网柄菌解剖本体

dictyBase馆长与邓迪大学的Jeff Williams合作，开发了一种本体论来描述盘基网柄菌网柄菌解剖本体其中，我们定义了网柄菌的结构组成及其组成部分，包括其整个生命周期中的不同细胞类型。

这个新工具有两个主要目标：（1）促进对盘基网柄菌特定事件的一致注释，例如表型（已经使用）和未来的基因表达信息；（2）鼓励研究人员使用具有相同意图的相同术语。为此，定义了所有术语。我们发表的论文(Gaudet、Williams、Fey和Chisholm，2008年) (全文来自生物医学中心)在盘基网柄菌生命周期的背景下，描述了本体和术语的定义。

可以使用浏览完整的本体EBI的本体浏览器工具.

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网柄菌解剖本体的主要术语

以下术语和定义列表是Dicty解剖本体的最通用术语。此列表包含完整本体中137个术语中的37个（2008年5月29日的版本）。我们还包含了使用相应解剖学术语的表型术语的链接。可以使用浏览完整的本体EBI的本体浏览器工具.

请注意，本体是动态的，随着知识的发展将进行修改。如果您想建议修改本体或术语及其定义，请发送电子邮件至dictybase或使用Source Forge Dicty解剖学跟踪器.

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• 盘基网柄菌解剖结构DDANAT:0010001。定义：具有固有三维形状的材料解剖实体，由盘基网柄菌基因组的协调表达产生。
• • 多细胞生物DDANAT:00010082。定义：盘基网柄菌属的一个个体，由多个细胞组成的解剖结构。
  • • 聚合区域DDANAT:00000003。定义：一组趋化细胞向同一聚集中心聚集所覆盖的区域。直径可达1厘米[表型]
    • 松散骨料DDANAT:000004。定义：发育过程中观察到的第一个贴壁细胞团，相对平坦，边界模糊。[表型]
    • 土堆DDANAT:00000005。定义：由正在分化的聚集后细胞组成的半球结构。[表型]
    • 小丘DDANAT:0000006。定义：由正在分化并形成尖端的聚集后细胞组成的半球结构。
    • 站立段塞DDANAT:0000007。定义：在尖端控制下，由土堆伸长形成的圆柱形结构。伸长的尖端称为第一指。[表型]
    • 迁移蛞蝓DDANAT:00000008。定义：当条件不适合完成开发时，站立段塞从垂直位置弯曲到水平位置，产生迁移，段塞有能力迁移到更有利的环境条件。弹头形状为圆柱形，前端有一个圆形的锥形区域，该区域相对于基底隆起。它的长度通常在0.8至1.2毫米之间，直径为0.15至0.25毫米。蛞蝓能感知光线、温度和酸度并对其做出反应，直到条件达到最佳时才会达到顶峰。段塞可以每小时0.5至2 mm的速度移动。在迁移过程中，黏液沉积在表面。[表型]
    • 早期毒物DDANAT:00000009。定义：当鼻塞后部的细胞在鼻尖下方移动时，鼻塞迁移停止后形成的结构。茎筒形成在此阶段开始。[表型]
    • 中度污染物DDANAT:000010。定义：茎筒形成沿前孔隙带向下发展的结构。基底盘的形成开始于这个阶段，随着pstA和pstB细胞迁移到菌体的下部，形成基底盘。
    • 晚期毒物DDANAT:000011。定义：茎管形成向下发展到基底盘的结构。在这一阶段，雌激素沿着茎向上上升到顶端位置。最终分化发生在这个阶段：茎细胞死亡，孢子被包裹。
    • 子实体DDANAT:000012。定义：最终分化的单性无性生物，由一根长茎组成，茎顶端有包含孢子的孢子囊。成熟子实体的高度在1.5至3毫米之间。[表型]

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  • 手机DDANAT:0000401。定义：一种解剖结构，其组成部分是由质膜包围的最大连接的细胞室。
  • • 单细胞生物DDANAT:000083。定义：盘基网柄菌属个体成员的细胞。[表型]
    • 聚合细胞DDANAT:0000403。定义：组成具有粘附性能的骨料的分化细胞。[表型]
    • 类前体细胞DDANAT:0000404。定义：具有前细胞特性的细胞（例如，在自噬小泡中积累活性染料），但散布在鼻涕虫后部。一些但不是所有这些细胞都表达ecmA基因和/或ecmB基因。ALC在高潮时保持变形虫外观。表达ecmO启动子的ALC被称为pstO/ALC。
    • 心尖盘细胞DDANAT:0000119。定义：形成顶端圆盘的细胞，由上部杯状细胞组成，一旦柄形成完成，这些细胞就留在子实体的顶部。
    • 外围层细胞DDANAT:000095。定义：电子致密细胞与邻近的外围层细胞相连，从而在多细胞生物周围形成一个连贯的组织
    • 孔前细胞DDANAT:0000405。定义：正在分化为孢子的细胞。以存在孢子前囊泡（PV）为特征。[表型]
    • 预通话单元DDANAT:0000406。定义：正在分化为柄细胞并具有更新活性染料能力的细胞。表示大约四分之一的单元格。在发育过程中，叠前细胞位于生物体的前部。[表型]
    • • pstA电池定义：正在分化为柄细胞的细胞。PstA细胞表达来自靠近ATG（ecmAO启动子）的启动子区域的ecmA标记。它们位于蛞蝓的最前部区域。在达到顶点期间，pstA细胞分化为pstAB细胞。[表型]
      • pstAB细胞定义：正在分化为柄细胞的细胞。PstAB细胞同时或顺序表达ecmA和ecmB。在高潮期，pstA分化为pstAB细胞。
      • pstB单元定义：正在分化为柄细胞的细胞。PstB细胞表达ecmB标记并在子实体中形成外基盘。[表型]
      • pstO电池定义：正在分化为柄细胞的细胞。PstO细胞表达极低水平的ecmA，位于叠前区的后半部分。从其启动子（ecmO）的远端表达ecmA。[表型]
      • tip-organiser电池定义：构成生物体尖端的pstA细胞类型。
    • 哨兵细胞DDANAT:0000418。定义：存在于多细胞生物中的细胞，具有很强的吞噬细菌和毒素的能力，被认为具有解毒和免疫样作用。
    • 茎细胞DDANAT:0000413。定义：多面体形状的细胞填充茎管。堆叠细胞大（直径约8微米），高度液泡化，被纤维素构成的细胞壁包围。茎细胞在终末分化时死亡。它们的作用是为子实体提供结构支持。

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  • DDANAT分区：0010085。定义：解剖结构，是整个网柄菌有机体的一个主要分支。这些生物的血液学总和就是整个有机体。
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    • 孢子前区DDANAT:000086。定义：主要由孢子前细胞组成的区域。除孔前细胞外，孔前区还含有表达ecmA和/或ecmB的类前细胞（ALC）。孢子前区约占生物体的四分之三。
    • 叠前区DDANAT:000087。定义：叠前区位于生物体的最顶端。它由大约四分之一的细胞组成。
    • prestak A区域DDANAT:000088。定义：乳前区的最前部，其特征是由其启动子（ecmA启动子）的近端部分引导的ecmA基因的高表达。
    • 叠前AB核心区DDANAT:0000091。定义：在pstA区域中占据核心的叠前带的锥形区域。pstAB区的细胞同时表达ecmA和ecmB基因。
    • 叠前O区DDANAT:000092。定义：位于pstA区域后面的叠前区，其特征是由其启动子远端（ecmO启动子）引导的ecmA基因低表达。
    • 杜氏囊菌：0000094。定义：由柄支撑并含有孢子的卵球形结构。[表型]
    • 秸秆DDANAT:000093。定义：管状结构，由纤维素覆盖的细胞叠放在一起，并被由纤维素和糖蛋白组成的无细胞柄管包围。[表型]
    • DDANAT流：0000013。定义：当趋化细胞向趋化刺激方向迁移以形成聚集物时，成组趋化细胞以从头到尾的方式定向的宏观外观。[表型]
    • 小费组织者DDANAT:0000103。定义：讲话前区域的一部分，起组织者的作用，即指挥整个生物体形态特征的信号中心。[表型]