2012年5月
请注意，本书的内容主要由维基百科或其他在线免费来源的文章组成。数据结构对齐是在计算机内存中安排和访问数据的方式。它由两个独立但相关的问题组成：数据对齐和数据结构填充。当现代计算机读取或写入内存地址时，它会以单词大小的块进行读取或写入。数据对齐意味着将数据放在一个等于字大小的倍数的内存偏移处，这由于CPU处理内存的方式而提高了系统的性能。为了对齐数据，可能有必要在最后一个数据结构的末尾和下一个（即数据结构填充）的开头之间插入一些无意义的字节。
随着CPU内核数量的不断增加，计算能力和可用内存带宽之间的差距也在扩大。更大、更深的缓存层次结构有助于位置友好型计算，但对不规则、数据密集型。。。
>基于结构的RNA多重比对特别具有挑战性，因为共价突变使序列信息本身不足。现有的RNA多重比对工具首先生成成对的RNA结构比对，然后构建。。。
RNA结构可以看作是一种特殊的字符串，其中一些字符相互结合。对齐两个RNA结构的问题已经研究了一段时间，并且有几种基于不同。。。
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