潘根:系统发育重建与分析

允许估计系统发育树和网络使用最大似然法、最大节约法、距离法和阿达玛共轭(Schliep 2011)。提供树比较方法,中描述的系统发育网络的模型选择和可视化Schliep等人(2017年)。

版本: 2.12.1
取决于: (≥5.8),R(≥4.1.0)
进口: 消化,快速比赛,泛型、图形、grDevices、,记录仪(≥1.0),矩阵,方法,并行,二次规划优化函数,卢比,统计数据,实用程序
链接到: 卢比
建议: ,生物管柱,ggseq标志,ggplot2,针织物,魔法,rgl公司,市场营销,顺序,测试那个(≥ 3.0.0),小测试,vdiffr公司,可发送的
出版: 2024-09-17
内政部: 10.32614/CRAN.包装.飞机
作者: 克劳斯·施利普ORCID iD运动鞋[aut,cre],伊曼纽尔·帕拉迪斯ORCID iD运动鞋[aut],莱昂纳多·德·奥利维拉·马丁斯ORCID iD运动鞋[aut],阿拉斯泰尔·波茨〔aut〕,艾丽斯·巴德尔·卡尔ORCID iD运动鞋[aut],蒂姆·怀特,西里尔·斯塔奇尼斯[ctb],米歇尔·肯德尔,Keren Halabi[ctb],里歇尔·比尔德比克,克里斯汀·温切尔,利亚姆·雷维尔,迈克·吉尔克里斯特,杰里米·博利,布莱恩·奥米拉,龙曲[ctb],瑟夫·布朗ORCID iD运动鞋【ctb】,圣地亚哥·克拉拉蒙特ORCID iD运动鞋[ctb]
维护人员: 克劳斯·施利普(Klaus Schliep)<Klaus.Schliep at gmail.com>
错误报告: https://github.com/KlausVigo/phangorn/issues
许可证: GPL-2型|GPL-3公司[扩展自:GPL(≥2)]
网址: https://github.com/KlausVigo/phangorn网站,https://klausvigo.github.io/phangorn网站/
需要编译:
语言: 英语-美国
引用: 潘戈恩引文信息
材料: 自述文件 新闻
在视图中: 系统发育学
CRAN检查: 潘戈恩结果

文档:

参考手册: phangorn.pdf
渐晕图: 马尔可夫模型和转移率矩阵(来源,R代码)
祖先序列重建(来源,R代码)
相互缠绕的系统发育树和网络:R示例脚本(来源,R代码)
手动最大可能性(来源,R代码)
形态数据的系统发生树(来源,R代码)
分裂和网络(来源,R代码)
用phangorn估计系统发育树(来源,R代码)

下载内容:

包源: 芬戈n_2.12.1.tar.gz
Windows二进制文件: r-devel公司:phangorn_2.12.1.zip格式,r版本:phangorn_2.12.1.zip格式,r-旧版本:phangorn_2.12.1.zip格式
macOS二进制文件: r释放(arm64):芬戈2.12.1.tgz,r-oldrel(arm64):芬戈2.12.1.tgz,r-release(x86_64):phangorn2.12.1.tgz,r-oldrel(x86_64):芬戈2.12.1.tgz
旧来源: 潘戈恩档案

反向依赖关系:

反向取决于: ,MonoPhy公司,MSC四重奏,windex公司
反向进口: 巴比特,动物搅拌器,BoSSA公司,BSS系统,聚结MCMC,科尔姆,DCLEAR公司,DIALINR(直径),显示(dispRity),嫁妆,环境NJ,genBaR代码,单倍型,嘶嘶声,免疫组化,猥亵,IP地址,LDM公司,淋巴顺序,马尔基罗,MesKit(网格工具包),微生物,节点子节点,orthGS公司,OUwie公司,古树,多氯联苯(pcmabc),菲尔,风区,植物醇,POMS公司,ppgm公司,快藻,重合闸,RPANDA公司,rwty(相对湿度),科学工作者,SeqFeatR(序列特征R),绘制草图,斯特拉图斯,纠缠,征税,TML公司,树空间
反向建议: ,编码器,康格里夫·兰斯代尔2016,格罗莫夫拉布,麦克贝特,微生物菌剂工艺,其他Metabar,海事处,四重奏,Rev小工具,RRphylo公司,希普诺夫,追踪者,树列表,树(treeio),树搜索,树工具
反向增强: 右旋糖

链接:

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