导引头：简化微阵列和RNA-Seq的获取和处理数据

包装各种现有工具和命令行界面，提供标准接口、简单的并行化和详细的日志记录。对于微阵列数据，将探针集映射到标准基因ID，建立在“GEOquery”Davis和Meltzer（2007）<doi:10.1093/bioinformatics/btm254>,“ArrayExpress”Kauffmann等人（2009年）<doi:10.1093/bioinformatics/btp354>,稳健的多阵列平均值“RMA”Irizarry等人（2003）<doi:10.1093/生物统计学/4.2.249>,和“BrainArray”Dai等人（2005年）<doi:10.1093/nar/gni179>.对于RNA-seq数据，从国家生物技术中心获取元数据和原始读取信息（NCBI）序列读取存档（SRA），执行标准适配器和使用“TrimGalore”Krueger进行质量微调<https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore网站>,使用“FastQC”Andrews进行质量控制检查<https://github.com/s-andrews/FastQC>,使用“鲑鱼”Patro等人（2017）量化转录物丰度<doi:10.1038/nmeth.4197>并且可能“refgenie”Stolarczyk等人（2020）<doi:10.1093/gigascience/giz149>,使用“MultiQC”Ewels等人（2016）汇总结果<doi:10.1093/bioinformatics/btw354>,使用“biomaRt”Durinckk等人（2009年）将转录物映射到基因<doi:10.1038/nprot.2009.97>,并总结了用于基因水平分析的转录水平量化“tximport”Soneson等人（2015）<doi:10.12688/f1000研究.7563.2>.

版本：	1.1.5
取决于：	R（≥3.5）
进口：	阿菲(≥ 1.68.0),注释Dbi(≥ 1.52.0),生物技术经理(≥1.30.0),生物反应器(≥ 2.36.1),将死(≥ 2.1.0),卷曲(≥3.2),数据表(≥ 1.11.8),foreach公司(≥ 1.4.4),地理查询(≥2.58.0),胶(≥ 1.5.0),jsonlite公司（≥1.7.2），方法，qs（质量）(≥0.21.2),R.utils公司(≥ 2.11.0),RCurl（RCurl）(≥ 1.98),阅读器(≥1.4.0),sessioninfo（会话信息）(≥ 1.2.0),tximport（最大端口）(≥ 1.8.0),带r(≥2.4.2),山药(≥ 2.2.1)
建议：	阵列Express(≥ 1.62.0),博科生物,do并行(≥ 1.0.17),针织物,组织管理例会.db,rmarkdown公司,测试那个(≥ 3.1.0)
出版：	2024-01-22
DOI（操作界面）：	10.32614/CRAN.包装.搜索器
作者：	杰克·休斯，乔什·勋巴赫勒
维护人员：	杰克·休斯（Jake Hughey）<jakejhughey at gmail.com>
许可证：	麻省理工学院+文件许可证
网址：	https://seeker.hugheylab.org网站,https://github.com/hugheylab/seeker
需要编译：	不
CRAN检查：	导引头结果

文档：

参考手册：	搜索.pdf
渐晕图：	探索者简介 导引头再现性

下载内容：

包源：	seeker_1.1.5.tar.gz公司
Windows二进制文件：	r-devel公司：seeker_1.1.5.zip，r版本：seeker_1.1.5.zip，r-oldrel：seeker_1.1.5.zip
macOS二进制文件：	r释放（arm64）：seeker_1.1.5.tgz公司，r-oldrel（arm64）：参见-1.5.tgz，r-release（x86_64）：seeker_1.1.5.tgz公司，r-oldrel（x86_64）：seeker_1.1.5.tgz公司
旧来源：	探索者档案

链接：

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