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共表达簇以下为:180加元

来自FANTOM5_SSTAR

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完整id:C180_skeletal_heart_Heaptocyte_acute_occipital_hippocampus_middle



第一阶段CAGE峰值

Hg19::chr11:114126059..114126109+电话:chr11:114126059..114126109
+
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+
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+
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+
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Hg19::chrM:15517..15545+p1@uc004cos.1
Hg19::chrM:15611..15622+p3@uc004cos.1页
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Hg19::chrM:16229..16242+p10@uc004cos.1
Hg19::chrM:16274..16381-p@chrM:16274..16381
-
Hg19::chrM:16481..16490-p@chrM:16481..16490
-
Hg19::chrM:2028..2040+p6@uc004cos.3
Hg19::chrM:3299..3324+第2页@TPT1
Hg19::chrM:3434..3445+p1@空军216862
Hg19::chrM:3565..3576+p1@AK123234
Hg19::chrM:3695..3706+第2页@AK123234
Hg19::chrM:4012..4049+p1@M25300
Hg19::chrM:4716..4729+p1@AK026903
Hg19::chrM:4817..4837+p4@AF275801
Hg19::chrM:4876..4946+第2页@AF275801
Hg19::chrM:4960..4989+p1@AF275801
Hg19::chrM:5028..5039+p5@AF275801
Hg19::chrM:5113..5148+第3页@AF275801
Hg19::chrM:526..537-第4页@uc004coq.3
Hg19::chrM:5984..6024+p7@uc011mfh.1
Hg19::chrM:6190..6248+p2@uc011mfh.1
Hg19::chrM:6250..6272+p4@uc011mfh.1
Hg19::chrM:6330..6392+p1@uc011mfh.1
Hg19::chrM:6437..6448+第3页@AK026547
Hg19::chrM:6463..6517+p1@AK026547
Hg19::chrM:6523..6548+p2@AK026547
Hg19::chrM:6608..6637+第4页@AK026547
Hg19::chrM:6910..6936+p1@BC018860
Hg19::chrM:7109..7147+第4页@uc004cou.3
Hg19::chrM:7213..7257+第7页@uc004cou.3
Hg19::chrM:7604..7655+p1@uc004cou.3
Hg19::chrM:7678..7687+p10@uc004cou.3
Hg19::chrM:7689..7700+p5@uc004cou.3
Hg19::chrM:7772..7783+p11@uc004cou.3
Hg19::chrM:7787..7811+p3@uc004cou.3
Hg19::chrM:7840..7897+p2@uc004cou.3
Hg19::chrM:7993..8026+第6页@uc004cou.3
Hg19::chrM:8423..8463+p1@uc011mfi.1
Hg19::chrM:8512..8534-p@chrM:8512…8534
-
Hg19::chrM:8630..8675+p2@uc011mfi.1
Hg19::chrM:8717..8734-第4页@AF271776
Hg19::chrM:9226..9255+p1@AL359334
p1@L08441
Hg19::chrM:9538..9549+第2页@BC023992
Hg19::chrX:125606790..125606809+第1页@MTND4P24


此共表达簇上的丰富路径<b>摘要:典型路径基因集是从Reactome、Wikipathys和KEGG中编译而来的。对于主要的信号通路,转录调控基因(下游靶点)是从Netpath获得的。综合起来,典型途径和下游靶点总计489个人类基因集。利用同源基因数据库通过同源性推断出相应的小家鼠基因集。通过超几何概率评估共表达簇中包括的489个经典途径和基因集中的每一个的富集度。然后,采用Benjamini-Hochberg方法对所得P值进行调整,以进行多重比较<br><b>分析师:Emmanuel Dimont链接到源数据集数据


此共表达无结果

此共表达簇上的丰富基因本体术语<b>摘要:共表达簇的GOStat分析结果。使用GOStat(PMID:14962934)和默认参数对启动子映射到至少两个不同基因的每个簇进行分析<br><b>分析师:Erik Arner链接到源数据集数据


GO标识GO名称FDR校正的p值
GO:0045298号微管蛋白复合物0.00417991286942188
去:0005771多泡体0.00417991286942188
去:0005770晚期内体0.0271694336512422
GO:0055074号钙离子稳态0.0271694336512422
去:0006874细胞钙离子稳态0.0271694336512422
去:0006875细胞内金属离子稳态0.0271694336512422
GO:0055065号金属离子稳态0.0271694336512422
去:0006916抗凋亡0.0271694336512422
去:0030005细胞内二、三价无机阳离子稳态0.0271694336512422
GO:0055066号二、三价无机阳离子稳态0.0271694336512422
转到:0006816钙离子转运0.0271694336512422
去:0005768内体0.0271694336512422
去:0030003细胞阳离子稳态0.0271694336512422
GO:0055080号阳离子稳态0.0271694336512422
电话:0043066细胞凋亡的负调控0.0271694336512422
GO:0043069号程序性细胞死亡的负调控0.0271694336512422
GO:0055082号细胞化学稳态0.0271694336512422
去:0006873细胞离子稳态0.0271694336512422
GO:0015674号二、三价无机阳离子迁移0.0271694336512422
去:0050801离子稳态0.027900918403391
去:0005874微管0.0286894019673956
GO:0048878号化学稳态0.0286894019673956
GO:0019725号细胞稳态0.0340753766528957
GO:0042592号稳态过程0.0417991286942188
GO:0015630号微管细胞骨架0.0424421922125913
去:0005615细胞外间隙0.0424421922125913
GO:0042981号细胞凋亡的调节0.0429933895140536
GO:0043067号细胞程序性死亡的调控0.0429933895140536
去:0030001金属离子传输0.04915000994734



此共同表达集群上的丰富示例本体术语<b>摘要:</b>为了总结1000个样本中的启动子活性(TSS区域的表达谱),我们基于FANTOM5样本本体(FF本体)进行了富集分析。这里的问题是“在哪种类型的样本中启动子更活跃”。为了回答这个问题,我们使用Mann-Whitney秩和检验比较了与样本本体术语相关的样本和其余样本中的表达式(TPM)。为了总结在这个共表达集群中丰富的本体,我们对组成的所有启动子的平均表达谱进行了相同的分析<b> 分析师:Hideya Kawaji链接到源数据集uberon_data(超级数据)<br>疾病数据<br>


优步解剖
本体术语p值n个
神经管1.81e-2056
神经棒1.81e-20英寸56
未来脊髓1.81e-2056
神经龙骨1.81e-2056
成体生物2.50e-20114
神经系统区域部分5.20e-19日53
大脑区域部分5.20e-19日53
神经系统2.55e-1789
中枢神经系统3.19e-17日81
前脑区域部分5.83e-1741
前脑5.83e-1741
前神经管5.83e-1741
未来前脑5.83e-1741
1.28e-1568
未来大脑1.28e-1568
脑灰质1.07e-1434
灰质1.07e-1434
端脑9.46e-14段34
神经外胚层1.60e-1386
端脑区域部分1.83电子-1332
大脑半球3.63e-13节32
神经板5.10e-13页82
假定神经板5.10e-13页82
大脑皮层区域部分8.68e-12日22
新皮质1.53e-10号机组20
外髓氦4.80e-10104
大脑皮层1.16e-0925
大脑皮层1.16e-0925
弦前神经板3.79至0961
器官系统细分1.42e-08年223
外胚层衍生结构8.59e-08年171
外胚层8.59e-08年171
推测外胚层8.59e-08年171
神经核2007年8月26日9
大脑核2007年8月26日9
基底神经节8.82e-07号9
神经轴核复合体8.82e-07号9
大脑的聚集区域部分8.82e-07号9
基底神经节集合8.82e-07号9
大脑皮层下2007年8月22日9
疾病
本体术语p值n个
细胞增殖病5.35e-16页239
癌症3.60e-15日235
器官系统癌1.72e-08年137
细胞型癌2.53e-08143


此共表达簇上过度表达的TFBS(DNA)基序<b>摘要:</b>显示的值是该共表达簇中基序过度表达的p值。因此,较小的p值意味着强烈的过度代表性<b> 分析师:Michiel de Hoon链接到源数据数据<br><br>茉莉花图案<br>数据


新颖的图案



JASPAR图案

Motifs公司-log10(p值)
MA0003.1号机组0
MA0004.1号机组0.00260673
MA0006.1号机组0.000112973
MA0007.1号机组0.00196851
MA0009.1号机组0.106476
MA0014.1号0
MA0017.1号0.000292928
MA0019.1号0.0145471
MA0024.1号机组0.0644828
MA0025.1号文件0.175475
MA0027.1号机组1.46439
MA0028.1号机组0.000169921
MA0029.1号机组0.0713631
MA0030.1型0.0672343
MA0031.1号文件0.0465722
电话0038.10.0471975
MA0040.1型0.255982
MA0041.1号0.0202287
MA0042.1号0.0459162
MA0043.1号0.106619
MA0046.1号0.333015
MA0048.1号1.88169e-09
马0050.10.00216419
MA0051.1号0.00890693
MA0052.1号0.0749729
MA0055.1号1.65593e-11号
马0056.10
MA0057.1号2.38167e-08号
MA0058.1号0.000502429
MA0059.1号0.00048935
马0060.12007年6月21日-05日
MA0061.1号2014年2月29日-07日
MA0063.1号0
MA0066.1号0.00935718
MA0067.1号0.294478
MA0068.1号8.34177e-06号
马0069.10.0998855
MA0070.1号0.650463
MA0071.1号0.00603941
MA0072.1号0.093111
MA0073.1号0
MA0074.1号0.00883558
MA0076.1号0.000688379
MA0077.1号0.0898728
MA0078.1号0.0223541
MA0081.1号0.000490982
MA0083.1号0.109916
MA0084.1号0.43698
MA0087.1号0.0920771
MA0088.1号1.02593e-10
马0089.10
MA0090.1号0.000902456
MA0091.1号机组0.00270748
MA0092.1号0.00151369
MA0093.1号0.00112333
马0095.10
马0098.10
MA0100.1型0.0107507
MA0101.1号机组0.000133124
MA0103.1号0.00404296
MA0105.1号3.54892e-10页
MA0106.1号0.0140309
MA0107.1号1.45596e-05号
MA0108.2号0.0457009
MA0109.1号0
MA0111.1号0.00114851
MA0113.1号0.0162992
MA0114.1号0.000139462
MA0115.1号0.242118
MA0116.1号1.64375e-05
MA0117.1号0.124249
马0119.10.000348463
MA0122.1号机组0.137275
MA0124.1号机组0.21537
MA0125.1号机组0.165293
MA0130.1号机组0
马0131.10.0257778
MA0132.1号机组0
MA0133.1号机组0
MA0135.1号机组0.383334
MA0136.1号机组0.0100269
MA0139.1号1974年3月4日-05日
MA0140.1号机组0.00585093
MA0141.1号0.0037082
MA0142.1号0.0380114
MA0143.1号0.0163249
MA0144.1号机组7.12455电子06
MA0145.1号1.52722e-11号机组
MA0146.1号1.03566e-08号
MA0147.1号1.85409e-05
MA0148.1号0.00369235
MA0149.1号0.0052018
MA0062.2号3.99669e-07号
MA0035.2号0.00580167
MA0039.2号0
MA0138.2号机组0.0225756
MA0002.2号机组1.58492e-05号
马0137.20.00173079
MA0104.2号1.90353电子-06
MA0047.2号0.0125001
MA0112.2号1.82439e-10号机组
MA0065.2号5.32925e-08号
MA0150.1号机组0.000809456
MA0151.1号0
MA0152.1号0.00632458
MA0153.1号机组0.155952
MA0154.1号机组6.85301电子08
MA0155.1号1.05319e-08号
MA0156.1号机组0.000209934
MA0157.1号0.0314791
MA0158.1号0
MA0159.1号机组0.000209219
MA0160.1号0.00450714
MA0161.1号机组0
MA0162.1号机组3.34454电子-09
MA0163.1号机组0
MA0164.1号机组0.0181753
MA0080.2号0.000122564
马0018.20.0142132
MA0099.2号机组0.00635111
MA0079.2号0
MA0102.2号机组0.467262
马0258.14.88472e-06
马0259.12.45634e-05号
马0442.10



ENCODE TF ChIP-seq峰富集分析<b>摘要:</b>对于每个TF和每个共表达簇,使用Fisher精确检验将带有ENCODE TF ChIP信号的启动子数量与稳健集的其他启动子进行比较。Benjamini-Hochberg校正后,保留了ChIP显著富集(q<=0.05)的聚类<br><b>分析师:Erik Arner链接到源数据集数据


没有此群集的分析结果

共表达簇的相对表达<b>总结:</b>将共表达簇与FANTOM5样本进行比较,以获得相对表达<br><b>分析师:不适用<br><br>链接到数据源数据