作为成年斑马鱼神经祖细胞来源的肠神经胶质

  1. 莎拉·麦卡勒姆
  2. Yuuki Obata公司
  3. 伊万杰利亚·福里
  4. 斯特凡·波音
  5. 克里斯托弗·J·佩迪
  6. 徐启灵(Qiling Xu)
  7. 斯图尔特·霍斯韦尔
  8. 罗伯特·N·凯尔什
  9. 露西·科林森
  10. 大卫·威尔金森
  11. 卡门别针
  12. 瓦西里斯·帕奇尼斯  是通讯作者
  13. Tiffany A Heanue公司  是通讯作者
  1. 英国弗朗西斯·克里克研究所神经系统实验室的发展和平衡
  2. 英国弗朗西斯·克里克研究所生物信息与统计科学技术平台
  3. 英国弗朗西斯·克里克研究所电子显微镜科学技术平台
  4. 英国弗朗西斯·克里克研究所神经发育实验室
  5. 英国巴斯大学生物与生物化学系
  6. 英国阿斯利康研发部临床药理学和定量药理学、临床药理学与安全科学

摘要

脊椎动物肠道神经系统(ENS)中神经祖细胞的存在和身份是一个激烈争论的问题。在此,我们证明硬骨鱼类的非神经元ENS细胞室与哺乳动物肠神经胶质细胞具有相同的分子和形态学特征,但无法通过典型神经胶质标记的表达来识别。然而,与它们的哺乳动物对应物不同的是,它们通常处于静止状态,在体内平衡期间不进行神经元分化,我们发现斑马鱼肠道神经胶质细胞在生理条件下增殖,从而产生分化为肠道神经元的子代。我们还提供证据表明,与脑神经干细胞类似,肠神经胶质细胞的激活和神经元分化受Notch信号调节。我们的实验揭示了硬骨鱼类肠神经胶质细胞和脑神经干细胞之间的显著相似性,并为利用哺乳动物肠神经胶质作为神经元的潜在来源,恢复因损伤或疾病而受损的肠神经回路的活动开辟了新的可能性。

介绍

组织的完整性和修复取决于成人干细胞的调节动力学,成人干细胞具有补充因生理周转或疾病耗尽的细胞室的能力。神经干细胞(NSCs)的研究推动了大脑基础研究,为再生神经科学开辟了新的令人兴奋的机会(莫拉莱斯和米拉,2019年). 然而,由于国家科学委员会的研究主要集中在中枢神经系统(CNS),我们对周围神经网络,特别是肠神经系统(ENS)的稳态和再生潜力的理解是最小的,最好是现象学的。这种知识上的差距阻碍了基础胃肠生物学的进步,阻碍了修复先天缺陷或因损伤或疾病受损的肠神经回路的潜在治疗策略的发展。

ENS包括胃肠道的内在神经胶质网络,对消化功能和肠道内环境稳定至关重要(Furness,2006年). 在脊椎动物中,ENS的组装始于胚胎发育期间,少量神经嵴(NC)细胞侵入前肠,在整个胃肠道增殖和定居,产生不同类型的肠神经元和胶质细胞,形成相互连接的神经节网络(Heanue和Pachnis,2007年). ENS的发展依赖于NC细胞系内在程序的综合活动和来自周围非神经外胚层肠道组织的信号,最终决定肠神经胶质网络的组织和生理特性(Avetisyan等人,2015年;Rao和Gershon,2018年). 尽管在理解支持肠道神经回路组装的发育机制方面取得了相当大的进展,但对于成年动物体内稳态期间或肠道病理反应期间ENS细胞谱系的动力学知之甚少。主流观点认为,哺乳动物ENS中的绝大多数肠道神经元是在胚胎发生和出生后早期出生的,并在一生中保持与肠道回路的功能整合(Bergner等人,2014年;Joseph等人,2011年;Laranjeira等人,2011年;Pham等人,1991年). 同样,肠神经胶质细胞(EGC)通常是静止的,在任何给定的时间只有一小部分增殖(Joseph等人,2011年;Kabouridis等人,2015年). 尽管这种静态观点认为ENS处于内稳态,但小鼠的谱系追踪实验提供了证据,证明在实验条件下,如神经节丛的化学损伤和细菌感染,Sox10的一小部分+和Sox2+EGC可以分化为神经元(Belkind Gerson等人,2017;Belkind-Gerson等人,2015年;Laranjeira等人,2011年). 然而,最近的一项研究表明,Sox10的种群-内斯汀+即使在生理条件下,ENS细胞也会进行广泛的增殖和神经元分化,补充因凋亡而持续丢失的肠神经元(Kulkarni等人,2017年). 虽然这个命题的基本原理没有可用的实验证据支持(Joseph等人,2011年;Laranjeira等人,2011年;怀特等人,2018年)它突出了脊椎动物ENS维持和再生潜力的细胞和分子机制方面的关键但尚未解决的问题。

为了解决这些问题,我们研究了斑马鱼的ENS,斑马鱼是脊椎动物神经干细胞和神经再生研究的优秀模型生物。通过遗传谱系追踪、基因表达谱分析、相关光学和电子显微镜(CLEM)、实时成像和计算模型,我们证明斑马鱼ENS的非神经元室表达转基因报告子Tg(her4.3:EGFP)与哺乳动物EGC和大脑NSC具有相同的特性。Tg(her4.3:EGFP)+ENS细胞具有哺乳动物肠神经胶质细胞的形态特征和表达基因特征,但无法检测到典型的神经胶质标记物。更接近斑马鱼脑放射状胶质细胞(RGC)的功能特性,EGFP+ENS细胞在Notch信号的控制下增殖并进行构成性神经元分化。我们的研究表明体内脊椎动物肠神经胶质细胞的神经源性潜能,并揭示了以前意想不到的与大脑中神经干细胞的相似性。

结果

斑马鱼ENS中未检测到典型胶质标记的表达

为了为系统搜索非羊膜脊椎动物ENS中具有神经原潜能的细胞铺平道路,我们首先对斑马鱼ENS的非神经室进行了表征,斑马鱼是肠神经祖细胞的最可能来源。最初,我们将SAGFF234A公司Gal4转录激活物基因陷阱无人机:GFP为了产生SAGFF234A;无人机:GFP动物,其中ENS祖细胞和肠神经元被GFP标记(Heanue等人,2016a;Kawakami等人,2010年). 在受精后7天(dpf)幼虫中,大多数GFP+细胞(93.76%±2.99)共同表达泛神经标记物HuC/D(图1——补充图1A、D)表明与哺乳动物相比,EGC的数量超过肠神经元(加贝拉,1981年;Rühl,2005年),斑马鱼的非神经元ENS细胞群要小得多。为了支持这一假设,我们还量化了ENS中神经元的比例Tg(−4725sox10:Cre;βactin-LoxP-STOP-LoxP-hmgb1-mCherry)转基因鱼类(以下简称Tg(sox10:Cre;樱桃))其中sox10型-驱动Cre重组酶激活早期NC细胞和包括ENS在内的所有衍生谱系中的核樱桃报告子(罗德里格斯等人,2012年;Wang等人,2011年b). 虽然效率低于之前发布的sox10core/reporter组合Tg(sox10:Cre;ef1a:loxP-GFP-loxP-DsRed2)(罗德里格斯等人,2012年;图1——补充图1C),Tg(sox10:Cre;樱桃)标记神经元和非神经元细胞的等效比例(图1——图补1D). 与分析一致SAGFF234A;无人机:GFP动物,大多数樱桃+7dpf肠道细胞(84.79±7.70%)Tg(sox10:Cre;樱桃)幼虫对HuC/D呈阳性(图1A、C). 成人(≥3个月大)的类似分析Tg(sox10:Cre;樱桃)斑马鱼表明,尽管Cherry的非神经元部分+即使在这个阶段,大多数ENS的细胞数量也高于7 dpf幼虫+细胞(65.49±4.8%)为神经元(图1B、C). 因此,斑马鱼ENS中的非神经元室明显小于其哺乳动物对应物。

斑马鱼ENS的非神经元隔室相对较小,无法使用典型胶质标记物进行鉴定。

(一个)7 dpf肠道的共焦图像Tg(sox10:Cre;樱桃)幼虫对樱桃(红色,顶部)和HuC/D(青色,中部)进行免疫染色(n=13)。底部面板是Cherry和HuC/D信号的合并。插图显示了方框区域的高放大率。箭头指向樱桃+户口C/D+单元格和箭头指向樱桃+户口C/D-单元格。虚线描绘肠道。开放箭头表示樱桃+NC-衍生黑素细胞(M),存在于肠外。(B类)Cherry(红色,顶部)和HuC/D(青色,中部)成年斑马鱼肠道ENS免疫染色共聚焦图像(n=13)。底部面板是Cherry和HuC/D信号的合并。插图显示了方框区域的高放大率。箭头指向樱桃+户口C/D+单元格和箭头指向Cherry+户口C/D-细胞。(C类)神经元定量(樱桃+户口C/D+)和非神经元(樱桃+户口C/D-)内部的蜂窝隔间sox10型-7 dpf时的血统和成年斑马鱼,n=13个生物复制品,数据为平均值±SD。(D类)7 dpf斑马鱼幼虫肠道S100β(绿色)和HuC/D(红色)免疫染色的共焦图像。尽管肠内神经元丰富(n=30),但ENS中未检测到S100β信号。(E类)7 dpf肠道的共焦图像Tg(gfap:GFP)幼虫免疫染色GFP(绿色)和HuC/D(红色)。尽管有大量的HuC/D,但在肠道内看不到GFP信号+神经元(n=50)。GFP公司+观察到与脊神经相关的纤维向肠道下降,但从未进入肠道(开放箭头)。D和E中的虚线描绘了肠道。(F类)S100β(绿色)和HuC/D(红色)对成年斑马鱼ENS进行免疫染色(n=5)。(G公司)成人ENS的免疫染色Tg(gfap:GFP)带有GFP(绿色)和HuC/D(红色)的斑马鱼(n=13)。S100β(F类)和GFP(G公司)尽管存在HuC/D,但信号缺失+神经元。所有共焦图像都是短共焦叠加的最大投影。合并面板中显示50µm标尺。

哺乳动物ENS的所有非神经元细胞均被鉴定为肠神经胶质,表达典型胶质标记物S100β、GFAP和BFABP的组合(Hao等人,2016年;Young等人,2003年). 为了确定这些标记蛋白是否也在斑马鱼ENS中表达,我们使用针对它们的抗体对7只dpf仔鱼进行免疫染色,此时肠道内固有神经网络控制的有组织肠道运动模式清晰可见(Heanue等人,2016a;Holmberg等人,2007年;Kuhlman和Eisen,2007年). 令人惊讶的是,在此阶段斑马鱼的ENS中没有检测到信号(图1D图1——补充图1E–F). 斑马鱼GFAP特异性两种抗体检测的免疫染色信号(贝克等人,2019年;Trevarrow等人,1990年)可能代表与非神经外胚层肠道组织的交叉反应,因为它持续存在于ret(雷特)突变幼虫,缺乏肠神经胶质网络(图1——补充图1G–J;Heanue等人,2016a). GFAP的免疫染色信号以前曾在ENS中报道过(贝克等人,2019年;Kelsh和Eisen,2000年)然而,在我们的实验中,这种表达显然不在NC-衍生谱系中。与免疫染色一致Tg(gfap:GFP)转基因(Bernardos和Raymond,2006年)在7只dpf幼虫的肠道中也检测不到(图1E). 与ENS相比,这些免疫染色和转基因试剂识别出脊髓中的预期信号(图1——补充图1K–P). 为了确定胶质细胞标记物表达的缺乏不是由于肠胶质细胞成熟延迟引起的,我们还对成年斑马鱼肠道的GFAP、S100β、BFABP和(在gfap:GFP转基因)GFP。与7只dpf动物相似,这些标记物或gfap:GFP在成人肠道中检测到转基因(图1F-G,图1-图补充1Q–R). 最后,与表明巢蛋白在哺乳动物肠神经节非神经元细胞中表达的报告相反(Kulkarni等人,2017年),没有表达式嵌套:GFP在成年斑马鱼的ENS中检测到转基因(图1——图补充1S). 综上所述,我们的研究表明,斑马鱼ENS的非神经元隔室相对于其哺乳动物对应物要小得多,并且不能用通常用于鉴定肠神经胶质的免疫组织化学试剂进行标记。

斑马鱼ENS的非神经细胞与哺乳动物EGC早期NC细胞和ENS祖细胞标记物共享

为了进一步探索斑马鱼非神经元ENS细胞室的基因表达谱,我们对从斑马鱼体内分离的荧光标记细胞核(nRNAseq)进行了批量RNA测序Tg(sox10:Cre;樱桃)成年肠外肌层。我们最近描述的这个策略(Obata等人,2020年)避免了组织分离和细胞分离的冗长程序,这些程序通常会导致相当大的细胞损伤。由于现有的转基因工具不允许我们明确标记非神经元ENS细胞室,因此对FACS(荧光激活细胞分选)纯化的细胞核进行了大量nRNAseq,FACS代表樱桃+(整个ENS)和Cherry-(非ENS)外肌层细胞群Tg(sox10:Cre;樱桃)斑马鱼肠(图2A图2——图补充1A; 另请参见材料和方法)。主成分分析(PCA)表明樱桃的分离很明显+和樱桃-沿着PC1的核转录组(图2——补充图1B),表明沿该轴的变异性主要由两个细胞群体的谱系起源(NC与非NC)决定。正如预期的那样,与非NC组织(如平滑肌细胞)相关的基因(我的11a,计算1a,srfa公司,gata6型),Cajal间质细胞(阳极1,基塔,小工具)和免疫细胞(lcp1基因,液化石油气,里兹),在樱桃园被上调-核转录组(图2B). 相反,与NC-derived ENS谱系相关的基因(例如弹性3,弹性4,ret(雷特),贵宾,茶太,sox10型)在樱桃园被上调+核人口(图2B)(地理数据库GSE145885;补充文件1; 可以在这里找到用于探索分析数据的交互式数据查看器:https://biological.crick.ac.uk/ENS). 此外,基因本体(GO)术语在Cherry中得到了丰富+核人口与神经系统发育和功能相关(图2——补充图1C-E). 最后,樱桃的直接比较+7只dpf幼虫肠道神经元转录谱数据集Tg(pho2b:EGFP)周37转基因(Roy-Carson等人,2017年),确定了一大批共享基因(包括phox2bb公司,ret(雷特),弹性3,弹性4,贵宾,国家计量单位)这大概反映了混合樱桃的神经成分+核人口(图2C、黄色圆点、,图2——图补1F补充文件2).

成年斑马鱼ENS的转录组分析。

(一个)成人ENS核分离的实验策略Tg(sox10:Cre;樱桃)肠道和核RNAseq。每个条件进行五次生物复制。(B类)火山图显示平均对数2褶皱变化(x轴)和显著性(-log10樱桃差异表达基因的调整p值(y轴)+相对于Cherry-细胞核。ENS的基因特征以红色突出显示,在樱桃中更为丰富+核,而具有非神经外胚层谱系特征的基因,如平滑肌(紫色)、Cajal间质细胞(绿色)和免疫相关(蓝色),在樱桃中更为丰富-细胞核。(C类)火山图(如图B所示),其中基因先前在幼体ENS神经元的转录特征中确定(Roy-Carson等人,2017年)以黄色显示。这些包括已建立的神经元标记物,例如phox2bb公司,ret(雷特),弹性3,弹性4,贵宾、和纳米单位樱桃中富含基因+幼虫ENS神经元转录组中缺失的核种群以黑色显示。这些包括sox10型,狐狸d3,sox2,plp1,哺乳动物同源基因由小鼠EGC表达,tfap2a,早期NC发育所需的基因,col28a1b其哺乳动物直系亲属是外周神经胶质标记ptprz1a型、和ptprz1b型已在胶质母细胞瘤干细胞中鉴定。padj<0.05的基因(Log10p值<1.3)和/或对数2FC<0以灰色显示。(D、 电子)荧光共焦图像就地使用探针进行杂交(RNAscope)sox10型(D类)以及狐狸d3(E类)关于成年人Tg(sox10:Cre;樱桃)对Cherry(ENS谱系)和HuC/D(ENS神经元)进行免疫染色的肠外肌层制剂。两者的信号sox10型狐狸d3(白色箭头)对应于非神经元细胞(樱桃+户口C/D-,箭头),但肠道神经元(樱桃+户口C/D+,箭头)。(F类)成人免疫染色Tg(sox10:Cre;樱桃)Sox2(蓝色)、Cherry(红色)和HuC/D(绿色)的肠道。Sox2由非神经元ENS细胞特异表达。生物复制品:D,n=4;E、 n=6;F、 n=5。所有共焦图像都是短共焦叠加的最大投影。合并面板中显示的10µm比例尺。

为了确定斑马鱼ENS非神经元室表达的基因,我们接下来比较了樱桃+最近报告的小鼠EGC转录组的数据集,其中列出了PLP1中25个最高表达的基因+肠神经胶质(Rao等人,2015年). 该列表中几个基因的斑马鱼直系同源物在樱桃中富集+转录组(图2——图补充1G)这表明它们是由斑马鱼ENS的非神经元细胞表达的。这些基因包括sox10型,狐狸d3plp1,在哺乳动物中由早期NC细胞和ENS祖细胞表达,并维持在肠神经胶质细胞中(Dyachuk等人,2014年;Hari等人,2012年;蒙代尔和拉博斯基,2011年;蒙代尔等人,2012年;Weider和Wegner,2017年)以及与胶质细胞建立联系的基因,如柱28a1(Grimal等人,2010年),ptprz1a型ptprz1b型(Fujikawa等人,2017年). 在类似的策略中,我们还比较了Cherry+小鼠ENS神经元和胶质细胞的单细胞转录组数据集(Zeisel等人,2018年). 我们已经从这个小鼠数据集中鉴定了在小鼠ENS神经胶质细胞和神经元之间差异表达的基因,并确定了它们的斑马鱼直系同源物(补充文件3). 我们发现,366只小鼠ENS神经元富集基因在斑马鱼樱桃中存在同源序列+转录组数据集,包括弹性3,弹性4,prph值、和phox2bb公司,很可能反映了我们大量数据集的神经元成分(图2-图补充2A,B,补充文件4). 我们还发现63个小鼠ENS胶质细胞富集基因在斑马鱼樱桃中存在同源序列+数据集,表明这些胶质表达基因在斑马鱼ENS的非神经元成分中检测到(图2——补充图2A、C,补充文件5),包括sox10型,狐狸d3,plp1b和额外的神经嵴标记斑马线2b(Delalande等人,2008年),索2,由小鼠ENS祖细胞和成年EGC表达(Belkind-Gerson等人,2017年;Heanue和Pachnis,2011年)和CNS胶质细胞相关基因维姆(邓等人,2013). 值得注意的是,我们没有观察到典型的胶质标记物绿色食品添加剂,100亿英镑工厂7a/b在这些基因中,与免疫染色分析未能检测到这些标记的表达一致(图1F、G图1——补充图1Q、R)尽管我们不能排除通过对单个细胞进行深度测序来揭示此类标记的可能性。在确定与斑马鱼ENS非神经元成分相关的基因的最终策略中,我们采用了一种不依赖于跨物种比较的策略。描述了樱桃的神经成分+转录组(图2C、黄色圆点和图2——图补1F),我们删除了这组基因,以丰富非神经元ENS细胞室的转录物(图2C,黑点,图2-图补充1H和补充文件6)。这一策略突出了我们先前分析确定的几个基因,包括sox10型狐狸d3。还发现了许多其他基因,包括tfap2a公司,早期NC细胞所需的基因(Knight等人,2003年;Wang等人,2011年a)、和sox2.的表达式sox10型,狐狸d3sox2在斑马鱼的非神经元隔室中,通过复合荧光验证了ENS就地HuC/D免疫染色杂交(RNAscope)和Cherry报告人对成人肠道外肌层的制备Tg(sox10:Cre;樱桃)斑马鱼(图2D-F). 总之,这些实验表明,尽管我们未能检测到常用EGC标记的表达,但斑马鱼ENS和哺乳动物肠神经胶质细胞的非神经元室转录本有相当大的重叠,包括与早期NC细胞和ENS祖细胞相关的基因。

成年斑马鱼ENS中的非神经细胞表达Notch活性报告Tg(her4.3:EGFP)

在哺乳动物中,Notch信号通过减弱ENS祖细胞的细胞自主神经原程序促进肠神经胶质生成(冈村和佐贺,2008年),但Notch靶基因在成人EGC中的表达尚不清楚。此外,转基因Notch活性报告Tg(her4.3:EGFP)(参见该转基因命名的材料和方法)标记斑马鱼大脑中的神经干细胞和神经祖细胞(阿鲁尼和巴利·库伊夫,2016年;Yeo等人,2007年). 鉴于ENS的非神经元成分似乎富含祖细胞标记,以及我们希望找到合适的转基因工具以促进进一步研究,我们已经检查了Notch活性报告子Tg(her4.3:EGFP)在斑马鱼ENS的非神经元细胞中也观察到。我们检测了成年肠道中的Tg(her4.3:EGFP)表达细胞。该分析确定了GFP网络+肠外肌层中与肠神经元及其投射密切相关的细胞(图3A图3——图补充1A). 提供直接证据Tg(her4.3:EGFP)表达细胞是ENS的组成部分,我们引入了her4.3:EGFP(EGFP)将基因转入Tg(sox10:Cre;樱桃)成年人的遗传背景和免疫染色肠道制剂Tg(her4.3:EGFP;sox10:Cre;樱桃)GFP、HuC/D和Cherry的动物。如预期,GFP+细胞对HuC/D呈阴性,但Cherry报告员表达(图3C)表明它们属于ENS的非神经元室+共表达细胞索2sox10型(图3D,E),通过转录组学分析确定为斑马鱼ENS非神经元室表达的基因。我们观察到非神经元成分的异质性:而Sox2在GFP中广泛表达+户口C/D-细胞数量Tg(her4.3:EGFP;sox10:Cre;樱桃)组织,狐狸d3仅以GFP的一部分表达+户口C/D-/Sox2系统+单元格(图3F). GFP+户口C/D-细胞数量Tg(her4.3:EGFP;sox10:Cre;樱桃)约占所有樱桃的四分之一(24.20±5.18%)+ENS细胞,但樱桃的12.93±5.33%+细胞GFP和HuC/D均为阴性(樱桃+GFP公司-户口C/D-) (图3B). 因此,成年斑马鱼肠道中的大多数非神经元ENS细胞可以通过Notch活性报告基因的表达来鉴定Tg(her4.3:EGFP).

这个her4.3:EGFP(EGFP)转基因是成年斑马鱼ENS非神经元细胞群的一个新标记。

(一个)成人共焦图像Tg(her4.3:EGFP)斑马鱼肠道GFP(绿色)和HuC/D(红色)免疫染色。插图是框状区域的高倍放大图,显示GFP+单元格(箭头)与HuC/D密切相关+神经元(箭头)(n=70)。(B类)神经元定量(樱桃+户口C/D+GFP公司-,蓝色)和非神经元细胞群(樱桃+户口C/D-GFP公司+和樱桃+户口C/D-GFP公司-(分别为绿色和红色)Tg(her4.3:EGFP;sox10:Cre;樱桃)斑马鱼(n=3)。数据以平均值±标准差的形式给出。(C类)成人ENS共焦图像Tg(her4.3:EGFP;sox10:Cre;樱桃)斑马鱼的樱桃(红色)、GFP(绿色)和HuC/D(青色)免疫染色。注意Cherry的存在+户口C/D-GFP公司+(箭头)和樱桃+户口C/D-GFP公司-(灰色箭头)细胞以及樱桃的存在+户口C/D+GFP公司-神经元(白色箭头)(n=3)。注意Cherry+樱桃的细胞核大小相等+户口C/D-GFP公司+(箭头),樱桃+户口C/D-GFP公司-(灰色箭头)单元格和樱桃+户口C/D+GFP公司-神经元(白色箭头)。(D类)成人免疫染色Tg(her4.3:EGFP;sox10:Cre;樱桃)带有樱桃(红色)、GFP(绿色)和Sox2(蓝色)抗体的肠道。箭头指向表示所有三个标记的单元格(n=3)。(E类)RNAscope分析ret(雷特)(红色)和sox10型(白色)成人ENS制剂Tg(her4.3:EGFP))斑马鱼肠道GFP免疫染色(绿色)。注意GFP+单元格(箭头)表示sox10型和发现于附近ret(雷特)+GFP公司-肠神经元(灰色箭头)(n=4)。(F类)组合RNA范围狐狸d3成人GFP、Cherry和Sox2免疫染色Tg(her4.3:EGFP;sox10:Cre;樱桃)直觉表明狐狸d3和Sox2在一些ENS细胞(白色箭头)和其他GFP中共同表达+单元格仅表示Sox2(灰色箭头)。所有共焦图像都是短共焦叠加的最大投影。合并面板中的比例尺:(一个)50微米(C–E类)10微米。

GFP公司+成人ENS中的细胞Tg(her4.3:EGFP)斑马鱼具有哺乳动物EGC的形态特征

提供证据证明Tg(her4.3:EGFP)斑马鱼ENS中的表达细胞相当于哺乳动物EGC,我们对GFP的形态进行了表征+肠道中的细胞Tg(her4.3:EGFP)变性人。在光学显微镜水平GFP+细胞高度分支,分为四个形态组,通常对应小鼠EGC的四种形态亚型(I-IV型)(图3——补充图1B-E;Boesmans等人,2015年;Gulbransen和Sharkey,2012年). 虽然斑马鱼ENS缺乏哺乳动物系统中发现的独特神经节,但GFP的存在+肌层细胞,与HuC/D密切相关+单元,HuC/D周围有多个进程+细胞体,令人想起I型哺乳动物EGC(图3——补充图1B;Hanani和Reichenbach,1994年;Boesmans等人,2015年). 此外,细长的GFP+肌层中的细胞,以及沿着AcTu的细胞体和过程+神经元细胞过程与II型哺乳动物EGC表现出明显的相似性(图3——补充图1C;哈纳尼和赖森巴赫,1994年;Boesmans等人,2015年). GFP公司+在靠近肠上皮的粘膜中也发现了细胞(图3——图补1D)类似于位于哺乳动物肠道固有层内的III型粘膜EGC(Boesmans等人,2015年;Kabouridis等人,2015年). 最后,双极性GFP+平滑肌层内发现的与AcTu相关的细胞+神经元纤维让人联想到IV型哺乳动物胶质细胞(图3——图补充1E;Boesmans等人,2015年).

哺乳动物EGC具有独特的超微结构特征,并与肠道神经元及其投射物建立了特征性接触(加贝拉,1972年;Gabella,1981年). 确定GFP是否显示类似特征+ENS细胞群Tg(her4.3:EGFP)斑马鱼,我们分析了EGFP+中的单元格Tg(her4.3:EGFP;SAGFF217B;UAS:mmCherry)使用CLEM的转基因(缪勒·赖歇特(Müller-Reichert)和维卡德(Verkade),2012年). 在这些动物中,EGFP标记非神经元ENS细胞,而Cherry则由二进制报告器驱动Tg(SAGFF217B;UAS:mm樱桃色)(Kawakami等人,2010年),标记肠神经元的子集(图4——图补充1A). CLEM证实了EGFP的密切联系+肠神经元细胞及其投射(图4,图4——补充图1B、C视频1). EGFP产生的流程+细胞可以延伸到18µm并直接接触肠道神经元(图4B、D图4——补充图1C),但与哺乳动物EGC相似(加贝拉,1981年)它们并没有在神经元胞体周围形成完整的“胶囊”,使大部分肠神经元与邻近细胞直接接触(图4A、B,图4——补充图1C视频1). EGFP公司+细胞也延伸出复杂的片状延伸,通常将紧密排列的神经投射束包围和/或细分为扇区(图4D,图4——补充图1C视频1). 细胞质和深核细胞缺乏,哺乳动物EGC和其他外周神经胶质细胞群的特征(加贝拉,1981年)也在EGFP的细胞核中发现+单元格(图4B、D图4——补充图1C).

her4.3:EGFP(EGFP)成年斑马鱼ENS中的表达细胞具有哺乳动物肠神经胶质细胞的超微结构特征。

(A和C)电子显微照片(z-堆叠#903英寸一个和#1039英寸C类)来自成人中肠的3D感兴趣区域Tg(her4.3:EGFP;SAGFF217;UAS:mmCherry)斑马鱼。插图显示了EGFP的超分辨率光学显微镜图像+非神经元细胞与mmCherry+与电子显微照片的方框区域相对应的神经元。EGFP+细胞体大小约为79.6µm(一个)和~79.1µm(C类)投影长度从4µm的片状工艺到18µm以下的较长延伸段不等。相比之下,mmCherry+神经元的细胞体大小约为398.8µm(一个(左)和229.7µm(一个,右侧),投影长度范围为16µm至55µm。(B和D)方框区域的高分辨率图像,如A所示(B类)和C(D类). EGFP+细胞为绿色,肠神经元为红色。黑色箭头表示EGFP之间的接触点+流程和mmCherry+神经元。黄色箭头表示GFP+分隔轴突束的片状延伸(白色星号)。EGFP细胞核中的核沟纹+单元格用黑色箭头表示。两名成年人扫描的六个感兴趣区域的代表性图像。所有图像都是一个z平面。比例尺:10µm(A、 C类和插图A、 C类)和1µm(B、 D类).

视频1
成人的相关光学和电子显微镜(CLEM)分析Tg(her4.3:EGFP;SAGFF234A;UASmmCherry)内脏。

使用Bigwarp将超分辨率光学显微镜体积映射到裁剪的SBF SEM体积中,证实了EGFP的识别和定位+非神经元细胞与mmCherry+中肠三维感兴趣区域内的神经元Tg(her4.3:EGFP;SAGFF217;UAS:mmCherry)斑马鱼。EGFP+细胞和mmCherry+假染色神经元图4图4——补充图1分别用绿色和红色箭头表示,表示每一个都通过卷形成了许多复杂的扩展。数据以每秒10帧的速度显示,XY为100 nm像素(裁剪后表示80.5µm的水平帧宽度),Z为50 nm像素(表示64.8µm深度)。

综上所述,我们表明,与哺乳动物EGC一样her4.3:EGFP(EGFP)+种群与ENS神经元有着共同的谱系,在肌层内发现与ENS神经细胞密切相关,具有独特的形态,使人联想到四种类型的哺乳动物EGC,具有哺乳动物ENS胶质细胞的超微结构特征,并表达多种成熟的哺乳动物EGC-标记物。证据的分量使我们得出结论her4.3:EGFP(EGFP)+细胞构成斑马鱼EGC种群,因此现在将其定义为EGC种群。从今以后,我们将参考Tg(her4.3:EGFP)将成年斑马鱼ENS中的细胞表达为EGC。

斑马鱼EGC的发育概况

为了检测斑马鱼EGC的发育情况,我们对其进行了免疫染色Tg(her4.3:EGFP;SAGFF234A;UAS:mmCherry)GFP和樱桃在不同发育阶段的转基因。受精后54小时(hpf),NC细胞衍生樱桃的阶段+细胞沿着肠道局限于两个不同的迁移柱(Heanue等人,2016a),无双重阳性(樱桃色+GFP公司+)细胞被鉴定(图5——图补充1A). 然而,在60 hpf时,少量GFP+樱桃中的细胞是可以辨认的+NC单元流(图5——补充图1B)在4只dpf幼虫中变得更加丰富(图5——补充图1C). 进一步研究GFP的发育动力学+细胞谱系,我们对活体进行了延时共聚焦显微镜检查Tg(her4.3:EGFP;SAGFF234A;UAS:mmcherry)处于类似阶段的胚胎。影像开始于56 hpf,mmCherry的迁移锋+位于视野前端的NC单元格列(Heanue等人,2016a)并持续40小时(每10分钟1张图像)。与对固定胚胎进行的分析一致,没有EGFP+在mmCherry内发现了细胞+成像头几个小时内的人口(图5A). 然而,EGFP+细胞出现在mmCherry柱内+约62 hpf的电池(图5B),位于迁移mmCherry前端后90µm以上+NC细胞和EGFP的数量+细胞在剩余的成像期内增加(图5C、D;视频2). 有几次,我们发现了个人mmCherry+诱导EGFP从头表达的细胞(视频3). EGFP公司+以吻-尾序列出现的细胞反映了ENS神经元成熟的波(Heanue等人,2016年b)但它们几乎总是位于迁移的肠道NC细胞的前面。相对于mmCherry的尖端+迁移柱以恒定的速度向尾部移动,直到到达FOV的尾端,EGFP+细胞平均表现出最小的口直肠移位(图5E; 132埃及镑+四条鱼的细胞分析),表明在ENS发育期间her4.3:EGFP(EGFP)转基因在迁移后细胞中表达。

实时成像Tg(her4.3:EGFP)+斑马鱼ENS发育过程中的细胞个体发生。

(A–D)定时录制的静态图像Tg(her4.3:EGFP;SAGFF234A;UAS:mmCherry)从56hpf(表示为00:00)到96hpf(40:00)的胚胎成像,这是n=18个生物复制的代表性例子。00:00时(一个)mm樱桃+NC细胞的波前(红色,红色箭头)位于视野(FOV)的嘴侧,没有EGFP+存在单元格(灰色)。05:30(B类),第一个EGFP+单元格(灰色,箭头)出现在mmCherry中+迁移波前后面的NC细胞柱(红色)。明亮GFP+黑素细胞被指定(灰色箭头)。(C类)19:50时,NC单元格列延伸至整个FOV和EGFP数量+单元格(灰色,箭头)增加。白色箭头指向EGFP+细胞呈现圆形形态,可以在随后的延时图像中看到分裂。越来越多的明亮GFP+黑素细胞出现(灰色箭头),在时间推移记录中相对静止。(D类)录制结束时(40:00),EGFP+细胞(灰色)可以在整个肠道中找到(白色箭头)。丰富明亮的GFP+黑素细胞存在于肠道区域(灰色箭头),其特征形态明显。(E类)mmCherry细胞位移的量化(与参考点/时间的归一化距离)+波前(红色)和EGFP+细胞(绿色),数据描述了四条鱼的132个细胞。数据以平均值±SD表示。所有共焦图像都是短共焦叠加的最大投影。50µm标尺,单位为A。

视频2
来自Tg(her4.3:EGFP;SAGFF234A;UASmmCherry)胚胎。

时间推移成像显示Tg(her4.3:EGFP)+细胞(灰色、白色箭头)位于毫米Cherry内+定植于发育中肠道的神经嵴细胞(红色),但EGFP+细胞出现在迁移波前的后面(红色箭头)。给定的时间显示为从录制开始的hh:mm。有关详细信息,请参见方法。

视频3
延时记录中从头开始EGFP表达的代表性记录Tg(her4.3:EGFP;SAGFF234A;UASmmCherry)胚胎。

德诺沃her4.3:EGFP(EGFP)在发育的时间推移记录中观察到肠神经系统(红色)内的转基因表达(灰色)Tg(her4.1:EGFP;SAGFF234A;UAS:mCherry)胚胎(箭头)。

接下来,我们描述了79个EGFP的细胞分裂模式+在实时成像期间迁移到视野或重新出现的细胞。其中,37个细胞产生了至少一代GFP+后代。26个细胞(约33%)经历了单细胞分裂,产生了两个子细胞,其中许多在成像过程中失去了EGFP的表达。在这些情况下,表达EGFP的细胞没有迁移,EGFP表达减少,然后消失。在一定比例的细胞(8个细胞;~10%)中,在第一次分裂事件后,一个或两个子细胞进一步分裂,产生EGFP+孙女们,其中一些失去了记者的表情。对于3个细胞(约4%),在两次分裂事件后,一个孙女细胞进一步分裂以产生第三代EGFP+后代。总计53 EGFP+在成像期间,细胞经历了细胞分裂事件。因此,在开发过程中Tg(her4.3:EGFP)表达细胞能够进入细胞周期,但这样做的细胞仅经历有限数量的细胞分裂,其许多后代最终失去EGFP的表达。EGFP信号的丢失可能与神经元分化有关,因为我们偶尔在7 dpf的肠道中发现her4.3:EGFP(EGFP)HuC/D和GFP弱免疫染色的转基因幼虫细胞(图5——补充图1D). 综上所述,我们对Tg(her4.3:EGFP)斑马鱼发育过程中的表达表明,新生的EGC是迁移后的NC衍生细胞,具有增殖和神经生成潜能。

稳态过程中成年斑马鱼EGC的增殖和神经元分化

成年哺乳动物的肠神经胶质细胞通常处于静止状态,在任何给定的时间只有一小部分细胞进行细胞分裂(Joseph等人,2011年). 为了检测成年斑马鱼EGC的增殖潜力,我们对成年斑马鱼类的全套肠道制剂进行了免疫染色Tg(her4.3:EGFP)用于增殖标志物微小染色体维持5(MCM5)的转基因(Ryu等人,2005年). GFP的10.8±4.2%+MCM5阳性细胞(图6——图补充1)这表明,与哺乳动物相比,相当大比例的斑马鱼EGC在体内平衡期间循环。

我们早期观察到,EGFP表达细胞在ENS中的表达Tg(her4.3:EGFP)斑马鱼胚胎仅经历有限数量的细胞分裂,表明成年动物EGC的EdU(5-乙炔基-2'-脱氧尿苷)标记可用于追踪增殖细胞的后代并确定其命运。与MCM5免疫染色一致,我们发现在3天EdU标记脉冲(t0)结束时,GFP的8.0±4.3%+3个月大婴儿肠道中的细胞her4.3:EGFP(EGFP)转基因斑马鱼与EdU联合标记(图6A、B和D). MCM5的相似百分比+和EdU+细胞表明Tg(her4.3:EGFP)细胞代表一个基本静止的细胞群,分裂的细胞有较长的细胞周期。

成人her4.3:EGFP的增殖和神经原性分化+内稳态期间的ENS细胞。

(一个)实验设计示意图。成人Tg(her4.3:EGFP)斑马鱼在1mM EdU中浸泡三天,并在EdU脉冲后0(t0)、4(t4)或11(t11)天进行分析。(B–C类)在t0收获的EdU(红色)脉冲动物肠道的GFP(绿色)和HuC/D(蓝色)免疫染色(B类)和t4(C类). 箭头(B和C中)指向GFP+户口C/D-教育部+细胞。箭头(C)表示GFP-户口C/D+教育部+神经元。B-C合并面板中的10µm标尺。所有共焦图像都是短共焦叠加的最大投影。(D类)GFP百分比的量化+在t0、t4和t11用EdU标记的细胞(平均值±SD)。(E类)用生物复制品t0 n=6,t4 n=5,t11 n=5(平均值±标准差)量化t0,t4和t11处EdU标记的肠神经元百分比(F类)EdU标记HuC/D密度的计算分析策略+和EGFP+细胞。教育部+GFP公司+细胞位于半径和EdU密度增加的同心圆的中心+GFP公司+和EdU+户口C/D+计算每个圆内的细胞数。半径为40μm的圆(黄色)的示例以较高的放大倍数显示。(G公司)EdU的记录密度(红色图)和模拟密度(蓝色图)+户口C/D+和EdU+GFP公司+EdU周围半径(x轴)增大的同心圆中的单元格(y轴)+GFP公司+细胞。EdU随机分布的蒙特卡罗模拟+户口C/D+或EdU+GFP公司+每个数据集的细胞数执行了2000次以上,以确定随机混合人群中出现的基线密度。误差条表示平均±90%的置信区间。在所有分析的时间点,记录EdU的密度+户口C/D+和EdU+GFP公司+细胞位于20-60μm圆圈(用星号表示)中模拟密度的置信区间(bars)以上。(H、 我)EdU标记樱桃百分比的量化+户口C/D+神经元(H(H))和樱桃+GFP公司-户口C/D-单元格()肠中t0、t4和t11her4.3:gfp;sox10:Cre;樱桃根据面板A所示的方案,用EdU脉冲标记转基因,生物复制品:t0 n=6;t4,n=5;t11 n=6(平均值±标准偏差)*p<0.05,**p<0.01,***p<0.001。

在这些实验中,大多数(GFP+教育部+)细胞形成由形态和GFP信号强度相似的细胞组成的双重结构(图6B图6——补充图2B). 偶尔,双倍体中的一个或两个细胞表现出GFP信号减少(图6——补充图2C、D),这表明,与幼虫阶段类似,成年时分裂的EGCs的子代her4.3:EGFP(EGFP)转基因斑马鱼分化为GFP-肠神经元。这一想法得到了EdU标记后4天的鉴定(t4 chase)的支持+包含GFP的双倍体+户口C/D-和GFP-户口C/D+单元格(图6A,C). 细胞群分析也支持增殖的EGCs子代GFP信号的丢失,这表明EdU的百分比降低+GFP公司+细胞(t4:3.6±3.4%,p=6.01×10−7; t11:3.9±3.8%,p=7.61×10−6) (图6D). 有趣的是,教育程度的降低+GFP公司+EdU追逐期的细胞与EdU表征的伴随增加有关+t4时肠神经元(0.71±0.80%,p=6.0×10−7)和t11(0.70±0.82%,p=1.5×10−6)相对于t0(0.068±0.13%)(图6E). 总之,这些实验表明斑马鱼ENS中增殖EGC的后代在生理条件下可以分化为神经元。

为支持GFP之间的血统关系提供进一步证据+教育部+细胞和新生肠神经元(HuC/D+教育部+),我们使用共焦显微镜和数学模型来估计这些细胞类型在以EdU为中心的半径增加的圆圈内的密度+单元格(图6F;Tay等人,2017年). 我们推断HuC/D更接近+教育部+和GFP+教育部+与线性无关细胞随机分布中预期的细胞相比,这些细胞可能是来自进行细胞分裂的共同祖细胞。将在t0、t4和t11观察到的密度与蒙特卡罗模拟随机生成的均匀分布细胞类型的值进行比较(>2×10每个采样时间)。该分析表明GFP的实际密度+教育部+和HuC/D+教育部+与偶然预期的细胞相比,较小半径圆圈内的细胞(距感兴趣细胞<60µm)明显更高,表明观察到的同型(GFP+教育部+/GFP公司+教育部+)和异型(GFP+教育部+/户口C/D+教育部+)EdU集群+ENS细胞是一种常见增殖祖细胞的后代(图6G). 教育部-细胞表现出与随机混合群体中预期的密度相似的密度(数据未显示)。该分析进一步支持了增殖后代的观点Tg(her4.3:EGFP)表达ENS的细胞能够在成年斑马鱼的肠道中经历神经元分化。

接下来,我们考虑了GFP-非神经元ENS细胞群(图3B)也源自GFP+前体细胞,代表神经源性承诺的中间阶段,其过程类似于GFP的分化+大脑皮层中的RGCher4.3:EGFP(EGFP)转基因斑马鱼。为了检查这一点,我们对3个月大的婴儿进行了脉搏标记Tg(her4.3:EGFP;sox10:Cre;樱桃)EdU转基因(图6A)并在整个ENS谱系的背景下跟踪增殖EGC的后代。与我们之前的分析一致(图6E)EdU(Cherry)标记的肠神经元百分比+户口C/D+教育部+)在t4和t11时,t0相对较高(t0:0.021±0.15%;t4:0.28±1.2%,p=0.06;t11:0.37±0.95%,p=0.0014)(图6H). 有趣的是,这种增加与EdU标记的GFP百分比的增加相平行-非神经元ENS细胞(樱桃+GFP公司-户口C/D-教育部+)在t4和t11,相对于t0(t0:0.12±0.5%;t4:3.7±12.5%,p=1.84×10−6; t11:4.1±15.5%,p=0.0024)(图6I). 这些研究表明Tg(her4.3:EGFP)增殖的EGC的子代中的表达可能反映了在显性神经元分化之前的神经原性承诺。

Notch信号调节成年斑马鱼肠道中EGC的动态

抑制Notch信号可促进细胞增殖和神经原性分化Tg(her4.3:EGFP)斑马鱼端脑中RGCs的表达(Alunni等人,2013年;Chapouton等人,2010年). 这与观察到的her4.3:EGFP(EGFP)GFP神经元分化的转基因研究+单元格(图6C),表明典型的Notch活性调节斑马鱼EGC的增殖和分化动力学。为了检验这种可能性,我们用γ-分泌酶抑制剂LY411575(简称LY)治疗成年斑马鱼,阻断了它们的Notch信号传导(Alunni等人,2013年;Rothenaigner等人,2011年)持续7天。为了评估ENS细胞的增殖和神经原性反应,动物在LY治疗的最后3天也暴露于EdU(图7A). 如预期,LY治疗Tg(her4.3:EGFP)斑马鱼导致肠道GFP信号快速丢失(图7-图补充1). 虽然这次实验证实了Tg(her4.3:EGFP)是一个真诚地作为ENS中典型Notch信号传导的靶点,它排除了将该转基因用作对LY治疗的EGC反应的标记物和谱系示踪剂。因此,我们将LY和EdU应用于Tg(sox10:Cre;樱桃)在LY/EdU治疗期(t0)结束时,对所有非神经元ENS细胞进行分析。如所示图7B,3-4个月大婴儿的Notch抑制Tg(sox10:Cre;樱桃)斑马鱼导致非神经元ENS细胞与EdU(Cherry)结合的百分比急剧增加+户口C/D-教育部+)(对照组:0.0387±0.21%;LY:15.6±17.0%,p=2.67×10−7). 6个月大的婴儿也观察到非神经元ENS细胞的强劲增殖反应Tg(sox10:Cre;樱桃)动物(对照组:0.832±1.87%;LY:6.95±8.2%,p=1.98×10−5) (图7D). 有趣的是,LY治疗还导致肠神经发生增加(樱桃+户口C/D+教育部+细胞)(对照组:0.0330±0.18%;LY:2.12±7.8%,p=3.70×10−4)6个月大(对照组:0.0652±0.22%;LY:1.56±3.8%,3.81×10−4)动物(图7C、E). 目前尚不清楚LY治疗后神经发生的明显增加是否表明Notch信号在EGC神经元分化中的直接作用,或是其增殖增强的间接后果。不管确切的机制如何,我们的实验表明,与大脑皮层RGC类似(Alunni等人,2013年),Notch信号调节脊椎动物肠道中EGC在一生中的动态。

Notch信号调节成年斑马鱼EGC的激活和分化。

(一个)成年斑马鱼LY/EdU治疗实验方案示意图。(B–E类)Notch抑制对增殖影响的量化(B和D)和神经元分化(C和E)3-4个月大的EGC(B和C)和6-7个月大(D和E)动物。N=每种条件下4次生物复制。数据以平均值±SD表示***p<0.001。

讨论

在这里,我们描述了斑马鱼ENS的非神经元室,并确定了硬骨鱼EGC的常见和意外特性。具体而言,我们证明,在斑马鱼EGC中未检测到通常用于鉴定高等脊椎动物外周神经胶质细胞的标记,但EGC与其哺乳动物对应物具有相同的形态学特征和基因表达程序。然而,与哺乳动物肠胶质细胞不同,但根据脑RGCs的特性,斑马鱼EGCs的种群是动态的,在稳态过程中经历自我更新的增殖和神经元分化,这是由Notch信号调节的。我们的发现突显了脊椎动物肠神经胶质细胞的神经前体潜能体内并揭示了之前与大脑神经干细胞的意外相似性。

早期组织学研究表明,哺乳动物肠道胶质细胞与原生质星形胶质细胞非常相似,并表达中间丝GFAP,这是一种典型的星形胶质细胞标记物(杰森和米尔斯基,1980年;吕尔,2005). 进一步的EM分析揭示了啮齿动物肠道神经胶质网络的诊断超微结构特征(加贝拉,1981年). 扩展这些早期报道,我们和其他人已经确定了哺乳动物肠道神经胶质的四种形态亚型,它们与它们在肠道中的位置以及相对于肠壁神经节网络的位置相关(Boesmans等人,2015年;Gulbransen和Sharkey,2012年;哈纳尼和赖森巴赫,1994年). 我们目前的实验表明,哺乳动物肠道神经胶质细胞的所有主要形态和超微结构特征也都存在于Tg(her4.3:EGFP)+斑马鱼ENS的非神经元隔室,因此提供了强有力的证据,证明它代表硬骨ENS的EGC谱系。我们未能检测到通常用于鉴定哺乳动物肠道胶质细胞的胶质标记物(如GFAP和S100b)表明这些基因的表达可能不是脊椎动物ENS中运行的遗传程序的组成部分,而是表示为响应特定的局部线索而采用的EGC的动态生理状态。为了支持这一观点,GFAP是动态的,通常在哺乳动物EGC的亚群中检测到体内(Boesmans等人,2015年)GFAP和S100b在原代培养的人肠神经胶质细胞中表达增强,受到促炎刺激(Cirillo等人,2011年). 在炎症病理、感染或损伤后,确定这些神经胶质标记物是否也在斑马鱼EGCs中上调将是有趣的。

尽管未能检测到典型胶质细胞标记物的表达,但我们对斑马鱼EGC的转录组分析显示,硬骨鱼和哺乳动物肠道胶质细胞的基因表达谱有相当大的重叠。在这两个谱系表达的基因中,有编码早期NC细胞标记的基因sox10型,狐狸d3,tfap2a公司,斑马线2bplp1(Hari等人,2012年;Knight等人,2003年;蒙代尔和拉博斯基,2011年;蒙代尔等人,2012年;Wang等人,2011年a;Weider和Wegner,2017年),PNS胶质特异性标记物col28a1b类(Grimal等人,2010年)以及干细胞调节器sox2ptprz1a/b型(Belkind Gerson等人,2017;Fujikawa等人,2017年;Heanue和Pachnis,2011年). 在神经发育的背景下,这些基因的作用已被广泛研究(sox10型,狐狸d3,tfap2a公司,斑马线2b,维姆,sox2)和干细胞动力学(sox2,ptprz1a/b型)但它们对成年动物肠道神经胶质细胞的内环境稳定和功能的潜在贡献尚不清楚。我们认为,我们在硬骨鱼类和哺乳动物肠道神经胶质细胞之间鉴定的共享基因表达模块代表了进化保守的调节程序,对肠道生理学和ENS稳态至关重要,并强调脊椎动物EGC作为神经原性前体的潜力。

我们工作的一个意外发现是斑马鱼ENS中的非神经元室相对于其哺乳动物对应物的尺寸相对较小。一系列研究表明,胶质细胞调节CNS神经回路的突触活动,这表明,在进化过程中,星形胶质细胞的数量、大小和复杂性的增加促进了高等脊椎动物大脑神经处理能力的增强(Han等人,2013年;Oberheim等人,2006年). 也许哺乳动物的肠神经胶质细胞数量高于硬骨鱼类,也可能反映了脊椎动物进化过程中肠道神经回路功能复杂性的增加,以及EGC对维持上皮细胞内环境稳定的复杂肠道组织回路的调节范围的扩大,宿主防御与健康微生物群(Grubišić和Gulbransen,2017年).

一些报告已经证明,外周神经胶质细胞可以获得神经嵴干细胞(NCSCs)的特性,并产生不同的细胞类型。例如,与哺乳动物胚胎中生长的神经相关的雪旺细胞前体(SCP),除了产生成年动物的雪旺细胞谱系外,还作为多能祖细胞发挥作用,产生不同的细胞类型,包括间充质细胞和神经内分泌细胞、副交感神经细胞和黑素细胞(Parfejevs等人,2018年;Petersen和Adameyko,2017年). 与SCP的发育潜力相呼应,已经表达EGC分子标记的ENS祖细胞也能够产生肠神经元和成熟的肠神经胶质细胞(Cooper等人,2016年;Cooper等人,2017年;Lasrado等人,2017年). 除了这些研究外,越来越多的证据表明,成年动物的外周神经胶质细胞谱系可以获得NCSC特性,包括雪旺细胞、颈动脉体神经胶质和EGCs(Jessen等人,2015年;Pardal等人,2007年). 然而,人们普遍认为,损伤、感染或其他类型的应激(包括组织分离和培养)会诱导分化的胶质细胞重新编程为NCSC状态。因此,在哺乳动物中,当肌间神经丛受到化学损伤、血清素信号的药理激活或细菌性肠道感染时,EGC可能会经历有限的神经发生(Belkind-Gerson等人,2017年;Joseph等人,2011年;Laranjeira等人,2011年;Liu等人,2009年). 通过提供斑马鱼EGC的证据真诚地作为神经胶质细胞,也作为组成型ENS祖细胞体内我们的研究认为,哺乳动物肠神经胶质细胞在损伤和应激条件下的神经发生潜能反映了无羊膜脊椎动物早期的进化状态,其中相同的细胞类型表现出神经祖细胞和成熟胶质细胞的特性。尽管目前尚不清楚神经原潜能是否是硬骨骨EGC的独特特性,我们推测,低等脊椎动物的外周神经胶质细胞谱系代表了保留其发育选择,但通过获得有助于局部组织功能和体内平衡的额外专门功能来适应其所处的细胞环境的NCSC。理解支持NCSC特征保留的转录和表观遗传机制,同时允许个体发生期间的新功能适应,是基础生物学的一个令人兴奋的挑战,对生物医学研究具有实际意义。例如,确定驱动肠神经胶质细胞分化的分子机制体内将有助于制定策略,利用哺乳动物EGC固有的神经原潜能,恢复先天性或后天性肠道神经回路缺陷。

斑马鱼EGC融合了神经祖细胞和神经胶质细胞的特征,与RGC(广泛分布于硬骨脑中的神经干细胞)有着惊人的相似性,反映出其显著的神经生成和再生潜能(阿鲁尼和巴利·库伊夫,2016年;Than-Trong和Bally-Cuif,2015年),并承担通常归因于星形胶质细胞的功能(里昂和塔尔博特,2015年). RGC和EGC的相似性可能会超出常驻器官(大脑和肠道)对持续生长和特殊胶质细胞功能的需求所强加的粗略平价,并适用于控制其体内平衡和分化的特定细胞和分子机制。我们建议的模型(图6——补充图3)描述了成年斑马鱼EGC可用的神经原轨迹的关键阶段,反映了RGC向大脑皮层神经元的逐步分化(Than-Trong和Bally-Cuif,2015年;Than-Trong等人,2018年). 因此,与RGC类似,大多数EGC在稳定状态下保持静止(qEGC),但作为对未知信号的响应,其中一部分进入细胞周期,产生活性EGC(aEGC)。目前尚不清楚进入细胞周期的能力是否仅限于qEGC的一个子群。更一般地说,qEGC在多大程度上可以被分子细分为具有不同性质和功能的子集是未来研究的一个有趣的问题。qEGC和aEGC目前都由Notch活动报告员识别Tg(her4.3:EGFP)和代表通过细胞周期标记物表达和胸腺嘧啶类似物掺入(aEGC)区分的可逆细胞状态。灭绝Tg(her4.3:EGFP)这种表达与aEGC对肠神经前体细胞(eNPs)的不可逆结合有关,eNPs最终分化为成熟的肠神经元,能够整合到功能性肠神经回路中。我们认为eNP的这种瞬态群体对应于HuC/D-GFP公司-ENS中确定的细胞Tg(her4.3:EGFP;sox10:Cre;樱桃)斑马鱼(图3B). 该方案确保了EGC原始种群的长期维持和新肠神经元的生成,以满足肠道的物理生长及其固有神经网络的可塑性。

先前的研究已经确定了Notch信号及其靶基因在脊椎动物神经干细胞动力学控制中的核心作用(Chapouton等人,2010年;Imayoshi等人,2010年)并揭示了不同Notch受体在斑马鱼大脑生发区调节RGC增殖和分化中的不同贡献(Alunni等人,2013年;Than-Trong等人,2018年). 虽然相关的Notch信号成分尚待确定,但我们的实验证明,成年斑马鱼肠道中EGC的激活和分化也受Notch信号的控制,指出脊椎动物中控制CNS和ENS稳态的机制的进一步基本相似性。Notch信号也通过抑制ENS祖细胞的内在神经原程序而与哺乳动物ENS的发育有关(冈村和佐贺,2008年). 我们展示了Notch活动记者Tg(her4.3:EGFP)在侵入肠道并启动神经原性分化后不久,ENS祖细胞中被激活,这表明Notch信号在斑马鱼ENS发育中的作用类似,即,当早期ENS祖细胞进入前肠并诱导强大的神经源性转录因子(如Phox2B和Ascl1)时,它们获得的强烈神经源性偏向减弱(Charrier和Pilon,2017年).

斑马鱼ENS非神经元室中已确定的细胞类型的详细层次关系以及斑马鱼肠道中EGC动力学的潜在区域差异仍有待描述。此外,斑马鱼EGC驱动的成年肠道神经发生在多大程度上依赖于控制脊椎动物发育过程中肠道神经元分化的调节基因(例如ret(雷特),ascl1标准,pho2b型)目前尚不清楚。然而,支持成年斑马鱼EGC神经元分化的分子程序的系统特征可能为激活哺乳动物EGC的内在神经原潜能和修复因疾病或衰老而受损的胃肠神经网络提供策略。

材料和方法

关键资源表
试剂类型
(物种)或
资源
任命来源或
参考
标识符附加
信息
遗传试剂(达尼奥雷里奥)Tg(SAGFF234A)Asakawa等人,2008年;Kawakami等人,2010年SAGFF(LF)234A型来自Koichi Kawakami实验室的zTrap资源
遗传试剂(达尼奥雷里奥)Tg(UAS:GFP)Kawakami等人,2010年Koichi Kawakami实验室的资源
遗传试剂(达尼奥雷里奥)Tg(−4.7sox10:Cre)罗德里格斯等人,2012年Tg(−4.7sox10:Cre)ba74
遗传试剂(达尼奥雷里奥)Tg(β肌动蛋白-LoxP-STOP-LoxP-hmgb1-m樱桃)Wang等人,2011年bTg(bactin2:loxP-STOP-loxP-hmgb1-m樱桃)jh15
遗传试剂(达尼奥雷里奥)ret(雷特)胡2846ZIRC;Knight等人,2011年ZL3218型
遗传试剂(达尼奥雷里奥)Tg(gfap:GFP)ZIRC;Bernardos和Raymond,2006年ZL1070型
遗传试剂(达尼奥雷里奥)Tg(千克)(−3.9嵌套:GFP)EZRC;Lam等人,2009年15206
遗传试剂(达尼奥雷里奥)Tg(her4.3:EGFP)Yeo等人,2007年ZDB-ALT-070612–3号
遗传试剂(达尼奥雷里奥)Tg(SAGFF217B)Kawakami等人,2010年Koichi Kawakami实验室的zTrap资源
遗传试剂(达尼奥雷里奥)Tg(UAS:mmCherry)这篇论文
抗体抗HuC/D(小鼠单克隆)Thermofisher公司A21272;RRID:AB_2535822号1:200
抗体反樱桃(山羊多克隆)抗体在线ABIN1440057号1:500
抗体抗GFP(鸡多克隆)阿布卡姆ab13970;RRID:AB_300798号1:500
抗体抗S100ß(兔多克隆)达科Z0311;RRID公司:AB_10013383号1:500
抗体抗鼠GFAP(兔多克隆)西格玛G9269;RRID:AB_477035号1:500
抗体抗斑马鱼GFAP(兔多克隆)Genetex公司GTX128741;RRID:AB_2814877号1:500
抗体zrf-1抗斑马鱼GFAP(小鼠单克隆)阿布卡姆ab154474;RRID:AB_10013806号1:200
抗体抗BFABP(兔多克隆)默克公司ABN14;RRID公司:AB_10000325号1:500
抗体抗AcTu(小鼠单克隆)西格玛T6793;RRID:AB_477585号1:1000比例
抗体抗MCM5Soojin Ryu送的礼物1:500
商业分析或试剂盒RNAscope荧光复合试剂盒高级细胞诊断320850
商业分析或试剂盒RNAscope探头-Dr-sox10高级细胞诊断444691立方厘米
商业分析或试剂盒RNAscope探针-Dr-foxd3高级细胞诊断444681立方厘米
商业分析或试剂盒RNAscope探头-Dr-ret高级细胞诊断579531
化合物、药物缺口抑制剂LY411575剑桥生物科学16162

动物

所有动物实验均按照1986年《动物(科学程序)法案》(英国)和英国内政部的监管标准(项目许可证PCBBB9ABB)进行。实验方案由当地的弗朗西斯·克里克研究所动物福利和伦理审查机构(AWERB)批准。斑马鱼种群保持如前所述(Heanue等人,2016a;韦斯特菲尔德,2000年). 胚胎和幼虫按所述进行维护和分期(Heanue等人,2016a)如前所述,用于延时的胚胎在24 hpf的0.2 mM PTU中饲养,以抑制黑化(韦斯特菲尔德,2000年). 使用的转基因和突变系如下:Tg(SAGFF234A)(Asakawa等人,2008年;Kawakami等人,2010年);Tg(UAS:GFP)(Kawakami等人,2010年),Tg(−4.7sox10:Cre)(罗德里格斯等人,2012年),Tg(β肌动蛋白-LoxP-STOP-LoxP-hmgb1-m樱桃)(Wang等人,2011年b),ret(雷特)胡2846(Knight等人,2011年),Tg(gfap:GFP)(Bernardos和Raymond,2006年),Tg(千克)(−3.9嵌套:GFP) (Lam等人,2009年),Tg(her4.3:EGFP)(Yeo等人,2007年),Tg(SAGFF217B)(Kawakami等人,2010年). 请注意Tg(her4.3:EGFP)该名称是该转基因的当前ZFIN参考,但也有不同的名称Tg(her4:EGFP)(Yeo等人,2007年)或Tg(her4.1GFP)(克孜尔等人,2012年).her4.3(her4.3)是哺乳动物的6个(共9个)哺乳动物直系亲属之一赫斯5斑马鱼基因组23号染色体的串联重复(周等,2012). 马厩Tg(UAS:mmCherry)通过Tol2转基因产生株系:如前所述,将Tol2转座酶与含有Gal4识别序列UAS两个拷贝下游膜mCherry(mmCherry)的构建物共同微量注射,并使用双顺反子α结晶蛋白P:RFP盒实现载体的红眼选择(Gerety等人,2013年). 基因分型是基于这些品系先前描述的不同荧光模式进行的,或者在出现Tg(ret胡2846/+),如上所述(Knight等人,2011年).

免疫组织化学

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如前所述,对完整胚胎/幼虫或完整成人肠道和大脑进行免疫组织化学(Heanue等人,2016年b). 所用的初级抗体如下:HuC/D(小鼠,ThermoFisher A21272,1:200)、Cherry(山羊,抗体在线ABI1440057,1:500)、GFP(小鸡,Abcam ab13970,1:500)、S100β(兔子,Dako Z0311,1:500)、mGFAP(兔子,Sigma G9269,1:500)、zGFAP(兔子,Genetex GTX128741,1:500)、zrf-1(小鼠,Abcam ab154474,1:200)、BFABP(默克ABN14,1:500)使用AcTu(小鼠,Sigma T6793,1:1000)、MCM5抗体(1:500,由德国海德堡马普医学研究所Soojin Ryu善意提供)和与AlexaFluor 405、488、568和647结合的适当二级抗体进行可视化(分子探针)。EdU是按照制造商的说明使用EdU Click-it工具包开发的,并与荧光灯Alexa555或Alexa647(C10337和C10339)相结合。对于MCM5标记,需要进行抗原检索以暴露表位。简单地说,GFP免疫染色后,用柠檬酸缓冲液(pH 6.0)进行抗原回收。所有组织均用带有/不带有DAPI(分别为H1200/H1000)的Vectashide安装介质安装在Superfrost Plus载玻片上。在所有实验中,中枢神经系统区域(幼虫大脑和脊髓或成人大脑)提供阳性对照(即图1-图补充1J–O)阴性对照通过免疫染色提供,无一抗。免疫组织化学图像在Leica CM6000共焦显微镜或Olympus FV3000共焦显微镜上捕获,使用标准的激发和发射过滤器显示DAPI、Alexa Flour 405、Alexa-Flour 488、Alexa-Flour 568和Alexa Four 647。正交视图用于清楚地识别表示感兴趣标记的单元格。使用Adobe Photoshop 8处理的图像。

成人肠外肌层ENS细胞核的纯化

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成人Tg(sox10:Cre;樱桃)首先解剖斑马鱼肠道,然后沿其长度切开,在37°C下浸泡在含有20 mM EDTA和1%青霉素/链霉素(ThermoFisher,15140122)的HBSS(无钙,无镁,(Thermo Fisher 14170088))中20–25分钟,直到观察到上皮细胞层开始与上覆的外肌层分离,HBSS溶液混浊明显。在PBS(ThermoFisher 14190094)中多次清洗后,将组织置于解剖显微镜下,用镊子夹住外肌层并短暂搅拌,以分离任何剩余的相关上皮细胞。将外部肌肉转移到新鲜的试管中,并基本上按照所述进行细胞核纯化(Obata等人,2020年). 简单地说,在裂解缓冲液(250 mM蔗糖、25 mM KCl、5 mM MgCl2,10 mM Tris缓冲液,pH8.0,0.1 mM DTT),含有0.1%Triton-X,cOmplete EDTA游离蛋白酶抑制剂(Sigma-Aldrich)和DAPI。对匀浆进行过滤以去除碎屑,然后离心以获得含有外肌层细胞核的颗粒。在流式细胞术分析中,应用双分辨门控技术排除聚集的细胞核,并通过后续门控DAPI强度的面积和高度确定完整的细胞核。都是mCherry+和mCherry-核种群(称为樱桃+和樱桃-使用Aria Fusion细胞分选仪(BD Biosciences)直接收集到含有Trizol LS试剂(Invitrogen)的1.5 mL试管中。使用FlowJo软件10.6.1版对获得的FCS数据进行了进一步分析。在每次复制中,收集平均来自30个成人肠道的分选细胞,其中含有约30000 mCherry+或mCherry-核人口。

RNA测序和生物信息分析

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根据制造商的说明,使用PureLink RNA Micro Kit(Invitrogen#12183016)从细胞核群中分离RNA。使用Ovation RNA-Seq System V2(NuGen Technologies,Inc)生成双链全长cDNA。cDNA在Qubit 3.0荧光仪(Thermo Fisher Scientific,Inc)上定量,然后使用Covaris E220仪器(Covaris,Inc。然后将片段cDNA标准化为100 ng,并使用Ovation Ultralow System V2 1-96协议(NuGen Technologies,Inc)对文库进行测序。共使用8个PCR周期进行文库扩增。最终文库的质量和数量用TapeStation D1000测定法(安捷伦科技公司)进行评估。然后将这些库标准化为4 nM,合并并加载到HiSeq4000(Illumina,Inc)上,以生成100 bp的配对读取。

生物信息学方法综述RNA-序列分析

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在Illumina HiSeq 4000机器上进行测序。“修剪Galore!”实用程序版本0.4.2用于移除测序适配器,并在q参数设置为20时对单个读数进行质量微调(https://www.bioinformatics.abraham.ac.uk/projects/trim_galore网址/). 然后使用RSEM版本1.3.0将测序读数与斑马鱼基因组和转录组(Ensemble GRCz10 release-89)对齐(李和杜威,2011年)与2.5.2版STAR对准器结合使用(Dobin等人,2013年). 使用FASTQC 0.11.5版评估单个样本的测序质量(https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/)和RNA-SeQC版本1.1.8(DeLuca等人,2012年). 使用R-bioconductor软件包DESeq2版本1.14.1测定差异基因表达(Love等人,2014年; R开发核心团队,2008年). R: 用于统计计算的语言和环境。R统计计算基金会,奥地利维也纳。ISBN 3-900051-07-0,URL(网址:http://www.R-project.org). 数据存放在NCBI Geo(GSE145885)。对于差异基因表达分析,在DESeq2 R包的背景下使用Wald检验和对数折叠收缩(DESeq2-function的参数“test”设置为“Wald”,参数“betaPrior”设置为‘TRUE’)(Love等人,2014年). 基因集富集分析(GSEA)按照Subramanian等人,2005年。为了将小鼠基因名转换为斑马鱼基因名,我们使用了Ensembl biomart工具(http://www.ensembl.org/biomart/martview).

RNA-Seq文献数据基因列表整合

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为了将我们的转录组数据与公布的斑马鱼数据进行比较(Roy-Carson等人,2017年),我们使用了本文中的基因列表(来自补充文件1)代表斑马鱼幼体ENS神经元转录组。将我们的数据与之前描述的哺乳动物ENS胶质细胞特征基因进行比较(Rao等人,2015年),我们使用了Rao等人,2015年表1(表1富含PLP1的前25个基因+肠神经胶质细胞’),并手动处理斑马鱼的同源基因(参见补充文件7). 为了鉴定小鼠ENS神经元和ENS胶质细胞特征基因,我们从Zeisel等人,2018年具体来说,我们从以下位置下载了上述项目中肠道细胞的单细胞读取计数数据文件https://storage.googleapis.com/linnarson-lab-lom/l1_enteric.loom2019年11月12日。使用标准工作流使用Seurat包处理数据(Stuart等人,2019年). FindClusters函数中的分辨率参数设置为0.3。根据特征基因Elavl3、Elavl4、Prph(神经元)、Sox10、S100b和Gfap(胶质细胞)鉴定神经和胶质细胞簇(参见图2——补充图3). 使用FindMarkers Seurat函数和MAST算法对总结的神经元和胶质细胞簇进行差异基因表达分析。

荧光就地杂交

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成年斑马鱼肠道Tg(sox10:Cre;樱桃)或Tg(her4.3:EGFP)首先解剖,然后沿其长度切割,固定在silguard板上,并在室温下浸入含有20mM EDTA和1%青霉素/链霉素(ThermoFisher,15140122)的HBSS(ThermoFisher 14170088)中20-25分钟,以分离上皮层。在PBS(ThermoFisher 14190094)中多次清洗后,用镊子手动将上皮细胞刮除。在PBS中洗涤后,将4%PFA添加到带有钉住的纸巾的板中,在4°C下固定过夜。荧光就地然后根据制造商的规范,使用高级细胞诊断RNAscope荧光多路复用试剂盒(ACD#320850)进行杂交(Obata等人,2020年). 简单地说,组织在PBS中清洗,通过乙醇系列脱水,然后用RNAscope蛋白酶III孵育25分钟。组织在40°C的HybeOven中用定制探针孵育过夜(sox10型,狐狸d3,ret(雷特)). 第二天,按照制造商的说明,在40°C下用Wash Buffer冲洗组织两次,然后将其与前置放大器、适当的放大器DNA(Amp 1-FL、Amp 2-FL和Amp 3-FL)和适当的荧光团(Amp4 Alt A-FL/AltC-FL)杂交15–30分钟。然后对组织进行免疫组织化学处理,并直接安装在Superfrost Plus载玻片上(ThermoFisher Scientific#10149870),不使用DAPI(VectorLabs H1000)。图像在徕卡CM6000共焦显微镜或奥林巴斯FV3000共焦显微镜上拍摄,带有标准的激发和发射过滤器,用于可视化DAPI、Alexa Flour 405、Alexa-Flour 488、Alexa-Flour 568和Alexa Four 647,图像由Adobe Photoshop 8处理。

相关光和电子显微镜

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Tg(her4.3:EGFP;SAGFF217B;UAS:mmCherry)成年动物,在4°C的磷酸盐缓冲液(PB)中用4%甲醛0.1%戊二醛固定过夜。随后,将肠道在徕卡振动棒上切至150µm,并将其储存在PB中2%的甲醛中。中段切片安装在SuperFrost Plus载玻片上的PB中,并使用带有AiryScan的倒置蔡司880共焦显微镜进行成像,使用EGFP和mmCherry的标准发射和激发滤波器。在每个包含至少一个EGFP的部分确定2-3个感兴趣区域(ROI)之前,使用20倍物镜获取低倍概览图像+感兴趣的单元格。使用ROI外的一个区域对Airyscan进行EGFP和mmCherry比对,在该区域识别出两个荧光团。Airyscan对准后,使用x63甘油物镜捕获ROI,根据奈奎斯特定理定义像素大小、z深度和缩放(>1.8 x)。对于超分辨率图像,以低放大率扫描两个成年侏儒,以识别含有EGFP的六个感兴趣区域(ROI)+或者樱桃+细胞和拍摄的六张超分辨率图像。荧光显微镜完成后,将振动体切片进一步固定在2.5%戊二醛和4%甲醛的0.1 M磷酸盐缓冲液(pH 7.4)中,并按照国家显微镜和成像研究中心的方法进行处理(Deerinck等人,2010年)三维EM的NCMIR方法:一种用于制备连续块扫描电子显微镜生物标本的新方案(https://ncmir.ucsd.edu/sbem协议)在扁平嵌入Aclar塑料片之间之前。本文包含的CLEM分析来自于一个肠道切片,来自于该切片的两个原始ROI之一。该ROI包含六个GFP+细胞体和两个樱桃+细胞体。

SBF SEM数据采集和图像处理

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使用连接到Sigma VP SEM(剑桥蔡司)的3View2XP(加利福尼亚州普莱森顿市加坦)收集连续块面扫描电子显微镜(SBF SEM)数据。使用导电环氧树脂(Circuitworks CW2400)切割扁平嵌入振动片并将其安装在引脚上。用玻璃刀将每块切片切至X和Y方向的最小尺寸,并抛光表面,露出组织,然后涂上一层2纳米的铂。使用3VBSED探测器在8192*8192像素处获得后向散射电子图像,驻留时间为6µs(报告的像素尺寸为10 nm,水平帧宽度为81.685µm),切片厚度为50 nm。SEM在5帕斯卡的腔室压力下操作,其中高电流模式无效。使用30µm孔径,加速电压为2.5 kV。共收集了1296张图像,表示深度为64.8µm,体积为432374µm.使用斐济进行下游图像处理(Schindelin等人,2012年). 首先将图像批量转换为8位tiff格式,然后使用高斯模糊(0.75像素半径)进行去噪,并使用两次反锐化掩模(10像素半径0.2强度,2像素半径0.4强度)进行重新锐化,以适应数据集的分辨率和图像特征。图像配准是使用“对齐虚拟堆栈切片”插件进行的,使用翻译模型进行特征提取和配准。校准对齐的图像堆栈的像素尺寸,并根据需要裁剪到感兴趣的单个区域。要生成两个卷的组合,请执行以下操作:Bigwarp(Bogovic JA等人,2015年;Russell等人,2017年)用于将荧光显微镜体积映射到电子显微镜体积,电子显微镜体积的分辨率降低为各向同性50nm体素,以减少计算负载。与之前的荧光显微镜相比,在电子显微镜样品处理过程中,发现组织的多层细胞成分导致了显著的非线性变形。从Bigwarp导出转换后的光学显微镜体积后,应用两像素高斯模糊,合并数据集,并调整亮度/对比度以用于屏幕显示。假彩色图像由Adobe Photoshop CC 2015.5中的单独半透明层注释组成,参考之前的荧光显微镜和图像堆栈中的三维上下文。只有能够通过明确标记的细胞体的体积清楚地追踪到的过程才被着色。通过滚动CLEM体积时找到细胞体的最大X和Y范围,确定Z中细胞体的整个范围,并假设为椭球形状计算体积,从而确定细胞体的尺寸。通过CLEM卷尽可能跟踪细胞进程。如果在这个最远的距离上仍然可以看到与细胞体的直接连接,则在图像上可以追溯到细胞体的中部。如果没有明显的连接,特别是长距离延伸的情况,则以XYZ计算直线到细胞体的距离。

斑马鱼幼虫的延时成像

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胚胎在0.2 mM PTU中培养,用0.15 mg/ml Tricaine轻度麻醉,然后安装到胚胎阵列中,并在胚胎培养基中覆盖0.6%的低熔点琼脂糖,基本如所述(Heanue等人,2016a;Megason,2009年). 设置好后,用含有0.15 mg/ml Tricane和0.15 M PTU的胚胎培养基覆盖模具,并至少每24小时更换一次。使用Leica CM6000共焦显微镜和20倍水浸物镜对幼虫进行成像。使用标准激发和发射滤波器来可视化EGFP和mmCherry的表达。对于每个胚胎,以602秒的帧速率收集33个z堆栈(z厚度2.014µm),持续40.333小时。使用斐济的MTrack2插件手动跟踪延时记录中的细胞。为了校正成像过程中的生长或运动,为每只动物取一个参考点,作为在视野中可见的最前脊神经接触肠道的点。所有计算的距离都是相对于该参考点给出的。

EdU标签

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为了标记增殖细胞,成年斑马鱼在含有1 mM EdU(0.05%DMSO)的系统水中以4条斑马鱼/升的密度保存72小时。在追逐期间,成年斑马鱼被保存在系统水中,每2-3天更换一次。

数学建模

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由于斑马鱼的ENS主要局限于肌间神经丛,因此斑马鱼ENS位于二维平面内,因此,后续分析仅使用X和Y坐标。每个图像覆盖450μm-450μm的区域,单个细胞的XY坐标被视为细胞核的中心,并从斐济的CellCounter插件获得。我们首先使用面积为450μm x 450μm的共焦图像,在每种感兴趣的细胞类型周围的几个距离处估计了特定标记细胞的密度。通过将圆圈内的细胞数量除以图像中包含的圆圈的表面积,估计半径为r∈(20,30,40,..,100,150,..,500μm)的圆圈中的细胞密度。当半径大于细胞到图像边缘的距离时,用蒙特卡罗模拟方法对与图像重叠的圆截面面积进行了数值估计。我们对每个共聚焦图像进行了50次蒙特卡罗模拟,观察到在450μm x 450μm平方面积上按照均匀分布重新排列位置的每个表型的细胞数。如上所述,对每个模拟的细胞密度进行了估算。为了比较记录密度和模拟密度,我们通过将伽马分布函数拟合到模拟值,在细胞均匀性假设下估计了模拟细胞密度的90%置信区间。当测量细胞密度的平均值超出90%置信区间时,观察到的空间位置被视为均质细胞混合物中的非偶然事件。

缺口抑制

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将10µM LY411575(剑桥生物科学,16162)(0.04%二甲基亚砜)浸入系统水中,可抑制缺口信号,并每隔2–3天改变一次,将对照斑马鱼与同等浓度的二甲基亚磺酸(0.04%)孵育。

计数和统计

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在所有实验中,生物复制的数量(n:个体,独立处理)如图所示。为了量化胚胎和幼虫中的细胞,对整个肠道长度进行了量化。为了对成年人的细胞进行量化,我们随机统计了九个区域:每个主要肠道区域(肠球、中肠、后肠)各三个区域。正交视图用于清楚地识别表示感兴趣标记的单元格。使用Cell Counter插件进行细胞计数分析。使用R 3.3.1进行统计分析。由于大多数数据的非正态性,所有比较均采用双侧Mann-Whitney非参数检验。使用由p.adjust函数实现的Benjamini-Hochberg方法对多重测试的结果p值进行校正。p值≤0.05被认为是显著的,在数字中分级显著性的指定如下:p>0.05(ns=不显著),p≤0.05(*),p<0.01(**),p>0.01(***)。

数据可用性

高通量测序数据已按照加入代码GSE145885存放在GEO中。

生成了以下数据集

工具书类

    1. Furness JT(毛发JT)
    (2006)
    肠神经系统
    威利-布拉克韦尔。
    1. 加贝拉G
    (1972)
    豚鼠回肠肌间神经丛的精细结构
    解剖学杂志 111:69–97.
    1. Kelsh注册护士
    2. 艾森JS
    (2000)
    斑马鱼无色基因调节非外胚间充质神经嵴衍生物的发育
    开发 127:515–525.
  1. 软件
    1. R开发核心团队
    (2008) R: 统计计算语言和环境2.6.2版
    R统计计算基金会,奥地利维也纳。
    1. 韦斯特菲尔德M
    (2000)
    斑马鱼之书(第四版)
    尤金:俄勒冈大学出版社。

文章和作者信息

作者详细信息

  1. 莎拉·麦卡勒姆

    英国伦敦弗朗西斯·克里克研究所神经系统实验室的开发与平衡
    贡献
    概念化、形式分析、验证、调查、可视化、方法论、写作-初稿、写作-审查和编辑
    竞争性利益
    没有宣布竞争利益
    ORCID图标 “此ORCID iD标识了本文的作者:”0000-0003-2156-3219
  2. Yuuki Obata公司

    英国伦敦弗朗西斯·克里克研究所神经系统实验室的开发与平衡
    贡献
    概念化、形式分析、验证、调查、可视化、方法论、写作-初稿、写作-审查和编辑
    竞争性利益
    没有宣布竞争利益
    ORCID图标 “此ORCID iD标识了本文的作者:”0000-0001-5461-3521
  3. 伊万杰利亚·福里

    英国伦敦弗朗西斯·克里克研究所神经系统实验室的开发与平衡
    贡献
    形式分析、验证、调查、可视化、写作-初稿、写作-审查和编辑
    竞争性利益
    没有宣布竞争利益
    ORCID图标 “此ORCID iD标识了本文的作者:”0000-0002-6549-342X
  4. 斯特凡·波音

    英国伦敦弗朗西斯·克里克研究所生物信息学和生物统计科学技术平台
    贡献
    资源、数据管理、软件、形式分析、验证、可视化、方法论、写作-初稿、写作-审查和编辑
    竞争性利益
    没有宣布竞争利益
    ORCID图标 “此ORCID iD标识了本文的作者:”0000-0003-0495-5659
  5. 克里斯托弗·J·佩迪

    英国伦敦弗朗西斯·克里克研究所电子显微镜科学技术平台
    贡献
    形式分析、验证、调查、可视化、方法论、写作-初稿、写作-审查和编辑
    竞争性利益
    没有宣布竞争利益
  6. 徐启灵(Qiling Xu)

    英国伦敦弗朗西斯·克里克研究所神经发育实验室
    贡献
    资源、方法、写作——审查和编辑
    竞争性利益
    没有宣布竞争利益
  7. 斯图亚特·霍斯韦尔

    英国伦敦弗朗西斯·克里克研究所生物信息学和生物统计科学技术平台
    贡献
    数据管理、软件、形式分析、可视化、写作-审查和编辑
    竞争性利益
    没有宣布竞争利益
    ORCID图标 “此ORCID iD标识了本文的作者:”0000-0003-2787-1933
  8. 罗伯特·N·凯尔什

    英国巴斯大学生物与生物化学系
    贡献
    资源、方法、写作——审查和编辑
    竞争性利益
    没有宣布竞争利益
    ORCID图标 “此ORCID iD标识了本文的作者:”0000-0002-9381-0066
  9. 露西·科林森

    英国伦敦弗朗西斯·克里克研究所电子显微镜科学技术平台
    贡献
    形式分析、监督、方法、项目管理、写作-审查和编辑
    竞争性利益
    没有宣布竞争利益
    ORCID图标 “此ORCID iD标识了本文的作者:”0000-0003-0260-613X
  10. 大卫·威尔金森

    英国伦敦弗朗西斯·克里克研究所神经发育实验室
    贡献
    资源、监督、方法、写作——审查和编辑
    竞争性利益
    没有宣布竞争利益
    ORCID图标 “此ORCID iD标识了本文的作者:”0000-0001-6757-7080
  11. 卡门别针

    英国剑桥阿斯利康研发中心临床药理学和定量药理学、临床药理学与安全科学
    贡献
    资源、软件、形式分析、验证、调查、可视化、方法论、写作-初稿、写作-审查和编辑
    竞争性利益
    Carmen Pin隶属于阿斯利康。作者没有经济利益需要申报。
    ORCID图标 “此ORCID iD标识了本文的作者:”0000-0001-8734-6167
  12. 瓦西里斯·帕奇尼斯

    英国伦敦弗朗西斯·克里克研究所神经系统实验室的开发与平衡
    贡献
    概念化、监督、资金获取、写作-初稿、项目管理、写作-审查和编辑
    用于通信
    vassilis.pachnis@crick.ac.uk
    竞争性利益
    没有宣布竞争利益
    ORCID图标 “此ORCID iD标识了本文的作者:”0000-0001-9733-7686
  13. Tiffany A Heanue公司

    英国伦敦弗朗西斯·克里克研究所神经系统实验室的开发与平衡
    贡献
    概念化、形式分析、监督、验证、调查、可视化、方法论、写作-初稿、项目管理、写作-审查和编辑
    用于通信
    tiffany.heanue@crick.ac.uk
    竞争性利益
    没有宣布竞争利益
    ORCID图标 “此ORCID iD标识了本文的作者:”0000-0002-6678-8246

基金

弗朗西斯·克里克研究所(核心资金)

  • 瓦西里斯·帕奇尼斯

BBSRC(BB/L022974/1)

  • 瓦西里斯·帕奇尼斯

资助者不参与研究设计、数据收集和解释,也不参与将研究成果提交出版的决定。

致谢

我们感谢Laure Bally-Cuif、Alessandro Alluni和Emmanuel Than Trong提供Tg(her4.3:EGFP)转基因鱼类和专业知识,Donald Bell在延时成像实验中提供专家建议,Aquatics BRF工作人员从事鱼类养殖,流式细胞仪STP用于FACS细胞分类,高级测序设施STP用于文库准备和测序,Joe Brock用于科学插图。

伦理学

动物实验:所有动物实验均按照1986年《动物(科学程序)法案》(英国)和英国内政部的监管标准(项目许可证PCBBB9ABB)进行。实验方案由当地的弗朗西斯·克里克研究所动物福利和伦理审查机构(AWERB)批准。

版本历史记录

  1. 收到日期:2020年2月17日
  2. 接受日期:2020年8月26日
  3. 已出版的接受手稿:2020年8月27日(版本1)
  4. 发布的记录版本:2020年9月28日(第2版)

版权

©2020,McCallum等人。

本文根据知识共享署名许可协议,它允许不受限制的使用和重新分配,前提是原始作者和来源都是可信的。

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  1. 莎拉·麦卡勒姆
  2. Yuuki Obata公司
  3. 伊万杰利亚·福里
  4. 斯特凡·波音
  5. 克里斯托弗·J·佩迪
  6. 徐启灵(Qiling Xu)
  7. 斯图亚特·霍斯韦尔
  8. 罗伯特·N·凯尔什
  9. 露西·科林森
  10. 大卫·威尔金森
  11. 卡门别针
  12. 瓦西里斯·帕奇尼斯
  13. Tiffany A Heanue公司
(2020)
作为成年斑马鱼神经祖细胞来源的肠神经胶质
电子生活 9:e56086。
https://doi.org/10.7554/eLife.56086

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