00678300441980495三64视黄醇代谢（KEGG）:00830
0.0001168451262102020.00767359370758104三71细胞色素P450（KEGG）对外源物质的代谢：00980
0.0001269175009126630.00767359370758104三73药物代谢-细胞色素P450（KEGG）：00982
4.59754408998177e-050.00485040901493076三52药物代谢-其他酶（KEGG）：00983
1.72073339083583e-075.44612118199539e-05111138代谢途径（KEGG）：01100
0.0001545303115434260.00815147393391574三78过氧化物酶体（KEGG）:04146
0.0009985894788454970.0371827729476235氟嘧啶活性（Wikipaths）：WP1601
0.0001333483898631780.00767359370758104213Irinotecan路径（Wikipaths）：WP229
0.0008876315661719460.0351169238366776233脂质代谢和毒性中的核受体（Wikipaths）：WP299
7.425498744428589e-050.00671477243590424三61细胞色素P450（维基路径）：WP43
3.60830331719628e-05号0.0045681119995704927花生四烯酸环氧合酶/环氧水解酶（Wikipaths）：WP678
0.000290870553015720.0141631584660731219他莫昔芬代谢（Wikipaths）：WP691
3.48380348952018e-060.0005513119022165685175跨通道生物转化（Wikipaths）：WP702
0.0005791346000023150.02618515727153324289脂质和脂蛋白的代谢（反应组）：REACT_22258
0.0006928686483116460.0292390569587515三130生物氧化（反应组）：REACT_13433



此共表达簇上的丰富基因本体术语<b>摘要：共表达簇的GOStat分析结果。使用GOStat（PMID:14962934）和默认参数对启动子映射到至少两个不同基因的每个簇进行分析<br><b>分析师：Erik Arner链接到源数据集数据

GO标识GO名称FDR校正的p值
去：0005783内质网0.000166232769863203
GO:0044255号细胞脂质代谢过程0.000292195308455164
去：0006629脂质代谢过程0.000767639703596833
GO:0044444号细胞质部分0.000767639703596833
电话：0032787一元羧酸代谢过程0.00101187401991179
GO:0016712号氧化还原酶活性，作用于成对供体，结合或还原分子氧，还原黄素或黄素蛋白作为一个供体，并结合一个氧原子0.00101187401991179
GO:0044432号内质网部分0.00101187401991179
GO:0019752号羧酸代谢过程0.00101187401991179
去：0006082有机酸代谢过程0.00101187401991179
去：0006631脂肪酸代谢过程0.00254640139128139
去：0005737细胞质0.00548687314804639
去：0005777过氧化物酶体0.00651008947141174
GO:0042579号微体0.00651008947141174
GO:0050381号非特异性单加氧酶活性0.0127585701205273
GO:0042221号对化学刺激的反应0.0127585701205273
去：0006091前体代谢产物和能量的产生0.0134364792462607
去：0006805外源代谢过程0.015055976095265
去：0009410对外来刺激的反应0.0160201134498307
去：0008374O-酰基转移酶活性0.0160201134498307
去：0005792微粒体0.0160201134498307
GO:0042598号泡状部分0.0160201134498307
转到：0016705氧化还原酶活性，作用于成对供体，结合或还原分子氧0.0160201134498307
去：0031090细胞器膜0.0160201134498307
GO:0043651号亚油酸代谢过程0.0160201134498307
去：0008391花生四烯酸单加氧酶活性0.0160201134498307
去：0009348鸟氨酸氨甲酰转移酶复合物0.0160201134498307
去：00337913α，7α，12α-三羟基-5-β-胆甾烷酰基-CoA 24-羟化酶活性0.0160201134498307
去：00038694-硝基苯基磷酸酶活性0.0160201134498307
去：0004092肉碱O-乙酰转移酶活性0.0160201134498307
去：0002532急性炎症反应分子介质的产生0.0160201134498307
去：0008392花生四烯酸环氧酶活性0.0160201134498307
去：0004585鸟氨酸氨甲酰转移酶活性0.0160201134498307
去：0002539急性炎症反应过程中前列腺素的产生0.0160201134498307
去：0002538急性炎症反应中花生四烯酸代谢产物的产生0.0160201134498307
去：0005789内质网膜0.0200455236898233
GO:0042175号核膜内质网0.020781869242664
GO:0019825号氧结合0.020781869242664
去：0008202类固醇代谢过程0.020781869242664
GO:0044262号细胞碳水化合物代谢过程0.020781869242664
去：0031667对营养水平的反应0.020781869242664
去：0004497单加氧酶活性0.020781869242664
GO:0042493号对药物的反应0.020781869242664
去：0005788内质网内腔0.020781869242664
GO:0016139号糖苷分解代谢过程0.020781869242664
GO:0018675号（S） -柠檬烯6-单加氧酶活性0.020781869242664
GO:0018676号（S） -柠檬烯7-单加氧酶活性0.020781869242664
去：0005462UDP-N-乙酰氨基葡萄糖跨膜转运活性0.020781869242664
去：00337674-羟基苯乙酮单加氧酶活性0.020781869242664
GO:0015788号UDP-N-乙酰氨基葡萄糖转运0.020781869242664
GO:0019113号柠檬烯单加氧酶活性0.020781869242664
GO:0016137号糖苷代谢过程0.020781869242664
GO:0017159号泛乙烯酶活性0.020781869242664
GO:0015293号同向转运体活性0.020781869242664
去：0009991对细胞外刺激的反应0.0213609920965642
去：0000267细胞分数0.0232283299567552
GO:0016020编号薄膜0.0237885008900423
GO:0044446号细胞内细胞器部分0.0245242466769064
GO:0044422号细胞器部分0.0245716351347396
电话：0016413O-乙酰转移酶活性0.0267601407488756
去：0004146二氢叶酸还原酶活性0.0267601407488756
去：0008422β-葡萄糖苷酶活性0.0267601407488756
去：0009056分解代谢过程0.0284975497610938
去：0020037血红素结合0.0284975497610938
去：0046906四吡咯结合0.0284975497610938
GO:0008652号氨基酸生物合成过程0.0284975497610938
去：0005351糖：氢离子转运体活性0.0319907438174286
去：0045909血管舒张的正调节0.0319907438174286
去：0006545甘氨酸生物合成过程0.0319907438174286
GO:0012505号内膜系统0.0323882090546499
GO:0051119号糖跨膜转运活性0.0336469325662541
GO:0015144号碳水化合物跨膜转运活性0.0345462005428184
转到：0017110核苷二磷酸酶活性0.0357711277698788
GO:0015781号嘧啶核苷酸糖转运0.0357711277698788
GO:001043编号锌离子响应0.0357711277698788
去：0006047UDP-N-乙酰氨基葡萄糖代谢过程0.0357711277698788
去：0005543磷脂结合0.0357711277698788
去：0006807氮化合物代谢过程0.0362188514416722
去：0005624膜分数0.0362188514416722
GO:0008643号糖运输0.0362188514416722
GO:0015165号嘧啶核苷酸糖跨膜转运活性0.0362188514416722
GO:0046688号铜离子响应0.0362188514416722
去：0003997酰基辅酶A氧化酶活性0.0362188514416722
去：0004301环氧化物水解酶0.0362188514416722
GO:0016406号肉碱O-酰基转移酶活性0.0362188514416722
去：0004463白三烯-A4水解酶活性0.0362188514416722
GO:0042301号磷酸盐结合0.0362188514416722
GO:0042312号血管舒张调节0.0362188514416722
GO:0016743号羧基或氨甲酰转移酶活性0.0362188514416722
GO:0008385号IkappaB激酶复合物0.0362188514416722
GO:0017144号药物代谢过程0.0362188514416722
转到：0015291次级活性跨膜转运蛋白活性0.0363783846269499
GO:0043231号细胞内膜结合细胞器0.0363783846269499
GO:0043227号膜结合细胞器0.0363783846269499
GO:0046983号蛋白质二聚活性0.0371343714481092
GO:0015980号有机化合物氧化的能量衍生0.0371343714481092
去：0006118电子输运0.0375783309344986
去：0009309胺生物合成过程0.0375783309344986
GO:0044424号细胞外0.0401485454015201
去：0030299胆固醇吸收0.0409602751002365
GO:0019627号尿素代谢过程0.0409602751002365
GO:0016725号氧化还原酶活性，作用于CH或CH2基团0.0409602751002365
通过：0000050尿素循环0.0409602751002365
转到：0044241脂肪消化0.0409602751002365
去：0004332果糖二磷酸醛缩酶活性0.0409602751002365
GO:0043603号酰胺代谢过程0.0409602751002365
GO:0016803编号乙醚水解酶活性0.0409602751002365
GO:0015307号药物：氢逆向转运活性0.0447889839759333
GO:0015904编号四环素转运0.0447889839759333
GO:0015520号四环素：氢逆向转运活性0.0447889839759333
GO:0044464号电池部件0.0447961671487045
GO:0005975号碳水化合物代谢过程0.0455601062325889
GO:0015101号有机阳离子跨膜转运活性0.0455601062325889
GO:0050892号肠道吸收0.0455601062325889
去：00038411-酰基甘油-3-磷酸O-酰基转移酶活性0.0455601062325889
GO:0046677号抗生素反应0.0455601062325889
账号：0008493四环素转运蛋白活性0.0455601062325889
GO:0045777号血压的正调节0.0455601062325889
GO:0042895号抗生素转运活性0.0455601062325889
去：0031941丝状肌动蛋白0.0455601062325889
GO:0044271号氮化合物生物合成过程0.0455741786853529
GO:0043229号细胞内细胞器0.046614361628882
转到：0043226细胞器0.046614361628882
GO:0000186号激活MAPKK活性0.0476859990628521
去：0009070丝氨酸家族氨基酸生物合成过程0.0476859990628521
去：0004565β-半乳糖苷酶活性0.0476859990628521
去：0000287镁离子结合0.047781640586173
GO:0042803号蛋白质同二聚体活性0.0494110712844477
转到：0008015血液循环0.0496129124709751
转到：0003013循环系统过程0.0496129124709751
GO:0051384号糖皮质激素刺激反应0.0496129124709751
GO:0015925号半乳糖苷酶活性0.0496129124709751



此共同表达集群上的丰富示例本体术语<b>摘要：</b>为了总结1000个样本中的启动子活性（TSS区域的表达谱），我们基于FANTOM5样本本体（FF本体）进行了富集分析。这里的问题是“在哪种类型的样本中启动子更活跃”。为了回答这个问题，我们使用Mann-Whitney秩和检验比较了与样本本体术语相关的样本和其余样本中的表达式（TPM）。为了总结在这个共表达集群中丰富的本体，我们对组成的所有启动子的平均表达谱进行了相同的分析<b> 分析师：Hideya Kawaji链接到源数据集单元格_数据<br>uberon_data（超级数据）<br><br>

单元格类型
本体术语p值n个
代谢细胞1.12e-2312
内多倍体细胞1.12e-2312
薄壁细胞1.12e-2312
多倍体细胞1.12e-2312
肝细胞1.12e-2312
内胚层细胞9.78至0858
优步解剖
本体术语p值n个
肝脏3.84e-2619
消化腺3.84e-2619
肝芽3.84e-2619
前肠-胃交界上皮1.04e-2425
解剖边界1.04e-2425
肝胆系统1.04e-2425
前肠-小口交界1.04e-2425
横隔1.04e-2425
肝憩室1.93电子-2222
肝原基1.93e-2222
消化道憩室2.01e-2123
上皮囊1.26e-1925
腹部元件3.18e-19段54
腹段元件3.18e-19段54
囊7.82e-1926
躯干腹段4.26e-1760
腹部4.26e-1760
肠上皮2016年9月9日54
肠6.91至2016年17
外分泌腺1.25e-1531
外分泌系统1.25e-1531
小肠1.68e-154
内分泌腺1.01e-13号文件35
消化道分部1.53e-12号机组118
消化系统3.20e-11日145
消化道3.20e-11日145
原始肠道3.20e-11日145
胃肠系统7.49e-11日25
内分泌系统1.95e-1045
内质子氦6.15e-10页82
内胚层衍生结构6.65e-10160
内胚层6.65e-10年160
假定内胚层6.65e-10年160
腺2009年1月9日59
主干区域元素2.55e-09101
附睾4.87e-091
树干细分3.34e-08112


此共表达簇上过度表达的TFBS（DNA）基序<b>摘要：</b>显示的值是该共表达簇中基序过度表达的p值。因此，较小的p值意味着强烈的过度代表性<b> 分析师：Michiel de Hoon链接到源数据数据<br><br>茉莉花图案<br>数据

新颖的图案



JASPAR图案

Motifs公司-log10（p值）
MA0003.1号机组0.00239411
MA0004.1号机组0.138771
MA0006.1号机组0.026133
MA0007.1号机组0.964995
MA0009.1号机组0.508818
MA0014.1号0.000582734
MA0017.1号12.0045
MA0019.1号0.337248
MA0024.1号机组1.21715
MA0025.1号文件0.25504
MA0027.1号机组1.59503
MA0028.1号机组0.164541
MA0029.1号机组1.85768
MA0030.1型2.44897
MA0031.1号文件2.11546
电话0038.10.11044
MA0040.1型0.400295
MA0041.1号0.538204
MA0042.1号0.00871925
MA0043.1号0.509267
MA0046.1号1.52294
MA0048.1号0.0775153
马0050.11.33854
MA0051.1号0.489427
MA0052.1号0.129261
MA0055.1号0.3399
马0056.10
MA0057.1号0.227015
MA0058.1号0.254524
MA0059.1号0.0577193
马0060.10.0973813
MA0061.1号0.173259
MA0063.1号0
MA0066.1号0.268418
MA0067.1号0.390744
MA0068.1号0.13906
马0069.10.162157
MA0070.1号0.47244
MA0071.1号0.674702
MA0072.1号0.909449
MA0073.1号0.00035895
MA0074.1号0.106914
MA0076.1号0.0221401
MA0077.1号0.149129
MA0078.1号0.0507386
MA0081.1号0.252203
MA0083.1号0.17499
MA0084.1号0.545308
MA0087.1号0.46286
MA0088.1号0.380625
马0089.10
MA0090.1号0.176289
MA0091.1号机组1.42807
MA0092.1号1.2077
MA0093.1号0.0701154
马0095.10
马0098.10
MA0100.1型0.120599
MA0101.1号机组0.148906
MA0103.1号0.985634
MA0105.1号0.0132555
MA0106.1号0.330986
MA0107.1号0.197713
MA0108.2号0.615972
MA0109.1号0
MA0111.1号0.559463
MA0113.1号1.42405
MA0114.1号18.6292
MA0115.1号5.36139
MA0116.1号0.649993
MA0117.1号0.193003
马0119.10.368305
MA0122.1号机组0.209091
MA0124.1号机组0.301544
MA0125.1号机组0.242948
MA0130.1号机组0
马0131.10.206843
MA0132.1号机组0
MA0133.1号机组0
MA0135.1号机组0.188602
MA0136.1号机组0.278172
MA0139.1号0.140928
MA0140.1号机组0.083025
MA0141.1号2.67375
MA0142.1号0.263523
MA0143.1号0.155936
MA0144.1号机组0.918413
MA0145.1号1.04581
MA0146.1号0.208228
MA0147.1号0.00220865
MA0148.1号0.330855
MA0149.1号1.31278
MA0062.2号0.0261786
MA0035.2号0.404395
MA0039.2号0.0749215
MA0138.2号机组1.14111
MA0002.2号机组0.138005
马0137.20.468293
MA0104.2号0.000494081
MA0047.2号0.311759
MA0112.2号0.531624
MA0065.2号3.51526
MA0150.1号机组0.16784
MA0151.1号0
MA0152.1号0.687022
MA0153.1号机组1.89841
MA0154.1号机组0.160196
MA0155.1号0.00865997
MA0156.1号机组0.179316
MA0157.1号0.867142
MA0158.1号0
MA0159.1号机组0.126567
MA0160.1号0.601688
MA0161.1号机组0
MA0162.1号机组1988年1月2日-07日
MA0163.1号机组0.0312518
MA0164.1号机组0.674303
MA0080.2号0.0273277
马0018.20.0359876
MA0099.2号机组0.21979
MA0079.2号2.03195电子05
MA0102.2号机组0.577493
马0258.10.845722
马0259.10.000322258
马0442.10



ENCODE TF ChIP-seq峰富集分析<b>摘要：</b>对于每个TF和每个共表达簇，使用Fisher精确检验将带有ENCODE TF ChIP信号的启动子数量与稳健集的其他启动子进行比较。Benjamini-Hochberg校正后，保留了ChIP显著富集（q<=0.05）的聚类<br><b>分析师：Erik Arner链接到源数据集数据

（#promoters=该共表达簇中具有TF的ChIP信号的启动子数量）

TF公司#发起人丰富p值q值
ESRRA#2101号213.82400897531790.00937777142594410.0353895237562485
FOXA1号3169172.691201939136470.0001274015715273030.00169477680916317
FOXA2号3170144.926092750533057.37113804995693e-07号3.27032407306479e-05号
HDAC2号3066142.683124047325250.0005809239252178270.00487396479963244
HEY1#23462392.250919009730323.14827382705494e-08号2.12267637329755e-06号
HNF4A#3172号268.59199356338285.65805065981129e-18号1.24666909886082e-15
HNF4G#31742711.09060583162951.6553354100915e-214.478797277706078e-19号
RXRA#6256133.728143182981893.77401043834215e-05号0.0007230854451844



共表达簇的相对表达<b>总结：</b>将共表达簇与FANTOM5样本进行比较，以获得相对表达<br><b>分析师：不适用<br><br>链接到数据源数据

检索自“http://f5-webapp4.gsc.riken.jp/resource_browser/index.php？title=Coexpression_cluster:C211&oldid=3067329"