人和小鼠miRNAs及其启动子的整合表达图谱

通过应用短RNA-sequencing和Cap Analysis of Gene Expression（CAGE），我们在大量原始细胞类型中生成了成熟miRNAs及其主要转录物的表达谱。CAGE还允许我们绘制其推广人的地图。我们表明，miRNA启动子高度保守，成熟转录物和初级转录物的表达谱相互关联，来自同一个多顺反子的miRNA高度相关。我们将数据作为网络资源提供给研究社区。

De Rie D.等人。自然生物技术
内政部：10.1038/nbt.3947
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具有精确5′端的人类长非编码RNA图谱

对于从我们的基因组转录的数千个长的非编码RNA是功能性的还是噪音转录机器的副产品，存在着强烈的争论。RIKEN领导的FANTOM5联盟的科学家使用了一种称为基因表达帽分析（CAGE）的技术，构建了一个具有精确5'末端的人类长非编码RNA图谱，并总结了它们在主要细胞类型中的表达模式。在发表在《自然》杂志上的这项工作中，他们将这一表达图谱与其他遗传和基因组数据集进行了交叉，并表明这些长的非编码RNA中的许多可能是功能性的。

尊敬的C.等人。自然
内政部：10.1038/性质21374
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转录增强子在哺乳动物细胞中引导协调转录波。

利用活性启动子和增强子是转录的这一事实，我们同时测量了19个人类和14个小鼠时间进程中的活性，涵盖了广泛的细胞类型和生物刺激。我们的分析提出了一个高度普遍化的模型，其中增强子转录是细胞分化或激活期间连续转录变化波中最早的事件。

Arner E.等人。科学
内政部：10.1126/科学.1259418
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人体内的促进剂和增强剂图谱

人类染色体上的启动子（蓝色）和增强子（红色）密度。染色体5扩增，显示启动子细胞特异性/表达（粉红色/黄色外层）、相应的增强子数据（内层）和增强子-启动子相互作用（蓝色）。启动子之间的共表达簇显示为染色体之间的彩色线。

Robin Andersson和Albin Sandelin的图片

启动子级哺乳动物表达图谱。

对大量原代细胞类型的基因表达（CAGE）进行的Cap分析表明，许多哺乳动物启动子是由多个紧密分离的TSS组成的复合实体，具有独立的细胞类型特异性表达谱。以FANTOM5启动子为中心的表达图谱提供了人类和小鼠基因组中大多数编码和非编码转录物的表达谱。

Forrest，A.R.R.等人。自然
内政部：10.1038/自然11382

人体活性增强剂图谱。

增强子控制基因表达的正确时间和细胞类型特异性激活。我们制作了一个涵盖大多数人体组织和细胞类型的活性增强剂图谱。该图谱用于比较不同细胞之间的调控程序，识别疾病相关的调控单核苷酸多态性，并对细胞类型特异性和普遍存在的增强子进行分类。

Andersson，R.等人。自然
内政部：10.1038/自然12787

通过深度测序重新定义人类肥大细胞转录组。

使用新分离的皮肤源性肥大细胞（MC）FANTOM5揭示了人类MC转录组的全面视图。肥大细胞在造血谱系中是独特的，并且仅与嗜碱性粒细胞有远缘关系。我们还发现肥大细胞表达BMP受体，BMP能够促进人类MC的存活和恢复。

Motakis，E.等人。血液
内政部：10.1182/血液-2013-02-483792

人类单核细胞亚群中的转录和增强子分析。

互补CAGE和表观遗传学剖析了人类单核细胞三个主要亚群之间的差异。这项FANTOM5研究强调了差异基因、转录因子和增强子的使用，并确定了以前未被识别的亚群之间的代谢差异。

Schmidl，C.等人。血液
内政部：10.1182/血液-2013-02-484188

人类调节性和常规T细胞亚群的增强子和启动子景观。

它们避免免疫反应的能力使调节性T细胞（Treg）在临床应用中非常有趣。这项FANTOM5研究调查了体外扩增前后幼稚和记忆Treg及其传统T细胞（Tconv）对应物中的转录因子网络，并表明体外扩增Treg不会显著改变其Treg特异性效应分子库。

Schmidl，C.等人。血液
内政部：10.1182/血液-2013-02-486944

粒细胞生成中DNA甲基组和转录组的分析揭示了时间变化和动态增强子甲基化

总的来说，本研究详细描述了粒细胞生成过程中发生的表观遗传和转录变化，并支持DNA甲基化作为血细胞分化调控机制的作用。我们发现甲基化在特定分化阶段发生变化，并与关键造血转录因子的活性重叠。此外，差异甲基化位点在增强子元件中过度表达，并在分化过程中变得活跃的增强子中富集。

Rönnerblad等人。血液
内政部：10.1182/血液-2013-02-482893

高通量转录谱分析确定造血的假定表观遗传调控因子

决定造血细胞命运和分化的转录程序需要由调控DNA甲基化、翻译后组蛋白修饰和染色质结构的表观遗传因子网络提供表观遗传记忆功能。为了阐明不同表观遗传因子在人类造血中的作用，利用基因表达的高通量cap分析在广泛的血细胞中构建199个表观遗传因素的转录谱。

Prasad等人。血液
内政部：10.1182/血液-2013-02-483537

利用克隆扩增和单分子下一代测序比较CAGE和RNA-seq转录组分析

Kawaji等人。基因组研究
内政部：10.1101克156232.113

表观遗传变化和Foxp3表达在调节性T细胞特异性转录调控中的差异作用。

特异性表达转录因子Foxp3的调节性T（Treg）细胞参与维持免疫耐受性和体内平衡。利用表观基因组数据（包括DNA甲基化和转录因子结合位点）对FANTOM5 CAGE数据进行分析表明，Treg特异性去甲基化和Foxp3在Treg特异性基因调控中起着不同但互补的作用。

Morikawa H等人。美国国家科学院程序。
内政部：10.1073/pnas.1312717110

人类细胞在蛋白质创新方面的进化

结合FANTOM5 CAGE数据和蛋白质域注释，我们可以了解不同细胞类型是如何进化的。我们能够识别已知的进化事件，也能够突出其他尚未发现的新事件。

Sardar，A.J.等人。分子生物学与进化
内政部：10.1093/molbev/mst139

使用ZENBU对大规模NGS数据集进行交互式可视化和分析。

下一代测序协议，如RNA-seq、ChIP-seq、DHS-seq和CAGE，跨越大量样本收集，正在产生大量数据来阐明基因组功能。为了便于对1000个NGS实验的结果进行交互比较，我们提出了ZENBU，这是一个将数据集成和数据分析结合到基因组浏览器中的web应用程序，具有增强的基因表达和表观基因组可视化功能。

Severin，J.等人。自然生物技术
内政部：10.1038/nbt.2840

人类纤维蛋白/LTBP基因家族的转录谱，间充质细胞功能的关键调节器。

纤维素酶和潜在转化生长因子结合蛋白（LTBPs）形成一个蛋白质超家族，参与细胞外基质的结构和控制TGFβ家族成员的生物利用度。我们对转录起始位点进行了研究，这表明这类重要的细胞外基质蛋白受到细微的调节变化，从而解释了该基因家族成员的不同作用。

Davis，M.R.等人。分子遗传学与代谢
内政部：2016年10月10日/j.ymgme.2013.12.006

解释哺乳动物启动子特性之间的相关性

启动子在CpG丰富度、TATA信号、进化保守性、表达特异性和转录起始位点的染色体扩散方面具有神秘的变异。我们警告在测量这些属性时存在偏见，表明大多数启动子都有非特异性表达，并对属性之间的相关性提供了简单的解释。

Frith，M.C.等人。核酸研究
内政部：10.1093/nar/gku115

CAGExploreR：一个R包，用于分析和可视化多个实验中的启动子动力学。

CAGExploreR是一个R包，它有助于检测和可视化多克隆基因启动子区域相对转录的变化，所有这些都是在整体基因表达的背景下进行的。可以同时比较多个样本。主要基于FANTOM5启动程序集定义，但也可以使用其他区域，如MPromDb或用户提供的区域。

Dimont，E.等人。生物信息学
内政部：10.1093/生物信息学/btu125

铜蓝蛋白是一种新型脂肪因子，在肥胖受试者的脂肪组织和肥胖相关癌细胞中过表达

肥胖会增加患特定癌症的风险。脂肪因子的脂肪细胞分泌增加可能通过组织间的相互作用促进肥胖患者的恶性肿瘤。我们发现铜蓝蛋白（CP）在肥胖相关癌症和肥胖受试者的脂肪组织中表达强烈富集。我们证明CP是一种新的脂肪因子，在肥胖中产生和分泌增加。

Arner，E.等人。PLOS ONE系列
内政部：10.1371/journal.pone.0080274

胞嘧啶甲基化对转录因子结合位点的影响

16%的单个CpG甲基化与邻近的TSS表达呈负相关。我们观察到在转录因子结合位点（TFBS）内对这些CpG的选择，阻遏物比激活物更强，核心TFBS位置比侧翼位置更强。我们认为TFBSs的选择性甲基化阻止转录因子结合仅限于特殊情况，不能成为转录调控的全局机制。

Medvedeva Y.A.等人。BMC基因组学
内政部：10.1186/1471-2164-15-119

染色质状态揭示了四种人类细胞系中全球定义的转录起始位点的功能关联

破译染色质调节转录的最常见模式是提高我们对人类细胞生物学的理解的一项重要任务。来自FANTOM5的转录数据是来自ENCODE项目的综合数据，用于描述四种人类细胞系中表达和抑制转录起始位点周围的染色质特征。

Rye M.等人。BMC基因组学
内政部：10.1186/1471-2164-15-120