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生物信息应用程序的Miner套件

这些应用程序可免费供公众使用。我们对NCI-60癌细胞系、DNA、RNA、蛋白质、表观遗传学和药理学水平的表征和分析可通过CellMiner获得，扩展版本包括通过CellMinerCDB获得的其他细胞系集。

CellMinerCDB公司

CellMiner Cross Database（CDB）是第一个允许翻译的web应用程序研究人员对来自NCI-DTP NCI-60、Sanger GDSC和Broad CCLE/CTRP的所有主要癌症细胞系药物基因组数据源进行分析。它提供了匹配的分子和药物活性分析数据。该数据可用于1）评估分子和药物数据的再现性，2）确定FDA批准化合物的重新定位机会，3）确定潜在的药物反应和基因调控决定因素，4）确定和验证与表型过程相关的新基因。这些数据是重要的精确医学资源。Augustin Luna、Fathi Elloumi、Sudhir Varma、Yanghsin Wang、Vinodh N.Rajapakse、，Mirit I.Aladjem、Jacques Robert、Chris Sander、Yves Pommier和William C.Reinhold，核酸研究，2021年1月

CellMinerCDB：小细胞肺癌（SCLC）

CellMinerCDB：小细胞肺癌的配置与CellMiner CDB类似，具有附加功能，重点关注来自各种数据源的SCLC细胞系。卡米尔·特莱姆萨尼（Camille Tlemsani）、洛林克·蓬戈（Lorinc Pongor）、法蒂·埃卢米（Fathi Elloumi）、卢克·吉拉德（Luc Girard）、肯尼斯·赫夫曼（Kenneth E.Huffman）、尼丁·罗珀（Nitin Roper）、苏迪尔·瓦尔马（Sudhir Varma）、奥古，Robin Sebastian、Kurt W.Kohn、Julia Krushkal、Mirit I.Aladjem、Beverly A.Teicher、Paul S.Meltzer、William C.Reinhold、John D.Minna、Anish Thomas和Yves Pommier，《细胞报告》，2020年10月

CellMinerCDB:肉瘤

CellMinerCDB:Sarcoma是一个源自CellMiner CDB的专门平台，专门用于肉瘤研究。它提供了133个肉瘤细胞系的综合数据，整合了各种组学数据源。该平台确保了再现性和生物相关性，使研究人员能够使用工具探索和测试翻译研究中的假设。其目的是推进肉瘤的临床前研究，以提高对肉瘤的理解和治疗发展。卡米尔·特莱姆萨尼（Camille Tlemsani）；克里斯汀·赫斯克（Christine M.Heske）；Fathi Elloumi；Lorinc Pongor；Prashant Khandagale；苏迪尔·瓦尔马；保罗·梅尔泽（Paul S.Meltzer）；贾维德·汗；威廉·雷恩霍尔德（William C.Reinhold）；Yves Pommier，iScience，2024年4月

CellMinerCDB：国家翻译科学促进中心（NCATS）

精准医疗的强大工具：CellMinerCDB:NCATS揭示了癌细胞的分子构成及其对潜在疗法的反应之间的关系，使用国家转化科学促进中心筛选的数千种化合物的数据。William C.Reinhold、Kelli Wilson、Fathi Elloumi、Katie R.Bradwell、Michele Ceribelli、Sudhir Varma、Yanghsin Wang、Damien Duveau、Nikhil Menon、Jane Trepel、Xiaohu Zhang、Carleen Klumpp-Thomas、Samuel Michael、Paul Shinn、Augustin Luna、Craig Thomas，Yves Pommier、AACR Journals，2023年5月

CellMiner（NCI-60）公司

为癌症研究社区设计的数据库和查询工具，以促进分子数据集的集成由基因组学和药理学设施及其在NCI-60上的合作者生成。William C.Reinhold、Margot Sunshine、Hongfang Liu、Sudhir Varma、Kurt W.Kohn、Joel Morris、James Doroshow和Yves Pommier Cancer Research，2012年7月

CIMMiner公司

生成彩色编码的聚类图像映射（CIM）（“热图”）以表示高维数据集，例如基因表达谱。我们在20世纪90年代中期引入了CIM，以获取药物活性、靶点表达、基因表达、，和蛋白质组分析。轴的簇集将like与like结合在一起，以创建颜色图案。Weinstein等人，《科学》1997年1月；275:343-349

AbMiner公司

我们筛选特异性抗体的相关信息数据库NCI-60癌细胞系。数据库包括western blot筛选结果、购买实用信息、，UniGene簇和每个抗体的基因名称等标识符，以及与主要公共生物信息学资源的外部链接。Major等人，BMC生物信息学2006，7:192

MIMminer公司

分子相互作用图（MIM）是一种图表约定，能够明确表示包含多蛋白复合物的网络，蛋白质修饰，以及作为其他酶底物的酶。这种图形表示使我们能够查看给定分子可能涉及的所有交互作用，它还可以描绘生物调控网络中常见的竞争性相互作用。为了方便与数据库的链接，每个分子物种在一个图表中只表示一次。MIM符号的形式化描述可以在Kohn等人，《细胞分子生物学》17，1-13 2006.更新后的软件实现正式规范可以在Luna等人，BMC生物信息学2011，12:167.