跳到主要内容
文章

大型稀疏对称线性方程组稀疏直接解的数值评估

发布时间:2007年6月1日出版历史
跳过抽象节

摘要

近年来,已经开发了许多直接求解大型稀疏对称线性方程组的解算器。这些解题器包括专为正定系统以及主要用于解决不定问题的解题器。在这项研究中,我们使用性能概况作为一种工具,来评估和比较串行稀疏直接求解器在一系列实际应用中的对称测试问题上的性能。

工具书类

  1. Amestoy,P.1997年。非对称稀疏矩阵并行多面解算器的最新进展。第十五届世界科学计算、建模和应用数学大会论文集,IMACS 97,柏林。谷歌学者谷歌学者
  2. Amestoy,P.、Davis,T.和Duff,I.,1996年。一种近似最小度排序算法。SIAM J.矩阵分析。申请。17, 886--905.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  3. Amestoy,P.、Davis,T.和Duff,I.,2004年。算法837:AMD,一种近似最小度排序算法。ACM事务处理。数学。柔和。30, 3, 381--388.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  4. Amestoy,P.、Duff,I.和L'Excellent,J.2000。多前沿并行分布式对称和非对称解算器。计算。应用程序中的方法。机械。工程184、501--520。谷歌学者谷歌学者交叉引用交叉引用
  5. Amestoy,P.、Duff,I.、L'Excellent,J.和Koster,J.,2001年。使用分布式动态调度的完全异步多前沿解算器。SIAM J.矩阵分析。申请。23, 15--41.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  6. Arioli,M.、Demmel,J.和Duff,I.1989年。求解具有稀疏向后误差的稀疏线性系统。SIAM J.矩阵分析。申请。10, 165--190.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  7. Ashcraft,C.、Grimes,R.和Lewis,J.1998年。精确的对称不定线性方程求解器。SIAM J.矩阵分析。申请。20, 513--561.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  8. Ashcraft,C.和Liu,J.1998年。使用多段对稀疏矩阵进行稳健排序。SIAM J.矩阵分析。申请。19, 816--832.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  9. Bunch,J.和Kaufmann,L.,1977年。计算惯性和求解对称线性系统的一些稳定方法。数学。计算。31, 163--179.谷歌学者谷歌学者交叉引用交叉引用
  10. Bunch,J.、Kaufmann,L.和Parlett,B.,1976年。对称矩阵的分解。数值数学27,95-110。谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  11. Davis,T.2003a。算法832:UMFPACK,一种非对称模式多前沿方法。ACM事务处理。数学。柔和。30, 2, 196--199.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  12. Davis,T.2003b。非对称模式多波前方法的列预排序策略。ACM事务处理。数学。柔和。34, 2, 165--195.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  13. Davis,T.和Duff,I.1993年。稀疏LU因子分解的一种非对称模式多前沿方法。技术代表RAL-93-036,卢瑟福阿普尔顿实验室。谷歌学者谷歌学者
  14. Davis,T.A.、Gilbert,J.R.、Larimore,S.I.和Ng,E.G.2004a。算法836:COLAMD,一种列近似最小度排序算法。ACM事务处理。数学。柔和。30, 3, 377--380.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  15. Davis,T.A.、Gilbert,J.R.、Larimore,S.I.和Ng,E.G.2004b。一种列近似最小度排序算法。ACM事务处理。数学。柔和。30, 3, 353--376.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  16. Davis,T.A.和Hager,W.W.1999。修改稀疏的Cholesky因子分解。SIAM J.矩阵分析。申请。20, 3, 606--627.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  17. Davis,T.A.和Hager,W.W.2001。稀疏Cholesky因子分解的多秩修改。SIAM J.矩阵分析。申请。22, 4, 997--1013.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  18. Davis,T.A.和Hager,W.W.2005。稀疏Cholesky因子分解的行修改。SIAM J.矩阵分析。申请。26, 3, 621--639.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  19. Dobrian,F.、Kumfert,G.和Pothen,A.,2000年。使用面向对象技术设计稀疏直接解算器。《科学计算中软件工具的进展》,H.Langtangen、A.Bruaset和E.Quak编辑,《计算科学与工程讲义》,第50卷。斯普林格·弗拉格,89-131。谷歌学者谷歌学者
  20. Dolan,E.和Moré,J.,2002年。使用性能配置文件对优化软件进行基准测试。数学编程91,2201-213。谷歌学者谷歌学者交叉引用交叉引用
  21. Dongarra,J.,DuCroz,J.、Duff,I.和Hammarling,S.1990年。一组三级基本线性代数子程序。ACM事务处理。数学。柔和。16, 1, 1--17.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  22. Dongarra,J.、Duff,I.、Sorensen,D.和van der Vorst,H.1998年。高性能计算机的数值线性代数。暹罗。谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  23. 达夫,I.2004。MA57——一种求解稀疏对称定和不定系统的新代码。ACM事务处理。数学。柔和。30118-154之间。谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  24. Duff,I.、Erisman,A.和Reid,J.,1986年。稀疏矩阵的直接方法。英国牛津大学出版社。谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  25. Duff,I.、Grimes,R.和Lewis,J.1989年。稀疏矩阵测试问题。ACM事务处理。数学。柔和。15,1-14。谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  26. Duff,I.和Koster,J.,1999年。将大型条目排列到稀疏矩阵对角线的算法的设计和使用。SIAM J.矩阵分析。申请。20, 889--901.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  27. Duff,I.和Pralet,S.,2004年。稀疏对称不定问题的缩放和旋转策略。技术代表RAL-TR-2004-020,卢瑟福阿普尔顿实验室。出现在SIAM J.矩阵分析与应用中。谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  28. Duff,I.和Pralet,S.2005年。针对稀疏对称不定系统的序列和并行解,提出了一种稳定的静态旋转策略。技术代表RAL-TR-2005-007,卢瑟福阿普尔顿实验室。谷歌学者谷歌学者
  29. Duff,I.和Reid,J.1983年。不定稀疏对称线性系统的多面解。ACM事务处理。数学。柔和。9, 302--325.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  30. Duff,I.和Scott,J.,2005年。对称稀疏直接求解器的自动排序。技术代表RAL-TR-2006-001,卢瑟福阿普尔顿实验室。谷歌学者谷歌学者
  31. 乔治,A.1973。常规有限元网格的嵌套剖分。SIAM J.数字。分析。10, 345--363.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  32. George,A.和Liu,J.-H.1981年。大型稀疏正定系统的计算机求解。美国新泽西州普伦蒂斯·霍尔。谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  33. Gilbert,J.、Ng,E.和Peyton,B.1994年。计算稀疏Cholesky分解的行和列计数的有效算法。SIAM J.矩阵分析。申请。15, 1075--1091.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  34. Gould,N.、Hu,Y.和Scott,J.,2005年。大型稀疏对称线性方程组解的稀疏直接解算器的数值计算的完整结果。数值分析内部报告2005-1,卢瑟福阿普尔顿实验室。可从www.numerical.rl.ac.uk/reports/reports.shtml获取。谷歌学者谷歌学者
  35. Gould,N.和Scott,J.,2003年。大型稀疏对称线性方程组直接解的HSL包数值计算的完整结果。数值分析内部报告2003-2,卢瑟福-阿普尔顿实验室。可从www.numerical.rl.ac.uk/reports/reports.shtml获取。谷歌学者谷歌学者
  36. Gould,N.和Scott,J.,2004年。直接求解大型稀疏对称线性方程组的HSL包的数值评估。ACM事务处理。数学。柔和。30, 300--325.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  37. Gould,N.和Toint,P.2002。一种求解大规模非凸二次规划的迭代工作集方法。应用的数字。数学。43, 1--2, 109--128.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  38. Gupta,A.、Joshi,M.和Kumar,V.,2001年。WSMP:高性能串行和并行稀疏线性解算器。技术代表RC 22038(98932),IBM T.J.Watson研究中心。www.cs.umn.edu/~agupta/doc/wssmp-paper.ps。谷歌学者谷歌学者
  39. Gupta,A.、Karypis,G.和Kumar,V.,1997年。稀疏矩阵分解的高度可扩展并行算法。IEEE传输。第。分销系统。8, 5, 502--520.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  40. Heath,M.、Ng,E.和Peyton,B.,1991年。稀疏线性系统的并行算法。SIAM第33版,第420-460页。谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  41. 高铁。2004年。用于大规模科学计算的Fortran代码集。请参见http://www.cse.clrc.ac.uk/nag/hsl/。谷歌学者谷歌学者
  42. Karypis,G.和Kumar,V.1998年。METIS:一个用于划分非结构化图、划分网格和计算稀疏矩阵的填充-约简顺序的软件包--4.0版。请参见http://www-users.cs.umn.edu/~karypis/metis/。谷歌学者谷歌学者
  43. Karypis,G.和Kumar,V.,1999年。一种用于划分不规则图的快速高质量多级方案。SIAM J.科学。计算。20, 359--392.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  44. 刘,J.1985。用多重消去法修改最小度算法。ACM事务处理。数学。柔和。11, 2, 141--153.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  45. Liu,J.1992年。稀疏矩阵解的多波前方法:理论与实践。SIAM审查。34, 82--109.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  46. Ng,E.和Peyton,B.1993年。在高级单处理器计算机上阻止稀疏Cholesky算法。SIAM J.科学。计算。第14、5、1034至1056页。谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  47. Rotkin,V.和Toledo,S.,2004年。设计和实现了一种新的核外稀疏Cholesky分解方法。ACM事务处理。数学。柔和。30, 19--46.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  48. 桑德斯,M.1994。优化中的稀疏矩阵。在法国圣吉隆举行的稀疏矩阵方法国际会议上发表。请参见http://www.stanford.edu/group/SOL/talks/saunders-stgirons.ps。谷歌学者谷歌学者
  49. Schenk,O.和Gärtner,K.2004a。稀疏对称不定系统的快速因式分解旋转方法。瑞士巴塞尔大学计算机科学系技术代表CS-2004-004。谷歌学者谷歌学者
  50. Schenk,O.和Gärtner,K.2004b。用PARDISO求解非对称稀疏线性方程组。J.未来发电公司。系统。20, 3, 475--487.谷歌学者谷歌学者数字图书馆数字图书馆
  51. Schenk,O.、Gärtner,K.和Fichtner,W.2000。共享内存多处理机上采用左右搜索策略的高效稀疏LU分解。位40、1、158--176。谷歌学者谷歌学者交叉引用交叉引用
  52. Schulze,J.2001年。实现自下而上和自上而下稀疏矩阵排序方法的紧密耦合。位41800--841。谷歌学者谷歌学者交叉引用交叉引用
  53. Tinney,W.和Walker,J.1967年。用最优序三角分解直接求解稀疏网络方程。程序。IEEE 551801-1809。谷歌学者谷歌学者交叉引用交叉引用

索引术语

  1. 大型稀疏对称线性方程组稀疏直接解的数值评估

          建议

          评论

          凯·迪瑟姆

          大型线性方程组的求解是许多数值算法的核心部分,例如微分方程的求解或优化。通常,必须求解的线性系统具有两个结构性质:对称和稀疏。出于效率的原因,利用这些特性非常重要,事实上,许多算法都是为了实现这一目标而发布的。其中一些方法具有迭代性质,结果表明,除非对所考虑的系统有良好的预条件,否则它们收敛得相当慢。然而,构造好的预处理函数绝非易事,而且在许多情况下可以观察到,仅预处理可能比直接(即非迭代)求解器的完整解在计算上更昂贵。这一发现重新引起了人们对此类直接求解者的兴趣。本文试图对这类11种著名且常用的算法进行比较。为此,在一大组示例问题上测试了算法,并详细报告了各自的性能(在运行时间、内存使用等方面)。测试问题来自广泛的应用。其中一些方案具有额外的结构属性,如正定性,并且一些正在研究的算法实际上需要这种结构,因此这些方案仅在一组受限的问题上进行测试。根据本文的发现,读者获得了一些关于他或她为具体应用选择算法的非常有用的提示。特别是,作者根据其基本构造原理解释了每种算法的性能。此外,与运行时间有关的性能不仅作为总时间给出,还作为算法各个阶段的时间(通常是矩阵结构分析、符号分解以及通过正向和反向替换获得的实际解)。对于一些需要多次运行算法的某些部分而其他部分只需调用一次的应用程序来说,这一点很重要。令人遗憾的是,在这篇极具价值的论文中,作者没有考虑并行算法。这将是求解大型线性系统的一种非常自然的方法。然而,本文中讨论的算法要么本质上是顺序的,要么不是并行的,尽管它们可能是并行的。在线计算评论服务

          访问计算机文献的关键评论在这里

          成为评论员计算评论。

          评论

          登录选项

          请检查您是否可以通过登录凭据或您的机构访问此文章以获得完全访问权限。

          登录

          完全访问权限

          • 发布于

            数学软件上的封面图像ACM事务
            ACM数学软件汇刊 第33卷第2期
            2007年6月
            134页
            国际标准编号:2009年8月35日
            EISSN公司:1557-7295
            内政部:10.1145/1236463
            期刊目录

            版权所有©2007 ACM

            出版商

            计算机协会

            美国纽约州纽约市

            出版历史

            • 发布时间:2007年6月1日
            发布于汤姆斯第33卷第2期

            权限

            请求有关此文章的权限。

            请求权限

            检查更新

            限定符

            • 文章

          PDF格式

          以PDF文件查看或下载。

          PDF格式

          电子阅读器

          使用eReader联机查看。

          电子阅读器