基于代理的GPU生物系统高性能仿真

由于细菌细胞的大规模反应网络，生物系统的模拟需要大量的计算。这种可扩展性问题会升级，特别是当模拟由许多单个细胞形成的细菌菌落时。并行体系结构上基于代理的建模环境，例如FLAME（灵活的大尺度建模环境）框架，是模拟此类系统的理想候选，但由于蜂窝系统的复杂性，需要更先进的技术。在本文中，我们使用FLAME GPU，用一个高性能图形处理单元扩展FLAME，来模拟一个脉冲发生器，这是一个典型的多细胞合成生物系统。该系统使用膜计算模型指定。我们还说明了FLAME GPU相对于FLAME的性能改进。